| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 6,064,577 | A→T | 7.7% | intergenic (+18/+16) | ubiA → / ← PP_5319 | 4‑hydroxybenzoate octaprenyltransferase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,064,577 | 0 | A | T | 7.7% | 256.7 / 6.6 | 86 | intergenic (+18/+16) | ubiA/PP_5319 | 4‑hydroxybenzoate octaprenyltransferase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (38/41); new base T (4/3); total (42/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.10e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.60e-01 | |||||||||||
CGTGCTTTGCCTGGGAATACTGGTCAACGCGCAAGCTGGACCGGGAATCGTGCTTCAAGGCATTTCTGCACAACCACTGGGCGGGGATGCTGGTGTTTATCGGAGTTGTGCTGGATTACGCGTTGCGCTGAGTAGTTTGGGGCCGCAGAGCGGCCCCGGCTATCTCATGGCTTGGCAACGTGCCAGACGTCTTTCATGCCGTCACCGGTCATGTCACCGGCCTTCTTGTCCTTGATGAAGGTATACAGCGGCTTGCCGTCGTAAGCCCACTGCATCGAACCGTCGTCACGCGTTA > NC_002947/6064429‑6064723 | cgTGCTTTGCCTGGGAATACTGGTCAACGCGCAAGCTGGACCGGGAATCGTGCTTCAAGGCATTTCTGCACAACCACTGGGCGGGGATGCTGGTGTTTATCGGAGTTGTGCTGGATTACGCGTTGCGCTGAGTAGTTTGGGGCCGCaga < 1:36014/149‑1 (MQ=255) gTGCTTTGCCTGGGAATACTGGTCAACGCGCAAGCTGGACCGGGAATCGTGCTTCAAGGCATTTCTGCACAACCACTGGGCGGGGATGCTGGTGTTTATCGGAGTTGTGCTGGATTACGCGTTGCGCTGAGTAGTTTGGGGCCGCagag > 7:109379/1‑149 (MQ=255) gCTTTGCCTGGGAATACTGGTCAACGCGCAAGCTGGACCGGGAATCGTGCTTCAAGGCATTTCTGCACAACCACTGGGCGGGGATGCTGGTGTTTATCGGAGTTGTGCTGGATTACGCGTTGCGCTGAGTAGTTTGGGGCCGCAGAGCg < 6:304228/149‑1 (MQ=255) cTTTGCCTGGGAATACTGGTCAACGCGCAAGCTGGACCGGGAATCGTGCTTCAAGGCATTTCTGCACAACCACTGGGCGGGGATGCTGGTGTTTATCGGAGTTGTGCTGGATTACGCGTTGCGCTGAGTAGTTTGGGGCCGCAGAGCgg > 2:130684/1‑149 (MQ=255) cTTTGCCTGGGAATACTGGTCAACGCGCAAGCTGGACCGGGAATCGTGCTTCAAGGCATTTCTGCACAACCACTGGGCGGGGATGCTGGTGTTTATCGGAGTTGTGCTGGATTACGCGTTGCGCTGAGTAGTTTGGGGCCGCAGAGCgg > 3:303046/1‑149 (MQ=255) tttGCCTGGGAATACTGGTCAACGCGCAAGCTGGACCGGGAATCGTGCTTCAAGGCATTTCTGCACAACCACTGGGCGGGGATGCTGGTGTTTATCGGAGTTGTGCTGGATTACGCGTTGCGCTGAGTAGTTTGGGGCCGCAGAGCGGc > 6:285675/1‑149 (MQ=255) ccTGGGAATACTGGTCAACGCGCAAGCTGGACCGGGAATCGTGCTTCAAGGCATTTCTGCACAACCACTGGGCGGGGATGCTGGTGTTTATCGGAGTTGTGCTGGATTACGCGTTGCGCTGAGTAGTTTGGGGCCGCAGAGCGGCCCCg < 2:277762/149‑1 (MQ=255) ggAATACTGGTCAACGCGCAAGCTGGACCGGGAATCGTGCTTCAAGGCATTTCTGCACAACCACTGGGCGGGGATGCTGGTGTTTATCGGAGTTGTGCTGGATTACGCGTTGCGCTGAGTAGTTTGGGGCCGCTCTGCGGccccaaa < 4:218258/147‑4 (MQ=255) ggAATACTGGTCAACGCGCAAGCTGGACCGGGAATCGTGCTTCAAGGCATTTCTGCACAACCACTGGGCGGGGATGCTGGTGTTTATCGGAGTTGTGCTGGATTACGCGTTGCGCTGAGTAGTTTGGGGCCGCAGAGCGGCCCCGGCt < 7:17012/148‑1 (MQ=255) tGGTCAACGCGCAAGCTGCACCGGGAATCGTGCTTCAAGGCATTTCTGCACAACCACTGGGCGGGGATGCTGGTGTTTATAGGAGTTGTGCTGGATTACGCGTTGCGCTGAGTAGTTTGGGGCCGCAGAGCGTCCCCGGCTATATCATg > 8:80519/1‑149 (MQ=255) gTCAACGCGCAAGCTGGACCGGGAATCGTGCTTCAAGGCATTTCTGCACAACCACTGGGCGGGGATGCTGGTGTTTATCGGAGTTGTGCTGGATTACGCGTTGCGCTGAGTAGTTTGGGGCCGCAGAGCGGCCCCGGCTATCTCATGGc > 8:343968/1‑149 (MQ=255) aaCGCTCAAGGTGGACGGGGAATCGTGCTTCATGGCATTTCTGCAAAACCACTGGGCGGGGATGCTGGTGTTTATCGGAGTTGTGCTGGATTACGCGTTGCGCTGAGTAGTTTGGGGCCGCAGAGCGGCCCCGGCTATCTCATGGCtt < 6:222081/148‑1 (MQ=255) aaCGCGCAAGCTGGACCGGGAATCGTGCTTCAAGGCATTTCTGCACAACCACTGGGCGGGGATGCTGGTGTTTATCGGAGTTGTGCTGGATTACGCGTTGCGCTGAGTAGTTTGGGGCCGCAGAGCGGCCCCGGCTATCTCATGGCtt < 2:250498/148‑1 (MQ=255) aaCGCGCAAGCTGGACCGGGAATCGTGCTTCAAGGCATTTCTGCACAACCACTGGGCGGGGATGCTGGTGTTTATCGGAGTTGTGCTGGATTACGCGTTGCGCTGAGTAGTTTGGGGCCGCAGAGCGGCCCCGGCTATCTCATGGCtt < 2:37177/148‑1 (MQ=255) aaCGCGCAAGCTGGACCGGGAATCGTGCTTCAAGGCATTTCTGCACAACCACTGGGCGGGGATGCTGGTGTTTATCGGAGTTGTGCTGGATTACGCGTTGCGCTGAGTAGTTTGGGGCCGCAGAGCGGCCCCGGCTATCTCATGGCtt < 7:343968/148‑1 (MQ=255) aaCGCGCAAGCTGGACCGGGAATCGTGCTTCAAGGCATTTCTGCACAACCACTGGGCGGGGATGCTGGTGTTTATCGGAGTTGTGCTGGATTACGCGTTGCGCTGAGTAGTTTGGGGCCGCAGAGCGGCCCCGGCTATCTCATGGCTTg > 5:125938/1‑149 (MQ=255) aaCGCGCAAGCTGGACCGGGAATCGTGCTTCAAGGCATTTCTGCACAACCACTGGGCGGGGATGCTGGTGTTTATCGGAGTTGTGCTGGATTACGCGTTGCGCTGAGTAGTTTGGGGCCGCAGAGCGGCCCCGGCTATCTCATGGCTTg > 4:47578/1‑149 (MQ=255) aaCGCGCAAGCTGGACCGGGAATCGTGCTTCAAGGCATTTCTGCACAACCACTGGGCAGGGATGCTGGTGTTTATCGGAGTTGTGCTGGATTACGCGTTGCGCTGAGTAGTTTGGGGCCGCAGAGCGGCCCCGGCTATCTCATGGCtt < 6:159689/148‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) cGGGAATCGTGCTTCAAGGCATTTCTGCACAACCACTGGGCGGGGACGCTGGTGTTTATCGGAGTTGTGCTGGATTACGCGTTGCGCTGAGTAGTTTGGGGCCGCAGAGCGGCCCCGGCTATCTCATGGCTTGGCAACGTGCCAGACGt > 5:55116/1‑149 (MQ=255) cGGGAATCGTGCTTCAAGGCATTTCTGCACAACCACAGGGCGGGGATGCTGGTGTTTATCGGAGTTGTGCTGGATTACGCGTTGCGCTGAGTAGTTTGGGGCCGCAGAGCGGCCCCGGCTATCTCATGGCTTGGCAACGTGCCAGACGt > 3:237535/1‑149 (MQ=255) gggAATCGTGCTTCAAGGCATTTCTGCACAACCACTGGGCGGGGATGCTGGTGTTTATCGGAGTTGTGCTGGATTACGCGTTGCGCTGAGTAGTTTGGGGCCGCAGAGCGGCCCCGGCTATCTCATGGCTTGGCAACGTGCCAGACGTc > 8:294079/1‑149 (MQ=255) ggAATCGTGCTTCAAGGCATTTCTGCACAAACACTGGGCGGGGATGCTGGTGTTTATCTGAGTTGTGCTGGATTACGCGTTGCGCTGAGTAGTTTGGGGCCGCAGAGCGGCCCCGGCTATCTCATGGCTTGGCAACGTGCAAGACGTCt > 7:98817/1‑149 (MQ=255) aaTCGTGCTTCAAGGCATTTCTGCACAACCCCTGGGCGGGGATGCTGGTGTTTATCGGAGTTGTGCTGGATTACGCGTTGCGCTGAGTAGTTTGGGGCCGCAGAGCGGCCCCGGCTATCTCATGGCTTGGCAACGTGCCAGACGTCttt < 3:47578/149‑1 (MQ=255) gTGCTTCAAGGCATTTCTGCACAACCACTGGGCGGGGATGCTGGTGTTTATCGGAGTTGTGCTGGATTACGCGTTGCGCTGAGTAGTTTGGGGCCGCAGAGCGGCCCCGGCTATCTCATGGCTTGGCAACGTGCCAGACGTCTTTCATg > 4:332813/1‑149 (MQ=255) tGCTTCAAGGCATTTCTGCACAACCACTGGGCGGGGATGCTGGTGTTTATCGGAGTTGTGCTGGATTACGCGTTGCGCTGAGTAGTTTGGGGCCGCAGAGCGGCCCCGGCTATCTCATGGCTTGGCa < 6:164806/127‑1 (MQ=255) tGCTTCAAGGCATTTCTGCACAACCACTGGGCGGGGATGCTGGTGTTTATCGGAGTTGTGCTGGATTACGCGTTGCGCTGAGTAGTTTGGGGCCGCAGAGCGGCCCCGGCTATCTCATGGCTTGGCa > 5:164806/1‑127 (MQ=255) cTTCAAGGCATTTCTGCACAACCACTGGGCGGGGATGCTGGTGTTTATCGGAGTTGTGCTGGATTACGCGTTGCGCTGAGTAGTTTGGGGCCGCAGAGCGGCCCCGGCTATCTCATGGCTTGGCAACGTGCCAGACGTCTTTCATGCCg > 8:292206/1‑149 (MQ=255) ttCAAGGCATTTCTGCCCAACCACTGGGCGGGGATGCTGGTGTTTATCGGAGTTGTGCTGGATTACGCGTTGCGCTGAGTAGTTTGGGGCCGCAGAGCGGCCCCGGCTATCTCATGGCTTGGCAACGTGCCAGACGTCTTTCATGCCGt > 4:117261/1‑149 (MQ=255) ttCAAGGCATTTCTGCACAACCACTGGGCGGGGATGCTGGTGTTTATCGGAGTTGTGCTGGATTACGCGTTGCGCTGAGTAGTTTGGGGCCGCAGAGCGGCCCCGGCTATCTCATGGCTTGGAAACGTGCCAGACGTCTTTCagggtcg > 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aaCCACTGGGCGGGGATGCTGGTGTTTATCGGAGTTGTGCTGGATTACGCGTTGCGCTGAGTAGTTTGGGGCCGCAGAGCGGCCCCGGCTATCTCATGGCTTGGCAACGTGCCAGACGTCTTTCATGCCGTCACCGGTCATGTCACCgg > 4:58637/1‑149 (MQ=255) aaCCACTGGGCGGGGATGCTGGTGTTTATCGGAGTTGTGCTGGATTACGCGTTGCGCTGAGTAGTTTGGGGCCGCAGAGCGGCCCCGGCTATCTCATGGCTTGGCAACGTGCCAGACGTCTTTCATGCCGTCACCGGTCATGTCACCgg > 6:86995/1‑149 (MQ=255) cACTGGGCGGGGATGCTGGTGTTTATCGGAGTTGTGCTGGATTACGCGTTGCGCTGAGTAGTTTGGGGCCGCAGAGCGGCCCCGGCTATCTCATGGCTTGGCAACGTGCCAGACGTCTTTCATGCCGTCACCGGTCAt < 7:156632/138‑1 (MQ=255) cACTGGGCGGGGATGCTGGTGTTTATCGGAGTTGTGCTGGATTACGCGTTGCGCTGAGTAGTTTGGGGCCGCAGAGCGGCCCCGGCTATCTCATGGCTTGGCAACGTGCCAGACGTCTTTCATGCCGTCACCGGTCAt > 8:156632/1‑138 (MQ=255) tGGGCGGGGATGCTGGTGTTTATCGGAGTTGTGCTGGATTACGCGTTGCGCTGAGTAGTTTGGGGCCGCAGAGCGGCCCCGGCTATCTCATGGCTTGGCAACGTGCCAGACGTCTTTCATGCCGTCACCGGTCATGTCACCGGCcttct > 6:110915/1‑149 (MQ=255) 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tgtgCTGGATTACGCGTTGCGCTGAGTAGTTTGGGGCCGCAGAGCGGCCCCGGCTATCTCATGGCTTGGCAACGTGCCAGACGTCTTTCATGCCGTCACCGGTCATGTCACCGGCCTTCTTGTCCTTGATGAAGGTATACAGCGGCtt < 4:237535/148‑1 (MQ=255) cTGGATTACGCGTTGCGCTGAGTAGTTTGGGGCCGCAGAGCGGCCCCGGCTATCTCATGGCTTGGCAACGTGCCAGACGTCTTTCATGCCGTCACCGGTCATGTCACCGGCCTTCTTGTCCTTGATGAAGGTATACAGCGGCTTGCcgt > 3:285343/1‑149 (MQ=255) tGGATTACGCGTTGCGCTGAGTAGTTTGGGGCCGCAGAGCGGCCCCGGCTATCTCATGGCTTGGCAACGTGCCAGACGTCTTTCATGCCGTCACCGGTCATGTCACCGGCCTTCTTGTCCTTGATGAAGGTATACAGCGGCTTGCcgtc > 3:252525/1‑149 (MQ=255) gATTACGCGTTGCGCTGAGTAGTTTGGGGCCGCAGAGCGGCCCCGGCTATCTCATGGCTTGGCAACGTGCCAGACGTCTTTCATGCCGTCACCGGTCATGTCACCGGCCTTCTTGTCCTTGATGAAGGTATACAGCGGCTTGCcgtcgt < 3:241075/149‑1 (MQ=255) gATTACGCGTTGCGCTGAGTAGTTTGGGGCCGCAGAGCGGCCCCGGCTATCTCATGGCTTGGCAACGTGCCAGACGTCTTTCATGCCGTCACCGGTCATGTCACCGGCCTTCTTGTCCTTGATGAAGGTATACAGCGGCTTGCcgtcg < 6:125938/148‑1 (MQ=255) 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tttGGGGCCGCAGAGCGGCCCCGGCTATCTCATGGCTTGGCAACGTGCCAGACGTCTTTCATGCCGTCACCGGTCATGTCACCGGCCTTCTTGTCCTTGATGAAGGTATACAGCGGCTTGCCGTCGTAAGCCCACTGCATCGAACcgtc < 5:86995/149‑1 (MQ=255) gccggggCCGCTCTGCGGCCCCGGCTATCTCATGGCTTGGCAACGTGCCAGACGTCTTTCATGCCGTCACCGGTCATGTCACCGGCCTTCTTGTCCTTGATGAAGGTATACAGCGGCTTGCCGTCGTAAGCCCACTGc < 1:25937/135‑1 (MQ=255) gccggggCCGCTCTGCGGCCCCGGCTATCTCATGGCTTGGCAACGTGCCAGACGTCTTTCATGCCGTCACCGGTCATGTCACCGGCCTTCTTGTCCTTGATGAAGGTATACAGCGGCTTGCCGTCGTAAGCCCACTGc > 2:25937/4‑138 (MQ=255) tGGGGCCGCAGAGCGGCCCCGGCTATCTCATGGCTTGGCAACGTGCCAGACGTCTTTCATGCCGTCACCGGTCATGTCACCGGCCTTCTTGTCCTTGATGAAGGTATACAGCGGCTTGCCGTCGTAAGCCCACTGCATCGAACcgtcgt > 3:325650/1‑149 (MQ=255) cggggCCGCTCTGCGGCCCCGGCTATCTCATGGCTTGGCAACGTGCCAGACGTCTTTCATGCCGTCACCGGTCATGTCACCGGCCTTCTTGTCCTTGATGAAGGTATACAGCGGCTTGCCGTCGTAAGCCCACTGCATCGAACcgtcgt > 1:236086/2‑149 (MQ=255) gCCGCAGAGCGGCCCCGGCTATCTCATGGCTTGGCAACGTGCCAGACGACTTTCATGCCGTCACCGGTCATGTCACCGGCCTTCTTGTCCTTGATGAAGGTATACAGCGGCTTGCCGTCGTAAGCCCACTGCATCGAACCGTCGTCAcg > 4:175087/1‑149 (MQ=255) cAGAGCGGCCCCGGCTATCTCATGGCTTGGCAACGTGCCAGACGTCTTTCATGCCGTCACCGGTCATGTCACCGGCCTTCTTGTCCTTGATGAAGGTATACAGCGGCTTGCCGTCGTAAGCCCACTGCATCGAACCGTCGTCACGCGt > 6:107627/1‑148 (MQ=255) agagCGGCCCCGGCTATCTCATGGCTTGGCAACGTGCCAGACGTCTTTCATGCCGTCACCGGTCATGTCACCGGCCTTCTTGTCCTTGATGAAGGTATACAGCGGCTTGCCGTCGTAAGCCCACTGCATCGAACCGTCGTCACGCGTTa > 5:195602/1‑149 (MQ=255) | CGTGCTTTGCCTGGGAATACTGGTCAACGCGCAAGCTGGACCGGGAATCGTGCTTCAAGGCATTTCTGCACAACCACTGGGCGGGGATGCTGGTGTTTATCGGAGTTGTGCTGGATTACGCGTTGCGCTGAGTAGTTTGGGGCCGCAGAGCGGCCCCGGCTATCTCATGGCTTGGCAACGTGCCAGACGTCTTTCATGCCGTCACCGGTCATGTCACCGGCCTTCTTGTCCTTGATGAAGGTATACAGCGGCTTGCCGTCGTAAGCCCACTGCATCGAACCGTCGTCACGCGTTA > NC_002947/6064429‑6064723 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |