Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,182,072 | A→C | 11.9% | intergenic (‑130/+24) | PP_4560 ← / ← csbD | ribonuclease BN/stress response protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,182,072 | 0 | A | C | 11.9% | 128.2 / 7.5 | 49 | intergenic (‑130/+24) | PP_4560/csbD | ribonuclease BN/stress response protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (26/17); new base C (2/4); total (28/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.81e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
AGGTCGGGGAAAATCATAGCGTCTCCTTTCGCCGCTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTT‑CACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTG‑AGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTCGTTGTCGGTCACCTTGCCAACACCCTGT > NC_002947/5181926‑5182216 | aGGTCGGGGAAAATCATAGCGTCTCCTTTCGCCGCTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGACGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCgag > 1:48889/1‑148 (MQ=255) gtggAAAATCATAGCGTCTCCTTTCGCCGCTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCTCGGGTGAACCCGCGAAGAgg < 1:78888/147‑1 (MQ=255) ggggAAAATCATAGCGTCTCCTTTCGCCGCTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCTCGGGTGAACCCGCGAagag < 6:346294/148‑1 (MQ=255) gggAAAATCATAGCGTCTCCTTTCGCCGCTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGc < 3:313532/149‑1 (MQ=255) gggAAAATCATAGCGTCTCCTTTCGCCGCTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGc > 2:258557/1‑149 (MQ=255) cATAGCGTCTCCTTTCGCCGCTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAATAGATCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCg > 1:28713/1‑149 (MQ=255) gCGTCTCCTTTCGCCGCTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCtc < 6:373300/149‑1 (MQ=255) ccTTTCGCCGCTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCAGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCtcaagtc > 7:65554/1‑148 (MQ=255) cgccgcTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAATAATTTGCTAACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGATGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGc < 1:15165/148‑1 (MQ=255) 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aCCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTT‑CACATTTCCCTTGACctg > 2:234667/1‑149 (MQ=255) cGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTT‑CACATTTCCCTTGACctgct > 3:196419/1‑149 (MQ=255) gtgctCCCGGCCGTGGTTTAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTT‑CACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTg < 2:48889/147‑1 (MQ=255) ctgcgCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTCCGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTT‑CACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTG‑a < 2:307377/149‑1 (MQ=255) ccGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTT‑CACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTG‑AGCTc < 2:28713/147‑1 (MQ=255) cGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTT‑CACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTG‑AGCTCCTGCgcc > 3:276225/1‑149 (MQ=255) tGGTTTAAGAATTTGCTAACTAATACGTGCCGGCCTCTTCCCGGGTTCACCCTCGAAGTGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTT‑CACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTG‑AGCTCCTGCgcctt < 4:196419/149‑1 (MQ=255) gTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTT‑CACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTG‑AGCTCCTGCgccttgc < 1:258557/149‑1 (MQ=255) ttGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTT‑CACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTG‑AGCTCCTGCgccttgcc > 5:30424/1‑149 (MQ=255) tGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTT‑CACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTG‑AGCTCCTGCgccttgcct > 2:56090/1‑149 (MQ=255) gaagaaTTTGCTTAAGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACAGCATCCTT‑CACATTTCCCATGACCTGCTGCGCCACGCATTTG‑ACCTCCTCCgccttgcctt > 2:91936/1‑149 (MQ=255) aagaaTTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTT‑CACATTTCCCTTGACCTGCTgcgc > 5:19886/1‑119 (MQ=255) agaaTTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTT‑CACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTG‑AGCTCCTGCGCCTTGCCTTCg < 2:31580/149‑1 (MQ=255) ttGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTT‑CACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTG‑AGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGccc < 4:276225/148‑1 (MQ=255) ttACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTT‑CACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTG‑AGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGc > 5:220790/1‑149 (MQ=255) 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ggCCTCTTCTCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTT‑CACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTG‑AGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTCGTTGTCGGt > 7:267719/1‑148 (MQ=255) tcttctCGGGTGAACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTT‑CACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTG‑AGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTCGTTGTCGGTCACCt > 6:73346/1‑149 (MQ=255) ctTCTCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTT‑CACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTG‑AGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTc < 6:171439/134‑1 (MQ=255) ctTCTCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTT‑CACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTG‑AGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTc > 5:171439/1‑134 (MQ=255) gtgaaCCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTT‑CACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTG‑AGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTCGTTGTCGGTCACCTTGCCAacac > 6:63171/5‑149 (MQ=255) gTTCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTT‑CACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTG‑AGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTCGTTGTCGGTCACCTTGCCAacac > 5:173909/1‑149 (MQ=255) aaCCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTT‑CACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTG‑AGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTCGTTGTCGGTCACCTTGCCAACAccc < 5:63171/147‑1 (MQ=255) aCCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTT‑CACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTG‑AGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTCGTTGTCGGTCACCTTGCCAACACCCt < 8:65554/148‑1 (MQ=255) aCCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTT‑CACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTG‑AGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTCGTTGTCGGTCACCTTGCCAACACCCTg > 3:242343/1‑149 (MQ=255) aCCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTT‑CACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTG‑AGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTCGTTGTCGGTCACCTTGCCAACACCCTg > 8:112207/1‑149 (MQ=255) aCCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTT‑CACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTG‑AGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTCGTTGTCGGTCACCTTGCCAACACCCTg > 1:369379/1‑149 (MQ=255) ccGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTAGACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTG‑AGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTCGTTGTCGGTCACCTTGCCAACACCCTGt > 1:280272/1‑149 (MQ=255) | AGGTCGGGGAAAATCATAGCGTCTCCTTTCGCCGCTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTT‑CACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTG‑AGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTCGTTGTCGGTCACCTTGCCAACACCCTGT > NC_002947/5181926‑5182216 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |