| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,372,694 | G→C | 7.2% | A159G (GCC→GGC) | carA ← | carbamoyl‑phosphate synthase small subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,372,694 | 0 | G | C | 7.2% | 261.0 / 9.7 | 84 | A159G (GCC→GGC) | carA | carbamoyl‑phosphate synthase small subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (38/39); new base C (4/2); total (42/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.12e-01 | |||||||||||
CATGCGCAGGATGTTCAGCTTGACGCCATAGTCGAAGGCAACCACGTGGTACGGCAGGTCGGCAGCGTCGATGGTCGGGTGGCTGTCGGTTTTCAGCTCCCACACGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGCCAGGTCCATGCCCTTCAGGCCCGGGAAGCCGCGGGCAGCAGCGATGGCAGCTTCTTCGCTGATGTTGTCACCCGCCAGAATG‑CAGCCGTTCTGGGCGCCCTTTTCACGCAGGATACGGGTCAGGCGACGGGTGTCGATGCCGGC > NC_002947/5372546‑5372839 | cATGCGCAGGATGTTCAGCTTGACGCGATAGTCGAAGGCAACCACGTGGTACGGCAGGTCGGCAGCGTCGATGGTCGGGTGGCTGTCGGTTTTCAGCTCCCACACGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑gg > 1:9632/1‑149 (MQ=255) tGCGCAGGATGTTCAGCTTGACGCCATAGTCGAAGGCAACCACGTGGTACGGCAGGTCGGCAGCGTCGATGGTCGGGTGGCTGTCGGTTTTCAGCTCCCACACGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGcc < 4:354995/149‑1 (MQ=255) gcAGGATGTTCAGCTTGACGCCATAGTCGAAGGCAACCACGTGGTACGGCAGGTCGGCAGCGTCGATGGTCGGGTGGCTGTCGGTTTTCAGCTCCCACACGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGCCAgg > 2:288766/1‑149 (MQ=255) cAGGATGTTCAGCTTGACGCCATAGTCGAAGGCAACCACGTGGTACGGCAGGTCGGCAGCGTCGATGGTCGGGTGGCTGTCGGTTTTCAGCTCCCACACGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGCCAGGt > 1:351145/1‑149 (MQ=255) ggATGTTCAGCTTGACGCCATAGTCGAAGGCAACCACGTGGTACGGCAGGTCGGCAGCGTCGATGGTCGGGTGGCTGTCGGTTTTCAGCTCCCACACGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGCCAGGTcc < 4:122922/149‑1 (MQ=255) ttCAGCTTGACGCCATAGTCGAAGGCAACCACGTCCTACCGCACCTCGGCAGCGTCGATGGTCGTGAGGCTGTCGGTTTACAGCTCCCACACGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGTAGGAGACGACCTA‑AGCCAGATCCAtcc > 1:309422/1‑146 (MQ=255) cAGCTTGACGCCATAGTCGAAGGCAACCACGTGGTACGGCAGGTCGGCAGCGTCGATGGTCGGGTGGCTGTCGGTTTTCAGCTCCCACACGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGCCAGGTCCATGccc < 2:272292/148‑1 (MQ=255) aGCTTGACGCCATAGTCGAAGGCAACCACGTGGTACGGCAGGTCGGCAGCGTCGATGGTCGGGTGGCTGTCGGTTTTCAGCTCCCACACGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGCCAGGTCCATGCCCtt < 7:6968/149‑1 (MQ=255) gCTTGACGCCATAGTCGAAGGCAACCACGTGGTACGGCAGGTCGGCAGCGTCGATGGTCGGGTGGCTGTCGGTTTTCAGCTCCCACACGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGCCAGGTCCAt < 6:97841/142‑1 (MQ=255) gCTTGACGCCATAGTCGAAGGCAACCACGTGGTACGGCAGGTCGGCAGCGTCGATGGTCGGGTGGCTGTCGGTTTTCAGCTCCCACACGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGCCAGGTCCAt > 5:97841/1‑142 (MQ=255) cTTGACGCCATAGTCGAAGGCAACCACGTGGTACGGCAGGTCGGCAGCGTCGATGGTCGGGTGGCTGTCGGTTTTCAGCTCCCACACGCTGGATCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGCCAGGTCCATGCCCTTCa < 1:290308/149‑1 (MQ=255) cTTGACGCCATAGTCGAAGGCAACCACGTGGTACGGCAGGTCGGCAGCGTCGATGGTCGGGTGGCTGTCGGTTTTCAGCTCCCACACGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGCCAGGTCCATGCCCTTCa < 7:303579/149‑1 (MQ=255) cTTGACGCCATAGTCGAAGGCAACCACGTGGTACGGCAGGTCGGCAGCGTCGATGGTCGGGTGGCTGTCGGTTTTCAGCTCCCACACGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGCCAGGTCCATGCCCTTCa < 3:212996/149‑1 (MQ=255) gACGCCATAGTCGAAGGCAACCACGTGGTACGGCAGGTCGGCAGCGTCGATGGTCGGGTGGCTGTCGGTTTTCAGCTCCCACACGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGCCAGGt < 2:85758/134‑1 (MQ=255) gACGCCATAGTCGAAGGCAACCACGTGGTACGGCAGGTCGGCAGCGTCGATGGTCGGGTGGCTGTCGGTTTTCAGCTCCCACACGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGCCAGGt > 1:85758/1‑134 (MQ=255) gCCATAGTCGAAGGCAACCACGTGGTACGGCAGGTCGGCAGCGTCGATGGTCGGGTGGCTGTCGGTTTTCAGCTCCCACACGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGCCAGGTCCATGCCCTTCAGGCCCg < 4:144122/149‑1 (MQ=255) gCCATAGTCGAAGGCAACCACGTGGTACGGCAGGTCGGCAGCGTCGATGGTCGGGTGGCTGTCGGTTTTCAGCTCCCACACGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGCCAGGTCCATGCCCTTCAGGCCCg > 6:142932/1‑149 (MQ=255) cATAGTCGAAGGCAACCACGTGGTACGGCAGGTCGGCAGCGTCGATGGTCGGGTGGCTGTCGGTTTTCAGCTCCCACACGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGCCAGGTCCATGCCCTTCAGGCCCgg > 5:262636/1‑148 (MQ=255) aTAGTCGAAGGCAACCACGTGGTACGGCAGGTCGGCAGCGTCGATGGTCGGGTGGCTGTCGGTTTTCAGCTCCCACACGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGCCAGGTCCATGCCCTTCAGGCCCggg > 3:45631/1‑148 (MQ=255) aTAGTCGAAGGCAACCACGTGGTACGGCAGGTAGGAGGCGTCGATGGTCGGGTGGCAGTCGGTTTTCCGCTCCAACCCGCTGCCGCGCAACGCGAAACGTTACTAGCTGGAGACGACCTT‑GGCCACGTCCCTGCCCTTCAGGCCCGCGa > 4:154853/1‑149 (MQ=255) tAGTCGAAGGCAACCACGTGGTACGGCAGGTCGGCAGCGTCGATGGTCGGGTGGCTGTCGGTTTTCAGCTCCCACACGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGCCAGGTCCATGCCCTTCAGGCCCGGGaa < 2:192603/149‑1 (MQ=255) tAGTCGAAGGCAACCACGTGGTACGGCAGGTCGGCAGCGTCGATGGTCGGGTGGCTGTCGGTTTTCAGCTCCCACACGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGCCAGGTCCATGCCCTTCAGGCCCGGGaa < 7:41769/149‑1 (MQ=255) tCGAAGGCAACCACGTGGTACGGCAGGTCGGCAGCGTCGATGGTCGGGTGGCTGTCGGTTTTCAGCTCCCACACGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGCCAGGTCCATGCCCTTCAGGCCCGGGAAGcc > 8:277319/1‑149 (MQ=255) gAAGGCAACCACGTGGTACGGCAGGTCGGCAGCGTCGATGGTCGGGTGGCTGTCGGTTTTCAGCTCCCACACGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGCCAGGTCCATGCCCTTCAGGCCCGGGAAGCcgc > 5:81384/1‑149 (MQ=255) tGGTACGGCAGGTCGGCAGCGTCGATGGTCGGGTGGCTGTCGGTTTTCAGCTCCCACACGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGCCAGGTCCATGCCCTTCAGGCCCGGGAAGCCGCGGGCAGCAGCGAt < 2:178318/149‑1 (MQ=255) gTACGGCAGGTCGGCAGCGTCGATGGTCGGGTGGCTGTCGGTTTTCAGCTCCCACACGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GTCCAGGTCCATGCCCTTCAGGCCCGGGAAGCCGCGGGCAGCAGCGATg < 4:284049/148‑1 (MQ=255) ggCAGGTCGGCAGCGTCGATGGTCGGGTGGCTGTCGGTTTTCAGCTCCCACACGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGCCAGGTCCATGCCCTTCAGGCCCGGGAAGCCGCGGGCAGCAGCGATGGCAGc < 1:351644/149‑1 (MQ=255) gTCGGCAGCGTCGATGGTCGGGTGGCTCTCGGTTTTCAGCTCCCACACGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGCCAGGTCCATGCCCTTCAGGCCCGGGAAGCCGCGGGCAGCAGCGATGGCAGcttctt > 3:299581/1‑149 (MQ=255) gTCGATGGTCGGGTGGCTGTCGGTTTTCAGCTCCCACACGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGCCAGGTCCATGCCCTTCAGGCCCGGGAAGCCGCGGGCAGCAGCGATGGCAGCTTCTTCGCTGAtgt > 6:119515/1‑149 (MQ=255) gATGGTCGGGTGGCTGTCGGTTTTCAGCTCCCACACGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGCCAGGTCCATGCCCTTCAGGCCCGGGAAGCCGCGGGCAGCAGCGATGGCAGCTTCTTCGCTGAtgttgt < 3:152710/149‑1 (MQ=255) ggTCGGGTGGCTGTCGGTTTTCAGCTCCCACACGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGCCAGGTCCATGCCCTTCAGGCCCGGGAAGCCGCGGGCAGCAGCGATGGCAGCTTCTTCGCTGATGTTGTCAc > 7:291960/1‑149 (MQ=255) gTCGTGTGGCTGTCGGTTTTCAGCTCCCACACGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGGGTAGTCGACCTT‑GGCGATGTCCATGCCCTTCAGGCCCGTGAAGCCGCGGGCAGCTTCGATGGCAGCTTCTTCGCTGATGTTGTGAc < 3:154853/148‑1 (MQ=255) gggTGGCTGTCGGTTTTCAGCTCCCACACGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGCCAGGTCCATGCCCTTCAGGCCCGGGAAGCCGCGGGCAGCAGCGATGGCAGCTTCTTCGCTGATGTTGTCACCCGc > 3:211272/1‑149 (MQ=255) gCTGTCGGTTTTCAGCTCCCACACGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGCCAGGTCCATGCCCTTCAGGCCCGGGAAGCCGCGGGCAGCAGCGATGGCAGCTTCTTCGCTGATGTTGTCACCCGCCAGaa > 2:103878/1‑149 (MQ=255) tCGGTTTTCAGCTCCCACACGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGCCAGGTCCATGCCCTTCAGGCCCGGGAAGCCGCGGGCAGCAGCGATGGCAGCTTCTTCGCTGATGTTGTCACCCGCCAGAATg > 6:193467/1‑147 (MQ=255) tCGGTTTTCAGCTCCCACACGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGCCAGGTCCATGCCCTTCAGGCCCGGGAAGCCGCGGGCAGCAGCGATGGCAGCTTCTTCGCTGATGTTGTCACCCGCCAGAATG‑Ca < 4:299581/149‑1 (MQ=255) cGGTTTTCAGCTCCCACACGCTGGAGCGCCACTCGTAACTTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGCCAGGTCCATGCCCTTCAGGCCCGGGAAGCCGCGGGCAGCAGCGATGGCAGCTTCTTCGCTGATGTTGTCACCCGCCAGAATC‑CAg < 3:219494/149‑1 (MQ=255) cGGTTTTCAGCTCCCACACGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGCCAGGTCCATGCCCTTCAGGCCCGGGAAGCCGCGGGCAGCAGCGATGGCAGCTTCTTCGCTGATGTTGTCACCCGCCAGAATG‑CAg > 6:235501/1‑149 (MQ=255) ggTTTTCAGCTCCCACACGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGCCAGGTCCATGCCCTTCAGGCCCGGGAAGCCGCGGGCAGCAGCGATGGCAGCTTCTTCGCTGATGTTGTCACCCGCCAGAATG‑CAg < 2:9632/148‑1 (MQ=255) gTTTTCAGCTCCCACACGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGCCAGGTCCATGCCCTTCAGGCCCGGGAAGCCGCGGGCAGCAGCGATGGCAGCTTCTTCGCTGATGTTGTCAccc > 5:249469/1‑135 (MQ=255) gTTTTCAGCTCCCACACGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGCCAGGTCCATGCCCTTCAGGCCCGGGAAGCCGCGGGCAGCAGCGATGGCAGCTTCTTCGCTGATGTTGTCAccc < 6:249469/135‑1 (MQ=255) gTTTTCAGCTCCCACACGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGCCAGGTCCATGCCCTTCAGGCCCGGGAAGCCGCGGGCAGCAGCGATGGCAGCTTCTTCGCTGATGTTGTCACCCGCCAGAATG‑CAGcc > 7:91075/1‑149 (MQ=255) ttttCAGCTCCCACACGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGCCAGGTCCATGCCCTTCAGGCCCGGGAAGCCGCGGGCAGCAGCGATGGCAGCTTCTTCg > 2:276998/1‑119 (MQ=255) ttttCAGCTCCCACACGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGCCAGGTCCATGCCCTTCAGGCCCGGGAAGCCGCGGGCAGCAGCGATGGCAGCTTCTTCg < 1:276998/119‑1 (MQ=255) cAGCTCCCACACGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGCCAGGTCCATGCCCTTCAGGCCCGGGAAGCCGCGGGCAGCAGCGATGGCAGCTTCTTCGCTGATGTTGTCACCCGCCAGAATG‑CAGCCGTTc < 2:140095/148‑1 (MQ=255) ccACACGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGCCAGGTCCATGCCCTTCAGGCCCGGGAAGCCGCGGGCAGCAGCGATGGCAGCTTCTTCGCTGATGTTGTCACCCGCCAGAATG‑CAGCCGTTCTGGgcgc > 8:292211/1‑149 (MQ=255) cacaCGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGCCAGGTCCATGCCCTTCAGGCCCGGGAAGCCGCGGGCAGCAGCGATGGCAGCTTCTTCGCTGATGTTGTCACCCGCCAGAATG‑CAGCCGTTCTGGGCGcc > 3:145454/1‑149 (MQ=255) acacGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGCCAGGTCCATGCCCTTCAGGCCCGGGAAGCCGCGGGCAGCCGCGATGGCAGCTTCTGCGCTGATGTTGTCACCCGCCAGAATG‑CCGCGGGTGTGGGGGccc > 8:318352/1‑149 (MQ=255) acacGCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGCCAGGTCCATGCCCTTCAGGCCCGGGAAGCCGCGGGCAGCAGCGATGGCAGCTTCTTCGCTGATGTTGTCACCCGCCAGAATG‑CAGCCGTTCTGGGCGccc > 3:316267/1‑149 (MQ=255) gCTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGCCAGGTCCATGCCCTTCAGGCCCGGGAAGCCGCGGGCAGCAGCGATGGCAGCTTCTTCGCTGATGTTGTCACCCGCCAGAATG‑CAGCCGTTCTGGGCGCCCtttt > 6:275717/1‑149 (MQ=255) cTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGCCAGGTCCATGCCCTTCAGGCCCGGGAAGCCGCGGGCTGCAGCGATGGCAGCTTCTTCGCTGATGTTGTCACCCGCCAGAATG‑CAg < 4:258311/129‑1 (MQ=255) cTGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGCCAGGTCCATGCCCTTCAGGCCCGGGAAGCCGCGGGCAGCAGCGATGGCAGCTTCTTCGCTGATGTTGTCACCCGCCAGAATG‑CAg > 3:258311/1‑129 (MQ=255) tGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGCCAGGTCCATGCCCTTCAGGCCCGGGAAGCCGCGGgca > 5:288964/1‑80 (MQ=255) tGGAGCGCCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGCCAGGTCCATGCCCTTCAGGCCCGGGAAGCCGCGGgca < 6:288964/80‑1 (MQ=255) gcgcCACTCGTAACGTTCCTTGGTGGAGACGACCTT‑GGCCAGGTCCATGCCCTTCAGGCCCGGGAAGCCGCGGGCAGCAGCGATGGCAGCTTCTTCGCTGATGTTGTCACCCGCCAGAATG‑CAGCCGTTCTGGGCGCCCTTTTCACGCa < 5:235501/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |