| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,372,692 | T→G | 6.8% | K160Q (AAG→CAG) | carA ← | carbamoyl‑phosphate synthase small subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,372,692 | 0 | T | G | 6.8% | 258.1 / 6.1 | 86 | K160Q (AAG→CAG) | carA | carbamoyl‑phosphate synthase small subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (38/41); new base G (4/2); total (43/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.33e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGCATGCGCAGGATGTTCAGCTTGACGCCATAGTCGAAGGCAACCACGTGGTACGGCAGGTCGGCAGCGTCGATGGTCGGGTGGCTGTCGGTTTTCAGCTCCCACACGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGCCAGGTCCATGCCCTTCAGGCCCGGGAAGCCGCGGGCAGCAGCGATGGCAGCTTCTTCGCTGATGTTGTCACCCGCCAGAATG‑CAGCCGTTCTGGGCGCCCTTTTCACGCAGGATACGGGTCAGGCGACGGGTGTCGATGCCGG > NC_002947/5372544‑5372838 | aGCATGCGCAGGATGTTCAGCTTGACGCCATAGTCGAAGGCAACCACGTGGTACGGCAGGTCGGCAGCGTCGATGGTCGGGTGGCTGTCGGTTTTCAGCTCCCACACGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCtt < 3:347626/149‑1 (MQ=255) gCATGCGCAGGATGTTCAGCTTGACGCCATAGTCGAAGGCAGCCACGTGGTACGGCAGGTCGGCAGCGTCGATGGTCGGGTGGCTGTCGGTTTTCAGCTCCCACACGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑g < 2:218713/149‑1 (MQ=255) cATGCGCAGGATGTTCAGCTTGACGCGATAGTCGAAGGCAACCACGTGGTACGGCAGGTCGGCAGCGTCGATGGTCGGGTGGCTGTCGGTTTTCAGCTCCCACACGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑gg > 1:9632/1‑149 (MQ=255) tGCGCAGGATGTTCAGCTTGACGCCATAGTCGAAGGCAACCACGTGGTACGGCAGGTCGGCAGCGTCGATGGTCGGGTGGCTGTCGGTTTTCAGCTCCCACACGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGcc < 4:354995/149‑1 (MQ=255) gcAGGATGTTCAGCTTGACGCCATAGTCGAAGGCAACCACGTGGTACGGCAGGTCGGCAGCGTCGATGGTCGGGTGGCTGTCGGTTTTCAGCTCCCACACGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGCCAgg > 2:288766/1‑149 (MQ=255) cAGGATGTTCAGCTTGACGCCATAGTCGAAGGCAACCACGTGGTACGGCAGGTCGGCAGCGTCGATGGTCGGGTGGCTGTCGGTTTTCAGCTCCCACACGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGCCAGGt > 1:351145/1‑149 (MQ=255) ggATGTTCAGCTTGACGCCATAGTCGAAGGCAACCACGTGGTACGGCAGGTCGGCAGCGTCGATGGTCGGGTGGCTGTCGGTTTTCAGCTCCCACACGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGCCAGGTcc < 4:122922/149‑1 (MQ=255) ttCAGCTTGACGCCATAGTCGAAGGCAACCACGTCCTACCGCACCTCGGCAGCGTCGATGGTCGTGAGGCTGTCGGTTTACAGCTCCCACACGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGTAGGAGACGACCTA‑AGCCAGATCCAtcc > 1:309422/1‑146 (MQ=255) cAGCTTGACGCCATAGTCGAAGGCAACCACGTGGTACGGCAGGTCGGCAGCGTCGATGGTCGGGTGGCTGTCGGTTTTCAGCTCCCACACGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGCCAGGTCCATGccc < 2:272292/148‑1 (MQ=255) aGCTTGACGCCATAGTCGAAGGCAACCACGTGGTACGGCAGGTCGGCAGCGTCGATGGTCGGGTGGCTGTCGGTTTTCAGCTCCCACACGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGCCAGGTCCATGCCCtt < 7:6968/149‑1 (MQ=255) gCTTGACGCCATAGTCGAAGGCAACCACGTGGTACGGCAGGTCGGCAGCGTCGATGGTCGGGTGGCTGTCGGTTTTCAGCTCCCACACGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGCCAGGTCCAt > 5:97841/1‑142 (MQ=255) gCTTGACGCCATAGTCGAAGGCAACCACGTGGTACGGCAGGTCGGCAGCGTCGATGGTCGGGTGGCTGTCGGTTTTCAGCTCCCACACGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGCCAGGTCCAt < 6:97841/142‑1 (MQ=255) cTTGACGCCATAGTCGAAGGCAACCACGTGGTACGGCAGGTCGGCAGCGTCGATGGTCGGGTGGCTGTCGGTTTTCAGCTCCCACACGCTGGATCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGCCAGGTCCATGCCCTTCa < 1:290308/149‑1 (MQ=255) cTTGACGCCATAGTCGAAGGCAACCACGTGGTACGGCAGGTCGGCAGCGTCGATGGTCGGGTGGCTGTCGGTTTTCAGCTCCCACACGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGCCAGGTCCATGCCCTTCa < 7:303579/149‑1 (MQ=255) cTTGACGCCATAGTCGAAGGCAACCACGTGGTACGGCAGGTCGGCAGCGTCGATGGTCGGGTGGCTGTCGGTTTTCAGCTCCCACACGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGCCAGGTCCATGCCCTTCa < 3:212996/149‑1 (MQ=255) gACGCCATAGTCGAAGGCAACCACGTGGTACGGCAGGTCGGCAGCGTCGATGGTCGGGTGGCTGTCGGTTTTCAGCTCCCACACGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGCCAGGt < 2:85758/134‑1 (MQ=255) gACGCCATAGTCGAAGGCAACCACGTGGTACGGCAGGTCGGCAGCGTCGATGGTCGGGTGGCTGTCGGTTTTCAGCTCCCACACGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGCCAGGt > 1:85758/1‑134 (MQ=255) gCCATAGTCGAAGGCAACCACGTGGTACGGCAGGTCGGCAGCGTCGATGGTCGGGTGGCTGTCGGTTTTCAGCTCCCACACGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGCCAGGTCCATGCCCTTCAGGCCCg < 4:144122/149‑1 (MQ=255) 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tAGTCGAAGGCAACCACGTGGTACGGCAGGTCGGCAGCGTCGATGGTCGGGTGGCTGTCGGTTTTCAGCTCCCACACGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGCCAGGTCCATGCCCTTCAGGCCCGGGaa < 2:192603/149‑1 (MQ=255) tCGAAGGCAACCACGTGGTACGGCAGGTCGGCAGCGTCGATGGTCGGGTGGCTGTCGGTTTTCAGCTCCCACACGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGCCAGGTCCATGCCCTTCAGGCCCGGGAAGcc > 8:277319/1‑149 (MQ=255) gAAGGCAACCACGTGGTACGGCAGGTCGGCAGCGTCGATGGTCGGGTGGCTGTCGGTTTTCAGCTCCCACACGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGCCAGGTCCATGCCCTTCAGGCCCGGGAAGCcgc > 5:81384/1‑149 (MQ=255) tGGTACGGCAGGTCGGCAGCGTCGATGGTCGGGTGGCTGTCGGTTTTCAGCTCCCACACGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGCCAGGTCCATGCCCTTCAGGCCCGGGAAGCCGCGGGCAGCAGCGAt < 2:178318/149‑1 (MQ=255) gTACGGCAGGTCGGCAGCGTCGATGGTCGGGTGGCTGTCGGTTTTCAGCTCCCACACGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GTCCAGGTCCATGCCCTTCAGGCCCGGGAAGCCGCGGGCAGCAGCGATg < 4:284049/148‑1 (MQ=255) ggCAGGTCGGCAGCGTCGATGGTCGGGTGGCTGTCGGTTTTCAGCTCCCACACGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGCCAGGTCCATGCCCTTCAGGCCCGGGAAGCCGCGGGCAGCAGCGATGGCAGc < 1:351644/149‑1 (MQ=255) gTCGGCAGCGTCGATGGTCGGGTGGCTCTCGGTTTTCAGCTCCCACACGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGCCAGGTCCATGCCCTTCAGGCCCGGGAAGCCGCGGGCAGCAGCGATGGCAGcttctt > 3:299581/1‑149 (MQ=255) gTCGATGGTCGGGTGGCTGTCGGTTTTCAGCTCCCACACGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGCCAGGTCCATGCCCTTCAGGCCCGGGAAGCCGCGGGCAGCAGCGATGGCAGCTTCTTCGCTGAtgt > 6:119515/1‑149 (MQ=255) gATGGTCGGGTGGCTGTCGGTTTTCAGCTCCCACACGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGCCAGGTCCATGCCCTTCAGGCCCGGGAAGCCGCGGGCAGCAGCGATGGCAGCTTCTTCGCTGAtgttgt < 3:152710/149‑1 (MQ=255) ggTCGGGTGGCTGTCGGTTTTCAGCTCCCACACGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGCCAGGTCCATGCCCTTCAGGCCCGGGAAGCCGCGGGCAGCAGCGATGGCAGCTTCTTCGCTGATGTTGTCAc > 7:291960/1‑149 (MQ=255) 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catggacCTG‑GCCAAGGTCCATGCCCTTCAGGCCCGGGAAGCCGCGGGCAGCAGCGATGGCAGCTTCTTCGCTGATGTTGTCACCCGCCAGAATG‑CAGCCGTTCTGGGCGCCCTTTTCACGCAGGATACGGGTCAGGCGACGGGTGTc > 7:264380/5‑148 (MQ=255) agaCGACCTT‑GGCCAGGTCCATGCCCTTCAGGCCCGGGAAGCCGCGGGCAGCAGCGATGGCAGCTTCTTCGCTGATGTTGTCACCCGCCAGAATG‑CAGCCGTTCTGGGCGCCCTTTTCACGCAGGATACGGGTCAGGCGACGGGTGTCg < 5:142932/149‑1 (MQ=255) gacgacCTT‑GGCCAGGTCCATGCCCTTCAGGCCCGGGAAGCCGCGGGCAGCAGCGATGGCAGCTTCTTCGCTGATGTTGTCACCCGCCAGAATG‑CAGCCGTTCTGGGCGCCCTTTTCACGCAGGATACGGGTCAGGCGACGGGTGTCGa > 4:298800/1‑149 (MQ=255) atggacCTG‑GCCAAGGTCCATGCCCTTCAGGCCCGGGAAGCCGCGGGCAGCAGCGATGGCAGCTTCTTCGCTGATGTTGTCACCCGCCAGAATG‑CAGCCGTTCTg > 4:276850/4‑105 (MQ=255) atggacCTG‑GCCAAGGTCCATGCCCTTCAGGCCCGGGAAGCCGCGGGCAGCAGCGATGGCAGCTTCTTCGCTGATGTTGTCACCCGCCAGAATG‑CAGCCGTTCTg < 3:276850/102‑1 (MQ=255) acgacCTT‑GGCCAGGTCCATGCCCTTCAGGCCCGGGAAGCCGCGGGCAGCAGCGATGGCAGCTTCTTCGCTGATGTTGTCACCCGCCAGAATG‑CAGCCGTTCTGGGCGCCCTTTTCACGCAGGATACGGGTCAGGCGACGGGTGTCGAt > 3:233223/1‑149 (MQ=255) gacCTT‑GGCCAGGTCCATGCCCTTCAGGCCCGGGAAGCCGCGGGCAGCAGCGATGGCAGCTTCTTCGCTGATGTTGTCAc > 6:52126/1‑80 (MQ=255) gacCTT‑GGCCAGGTCCATGCCCTTCAGGCCCGGGAAGCCGCGGGCAGCAGCGATGGCAGCTTCTTCGCTGATGTTGTCAc < 5:52126/80‑1 (MQ=255) gacCTT‑GGCCAGGTCCATGCCCTTCAGGCCCGGGAAGCCGCGGGCAGCAGCGATGGCAGCTTCTTCGCTGATGTTGCCACCCGCCAGAATGTGAGCCGTTCTGGGCGCCCTTTTCACGCAGGATACGGGTCAGGCGACGGGTGTCGATg < 1:288766/149‑1 (MQ=255) cTT‑GGCCAGGTCCATGCCCTTCAGGCCCGGGAAGCCGCGGGCAGCAGCGATGGCAGCTTCTTCGCTGATGTTGTCACCCGCCAGAATG‑CAGCCGTTCTGGGCGCCCTTTTCACGCAGGATACGGGTCAGGCGACGGGTGTCGATGCCgg < 4:45631/149‑1 (MQ=255) cTT‑GGCCAGGTCCATGCCCTTCAGGCCCGGGAAGCCGCGGGCAGCAGCGATGGCAGCTTCTTCGCTGATGTTGTCACCCGCCAGAATG‑CAGCCGTTCTGGGCGCCCTTTTCACGCAGGATACGGGTCAGGCGACGGGTGTCGATGCCgg > 1:197703/1‑149 (MQ=255) | AGCATGCGCAGGATGTTCAGCTTGACGCCATAGTCGAAGGCAACCACGTGGTACGGCAGGTCGGCAGCGTCGATGGTCGGGTGGCTGTCGGTTTTCAGCTCCCACACGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGCCAGGTCCATGCCCTTCAGGCCCGGGAAGCCGCGGGCAGCAGCGATGGCAGCTTCTTCGCTGATGTTGTCACCCGCCAGAATG‑CAGCCGTTCTGGGCGCCCTTTTCACGCAGGATACGGGTCAGGCGACGGGTGTCGATGCCGG > NC_002947/5372544‑5372838 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |