Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 373,305 | T→C | 7.1% | W183R (TGG→CGG) | dgcB → | dimethylglycine dehydrogenase subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 373,305 | 0 | T | C | 7.1% | 164.8 / 2.6 | 56 | W183R (TGG→CGG) | dgcB | dimethylglycine dehydrogenase subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (25/27); new base C (2/2); total (27/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.34e-01 |
AGTTTGCTGGCGTTCGCCGTGAGCTTCTTCATTGCCACCCTGCCGGTCGCCGGAATCCTGCCGGCCAACACCGGTGGTTGGGTGA‑TGGTCGCCATTCTGGGCCTGGGCGT‑‑GCTGTGGGGTGTGTCGGAGCTGTTCTTTGGCATGACCTGGGGCGGCCCGATGAAGCACGCCTTCGCCGGTGCCTTGCACCTGGCCTGGCACCGCCGTGCCGAACGCTTCGGCGGCGGCCGCTCCACCGGCCTCAAGCCGCTGGACCTGGAAGACCCGAACGCGCCCCTTGGCG > NC_002947/373158‑373440 | agTTTGCTGGCGTTCGCCGTGAGCTTCTTCATTGCCACCCTGCCGGTCGCCGGAATCCTGCCGGCCAACACCGGTGGTTGGGTGA‑TGGTCGCCATTCTGGGCCTGGGCGT‑‑GCTGTGGGGTGTGTCGGAGCTGTTCTTTGGCATGACCTg < 1:247139/149‑1 (MQ=255) tgttgtcGTTCGCCGTGAGCTTCTTCATTGCCACCCTGCCGGTCGCCGGAATCGTGCCGGCCAAGACGGGTGGTTGGGTGA‑TGGTCGCCATTCTGGGCCTGGGCGT‑‑GCTGTGGGGTGTGTCGGAGCTGTTCTTTGGCATGACCTgggg < 4:232172/142‑1 (MQ=255) tGGCGTTCGCCGTGAGCTTCTTCATTGCCACCCTGCCGGTCGCCGGAATCCTGCCGGCCAACACCGGTGGTTGGGTGA‑TGGTCGCCATTCTGGGCCTGGGCGT‑‑GCTGTGGGGTGTGTCGGAGCTGTTCTTTGGCATGACCTGGggcggc > 5:69315/1‑149 (MQ=255) tGGCGTTCGCCGTGAGCTTCTTCATTGCCACCCTGCCGGTCGCCGGAATCCTGCCGGCCAACACCGGTGGTTGGGTGA‑TGGTCGCCATTCTGGGCCTGGGCGT‑‑GCTGTGGGGTGTGTCGGAGCTGTTCTTTGGCATGACCTGGggcggc > 4:160335/1‑149 (MQ=255) ggCGTTCGCCGTGAGCTTCTTCATTGCCACCCTGCCCGTCGCCGGAATCCTGCCGGCCAACACCGGTGGTTGGGTGA‑TGGTCGCCATTCTGGGCCTGGGCGT‑‑GCTGTGGGGTGTGTCGGAGCTGTTCTTTGGCATGACCTGGGGCGGcc > 1:248758/1‑149 (MQ=255) ggCGTGAGCCGTGATCTTCTTAATTGCAACCCTGCGGGTCTCCGTAATCCTGCCGGCCAACAGCGGTGGTTGGGTGA‑TGGTCGCCATTCTTGGCCTGGGCGT‑‑GCTGTGGGGTGTTTCGTAGCTGTTCTTTTGCAAGACCTGGGTCTGcc < 8:90288/149‑1 (MQ=255) gCGTTCGCCGTGAGCTTCTTCATTGCCACCCTGCCGGTCGCCGGAATCCTGCCGGCCAACACCGGTGGTTGGGTGA‑TGGTCGCCATTCTGGGCCTGGGCGT‑‑GCTGTGGGGTGTGTCGGAGCTGTTCTTTGGCATGACCTGGGGCGGccc > 5:50366/1‑149 (MQ=255) gTTCGCCGTGAGCTTCTTCATTGCCACCCTGCCGGTCGCCGGAATCCTGCCGGCCAACACCGGTGGTTGGGTGA‑TGGTCGCCATTCTGGGCCTGGGCGT‑‑GCTGTGGGGTGTGTCGGAGCTGTTCTTTGGCATGACCTGGGGCGGCCCGa < 6:135277/149‑1 (MQ=255) gCCGTGAGCTTCTTCATTGCCACCCTGCCGGTCGCCGGAATCCTGCCGGCCAACACCGGTGGTTGGGTGA‑TGGTCGCCATTCTGGGCCTGGGCGT‑‑GCTGTGGGGTGTGTCGGAGCTGTTCTTTGGCATGACCTGGGGCGGCCCGATGaa < 3:360974/149‑1 (MQ=255) ttcttcATTGCCACCCTGCCGGTCGCCGGAATCCTGCCGGCCAACACCGGTGGTTGGGTGA‑TGGTCGCCATTCTGGGCCTGGGCGT‑‑GCTGTGGGGTGTGTCGGAGCTGTTCTTTGGCATGACCTGGGGCGGCCCGATGAAGCACGCCtt > 8:72289/1‑149 (MQ=255) tcATTGCCACCCTGCCGGTCGCCGGAATCCTGCCGGCCAACACCGGTGGTTGGGTGA‑TGGTCGCCATTCTGGGCCTGGGCGT‑‑GCTGTGGGGTGTGTCGGAGCTGTTCTTTGGCATGACCTGGGGCGGCCCGATGAAGCACGCCTTCGcc > 1:202104/1‑149 (MQ=255) cATTGCCACCCTGCCGGTCGCCGGAATCCTGCCGGCCAACACCGGTGGTTGGGTGA‑TGGTCGCCATTCTGGGCCTGGGCGT‑‑GCTGTGGGGTGTGTCGGAGCTGTTCTTTGGCATGACCTGGGGCGGCCCGATGAAGCACGCCTTCGc < 5:202399/147‑1 (MQ=255) cATTGCCACCCTGCCGGTCGCCGGAATCCTGCCGGCCAACACCGGTGGTTGGGTGA‑TGGTCGCCATTCTGGGCCTGGGCGT‑‑GCTGTGGGGTGTGTCGGAGCTGTTCTTTGGCATGACCTGGGGCGGCCCGATGAAGCACGCCTTCGc < 2:197264/147‑1 (MQ=255) 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tGCCGGCCAACACCGGTGGTTGGGTGA‑TGGTCGCCATTCTGGGCCTGGGCGT‑‑GCTGTGGGGTGTGTCGGAGCTGTTCTTTGGCATGACCTGGGGCGGCCCGATGAAGCACGCCTTCGCCGGTGCCTTGCACCTGGCCTGGCACCGCCGt > 7:191999/1‑149 (MQ=255) tGCCGGACAACACCGGTGGTTGGGTGA‑TGGTCGCCATTCTGGGCCTGGGCGT‑‑GCTGTGGGGTGTGTCGGAGCTGTTCTTTGGCATGACCTGGGGCGGCCCGATGAAGCACGCCTTCGCCGGTGCCTTGCACCTGGCCTGGCAccgccct > 4:190845/1‑147 (MQ=255) cAACACCGGTGGTTGGGTGA‑TGGTCGCCATTCTGGGCCTGGGCGT‑‑GCTGTGGGGTGTGTCGGAGCTGTTCTTTGGCATGACCTGGGGCGGCCCGATGAAGCACGCCTTCGCCGGTGCCTTGCACCTGGCCTGGCACCGCCGTGCCGAAc < 6:50366/149‑1 (MQ=255) aaCACCGGTGGTTGGGTGA‑TGGTCGCCATTCTGGGCCTGGGCGT‑‑GCTGTGGGGTGTGTCGGAGCTGTTCTTTGGCATGACCTGGGGCGGCCCGATGAAGCACGCCTTCGCCGGTGCCTTGCACCTGGCCTGGCACCGCCGTGCCGAACg > 6:331505/1‑149 (MQ=255) acacCGGTGGTTGGGTGA‑TGGTCGCCATTCTGGGCCTGGGCGT‑‑GCTGTGGGGTGTGTCGGAGCTGTTCTTTGGCATGACCTGGGGCGGCCCGATGAAGCACGCCTTCGCCGGTGCCTTGCACCTGGCCTGGCACCGCCGTGCCGAACGc > 6:41989/1‑149 (MQ=255) ggtggtTGGGTGA‑TGGTCGCCATTCTGGGCCTGGGCGT‑‑GCTGTGGGGTGTGTCGGAGCTGTTCTTTGGCATGACCTGGGGCGGCCCGATGAAGCACGCCTTCGCCGGTGCCTTGCACCTGGCCTGGCACCGCCGTGCCGAACGCTTcgg < 5:41989/149‑1 (MQ=255) gTGA‑TGGTCGCCATTCTGGGCCTGGGCGT‑‑GCTGTGGGGTGTGTCGGAGCTGTTCTTTGGCATGACCTGGGGCGGCCCGATGAAGCACGCCTTCGCCGGTGCCTTGCACATGGCCTGGCACCGCCGTGCCGAACGCTTCGGCGGCGGCCg > 5:219275/1‑149 (MQ=255) tGA‑TGGTCGCCATTCTGGGCCTGGGCGT‑‑GCTGTGGGGTGTGTCGGAGCTGTTCTTTGGCATGACCTGGGGCGGCCCGATGAAGCACGCCTTCGCCGGTGCCTTGCACCTGGCCTGGCACCGCCGTGCCGAACGCTTCGGCGGCGGCCGc > 1:306954/1‑149 (MQ=255) a‑TGGTCGCCATTCTGGGCCTGGGCGT‑‑GCTGTGGGGTGTGTCGGAGCTGTTCTTTGGCATGACCCGGGGCGGCCCGATGAAGCACGCCTTCGCCGGTGCCTTGCACCTGGCCTGGCACCGCCGTGCCGAACGCTTCGGCGGCGGCCGCTc < 4:350896/149‑1 (MQ=255) a‑TGGTCGCCATTCTGGGCCTGGGCGT‑‑GCTGTGGGGTGTGTCGGAGCTGTTCTTTGGCATGACCCGGGGCGGCCCGATGAAGCACGCCTTCGCCGGTGCCTTGCACCTGGCCTGGCACCGCCGTGCCGAACGCTTCGGCGGCGGCCGCTc < 4:356507/149‑1 (MQ=255) tGGTCGCCATTCTGGGCCTGGGCGT‑‑GCTGTGGGGTGTGTCGGAGCTGTTCTTTGGCATGACCTGGGGCGGCCCGATGAAGCACGCCTTCGCCGGTGCCTTGCACCTGGCCTGGCACCGCCGTGCCGAACGCTTCGGCGGCGGCCGCTc < 2:202104/148‑1 (MQ=255) ccATTCTGGGCCTGGGCGT‑‑GCTGTGGGGTGTGTCGGAGCTGTTCTTTGGCATGACCTGGGGCGGCCCGATGAAGCACGCCTTCGCCGGTGCCTTGCACCTGGCCTGGCACCGCCGTGCCGAACGCTTCGGCGGCGGCCGCTCCACCGGc < 1:54459/149‑1 (MQ=255) ccATTCTGGGCCTGGGCGT‑‑GCTGTGGGGTGTGTCGGAGCTGTTCTTTGGCATGACCTGGGGCGGCCCGATGAAGCACGCCTTCGCCGGTGCCTTGCACCTGGCCTGGCACCGCCGTGCCGAACGCTTCGGCGGCGGCCGCTCCACCGGc > 5:149344/1‑149 (MQ=255) ggcctgggcGT‑‑GCTGTGGGGTGTGTCGGAGCTGTTCTTTGGCATGACCTGGGGCGGCCCGATGAAGCACGCCTTCGCCGGTGCCTTGCACCTGGCCTGGCACCGCCGTGCCGAACGCTTCGGCGGCGGCCGCTCCACCGGCCTCAAGc < 8:123238/148‑1 (MQ=255) gcctgggcGT‑‑GCTGTGGGGTGTGTCGGAGCTGTTCTTTGGCATGACCTGGGGCGGCCCGATGAAGCACGCCTTCGCCGGTGCCTTGCACCTGGCCTGGCACCGCCGTGCCGAACGCTTCGGCGGCGGCCGCTCCACCGGCCTCAAGCCg > 8:156626/1‑149 (MQ=255) ctgggcGT‑‑GCTGTGGGGTGTGTCGGAGCTGTTCTTTGGCATGACCTGGGGCGGCCCGATGAAGCACGCCTTCGCCGGTGCCTTGCACCTGGCCTGGCACCGCCGTGCCGAACGCTTCGGCGGCGGCCGCTCCACCGGCCTCAAGCCGCt < 3:160335/149‑1 (MQ=255) ggcGT‑‑GCTGTGGGGTGTGTCGGAGCTGTTCTTTGGCATGACCTGGGGCGGCCCGATGAAGCACGCCTTCGCCGGTGCCTTGCACCTGGCCTGGCACCGCCGTGCCGAACGCTTCGGCGGCGGCCGCTCCACCGGCCTCAAGCCGCTg < 7:72289/147‑1 (MQ=255) cTGTGGGGTGTGTCGGAGCTGTTCTTTGGCATGACCTGGGGCGGCCCGATGAAGCACGCCTTCGCCGGTGCCTTGCACCTGGCCTGGCACCGCCGTGCCGAACGCTTCGGCGGCGGCCGCTCCACCGGCCTCAAGCCGCTGGACCTgg < 6:149344/148‑1 (MQ=255) tgtgGGGTGTGTCGGAGCTGTTCTTTGGCATGACGTGGGGCGGCCCGATGAAGCACGCCTTCGCCGGTGCCTTGCACCTGGCCTGGCACCGCCGTGCCGAACGCTTCGGCGGCGGCCGCTCCACCGGCCTCAAGCCGCTGGACCTGGaa < 5:303625/149‑1 (MQ=255) tgtgGGGTGTGTCGGAGCTGTTCTTTGGCATGACCTGGGGCGGCCCGATGAAGCACGCCTTCGCCGGTGCCTTGCACCTGGCCTGGCACCGCCGTGCCGAACGCTTCGGCGGCGGCCGCTCCACCGGCCTCAAGCCGCTGGACCTGGaa < 7:43365/149‑1 (MQ=255) gggTGTGTCGGAGCTGTTCTTTGGCATGACCTGGGGCGGCCCGATGAAGCACGCCTTCGCCGGTGCCTTGCACCTGGCCTGGCACCGCCGTGCCGAACGCTTCGGCGGCGGCCGCTCCACCGGCCTCAAGCCGCTGGACCTGGAAGAcc < 5:381577/149‑1 (MQ=255) gtgtgtCGGAGCTGTTCTTTGGCATGACCTGGGGCGGCCCGATGAAGCACGCCTTCGCCGGTGCCTTGCACCTGGCCTGGCACCGCCGTGCCGAACGCTTCGGCGGCGGCCGCTCCACCGGCCTCAAGCCGCTGGACCTGGAAGAccc > 3:161489/1‑148 (MQ=255) gtgtCGGAGCTGTTCTTTGGCATGACCTGGGGCGGCCCGATGAAGCACGCCTTCGCCGGTGCCTTGCACCTGGCCTGGCACCGCCGTGCCGAACGCTTCGGCGGCGGCCGCTCCACCGGc > 2:96074/1‑120 (MQ=255) gtgtCGGAGCTGTTCTTTGGCATGACCTGGGGCGGCCCGATGAAGCACGCCTTCGCCGGTGCCTTGCACCTGGCCTGGCACCGCCGTGCCGAACGCTTCGGCGGCGGCCGCTCCACCGGc < 1:96074/120‑1 (MQ=255) gtCGGAGCTGTTCTTTGGCATGACCTGGGGCGGCCCGATGAAGCACGCCTTCGCCGGTGCCTTGCACCTGGCCTGGCACCGCCGTGCCGAACGCTTCGGCGGCGGCCGCTCCACCGGCCTCAAGCCGCTGGa < 7:233572/132‑1 (MQ=255) gtCGGAGCTGTTCTTTGGCATGACCTGGGGCGGCCCGATGAAGCACGCCTTCGCCGGTGCCTTGCACCTGGCCTGGCACCGCCGTGCCGAACGCTTCGGCGGCGGCCGCTCCACCGGCCTCAAGCCGCTGGa > 8:233572/1‑132 (MQ=255) tCGGAGCTGTTCTTTGGCATGACCTGGGGCGGCCCGATGAAGCACGCCTTCGCCGGTGCCTTGCACCTGGCCTGGCACCGCCGTGCCGAACGCTTCGGCGGCGGCCGCTCCACCGGCCTCAAGCCGCTGGACCTGGAAGACCCGAAcgc > 8:326555/1‑149 (MQ=255) gAGCTGTTCTTTGGCATGACCTGGGGCGGCCCGATGAAGCACGCCTTCGCCGGTGCCTTGCACCTGGCCTGGCACCGCCGTGCCGAACGCTTCGGCGGCGGCCGCTCCACCGGCCTCAAGCCGCTGGACCTGGAAGACCCGAACGCGcc > 1:2290/1‑149 (MQ=255) aGCTGTTCTTTGGCATGACCTGGGGCGGCCCGATGAAGCACGCCTTCGCCGGTGCCTTGCACCTGGCCTGGCACCGCCGTGCCGAACGCTTCGGCGGCGGCCGCTCCACCGGCCTCAAGCCGCTGGACCTGGAAGACCCGAACGCGccc < 2:306954/149‑1 (MQ=255) cTTTGGCATGACCTGGGGCGGCCCGATGAAGCACGCCTTCGCCGGTGCCTTGCACCTGGCCTGGCACCGCCGTGCCGAACGCTTCGGCGGCGGCCGCTCCACCGGCCTCAAGCCGCTGGACCTGGAAGACCCGAACGCGCCCCTTGGc < 7:326555/148‑1 (MQ=255) cTTTGGCATGACCTGGGGCGGCCCGATGAAGCACGCCTTCGCCGGTGCCTTGCACCTGGCCTGGCACCGCCGTGCCGAACGCTTCGGCGGCGGCCGCTCCACCGGCCTCAAGCCGCTGGACCTGGAAGACCCGAACGCGCCCCTTGGCg > 4:288747/1‑149 (MQ=255) cTGGGGCGGCCCGATGAAGCACGCCTTCGCCGGTGCCTTGCACCTGGCCTGGCACCGCCGTGCCGAACGCTTCGGCGGCGGCCGCTCCACCGGCCTCAAGCCGCTGGACCTgg < 6:368002/113‑1 (MQ=255) cTGGGGCGGCCCGATGAAGCACGCCTTCGCCGGTGCCTTGCACCTGGCCTGGCACCGCCGTGCCGAACGCTTCGGCGGCGGCCGCTCCACCGGCCTCAAGCCGCTGGACCTgg > 5:368002/1‑113 (MQ=255) | AGTTTGCTGGCGTTCGCCGTGAGCTTCTTCATTGCCACCCTGCCGGTCGCCGGAATCCTGCCGGCCAACACCGGTGGTTGGGTGA‑TGGTCGCCATTCTGGGCCTGGGCGT‑‑GCTGTGGGGTGTGTCGGAGCTGTTCTTTGGCATGACCTGGGGCGGCCCGATGAAGCACGCCTTCGCCGGTGCCTTGCACCTGGCCTGGCACCGCCGTGCCGAACGCTTCGGCGGCGGCCGCTCCACCGGCCTCAAGCCGCTGGACCTGGAAGACCCGAACGCGCCCCTTGGCG > NC_002947/373158‑373440 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |