Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,537,075 | G→C | 17.7% | intergenic (+52/+51) | nadE → / ← PP_4870 | NH(3)‑dependent NAD(+) synthetase/azurin |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,537,075 | 0 | G | C | 17.7% | 106.3 / 4.2 | 53 | intergenic (+52/+51) | nadE/PP_4870 | NH(3)‑dependent NAD(+) synthetase/azurin |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (20/23); new base C (5/5); total (25/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TGCATGGGCAGCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGC‑‑‑GA‑ATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTGGAAGTGTC > NC_002947/5536929‑5537221 | tGCATGGGCAGCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCCC‑‑‑GA‑ATACGCCGGTGAACCCCCCGAc > 7:77563/1‑149 (MQ=255) ggCAGCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGC‑‑‑GA‑ATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTc < 5:125081/149‑1 (MQ=255) aGCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGC‑‑‑GA‑ATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTcgcg > 6:377748/1‑149 (MQ=255) gCCGGTTGACCAGGCATCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAATCGCGAACTGCCGTTGGCTCCTTTATAAGTGGCGTGCAGGATCGTGTTCACCCGC‑‑‑GA‑ATGCGTCGGTGGGTTCACCCTCGTATTCGCgg < 8:209303/149‑1 (MQ=21) gCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGC‑‑‑GA‑ATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCgg < 7:125882/149‑1 (MQ=255) gTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTAACCCGC‑‑‑GG‑ATTCGAGGGTGAACCCCCCGACGCCTTCGCGGGTg > 4:328440/1‑148 (MQ=255) cAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCCCCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGC‑‑‑GA‑ATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGc < 6:292565/149‑1 (MQ=255) cAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCTGGAGCGGGTGCCCCCGC‑‑‑GA‑ATGCGTCGGTGGGTTCACCCTCGTATTCGCGGGTGAACCCGCTCCt < 1:96904/149‑1 (MQ=21) gACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTAACCCGC‑‑‑CA‑AAAAGAGGGTGAACCCAACCCCGCCATAGCGGGTGAACCCCCGCCGGCACGGt > 4:115321/1‑148 (MQ=255) acacCATCGTCGCCCCCACCCGCAAGCCCCACCACCCGCGCGAACGGCCGTTCGCTCCTTTATACGGGGCCTGCAGGCGCGGGTTCACCCGC‑‑‑GA‑ATACGCGGGTGAACCCACCGACCCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTc < 4:97839/149‑1 (MQ=25) atcatcGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCCC‑‑‑GC‑ATACGAGGGTGGACCCACCGCCCCATTAGCGGGTGGACCCGCGCCGGCACGGGTCGc > 7:95909/1‑149 (MQ=255) ccgcccccACCTACCCCAACACCATCCACACCCCCCACCGGCCGTCCGCGCCTTTATATGGCGCCTGCCGCTGCGGCTCCACCCGC‑‑‑CA‑ATCCGCGGGGTAACCCACCCCCCCATTCGCGGGTCACCCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTc < 2:201931/143‑1 (MQ=255) aCCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTAACCCGC‑‑‑GA‑AAACGCGGGTTAACCCACCGACCCAATAGCGGGTGAACCCCCTACGGCAGGGTTCGCCGTCAGCCgtt > 4:267353/1‑148 (MQ=255) ccTACCGCACGCCCCAGCACAAGCGCCAACTGCCGTTCGTGGCTTTATACGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCGGG‑‑‑GA‑ATTGGTGGGTGAACCCACCGAGGCATTGGCGTGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGa < 6:277714/149‑1 (MQ=255) cTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGTGCGGGTTCACCCGC‑‑‑GA‑ATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGAt > 1:340755/1‑149 (MQ=255) aCCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTAACCCGC‑‑‑GA‑ATACGAGGGTGAACCCACCGACGCCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCGTTGaat > 7:205233/1‑146 (MQ=255) cGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTGACCCGC‑‑‑GG‑ATAAGAGGGTGGACCCCCCCCCCCCATAGCCGGTGCACCCGCGCCAGCACGGGTCGGCGGGCGCCGTTGAtttcg > 1:202547/1‑146 (MQ=255) cGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGC‑‑‑GA‑ATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACt < 5:377748/149‑1 (MQ=255) gCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGAGGGTTCACCCGCCTGGAGAAACG‑GGGATACGACACCCACACATTCGCGGGTGAACCCGCACCGGCAGGGTTGGCCGGCAGCGTTTGATTa > 1:303088/1‑149 (MQ=255) acgACCCACCACAAGCGCGAACTGCCGTGCGCTCCTTGATATGTGCCCTGCCGGCGCGGGTTCACCCGC‑‑‑TA‑ATACGAGGGTCAACCCACCGACGCATTCGCGGGTCAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGa < 2:202547/147‑1 (MQ=37) aGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTGACCCGC‑‑‑GC‑ATACGAGGGTGAACCCCCCGCCGCATTAGCGGGTGAACCCGCACCAGCAGGGTTCGCCGGGAGCCTTTGATTACTTGACGATGAc > 8:272769/1‑149 (MQ=255) caAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGC‑‑‑GA‑ATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTg < 7:272769/149‑1 (MQ=255) aaGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGC‑‑‑GA‑ATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGc < 3:267353/149‑1 (MQ=255) gcgcGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGC‑‑‑GA‑ATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCt < 6:354149/149‑1 (MQ=255) gagcgAACGGCAGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGC‑‑‑GA‑ATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCt > 1:252279/3‑149 (MQ=255) aCTGCCGTTCGCTCCTTGTTAAGTGGCCTGCAGGCGCGGGTTCACCCGC‑‑‑TA‑ATACGTGGGTTAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTtca < 3:115321/147‑1 (MQ=39) cggTTCGCGCCTTGATATCTGGCCTCCCGCCGCGGGTTCACCCGC‑‑‑TA‑ATAGCTGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCatcatc < 8:77563/146‑1 (MQ=37) gccTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGC‑‑‑TA‑ATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTgg < 8:205233/148‑1 (MQ=255) ttGAAAAGTGCCCTGCAGGAGGGGGTTCACCCGC‑‑‑TA‑ATACGAGGGTTAACCCACCGACGCATTCGCGGGTTAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTcatcat < 1:201065/136‑1 (MQ=37) gATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTGACCCCC‑‑‑GG‑AAAAGCCGGGGAACCCCCCCACCCCTTCGCGGGGGAACCCCCGCCGGCCCGGGTAGCCGGCCGCCATTGATTTCTTTGCGCAGACCATGCGGTTGATAATCGGGAGGTGGccccg > 2:11474/1‑147 (MQ=255) aGTGGCCTGCAGGTGCGGGTTCACCCGC‑‑‑TA‑ATACGAGGTTCAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGaa < 2:340755/148‑1 (MQ=255) aGTGGCCTGAATCAGCGGTTTCACCCGC‑‑‑TA‑ATACGCGGGTTAACCAACCCACGCATTCGCGGGTTAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAg < 5:309677/149‑1 (MQ=255) gTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGC‑‑‑GA‑ATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAgg < 7:336128/149‑1 (MQ=255) ggAGCGGGTTAACCCGC‑‑‑GA‑ATACGAGGGTGAACCCACCCACGCATTAGCGGGTGAACCCCCTCCTGCAGGGTTCGCCGTAAGCCTTTGATTAATTGCCGATGACCGTGGCTTTCATAATAGAGAGGTGGGCCGGGGAGGTGCagaat > 8:151889/1‑146 (MQ=255) gAGCGGGTTCACCCGC‑‑‑GA‑ATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGaagaag > 7:238203/1‑149 (MQ=255) ggTTCACCCGC‑‑‑GA‑ATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTa > 7:258216/1‑149 (MQ=255) cACCCGC‑‑‑GA‑ATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTca > 6:31573/1‑149 (MQ=255) aCCCGC‑‑‑GA‑ATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGCCCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTcac > 2:87647/1‑149 (MQ=255) ccGC‑‑‑GA‑ATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTcacca > 3:266983/1‑149 (MQ=255) acgctcta‑aTTCGAGGTTGAAGCCACCCTCGATTTGGCGGTTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTc < 3:20688/140‑1 (MQ=255) gAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCGGTAGTCACCACCGGCTTc > 7:283370/1‑147 (MQ=255) tcaccccACCGACTCATCCGTGGGTCAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTg < 7:237157/145‑1 (MQ=255) tcaaCCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTg < 8:95909/147‑1 (MQ=255) tGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTg < 8:238203/149‑1 (MQ=255) aCCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTGGaa < 5:31573/149‑1 (MQ=255) ccACCGACGCATTCGCGGGTGACCCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTGGAAgt < 3:328440/149‑1 (MQ=255) ccACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTGGAAgt > 5:278619/1‑149 (MQ=255) aCCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTa > 4:249593/1‑120 (MQ=255) aCCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTa < 3:249593/120‑1 (MQ=255) aCCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTGGAAgtgt > 3:271171/1‑149 (MQ=255) aCCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTGGAAgtgt > 5:328878/1‑149 (MQ=255) ccGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTGGAAGTGTc < 2:303088/149‑1 (MQ=255) cGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTGGAAGTGTc > 8:74395/1‑148 (MQ=255) | TGCATGGGCAGCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGC‑‑‑GA‑ATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTGGAAGTGTC > NC_002947/5536929‑5537221 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |