Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,610,649 | A→G | 6.7% | K22E (AAG→GAG) | emrE → | small multidrug resistance protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,610,649 | 0 | A | G | 6.7% | 262.4 / 6.8 | 89 | K22E (AAG→GAG) | emrE | small multidrug resistance protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (40/43); new base G (3/3); total (43/46) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.89e-01 |
CTATCTCCCATATCGATAGGTAATGACTTTACCCCATCCAGGCAACGTCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAA‑GGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTT‑GCCACTGCTGCTGATGGTGGT‑TGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTGGGGATTGTGCTGA > NC_002947/5610504‑5610796 | cTATCTCCCATATCGATAGGTAATGACTTTACCCCATCCAGGCAACGTCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAA‑gg > 2:19596/1‑149 (MQ=255) cTATCTCCCATATCGATAGGTAATGACTTTACCCCATCCAGGCAACGTCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAA‑gg < 6:184476/149‑1 (MQ=255) cTATCTCCCATATCGATAGGTAATGACTTTACCCCATCCAGGCAACGTCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAA‑gg > 7:91179/1‑149 (MQ=255) cTATCTCCCATATCGATAGGTAATGACTTTACCCCATCCAGGCAACGTCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAA‑gg < 5:109586/149‑1 (MQ=255) tATCTCCCATATCGATAGGTAATGACTTTACCCCATCCAGGCAACGTCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCAATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAA‑GGc > 2:79167/1‑149 (MQ=255) cccATATCGATAGGTAATGACTTTACCCCATCCAGGCAACGTCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTTCATCGA‑GGCGGTgg < 7:292676/149‑2 (MQ=255) cccATATCGATAGGTAATGACTTTACCCCATCCAGGCAACGTCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTTCATCGA‑GGCGGTgg < 4:10182/149‑2 (MQ=255) ccATATCGATAGGTAATGACTTTACCCCATCCAGGCAACGTCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAA‑GGCgg < 4:238674/145‑1 (MQ=255) tatCGATACGTAATGACTTTACCCCATCAAGGCAACGTCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAA‑GGCGGTGAAAgg < 4:277942/149‑1 (MQ=255) tCGATAGGTAATGACTTTACCCCATCCAGGCAACGTCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTTCATCGA‑GGCGGTggcgatga < 5:363693/149‑8 (MQ=255) cGATAGGTAATGACTTTACCCCATCCAGGCAACGTCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAA‑GGCGGTGAAAGGCCt > 2:264807/1‑149 (MQ=255) gATAGGTAATGACTTTACCCCATCCAGGCAACGTCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAA‑GGCGGTGAAAGGCCt < 3:195008/148‑1 (MQ=255) aTAGGTAATGACTTTACCCCATCCAGGCAACGTCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAA‑GGCGGTGAAAGGCCTGa < 5:45552/149‑1 (MQ=255) tAGGTAATGACTTTACCCCATCCAGGCAACGTCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAA‑GGCGGTGAAAGGCCTGa < 7:260714/148‑1 (MQ=255) ggTAATGACTTTACCCCATCCAGGCAACGTCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAA‑GGCGGTGAAAGGCCTGAGc < 5:165774/148‑1 (MQ=255) gTAATGACTTTACCCCATCCAGGCAACGTCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAA‑GGCGGTGAAAGGCCTGAGCAc < 8:55028/149‑1 (MQ=255) tAATGACTTTACCCCATCCAGGCAACGTCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAA‑GGCGGTGAAAGGCCt > 2:169902/1‑142 (MQ=255) tAATGACTTTACCCCATCCAGGCAACGTCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAA‑GGCGGTGAAAGGCCt < 1:169902/142‑1 (MQ=255) aCTTTACCCCATCCAGGCAACGTCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAA‑GGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGtt > 5:324922/1‑149 (MQ=255) tttACCCCATCCAGGCAACGTCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAA‑GGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTT‑Gc > 6:324196/1‑149 (MQ=255) tttACCCCATCCAGGCAACGTCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAA‑GGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTT‑Gc > 3:24082/1‑149 (MQ=255) tttACCCCATCCAGGCAACGTCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATCAA‑GGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCCTT‑Gc > 8:223507/1‑149 (MQ=255) aCCCCATCCAGGCAAGGTCTAGAATGCCCGCTGAGTAACGGAGGATGCTGCCTTGAATGCCTATACCTACCTCGGCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAA‑GGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTT‑GCCa < 7:183028/148‑1 (MQ=255) aCCCCATCCAGGCAACGTCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAA‑GGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTT‑GCCa < 7:188261/148‑1 (MQ=255) aCCCCATCCAGCCAACGTCTAGAATGCCCTCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTCTACCTACCTCGCCAATGCCATCTGCGCCGAAGTCAGCGCCACCGCCTCTATGAA‑GGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTT‑GCCa < 6:315797/148‑1 (MQ=255) cAGGCAACGTCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAA‑GGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTT‑GCCActgctgct < 1:340457/148‑1 (MQ=255) aGGCAACGTCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAA‑GGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTT‑GCCACTGCTGCTGa > 1:243955/1‑149 (MQ=255) gCAACGTCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAA‑GGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTT‑GCCACTGCTGCTGAtg < 4:24082/149‑1 (MQ=255) aaCGTCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAA‑GGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTT‑GCCACTGCTGCTGAtggt > 1:203505/1‑149 (MQ=255) aaCGTCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAA‑GGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTT‑GCCACTGCTGCTGAtggt > 8:178525/1‑149 (MQ=255) aCGTCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAACGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTT‑GCCACTGCTGCTGAtggt < 1:264807/149‑1 (MQ=255) cGTCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAA‑GGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTT‑GCCACTGCTGCTGAtggtgg > 8:143793/1‑149 (MQ=255) tCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAA‑GGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTT‑GCCACTGCTGCTGATGGTGGt‑t < 7:178525/149‑1 (MQ=255) 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aTCGCCACCGCCTCGATGAA‑GGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTT‑GCCACTGCTGCTGATGGTGGT‑TGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCggg < 4:112055/149‑1 (MQ=255) tCGCCACCGGCTCGATGAA‑GGCGGTGAAAGGCCTGCGCACGCCGTT‑GCCACTGCTGGTGATGGTGGT‑TGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGGATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCgggg < 7:92455/149‑1 (MQ=255) tCGCCACCGCCTCGATGAA‑GGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTT‑GCCACTGCTGCTGATGGTGGT‑TGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTggg > 6:50357/1‑124 (MQ=255) ctttcACCGCCTTCATCGA‑GGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTT‑GCCACTGCTGCTGATGGTGGT‑TGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCgggg > 2:6062/5‑149 (MQ=255) tttcACCGCCTTCATCGA‑GGCGGTGGAAGGCATGAGCACGCCGTT‑GCCACTGCTGCTGATGGTGGT‑TGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGc > 1:190789/4‑149 (MQ=255) ttccACCGCCTCGATGAA‑GGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTT‑GCCACTGCTGCTGATGGTGGT‑TGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGc > 7:225840/3‑149 (MQ=255) cGCCACCGCCTCGATGAA‑GGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTT‑GCCACTGCTGCTGATGGTGGT‑TGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCt > 4:186610/1‑131 (MQ=255) cGCCACCGCCTCGATGAA‑GGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTT‑GCCACTGCTGCTGATGGTGGT‑TGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCt < 3:186610/131‑1 (MQ=255) tcACCGCCTTCATCGA‑GGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTT‑GCCACTGCTGCTGATGGTGGT‑TGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTg > 7:14390/2‑149 (MQ=255) ccACCGCCTCGATGAA‑GGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTT‑GCCACTGCTGCTGATGGTGGT‑TGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTg > 6:264271/1‑149 (MQ=255) ccACCGCCTCGATGAA‑GGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTT‑GCCACTGCTGCTGATGGTGGT‑TGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTg > 2:69735/1‑149 (MQ=255) ccGCCTCGATGAA‑GGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTT‑GCCACTGCTGCTGATGGTGGT‑TGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTggg > 5:253992/1‑148 (MQ=255) ccTCGATGAA‑GGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTT‑GCCACTGCTGCTGATGGTGGT‑TGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTGGGGAtt < 7:84716/149‑1 (MQ=255) ccTCGATGAA‑GGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTT‑GCCACTGCTGCTGATGGTGGT‑TGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTGGGGAtt < 1:127504/149‑1 (MQ=255) gATGAA‑GGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTT‑GCCACTGCTGCTGATGGTGGT‑TGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTGGGGATTGTGc > 7:57328/1‑149 (MQ=255) gATGAA‑GGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTT‑GCCACTGCTGCTGATGGTGGT‑TGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTGGGGATTGTGc > 4:83561/1‑149 (MQ=255) aa‑GGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTT‑GCCACTGCTGCTGATGGTGGT‑TGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTGGGGATTGTGCTGa < 6:98519/148‑1 (MQ=255) | CTATCTCCCATATCGATAGGTAATGACTTTACCCCATCCAGGCAACGTCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAA‑GGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTT‑GCCACTGCTGCTGATGGTGGT‑TGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTGGGGATTGTGCTGA > NC_002947/5610504‑5610796 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |