Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_002947 | 6,079,445 | T→A | 5.6% | intergenic (‑220/‑142) | PP_5330 ← / → PP_5331 | MFS transporter/acyl‑CoA thioesterase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 6,079,445 | 0 | T | A | 5.6% | 265.1 / 4.3 | 89 | intergenic (‑220/‑142) | PP_5330/PP_5331 | MFS transporter/acyl‑CoA thioesterase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (40/44); new base A (2/3); total (42/47) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.25e-01 |
CAAATTGCCGAGCTACGCCGAAAGCGATACAAAATCCACACAGATATTCGTGAATGCGCGGTCGTCGCTGGCCGTTATGCCCTATATACTGGCGAATCGTAGGATTATGTTGCTCCTAACGTGGGATGTTGTGCGAAAACGCCGGTCACTATTGTCAGGCGGTTTCGCAGAGTTTCCCTACGGCCGCCCAGTGAAACGAAATCGGCGTAGTATGTTTCAAGCTGAATCGTTTACCCGGCCTTTGCGCCACACCAACGAAAAGCGTCACGGGTCAGAGGCCCCATC > NC_002947/6079300‑6079584 | cAAATTGCCGAGCTACGCCGAAAGCGATACAAAATCCACACAGATATTCGTGAATGCGCGGTCGTCGCTGGCCGTTATGCCCTATATACTGGCGAATCGTAGGATTATGTTGCTCCTAACGTGGGATGTTGTGCGAAAACGCCGGTCAc > 1:295987/1‑149 (MQ=255) cAAATTGCCGAGCTACGCCGAAAGCGATACAAAATCCACACAGATATTCGTGAATGCGCGGTCGTCGCTGGCCGTTATGCCCTATATACTGGCGAATCGTAGGATTATGTTGCTCCTAACGTGGGATGTTGTGCGAAAACGCCGGTCAc < 8:76323/149‑1 (MQ=255) aaaTTGCCGAGCTACGCCGAAAGCGATACAAAATCCACACAGATATTCGTGAATGCGCGGTCGTCGCTGGCCGTTATGCCCTATATACTGGCGAATCGTAGGATTATGTTGCTCCTAACGTGGGATGTTGTGCGAAAACGCCGGTCAc > 5:235112/1‑148 (MQ=255) aaTTGCCGAGCTACGCCGAAAGCGATACAAAATCCACACAGATATTCGTGAATGCGCGGTCGTCGCTGGCCGTTATGCCCTATATACTGGCGAATCGTAGGATTATGTTGCTCCTAACGTGGGATGTTGTGCGAAAACGCCGGTCACTa > 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tatataCTGGCGAATCGTAGGATTATGTTGCTCCTAACGTGGGATGTTGTGCGAAAACGCCGGt > 1:2156/1‑64 (MQ=255) tataCTGGCGAATCGTAGGATTATGTTGCTCCTAACGTGGGATGTTGTGCGAAAACGCCGGTCACTATTGTCAGGCGGTTTCGCAGAGTTTCCCTACGGCCGCCCAGTGAAACGAAATCGGCGTAGTATGTTTCAAGCTGAATCGttt < 5:181599/148‑1 (MQ=255) tataCTGGCGAATCGTAGGATTATGTTGCTCCTAACGTGGGATGTTGTGCGAAAACGCCGGTCACTATTGTCAGGCGGTTTCGCAGAGTTTCCCTACGGCCGCCCAGTGAAACGAAATCGGCGTAGTATGTTTCAAGCTGAATCGTTTa < 1:42407/149‑1 (MQ=255) aCTGGCGAATCGTAGGATTATGTTGCTCCTAACGTGGGATGTTGTGCGAAAACGCCGGTCACTATTGTCAGGCGGTTTCGCAGAGTTTCCCTACGGCCGCCCAGTGAAACGAAATCGGCGTAGTATGTTTCAAGCTGAATCGTTTAccc > 3:152557/1‑149 (MQ=255) aCTGGCGAATCGTAGGATTATGTTGCTCCTAACGTGGGATGTTGTGCGAAAACGCCGGTCACTATTGTCAGGCGGTTTCGCAGAGTTTCCCTACGGCCGCCCAGTGAAACGAAATCGGCGTAGTATGTTTCAAGCTGAATCGTTTAccc > 1:309503/1‑149 (MQ=255) cTGGCGAATCGTAGGATTATGTTGCTCCTAACGTGGGATGTTGTGCGAAAACGCCGGTCACTATTGTCAGGCGGTTTCGCAGAGTTTCCCTACGGCCGCCCAGTGAAACGAAATCGGCGTAGTATGTTTCAAGCTGAATCGTTTAccc < 3:150149/148‑1 (MQ=255) 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gCTCCTAACGTGGGATGTTGTGCGAAAACGCCGGTCACTATTGTCAGGCGGTTTCGCAGAGTTTCCCTACGGCCGCCCAGTGAAACGAAATCGGCGTAGTATGTTTCCAGCTGAATCGTTTAGCCGGGCTTTGCGCCACACCAACGaa > 6:292422/1‑148 (MQ=255) ccTAACGTGGGATGTTGTGCGAAAACGCCGGTCACTATTGTCAGGCGGTTTCGCAGAGTTTCCCTACGGCCGCCCAGTGAAACGAAATCGGCTTAGTATGTTTCAGGCTGAATCGTTTACCCGGGCATTGCGCCACACCAACGAAAAGc > 2:324328/1‑149 (MQ=255) tAACGTGGGATGTTGTGCGAAAACGCCGGTCACTATTGTCAGGCGGTTTCGCAGAGTTTCCCTACGGCCGCCCAGTGAAACGAAATCGGCGTAGTATGTTTCAAGCTGAATCGTTTACCCGGCCTTTGCGCcaca < 2:246886/135‑1 (MQ=255) tAACGTGGGATGTTGTGCGAAAACGCCGGTCACTATTGTCAGGCGGTTTCGCAGAGTTTCCCTACGGCCGCCCAGTGAAACGAAATCGGCGTAGTATGTTTCAAGCTGAATCGTTTACCCGGCCTTTGCGCcaca > 1:246886/1‑135 (MQ=255) tAACGTGGGATGTTGTGCGAAAACGCCGGTCACTATTGTCAGGCGGTTTCGCAGAGTTTCCCTACGGCCGCCCAGTGAAACGAAATCGGCGTAGTATGTTTCAAGCTGAATCGTTTACCCGGCCTTTGCGCCACACCAACGAAAAGCGt > 5:94681/1‑149 (MQ=255) aCGTGGGATGTTGTGCGAAAACGCCGGTCACTATTGTCAGGCGGTTTCGCAGAGTTTCCCTACGGCCGCCCAGTGAAACGAAATCGGCGTAGTATGTTTCAAGCTGAATCGTTTACCCGGCCTTTGCGCCACACCAACGAAAAGCGt < 7:279153/147‑1 (MQ=255) gCGAAACCGCCTGACAATAGTGACCGGCGTTTTCGCAGAGTTTCCCTACGGCCGCCCAGTGAAACGAAATCGGCGTAGTATGTTTCAAGCTGAATCGTTTACCCGGCCTTTGCGCCACACCAACGAAAAGCGTCACGGGTCAGAGGccc > 8:225248/1‑149 (MQ=38) gAAAACGCCGGTCACTATTGTCAGGCGGTTTCGCAGAGTTTCCCTACGGCCGCCCAGTGAAACGAAATCGGCGTAGTAAGTTTCAAGCTGAATCGTTTACCCGGCCTTTGCGCCACACCAACGAAAAGCGTCACGGGTCAGAGGCCCCa > 5:90082/1‑149 (MQ=255) aaaaCGCCGGTCACTATTGTCAGGCGGTTTCGCAGAGTTTCCCTACGGCCGCCCAGTGAAACGAAATCGGCGTAGTATGTTTCAAGCTGAATCGTTTACCCGGCCTTTGCGCCACACCAACGAAAAGCGTCACGGGTCAGAGGCCCCAt > 1:203905/1‑149 (MQ=255) aatcGCCGGTCACTATTGTCAGGCGGTTTCGCAGAGTTTCCCTACGGCCGCCCAGTGAATCGAAATCGGCGTAGTATGTTTCAAGCTGAATCGTTTACCCGGCCTTTGCGCCACACCAACGATAAGCGTCACGGGTCAGAGGCCCCATc < 1:324328/146‑1 (MQ=255) aaaCGCCGGTCACTATTGTCAGGCGGTTTCGCAGAGTTTCCCTACGGCCGCCCAGTGAAACGAAATCGGCGTAGTATGTTTCAAGCTGAATCGTTTACCCGGCCTTTGCGCCACACCAACGAAAAGCGTCACGTGTCAGAGGCCCCATc < 6:304326/149‑1 (MQ=255) cGGTCACTATTGTCAGGCGGTTTCGCAGAGTTTCCCTACGGCCGCCCAGTGAAACGAAATCGGCGTAGTATGTTTCAAGCTGAATCGTTTACCCGGCCTTTGCGCCACACCAACGAAAAGCGTCACGGGTCa > 5:252674/1‑132 (MQ=255) cGGTCACTATTGTCAGGCGGTTTCGCAGAGTTTCCCTACGGCCGCCCAGTGAAACGAAATCGGCGTAGTATGTTTCAAGCTGAATCGTTTACCCGGCCTTTGCGCCACACCAACGAAAAGCGTCACGGGTCa < 6:252674/132‑1 (MQ=255) | CAAATTGCCGAGCTACGCCGAAAGCGATACAAAATCCACACAGATATTCGTGAATGCGCGGTCGTCGCTGGCCGTTATGCCCTATATACTGGCGAATCGTAGGATTATGTTGCTCCTAACGTGGGATGTTGTGCGAAAACGCCGGTCACTATTGTCAGGCGGTTTCGCAGAGTTTCCCTACGGCCGCCCAGTGAAACGAAATCGGCGTAGTATGTTTCAAGCTGAATCGTTTACCCGGCCTTTGCGCCACACCAACGAAAAGCGTCACGGGTCAGAGGCCCCATC > NC_002947/6079300‑6079584 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |