| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 6,079,443 | G→T | 5.5% | intergenic (‑218/‑144) | PP_5330 ← / → PP_5331 | MFS transporter/acyl‑CoA thioesterase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,079,443 | 0 | G | T | 5.5% | 284.9 / 5.1 | 91 | intergenic (‑218/‑144) | PP_5330/PP_5331 | MFS transporter/acyl‑CoA thioesterase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (41/44); new base T (2/3); total (43/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.62e-01 | |||||||||||
TAGCAAATTGCCGAGCTACGCCGAAAGCGATACAAAATCCACACAGATATTCGTGAATGCGCGGTCGTCGCTGGCCGTTATGCCCTATATACTGGCGAATCGTAGGATTATGTTGCTCCTAACGTGGGATGTTGTGCGAAAACGCCGGTCACTATTGTCAGGCGGTTTCGCAGAGTTTCCCTACGGCCGCCCAGTGAAACGAAATCGGCGTAGTATGTTTCAAGCTGAATCGTTTACCCGGCCTTTGCGCCACACCAACGAAAAGCGTCACGGGTCAGAGGCCCCATC > NC_002947/6079297‑6079584 | tAGCAAATTGCCGAGCTACGCCGAAAGCGATACAAAATCCACACAGATATTCGTGAATGCGCGGTCGTCGCTGGCCGTTATGCCCTATATACTGGCGAATCGTAGGATTATGTTGCTCCTTACGTGGGATGTTGTTAGTAAACGACgg > 3:280820/1‑148 (MQ=255) cAAATTGCCGAGCTACGCCGAAAGCGATACAAAATCCACACAGATATTCGTGAATGCGCGGTCGTCGCTGGCCGTTATGCCCTATATACTGGCGAATCGTAGGATTATGTTGCTCCTAACGTGGGATGTTGTGCGAAAACGCCGGTCAc < 8:76323/149‑1 (MQ=255) cAAATTGCCGAGCTACGCCGAAAGCGATACAAAATCCACACAGATATTCGTGAATGCGCGGTCGTCGCTGGCCGTTATGCCCTATATACTGGCGAATCGTAGGATTATGTTGCTCCTAACGTGGGATGTTGTGCGAAAACGCCGGTCAc > 1:295987/1‑149 (MQ=255) aaaTTGCCGAGCTACGCCGAAAGCGATACAAAATCCACACAGATATTCGTGAATGCGCGGTCGTCGCTGGCCGTTATGCCCTATATACTGGCGAATCGTAGGATTATGTTGCTCCTAACGTGGGATGTTGTGCGAAAACGCCGGTCAc > 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gTTGCTCCTAACGTGGGATGTTGTGCGAAAACGCCGGTCACTATTGTCAGGCGGTTTCGCAGAGTTTCCCTACGGCCGCCCAGTGAAACGAAATCGGCGTAGTATGTTTCAAGCTGAATCGTTTACCCGGCCTTTGCGCCACACCAAc > 4:308810/1‑148 (MQ=255) ttGCTCCTAACGTGGGATGTTGTGCGAAAACGCCGGTCACTATTGTCAGGCGGTTTCGCAGAGTTTCCCTACGGCCGCCCAGTGAAACGAAATCGGCGTAGTATGTTTCAAGCTGAATCGTTTACCCGGCCTTTGCGCCACACCAACg > 1:12491/1‑148 (MQ=255) gCTCCTAACGTGGGATGTTGTGCGAAAACGCCGGTCACTATTGTCAGGCGGTTTCGCAGAGTTTCCCTACGGCCGCCCAGTGAAACGAAATCGGCGTAGTATGTTTCCAGCTGAATCGTTTAGCCGGGCTTTGCGCCACACCAACGaa > 6:292422/1‑148 (MQ=255) ccTAACGTGGGATGTTGTGCGAAAACGCCGGTCACTATTGTCAGGCGGTTTCGCAGAGTTTCCCTACGGCCGCCCAGTGAAACGAAATCGGCTTAGTATGTTTCAGGCTGAATCGTTTACCCGGGCATTGCGCCACACCAACGAAAAGc > 2:324328/1‑149 (MQ=255) tAACGTGGGATGTTGTGCGAAAACGCCGGTCACTATTGTCAGGCGGTTTCGCAGAGTTTCCCTACGGCCGCCCAGTGAAACGAAATCGGCGTAGTATGTTTCAAGCTGAATCGTTTACCCGGCCTTTGCGCcaca < 2:246886/135‑1 (MQ=255) tAACGTGGGATGTTGTGCGAAAACGCCGGTCACTATTGTCAGGCGGTTTCGCAGAGTTTCCCTACGGCCGCCCAGTGAAACGAAATCGGCGTAGTATGTTTCAAGCTGAATCGTTTACCCGGCCTTTGCGCcaca > 1:246886/1‑135 (MQ=255) tAACGTGGGATGTTGTGCGAAAACGCCGGTCACTATTGTCAGGCGGTTTCGCAGAGTTTCCCTACGGCCGCCCAGTGAAACGAAATCGGCGTAGTATGTTTCAAGCTGAATCGTTTACCCGGCCTTTGCGCCACACCAACGAAAAGCGt > 5:94681/1‑149 (MQ=255) aCGTGGGATGTTGTGCGAAAACGCCGGTCACTATTGTCAGGCGGTTTCGCAGAGTTTCCCTACGGCCGCCCAGTGAAACGAAATCGGCGTAGTATGTTTCAAGCTGAATCGTTTACCCGGCCTTTGCGCCACACCAACGAAAAGCGt < 7:279153/147‑1 (MQ=255) gCGAAACCGCCTGACAATAGTGACCGGCGTTTTCGCAGAGTTTCCCTACGGCCGCCCAGTGAAACGAAATCGGCGTAGTATGTTTCAAGCTGAATCGTTTACCCGGCCTTTGCGCCACACCAACGAAAAGCGTCACGGGTCAGAGGccc > 8:225248/1‑149 (MQ=38) gAAAACGCCGGTCACTATTGTCAGGCGGTTTCGCAGAGTTTCCCTACGGCCGCCCAGTGAAACGAAATCGGCGTAGTAAGTTTCAAGCTGAATCGTTTACCCGGCCTTTGCGCCACACCAACGAAAAGCGTCACGGGTCAGAGGCCCCa > 5:90082/1‑149 (MQ=255) aaaaCGCCGGTCACTATTGTCAGGCGGTTTCGCAGAGTTTCCCTACGGCCGCCCAGTGAAACGAAATCGGCGTAGTATGTTTCAAGCTGAATCGTTTACCCGGCCTTTGCGCCACACCAACGAAAAGCGTCACGGGTCAGAGGCCCCAt > 1:203905/1‑149 (MQ=255) aatcGCCGGTCACTATTGTCAGGCGGTTTCGCAGAGTTTCCCTACGGCCGCCCAGTGAATCGAAATCGGCGTAGTATGTTTCAAGCTGAATCGTTTACCCGGCCTTTGCGCCACACCAACGATAAGCGTCACGGGTCAGAGGCCCCATc < 1:324328/146‑1 (MQ=255) aaaCGCCGGTCACTATTGTCAGGCGGTTTCGCAGAGTTTCCCTACGGCCGCCCAGTGAAACGAAATCGGCGTAGTATGTTTCAAGCTGAATCGTTTACCCGGCCTTTGCGCCACACCAACGAAAAGCGTCACGTGTCAGAGGCCCCATc < 6:304326/149‑1 (MQ=255) cGGTCACTATTGTCAGGCGGTTTCGCAGAGTTTCCCTACGGCCGCCCAGTGAAACGAAATCGGCGTAGTATGTTTCAAGCTGAATCGTTTACCCGGCCTTTGCGCCACACCAACGAAAAGCGTCACGGGTCa > 5:252674/1‑132 (MQ=255) cGGTCACTATTGTCAGGCGGTTTCGCAGAGTTTCCCTACGGCCGCCCAGTGAAACGAAATCGGCGTAGTATGTTTCAAGCTGAATCGTTTACCCGGCCTTTGCGCCACACCAACGAAAAGCGTCACGGGTCa < 6:252674/132‑1 (MQ=255) | TAGCAAATTGCCGAGCTACGCCGAAAGCGATACAAAATCCACACAGATATTCGTGAATGCGCGGTCGTCGCTGGCCGTTATGCCCTATATACTGGCGAATCGTAGGATTATGTTGCTCCTAACGTGGGATGTTGTGCGAAAACGCCGGTCACTATTGTCAGGCGGTTTCGCAGAGTTTCCCTACGGCCGCCCAGTGAAACGAAATCGGCGTAGTATGTTTCAAGCTGAATCGTTTACCCGGCCTTTGCGCCACACCAACGAAAAGCGTCACGGGTCAGAGGCCCCATC > NC_002947/6079297‑6079584 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |