Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,244,128 | A→T | 6.8% | A118A (GCT→GCA) | hmgA ← | homogentisate 1,2‑dioxygenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,244,128 | 0 | A | T | 6.8% | 212.2 / 5.0 | 74 | A118A (GCT→GCA) | hmgA | homogentisate 1,2‑dioxygenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (37/32); new base T (2/3); total (39/35) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.62e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.11e-01 |
GCCCAGCTCGGTGGCGATACGCAGGCGGCCCTGTTCCGGCACCAGTAGCAGCTCACCGTCTGCGTTGAAGAACACCCGTTCCATGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTTGGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGCCCGCCGAGCGGCTGGCGCGCCAGGCGCTCGAAGCGTGGGTGCAAGGCAGAA > NC_002947/5243981‑5244275 | gCCCAGCTCGGTGGCGATACGCAGGCGGCCCTGTTCCGGCACCAGTAGCAGCTCACCGTCTGCGTTGAAGAACACCCGTTCCATGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTTGGCAg > 7:44124/1‑149 (MQ=255) ccAGCTCGGTGGCGATACGCAGGCGGCCCTGTTCCGGCACCAGTAGCAGCTCACCGTCTGCGTTGAAGAACACCCGTTCCATGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTTGGCAGc > 2:207958/1‑148 (MQ=255) cAGCTCGGTGGCGATACGCAGGCGGCCCTGTTCCGGCACCAGTAGCAGCTCACCGTCTGCGTTGAAGAACACCCGTTCCATGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTTGGCTGcc > 4:24538/1‑148 (MQ=255) gCTCGGTGGCGATACGCAGGCGGCCCTGTTCCGGCACCAGTAGCAGCTCACCGTCTGCGTTGAAGAACACCCGTTCCATGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTTGGCAGCCATg > 6:47751/1‑149 (MQ=255) ggTGGCGATACGCAGGCGGCCCTGTTCCGGCACCAGTAGCAGCTCACCGTCTGCGTTGAAGAACACCCGTTCCATGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTTGGCAGCCATGGGc < 5:47751/148‑1 (MQ=255) cGATACGCAGGCGGCCCTGTTCCGGCACCAGTAGCAGCTCACCGTCTGCGTTGAAGAACACCCGTTCCATGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTTGGCTGCCCATGGCTGCCaa < 4:144368/149‑1 (MQ=255) cGATACGCAGGCGGCCCTGTTCCGGCACCAGTAGCAGCTCACCGTCTGCGTTGAAGAACACCCGTTCCATGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTTGGCTGCCCATGGCTGCCaa < 3:24538/149‑1 (MQ=255) gATACGCAGGCGGCCCTGTTCCGGCACCAGTAGCAGCTCACCGTCTGCGTTGAAGAACACCCGTTCCATGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTTGGCAGCCATGGGCAGCCAAc > 8:26149/1‑149 (MQ=255) gATACGCAGGCGGCCCTGTTCCGGCACCAGTAGCAGCTCACCGTCTGCGTTGAAGAACACCCGTTCCATGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTTGGCAGCCATGGGCAGCCAAc > 6:372506/1‑149 (MQ=255) gATACGCAGGCGGCCCTGTTCCGGCACCAGTAGCAGCTCACCGTCTGCGTTGAAGAACACCCGTTCCATGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTTGGCAGCCATGGGCAGCCAAc > 2:326719/1‑149 (MQ=255) tACGCAGGCGGCCCTGTTCCGGCACCAGTAGCAGCTCACCGTCTGCGTTGAAGAACACCCGTTCCATGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTTGGCAGCCATGGGCAGCCAACCt > 8:52290/1‑149 (MQ=255) aCGCAGGCGGCCCTGTTCCGGCACCAGTAGCAGCTCACCGTCTGCGTTGAAGAACACCCGTTCCATGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTTGGCAGCCATGGGCAGCCAACCtt < 7:282436/149‑1 (MQ=255) cAGGCGGCCCTGTTCCGGCACCAGTAGCAGCTCACCGTCTGCGTTGAAGAACACCCGTTCCATGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTTGGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGa < 1:207958/149‑1 (MQ=255) aGGCGGCCCTGTTCCGGCACCAGTAGCAGCTCACCGTCTGCGTTGAATAACACCCGTTCCATGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTTGGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGAt < 7:150592/149‑1 (MQ=255) aGGCGGCCCTGTTCCGGCACCAGTAGCAGCTCACCGTCTGCGTTGAAGAACACCCGTTCCATGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTTGGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGAt < 6:269930/149‑1 (MQ=255) ccTGTTCCGGCACCAGTAGCAGCTCACCGTCTGCGTTGAAGAACACCCGTTCCATGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCATGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTTGGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAAtcg > 4:280685/1‑149 (MQ=255) gTTCCGGCACCAGTAGCAGCTCACCGTCTGCGTTGAAGAACACCCGTTCCATGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTTGGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAAtcggtc > 1:325542/1‑149 (MQ=255) ccGGCACCAGTAGCAGCTCACCGTCTGCGTTGAAGAACACCCGTTCCATGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTTGGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAAtcggtcgg < 6:255495/148‑1 (MQ=255) gCACCAGTATCAGCTCACCGGATGCGTTGAAGAACACCCGTTCCATGTACCTGTTGGCGCTGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGGGTTGGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATTAAATCGGTCTGTTca < 4:182892/149‑1 (MQ=255) gTAGCAGCTCACCGTCTGCGTTGAAGAACACCCGTTCCATGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTTGGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAgg > 2:256485/1‑148 (MQ=255) gcagcTCACAGTCTGAGTTGAAGAACACCCGTTCCATGGACAGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCAAGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCAGGCGTTGGCATCAATGGGCAGCAAACCTTCGATTAAATCGGTCTGTTAAGCAGGaa > 1:177988/1‑147 (MQ=255) aCCGTCTGCGTTGAAGAACACCCGTTCCATGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTTGGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCg > 7:198859/1‑149 (MQ=255) atGCGTTGAAGAACACCCGTTCCATGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTTGGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTc > 1:207037/2‑149 (MQ=255) gTTGAAGAACACCCGTTCCATGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTTGGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAgc > 2:102229/1‑149 (MQ=255) agaaCACCCGTTCCATGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTTGGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAg < 6:312555/148‑1 (MQ=255) gaaCACCCGTTCCATGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCATGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTTGGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGc < 3:280685/149‑1 (MQ=255) gaaCACCCGTTCCATGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTTGGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGc > 3:91363/1‑149 (MQ=255) gaaCACCCGTTCCATGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTTGGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGc < 2:207037/149‑1 (MQ=255) aaCACCCGTTCCATGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTTGGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCg > 5:106981/1‑149 (MQ=255) cacCCGTTCCATGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTTGGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGt > 1:138133/1‑149 (MQ=255) cccGTTCCATGGACCGGTTGGCGCTGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTTGGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTg < 8:295533/149‑1 (MQ=255) cGTTCCATGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTTGGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTggg > 6:344210/1‑149 (MQ=255) cGTTCCATGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTTGGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTggg > 2:354295/1‑149 (MQ=255) gTTCCATGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTTGGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTgggg < 8:44124/149‑1 (MQ=255) cATGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTTGGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGa > 6:203875/1‑149 (MQ=255) aTGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTTGGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGAt > 6:85417/1‑149 (MQ=255) aTGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTTGGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGAt < 4:23969/149‑1 (MQ=255) aTGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTTGGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGAt > 7:272494/1‑149 (MQ=255) aTGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTTGGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGAt < 2:372545/149‑1 (MQ=255) ggACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTTGGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGc > 8:152635/1‑149 (MQ=255) aCCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTTGGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCa < 1:300151/149‑1 (MQ=255) cGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTTGGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCAcc > 3:86443/1‑149 (MQ=255) gTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTTGGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCa > 3:9567/1‑149 (MQ=255) ttGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCATGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTTGGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTACAGCGCAGGCGGTTGTGGTTGATGCCACCCAg > 6:260355/1‑149 (MQ=255) gcgGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTTGGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGcc > 6:247832/1‑149 (MQ=255) gtagatgtagatGCTCACGCCTGCCGGTTTTTCCGCGCCGGCGTTGGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGCccgc < 7:253803/149‑1 (MQ=255) gatgtagatgCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTTGGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGCccgcc > 4:73762/1‑147 (MQ=255) gatgCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTTGGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGCCCGCCGAGCGGCt > 7:272406/1‑149 (MQ=255) atgCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTTGGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTGCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGCCCGCCGAGCGGCTg < 5:344210/149‑1 (MQ=255) gCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTTGGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGCCCGCCGAGCGGCTgg < 7:52290/148‑1 (MQ=255) tCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTTGGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCgg > 6:47514/1‑107 (MQ=255) tCACGACAGCCGGTTTTACCGCTCAGGCGTTGTAAGCCAAGGCCACCCAACCTACCATGAAAAAGGACGGTTCAGCACCAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCCGTTAGGGTTGATCACACCCATTGGCACGCCGCGCGGCTGgcgc > 8:122533/1‑149 (MQ=255) gcGCCAACCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTTGGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGCCCGCCGAGCGGCTGgcgcgc < 5:47009/148‑1 (MQ=255) aCGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTTGGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGCCCGCCGAGCGGCTGgcgcgc < 8:272494/149‑1 (MQ=255) aCGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTTGGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGCCCGCCGAGCGGCTGgcgcgc > 3:204767/1‑149 (MQ=255) cGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTTGGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGCCCGCCGAGCGGCTGgcgcgc > 5:250281/1‑148 (MQ=255) gCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTTGGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGCTCAGCAGTAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGCCCGCCGAGCGGCTGGCGCGCCa < 5:52740/149‑1 (MQ=255) catgctgTTTTTCCGATCATGCGTTTGAATCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTAGGTTCAGAATGAATCGTCTGCGGTCTCCATCTCAGGAGGTTGTGGTTGATGACACCCAGTGGCCCGCCGAGCTGCTTGCGCGCCAgg < 2:177988/143‑1 (MQ=255) gCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTTGGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGCCCGCCGAGCGGCTGGCGCGCCAGgcg < 2:325542/149‑1 (MQ=255) cGGTTTTTCCGCTCCGGCGTTGGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGCCCGCCGAGCGGCTGGCGCGCCAGGCGCt < 5:85417/149‑1 (MQ=255) cGGTTTTTCCGCGCCGGCGTTGGCAGCCCTGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTGCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGCCCGCCGAGCGGCTGGCGCGCCAGGCGCt < 6:288935/149‑1 (MQ=255) tttttCCGCTCCGGCGTTGGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGCCCGCCGAGCGGCTGGCGCGCCAGGCGCTCgg < 7:152635/149‑2 (MQ=255) tttCCGCTCCGGCGTTGGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGCCCGCCGAGCGGCTGGCGCGCCAGGCGCTCGaa < 6:106981/148‑1 (MQ=255) tttCCGCTCCGGCGTTGGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGCCCGCCGAGCGGCTGGCGCGCCAGGCGCTCGaa < 5:247832/148‑1 (MQ=255) cGGCGTTGGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGCCCGCCGAGCGGCTGGCGCGCCAGgc > 4:358619/1‑132 (MQ=255) cGGCGTTGGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGCCCGCCGAGCGGCTGGCGCGCCAGGCGCTCGAAGCGTGGGt < 8:272406/147‑1 (MQ=255) gCGTTGGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGCCCGCCGAGCGGCTGGCGCGCCAGGCGCTCGAAGCGTGGGTGc > 5:310000/1‑147 (MQ=255) ggTTGGCTGCCCATGGCTGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGCCCGCCGAGCGGCTGGCGCGCCAGGCGCTCg > 6:154408/2‑134 (MQ=255) ggTTGGCTGCCCATGGCTGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGCCCGCCGAGCGGCTGGCGCGCCAGGCGCTCg < 5:154408/133‑1 (MQ=255) gTTGGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGCCCGCCGAGCGGCTGGCGCGCCAGGCGCTCGAAGCGTGGGTGCAAgg < 5:203875/149‑1 (MQ=255) gCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGCCGGCCGAGCGGCTGGCGCGCCAGGCGCTCGAAGCGTGGGTGCAAGGCAg > 6:262544/1‑148 (MQ=255) gCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGCCCGCCGAGCGGCTGGCGCGCCAGGCGCTCGAAGCGTGGGTGCAAGGCAg > 6:87970/1‑148 (MQ=255) cAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGCCCGCCGAGCGGCTGGCGCGCCAGGCGCTCGAAGCGTGGGTGCAAGGCAGaa < 7:26149/149‑1 (MQ=255) cAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGCCCGCCGAGCGGCTGGCGCGCCAGGCGCTCGAAGCGTGGGTGCAAGGCAGaa < 4:86443/149‑1 (MQ=255) | GCCCAGCTCGGTGGCGATACGCAGGCGGCCCTGTTCCGGCACCAGTAGCAGCTCACCGTCTGCGTTGAAGAACACCCGTTCCATGGACCGGTTGGCGCGGTAGATGTAGATGCTCACGCCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTTGGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGCCCGCCGAGCGGCTGGCGCGCCAGGCGCTCGAAGCGTGGGTGCAAGGCAGAA > NC_002947/5243981‑5244275 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |