| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,881,396 | C→T | 7.5% | intergenic (‑158/‑44) | PP_5154 ← / → serA | FAD‑binding oxidoreductase/bifunctional D‑3‑phosphoglycerate dehydrogenase/alpha‑ketoglutarate reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,881,396 | 0 | C | T | 7.5% | 233.6 / 6.8 | 81 | intergenic (‑158/‑44) | PP_5154/serA | FAD‑binding oxidoreductase/bifunctional D‑3‑phosphoglycerate dehydrogenase/alpha‑ketoglutarate reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (38/36); new base T (3/3); total (42/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.30e-01 | |||||||||||
ATAACAGCGGGGTGGGTCATCGCTGGAACTCTCGACTTATTCATGGTCACCCTGAGCACTCTTCACCTGTCGGGATAAGCTCAGATTGTGTCGCGTATGCTAGCATAGCCCTCCCGCTGTTCATGCTAAGGCTGCCCTCGCGCCTGGCATCACCCCTCGCCAATTTATCTCCGGGATACAGGTTTACGCAGATGAGCAAGACTTCTCTCGACAAGAGCAAGATCCGGTTCCTTCTTCTTGAAGGTGTGCACCAGAACGCGGTCGATACCCTCAAGGCCGCCGGCTACACCAACATC > NC_002947/5881249‑5881544 | aTAACAGCGGGGTGGGTCATCGCTGGAACTCTCGACTTATTCATGGTCACCCTGAGCACTCTTCACCTGTCGGGATAAGCTCAGATTGTGTCGCGTATGCTAGCATAGCCCTCCCGCTGTTCATGCTAAGGCTGCCCTCGCGCCTGGc > 6:46078/1‑148 (MQ=255) tAACAGCGGGGTGGGTCATCGCTGGAACTCTCGACTTATTCATGGTCACCCTGAGCACTCTTCACCTGTCGGGATAAGCTCAGATTGTGTCGCGTATGCTAGCATAGCCCTCCCGCTGTTCATGCTAAGGCTGCCCTCGCGCCTGGCAt < 6:142656/149‑1 (MQ=255) cAGCGGGGTGGGTCATCGCTGGAACTCTCGACTTATTCATGGTCACCCTGAGCACTCTTCACCTGTCGGGATAAGCTCAGATTGTGTCGCGTATGCTAGCATAGCCCTCCCGCTGTTCATGCTAAGGCTGCCCTCGCGCCTGGCATCAc < 7:51307/149‑1 (MQ=255) aGCGGGGTGGGTCATCGCTGGAACTCTCGACTTATTCATGGTCACCCTGAGCACTCTTCACCTGTCGGGATAAGCTCAGATTGTGTCGCGTATGCTAGCATAGCCCTCCCGCTGTTCATGCTAAGGCTGCCCTCGCGCCTGGCATCAcc > 1:358992/1‑149 (MQ=255) gtgggtCATCGCTGGAACTCTCGACTTATTCATGGTCACCCTGAGCACTCTTCACCTGTCGGGATAAGCTCAGATTGTGTCGCGTATGCTAGCATAGCCCTCCCGCTGTTCATGCTAAGGCTGCCCTCGCGCCTGGCATCACCCCTCGc < 6:234879/149‑1 (MQ=255) ggtCATCGCTGGAACTCTCGACTTATTCATGGTCACCCTGAGCACTCTTCACCTGTCGGGATAAGCTCAGATTGTGTCGCGTATGCTAGCATAGCCCTCCCGCTGTTCATGCTAAGGCTGCCCTCGCGCCTGGCATCACCCCTCGCCaa < 3:23226/149‑1 (MQ=255) gCTGGAACTCTCGACTTATTCATGGTCACCCTGAGCACTCTTCACCTGTCGGGATAAGCCCAGATTGTGTCGCGTATGCTAGCATAGCCCTCCCGCTGTTCATGCTAAGGCTGCCCTCGCGCCTGGCATCACCCCTCGCCAATTTAtct > 3:91671/1‑149 (MQ=255) cTGGAACTCTCGACTTATTCATGGTCACCCTGAGCACTCTTCACCTGTCGGGATAAGCTCAGATTGTGTCGCGTATGCTAGCATAGCCCTCCCGCTGTTCATGCTAAGGCTGCCCTCGCGCCTGGCATCACCCCTCGCCAATTTAtctc > 3:87972/1‑149 (MQ=255) cTGGAACTCTCGACTTATTCATGGTCACCCTGAGCACTCTTCACCTGTCGGGATAAGCTCAGATTGTGTCGCGTATGCTAGCATAGCCCTCCCGCTGTTCATGCTAAGGCTGCCCTCGCGCCTGGCATCACCCCTCGCCAATTTAtctc > 3:82750/1‑149 (MQ=255) ctctCGACTTATTCATGGTCACCCTGAGCACTCTTCACCTGTCGGGATAAGCTCAGATTGTGTCGCGTATGCTAGCATAGCCCTCCCGCTGTTCATGCTAAGGCTGCCCTCGCGCCTGGCATCACCCCTCGCCAATTTATCTCCGGGAt < 5:46078/149‑1 (MQ=255) tcGACTTATTCATGGTCACCCTGAGCACTCTTCACCTGTCGGGATAAGCTCAGATTGTGTCGCGTATGCTAGCATAGCCCTCCCGCTGTTCATGCTAAGGCTGCCCTCGCGCCTGGCATCACCCCTCGCCAATTTATCTCCGGGATa > 6:249860/1‑147 (MQ=255) tcGACTTATTCATGGTCACCCTGAGCACTCTTCACCTGTCGGGATAAGCTCAGATTGTGTCGCGTATGCTAGCATAGCCCTCCCGCTGTTCATGCTAAGGCTGCCCTCGCGCCTGGCATCACCCCTCGCCAAGTTATCTCCGGGATa > 4:44406/1‑147 (MQ=255) cTTATTCATGGTCACCCTGAGCACTCTTCACCTGTCGGGATAAGCTCAGATTGTGTCGCGTATGCTAGCATAGCCCTCCCGCTGTTCATGCTAAGGCTGCCCTCGCGCCTGGCATCACCCCTCGCCAATTTATCTCCGGGATACAGGtt > 7:182225/1‑149 (MQ=255) ttCATGGTCACCCTGAGCACTCTTCACCTGTCGGGATAAGCTCAGATTGTGTCGCGTATGCTAGCATAGCCCTCCCGCTGTTCATGCTAAGGCTGCCCTCGCGCCTGGCATCACCCCTCGCCAATTTATCTCCGGGATACAGGTTTACg > 1:6733/1‑149 (MQ=255) aTGGTCACCCTGAGCACTCTTCACCTGTCGGGATAAGCTCAGATTGTGTCGCGTATGCTAGCATAGCCCTCCCGCTGTTCATGCTAAGGCTGCCCTCGCGCCTGGCATCACCCCTCGCCAATTTATCTCCGGGATACAGGTTTGCGCa < 8:293528/148‑1 (MQ=255) ggTCACCCTGAGCACTCTTCACCTGTCGGGATAAGCTCAGATTGTGTCGCGTATGCTAGCATAGCCCTCCCGCTGTTCATGCTAAGGCTGCCCTCGCGCCTGGCATCACCCCTCGCCAATTTATCTCCGGGATACAGGTTTACGCAGAt > 3:273896/1‑149 (MQ=255) gTCACCCTGAGCACTCTTCACCTGTCGGGATAAGCTCAGATTGTGTCGCGTATGCTAGCATAGCCCTCCCGCTGTTCATGCTAAGGCTGCCCTCGCGCCTGGTATCACCCCTCGCCAATTTATCTCCGGGATACAGGTTTACGCAGAt > 5:283781/1‑148 (MQ=255) gTCACCCTGAGCACTCTTCACCTGTCGGGATAAGCTCAGATTGTGTCGCGTATGCTAGCATAGCCCTCCCGCTGTTCATGCTAAGGCTGCCCTCGCGCCTGGCATCACCCCTCGCCAATTTATCTCCGGGATACAGGTTTACGCAGAt < 6:156433/148‑1 (MQ=255) gTCACCCTGAGCACTCTTCACCTGTCGGGATAAGCCCAGATTGTGTCGCGTATGCTAGCATAGCCCTCCCGCTGTTCATGCTAAGGCTGCCCTCGCGCCTGGCATCACCCCTCGCCAATTTATCTCCGGGATACAGGTTTACGCAGAt < 4:91671/148‑1 (MQ=255) aCCCTGAGCACTCTTCACCTGTCGGGATAAGCTCAGATTGTGTCGCGTATGCTAGCATAGCCCTCCCGCTGTTCATGCTAAGGCTGCCCTCGCGCCTGGCATCACCCCTCGCCAATTTATCTCGGGGATACAGGTTTACGCAGATGAg > 8:87486/1‑148 (MQ=255) cccTGAGCACTCTTCACCTGTCGGGATAAGCTCAGATTGTGTCGCGTATGCTAGCATAGCCCTCCCGCTGTTCATGCTAAGGCTGCCCTCGCGCCTGGCATCACCCCTCGCCAATTTATCTCCGGGATACAGGTTTACGCAGATGAGc > 3:47528/1‑148 (MQ=255) ccTGAGCACTCTTCACCTGTCGGGATAAGCTCAGATTGTGTCGCGTATGCTAGCATAGCCCTCCCGCTGTTCATGCTAAGGCTGCCCTCGCGCCTGGCATCATCCCTCGCCAATTTATCTCCGGGATACAGGTTTACGCAGATGAGc > 8:309242/1‑147 (MQ=255) ccTGAGCACTCTTCACCTGTCGGGATAAGCTCAGATTGTGTCGCGTATGCTAGCATAGCCCTCCCGCTGTTCATGCTAAGGCTGCCCTCGCGCCTGGCATCACCCCTCGCCAATTTATCTCCGGGATACAGGTTTACGCAGATGAGc > 5:71612/1‑147 (MQ=255) ccTGAGCACTCTTCACCTGTCGGGATAAGCTCAGATTGTGTCGCGTATGCTAGCATAGCCCTCCCGCTGTTCATGCTAAGGCTGCCCTCGCGCCTGGCATCACCCCTCGCCAATTTATCTCCGGGATACAGGTTTACGCAGATGAGCaa < 4:87972/149‑1 (MQ=255) ccTGAGCACTCTTCACCTGTCGGGATAAGCTCAGATTGTGTCGCGTATGCTAGCATAGCCCTCCCGCTGTTCATGCTAAGGCTGCCCTCGCGCCTGGCATCACCCCTCGCCAATTTATCTCCGGGATACAGGTTTACGCAGATGAGCaa < 4:82750/149‑1 (MQ=255) ccTGAGCACTCTTCACATGTCGGGATAAGCTCAGATTGTGTCGCGTAAGCTAGCATAGACCTCCCGCTGTTCATGCTAAGGAAGCCCTAGCGCCTCGCATCACCCCTCGCCAATTTATCACCGGTATAGAGGTTTACGCATATGAga > 8:151959/1‑146 (MQ=255) cTGAGCACTCTTCACCTGTCGGGATAAGCTCAGATTGTGTCGCGTATGCTAGCATAGCCCTCCCGCTGTTCATGCTAAGGCTGCCCTCGCGCCTGGCATCACCCCTCGCCAATTTATCTCCGGGATACAGGTTTACGCAGATGAGc > 3:344223/1‑146 (MQ=255) cACTCTTCACCTGTCGGGATAAGCTCAGATTGTGTCGCGTATGCTAGCATAGCCCTCCCGCTGTTCATGCTAAGGCTGCCCTCGCGCCTGGTATCACCCCTCGCCAATTTATCTCCGGGATACAGGTTTACGCAGATGAGCAAGACtt < 6:283781/148‑1 (MQ=255) aCTCTTCACCTGTCGGGATAAGCTCAGATTGTGTCGCGTATGCTAGCATAGCCCTCCCGCTGTTCATGCTAAGGCTGCCCTCGCGCCTGGCATCACCCCTCGCCAATTTATCTCCGGGATACAGGTTTACGCAGATGAGCAAGACTtct > 2:145252/1‑149 (MQ=255) ctctTCACCTGTCGGGATAAGCTCAGATTGTGTCGCGTATGCTAGCATAGCCCTCCCGCTGTTCATGCTAAGGCTGCCCTCGCGCCTGGCATCATCCCTCGCCAATTTATCTCCGGGATACAGGTTTACGCAGATGAGCAAGACTtctc < 7:309242/149‑1 (MQ=255) tctTCACCTGTCGGGATAAGCTCAGATTGTGTCGCGTATGCTAGCATAGCCCTCCCGCTGTTCATGCTAAGGCTGCCCTCGCGCCTGGCATCACCCCTCGCCAATTTATCTCCGGGATACAGGTTTACGCAGATGAGCAAGACTtctct > 1:299755/1‑149 (MQ=255) ttCACCTGTCGGGATAAGCTCAGATTGTGTCGCGTATGCTAGCATAGCCCTCCCGCTGTTCATGCTAAGGCTGCCCTCGCGCCTGGCATCACCCCTCGCCAATTTATCTCCGGGATACAGGTTTACGCAGATGAGCAAGACTtctct < 7:188498/147‑1 (MQ=255) cACCTGTCGGGATAAGCTCAGATTGTGTCGCGTATGCTAGCATAGCCCTCCCGCTGTTCATGCTAAGGCTGCCCTCGCGCCTGGCATCACCCCTCGCCAATTTATCTCCGGGATACAGGTTTACGCAGATGAGCAAGACTtctct < 7:193747/145‑1 (MQ=255) aCCTGTCGGGATAAGCTCAGATTGTGTCGCGTATGCTAGCATAGCCCTCCCGCTGTTCATGCTAAGGCTGCCCTCGCGCCTGGCATCACCCCTCGCCAATTTATCTCCGGGATACAGGTTTACGCAGATGAGCAAGACTTCTCTCGAc > 2:74518/1‑148 (MQ=255) aCCTGTCGGGATAAGCTCAGATTGTGTCGCGTATGCTAGCATAGCCCTCCCGCTGTTCATGCTAAGGCTGCCCTCGCGCCTGGCATCACCCCTCGCCAATTTATCTCCGGGATACAGGTTTACGCAGATGAGCAAGACTTCTCTCGAc > 4:266801/1‑148 (MQ=255) tCGGGATAAGCTCAGATTGTGTCGCGTATGCTAGCATAGCCCTCCCGCTGTTCATGCTAAGGCTGCCCTCGCGCCTGGCATCACCCCTCGCCAATTTATCTCCGGGATACAGGTTTACGCAGATGAGCAAGACTTCTCTCGACAaga < 1:74518/147‑1 (MQ=255) tCGGGATAAGCTCAGATTGTGTCGCGTATGCTAGCATAGCCCTCCCGCTGTTCATGCTAAGGCTGCCCTCGCGCCTGGCATCACCCCTCGCCAATTTATCTCCGGGATACAGGTTTACGCAGATGAGCAAGACTTCTCTCGACAAGAGc < 1:185065/149‑1 (MQ=255) tCGGGATAAGCTCAGATTGTGTCGCGTATGATAGAATAGCCCTCCCGCTGTTCATGCTAAGGCTGCCCTCGCGCCTGGTATCACACCTCGCCAATTTATCTCCGGGATAAAGGTTTAAGCAGATGAGCAAGACTTCTCTAGAAAagag > 4:99581/1‑148 (MQ=255) tCGGGATAAGCTCAGATAGTCTCGCCAATGATACAATAGCCCTCCCGCTGTTCATGCTAAGGCTGCCCTCGCGCCTGGTATAACACGTCGGCTATATATCTACCGGTAACAGGATAACGCAGATGAGCAAGAGTTCTCTTCAGAagag > 4:104790/1‑148 (MQ=255) ctggATAAGCTCAGATTGTGTCGCTTATGCTAGCATAGCCCTCCCGATGTTCATGCTAAGGCTGCACTCGCGCCTTGCATCACCCCTCGCCAATTTATCTCCGGGATACAGGTTTACGCAGATGAGCAAGACTTCTCTCGACAAGAGc < 3:44406/146‑1 (MQ=255) cGGGATAAGCTCAGATTGTGTCGCGTATGCTAGCATAGCCCTCCCGCTGTTCATGCTAAGGCTGCCCTCGCGCCTGGCATCACCCCTCGCCAATTTATCTCCGGGATACAGGTTTACGCAGATGAGCAAGACTTCTCTCGACAAGAGc < 6:71612/148‑1 (MQ=255) gggATAAGCTCAGATTGTGTCGCGTATGCTAGCATAGCCCTCCCGCTGTTCATGCTAAGGCTGCCCTCGCGCCTGGCATCACCCCTCTCCAATTTATCTCCGTGTTACTGGTTTACGCAGATGATCAAGACTTCTCTCGACAAGAGct < 2:271711/148‑2 (MQ=255) gggATAAGCTCAGATTGTGTCGCGTATGCTAGCATAGCCCTCCCGCTGTTCATGCTAAGGCTGCCCTCGCGCCTGGCATCACCCCTCGCCAATTTATCTCCGGGATACAGGTTTACGCAGATGAGCAAGACTTCTCTCGACAAGAGCaa > 5:28170/1‑149 (MQ=255) ggATAAGCTCAGATTGTGTCGCGTATGCTAGCATAGCCCTCCCGCTGTTCATGCTAAGGCTGCCCTCGCGCCTGGCATCACCCCTCGCCAATTTATCTCCGGGAt > 5:87618/1‑105 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3:104790/145‑1 (MQ=255) tCGCGTATGCTAGCATAGCCCTCCCGCTGTTCATGCTAAGGCTGCCCTCGCGCCTGGTATCACCCCTCGCCAATTTATCTCCGGGATACAGGTTTACGCAGATGAGCAAGACTTCTCTCGACAAGAGCAAGATCCGGTTCcttcttct < 3:99581/148‑1 (MQ=255) tCGCGTATGCTAGCATAGCCCTCCCGCTGTTCATGCTAAGGCTGCCCTCGCGCCTGGCATCACCCCTCGCCAATTTATCTCCGGGATACAGGTTTACGCAGATGAGCAAGACTTCTCTCGACAAGAGCAAGATCCGGTTCcttcttctt < 2:6733/149‑1 (MQ=255) gcgTATGCTAGCATAGCCCTCCCGCTGTTCATGCTAAGGCTGCCCTCGCGCCTGGCATCACCCCTCGCCAATTTATCTCCGGGATACAGGTTTACGCAGATGAGCAAGACTTCTCTCGACAAGAGCAAGATCCGGTTCCTTCTTCTTg < 1:145252/148‑1 (MQ=255) gcgTATGCTAGCATAGCCCTCCCGCTGTTCATGCTAAGGCTGCCCTCGCGCCTGGCATCACCCCTCGCCAATTTATCTCCGGGATACAGGTTTACGCAGATGAGCAAGACTTCTCTCGACAAGAGCAAGATCCGGTTCCTTCTTCTTg > 1:104107/1‑148 (MQ=255) gcgTATGCTAGCATAGCCCTCCCGCTGTTCATGCTAAGGCTGCCCTCGCGCCTGGCATCACCCCTCGCCAATTTATCTCCGGGATACAGGTTTACGCAGATGAGCAAGACTTCTCTCGACAAGAGCAAGATCCGGTTCCTTCTTCTTg < 5:163941/148‑1 (MQ=255) 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2:299755/149‑1 (MQ=255) cATCACCCCTCGCCAATTTATCTCCGGGATACAGGTTTACGCAGATGAGCAAGACTTCTCTCGACAAGAGCAAGATCCGGTTCCTTCTTCTTGAAGGTGTGCACCAGAACGCGGTCGATACCCTCAAGGCCGCCGGCTACACCAACATc < 8:79299/149‑1 (MQ=255) | ATAACAGCGGGGTGGGTCATCGCTGGAACTCTCGACTTATTCATGGTCACCCTGAGCACTCTTCACCTGTCGGGATAAGCTCAGATTGTGTCGCGTATGCTAGCATAGCCCTCCCGCTGTTCATGCTAAGGCTGCCCTCGCGCCTGGCATCACCCCTCGCCAATTTATCTCCGGGATACAGGTTTACGCAGATGAGCAAGACTTCTCTCGACAAGAGCAAGATCCGGTTCCTTCTTCTTGAAGGTGTGCACCAGAACGCGGTCGATACCCTCAAGGCCGCCGGCTACACCAACATC > NC_002947/5881249‑5881544 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |