| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 62,077 | G→T | 7.6% | E108* (GAA→TAA) ‡ | PP_0053 → | sulfide:quinone oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 62,077 | 0 | G | T | 7.6% | 187.0 / 4.2 | 61 | E108* (GAA→TAA) ‡ | PP_0053 | sulfide:quinone oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (29/27); new base T (2/3); total (31/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.71e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.27e-01 | |||||||||||
TGCCGGTGTGTTCAAGGCACCAAGCACTGCCCGCACCATGGCGTCGACCATTCCTCGCGGTGTGCGCTGGGTCAAGGCGCGGGTAAAGGGATTCGACCCATTGGCCCAGTTGGTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGAACA‑GCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGACTGGGCGGCCATTGATGGGCTCAGCGAGACCCTGGGCCGCAACGGTGTCACCTCCAACTATCGCTACGACCTGGCACCCTATACCTGGGAGCTGGTGCAAAAGCTCAAGCAAG > NC_002947/61932‑62224 | tGCCGGTGTGTTCAAGGCACCAAGCACTGCCCGCACCATGGCGTCGACCATTCCTCGCGGTGTGCGCTGGGTCAAGGCGCGGGTAAAGGGATTCGACCCATTGGCCCAGTTGGTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGaa > 1:172909/1‑148 (MQ=255)tGCCGGTGTGTTCAAGGCACCAAGCACTGCCCGCACCAAGGCGTCGACCATTCCTCGCGGTGTGCGCTGGGTCAAGGCGCGGGTAAAGGGATTCGACCCATTGGCCCAGTTGGTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGAAc < 8:192184/149‑1 (MQ=255) tgtTCAAGGCACCAAGCACTGCCCGCACCATGGCGTCGACCATTCCTCGCGGTGTGCGCTGGGTCAAGGCGCGGGTAAAGGGATTCGACCCATTGGCCCAGTTGGTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGAACA‑GCTGATc < 2:207134/149‑1 (MQ=255) ttCAAGGCACCAAGCACTGCCCGCACCATGGCGTCGACCATTCCTCGCGGTGTGCGCTGGGTCAAGGCGCGGGTAAAGGGATTCGACTCATTGGCCCAGTTGGTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGAACA‑GCTGATCGt < 1:292998/149‑1 (MQ=255) ttCAAGGCACCAAGCACTGCCCGCACCATGGCGTCGACCATTCCTCGCGGTGTGCGCTGGGTCAAGGCGCGGGTAAAGGGATTCGACCCATTGGCCCAGTTGGTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTGTTCATA‑GCTGAtggc < 7:259414/149‑4 (MQ=255) ttCAAGGCACCAAGCACTGCCCGCACCATGGCGTCGACCATTCCTCGCGGTGTGCGCTGGGTCAAGGCGCGGGTAAAGGGATTCGACCCATTGGCCCAGTTGGTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTGTTCATA‑GCTGAtg < 5:199370/147‑2 (MQ=255) ttCAAGGCACCAAGCACTGCCCGCACCATGGCGTCGACCATTCCTCGCGGTGTGCGCTGGGTCAAGGCGCGGGTAAAGGGATTCGACCCATTGGCCCAGTTGGTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGTACA‑GCGGAACGt > 3:211958/1‑149 (MQ=255) ttCAAGGCACCAAGCACTGCCCGCACCATGGCGTCGACCATTCCTCGCGGTGTGCGCTGGGTCAAGGCGCGGGTAAAGGGATTCGACCCATTGGCCCAGTTGGTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGAACA‑GCTGATCg < 1:353601/148‑1 (MQ=255) ttCAAGGCACCAAGCACTGCCCGCACCATGGCGTCGACCATTCCTCGCGGTGTGCGCTGGGTCAAGGCGCGGGTAAAGGGATTCGACCCATTGGCCCAGTTGGTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGAACA‑GCTGATCg > 5:18602/1‑148 (MQ=255) ttCAAGGCACCAAGCACTGCCCGCACCATGGCGTCGACCATTCCTCGCGGTGTGCGCTGGGTCAAGGCGCGGGTAAAGGGATTCGACCCATTGGCCCAGTTGGTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGAACA‑GCTGATCg > 4:27157/1‑148 (MQ=255) tCAAGGCACCAAGCACTGCCCGCACCATGGCGTCGACCATTCCTCGCGGTGTGCGCAGGGTCAAGGCGCGGGTAAAGGGATTCGACCCATTGGCCCAGTTGGTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGAACA‑GCTGATCGTc > 3:49905/1‑149 (MQ=255) aaGGCACCAAGCACTGCCCGCACCATGGCGTCGACCATTCCTCGCGGTGTGCGCTGGGTCAAGGCGCGGGTAAAGGGATTCGACCCATTGGCCCAGTTGGTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGAACA‑GCTGATCGTCTg > 7:94664/1‑149 (MQ=255) aCCAAGCACTGCCCGCACCATGGCGTCGACCATTCCTCGCGGTGTGCGCTGGGTCAAGGCGCGGGTAAAGGGATTCGACCCAATGGCCCAGTTGGTCATCCTCCATGATGGTCGCGCCATCAGCAATGAACA‑GCTGATCGTCTGACCCg > 6:85645/1‑149 (MQ=255) cgaaGCACTGCCCGAACCTCGGCGTGCACCATTCCTCGGGGTGGGCGCTGGGGCAAGTCTCGGGTAAAGGGTTTCGACTCATTGGCCCAGTTGTTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATTAACA‑GCTGATCGTCTGCCCCgg < 8:76396/147‑1 (MQ=255) cccGCACCATGGCGTCGACCATTCCTCGCGGTGTGCGCTGGGTCAAGGCGCGGGTAAAGGGATTCGACCCATTGGCCCAGTTGGTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGAACA‑GCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTg < 3:207736/149‑1 (MQ=255) cGCACCATGGCGTCGACCATTCCTCGCGGTGTGCGCTGGGTCAAGGCGCGGGTAAAGGGATTCGACCCATTGGCCCAGTTGGTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGAACA‑GCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGa > 6:251463/1‑149 (MQ=255) cGCACCATGGCGTCGACCATTCCTCGCGGTGTGCGCTGGGTCAAGGCGCGGGTAAAGGGATTCGACCCATTGGCCCAGTTGGTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGAACA‑GCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGa < 8:254671/149‑1 (MQ=255) gCACCATGGCGTCGACCATTCCTCGCGGTGTGCGCTGGGTCAAGGCGCGGGTAAAGGGATTCGACCCATTGGCCCAGTTGGTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGAACA‑GCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGAc < 3:27157/149‑1 (MQ=255) cATGGCGTCGACCATTCCTCGCGGTGTGCGCTGGGTCAAGGCGCGGGTAAAGGGATTCGACCCATTGGCCCAGTTGGTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGAACA‑GCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGACTggg > 8:216514/1‑149 (MQ=255) aTGGCGTCGACCATTCCTCGCGGTGTGCGCTGGGTCAAGGCGCGGGTAAAGGGATTCGACCCATTGGCCCAGTTGGTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGAACA‑GCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGACTGggc < 7:90244/149‑1 (MQ=255) cGTCGACCATTCCTCGCGGTGTGCGCTGGGTCAAGGCGCGGGTAAAGGGATTCGACCCATTGGCCCAGTTGGTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGAACA‑GCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGACTGGGCGGcc < 4:269620/149‑1 (MQ=255) aCCATTCCTCGCGGTGTGCGCTGGGTCAAGGCGCGGGTAAAGGGATTCGACCCATTGGCCCAGTTGGTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGAACA‑GCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGACTGGGCGGCCATTGa < 5:85645/149‑1 (MQ=255) ccATTCCTCGCGGTGTGCGCTGGGTCAAGGCGCGGGTAAAGGGATTCGACCCATTGGCCCAGTTGGTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGAACA‑GCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGACTGGGCGGCCATTGAt < 6:253819/149‑1 (MQ=255) ttCCTCGCGGTGTGCGCTGGGTCAAGGCGCGGGTAAAGGGATTCGACCCATTGGCCCAGTTGGTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGAACA‑GCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGACTGGGCGGCCATTGATgg > 6:290640/1‑148 (MQ=255) ttCCTCGCGGTGTGCGCTGGGTCAAGGCGCGGGTAAAGGGATTCGACCCATTGGCCCAGTTGGTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGAACA‑GCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGACTGGGCGGCCATTGATgg < 5:290640/148‑1 (MQ=255) cTCGCGGTGTGCGCTGGGTCAAGGCGCGGGTAAAGGGATTCGACCCATTGGCCCAGTTGGTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGAACACGCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGACTGGGCGGCCATTGATGGGCt < 1:92090/149‑1 (MQ=255) cgcTGGGTCAAGGCGCGGGTAAAGGGATTCGACCCATTGGCCCAGTTGGTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGAACA‑GCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGACTGGGCGGCCATTGATGGGCTCAGCGAGACCCt < 8:236551/149‑1 (MQ=255) aaGGCGCGGGTAAAGGGATTCGACCCATTGGCCCAGTTGGTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGAACA‑GCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGACTGGGCGGCCATTGATGGGCTCAGCGAGACCCTGGGCCGCaa < 3:166955/149‑1 (MQ=255) aaGGCGCGGGTAAAGGGATTCGACCCATTGGCCCAGTTGGTCATCCTCGAAGATGGTCGCGCCATCAGCTATGAACA‑GCTGATCGTCTGCCACGGCCTCAAGCTGGACTGGGCGGCCATTGATGGGCTCAGCGAGACACTGGGCCGCaa > 1:358652/1‑149 (MQ=255) gcgGGTAAAGGGATTCGACCCATTGGCCCAGTTGGTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGAACA‑GCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGACTGGGCGGCCATTGATGGGCTCAGCGAGACCCTGGGCCGCAACGgtg > 8:299725/1‑149 (MQ=255) gTAAAGGGATTCGACCCATTGGCCCAGTTGGTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGAACA‑GCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGACTGGGCGGCCATTGATGGGCTCAGCGAGACCCTGGGCCGCAACGGTGTCAc > 7:63326/1‑149 (MQ=255) ggATTCGACCCATTGGCCCAGTTGGTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGAACA‑GCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGACTGGGCGGCCATTGATGGGCTCAGCGAGACCCTGGGCCGCAACGGTGTCACCTCCaa > 8:274108/1‑149 (MQ=255) cccATTGGCCCAGTTGGTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGAACA‑GCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGACTGGGCGGCCATTGATGGGCTCAGCGAGACCCTGGGcc > 4:253909/1‑122 (MQ=255) cccATTGGCCCAGTTGGTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGAACA‑GCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGACTGGGCGGCCATTGATGGGCTCAGCGAGACCCTGGGcc < 3:253909/122‑1 (MQ=255) ccATTGGCCCAGTTGGTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGAACA‑GCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGACTGggc < 2:283039/89‑1 (MQ=255) ccATTGGCCCAGTTGGTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGAACA‑GCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGACTGggc > 1:283039/1‑89 (MQ=255) ccATTGGCCCAGTTGGTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGAACA‑GCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGACTGGGCGGCCATTGATGGGCTCAGCGAGACCCTGGGCCGCAACGGTGTCACCTCCAACTATc < 5:207427/145‑1 (MQ=255) ccATTGGCCCAGTTGGTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGAACA‑GCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGACTGGGCGGCCATTGATGGGCTCAGCGAGACCCTGGGCCGCAACGGTGTCACCTCCAACTATc > 6:207427/1‑145 (MQ=255) aTTGGCCCAGTTGGTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGAACA‑GCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGACTGGGCGGCCATTGATGGGCTCAGCGAGACCCTGGGCCGCAACGGTGTCACCTCCAACTATCGCTAc > 5:173146/1‑148 (MQ=255) gCCCAGTTGGTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGAACA‑GCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGACTGGGCGGCCATTGATGGGCTCAGCGAGACCCTGGGCCGCAACGGTGTCa > 1:147836/1‑127 (MQ=255) tCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGAACA‑GCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGACTGGGCGGCCATTGATGGGCTCAGCGAGACCCTGGGCCGCAACGGTGTCACCTCCAACTATCGCTACGACCTGGCACCCTATAcc > 4:143190/1‑149 (MQ=255) cTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGAACA‑GCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGACTGGGCGGCCATTGATGGGCTCAGCGAGACCCTGGGCCGCAACGGTGTCACCTCCAACTATCGCTACGACCTGGCACCCTATACCTg < 5:111660/149‑1 (MQ=255) tCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGAACA‑GCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGACTGGGCGGCCATTGATGGGCTCAGCGAGACCCTGGGCCGCAACGGTGTCACCTCCAACTATCGCTACGACCTGGCACCCTATACCTgg > 1:225014/1‑149 (MQ=255) tCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGAACA‑GCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGACTGGGCGGCCATTGATGGGCTCAGCGAGACCCTGGGCCGCAACGGTGTCACCTCCAACTATCGCTACGACCTGGCACCCTATACCTgg > 6:319550/1‑149 (MQ=255) tCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGAACA‑GCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGACTGGGCGGCCATTGATGGGCTCAGCGAGACCCTGGGCCGCAACGGTGTCACCTCCAACTATCGCTACGACCTGGCACCCTATACCTgg > 2:375708/1‑149 (MQ=255) tCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGAACA‑GCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGACTGGGCGGCCATTGATGGGCTCAGCGAGACCCTGGGCCGCAACGGTGTCACCTCCAACTATCGCTACGACCTGGCACCCTATACCTgg > 3:136982/1‑149 (MQ=255) gatgatGGTCGCGCCATCAGCTATGAACA‑GCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGACTGGGCGGCCATTGATGGGCTCAGCGAGACCCTGGGCCGCAACGGTGTCACCTCCAACTATCGCTACGACCTGGCACCCTATACCTgg > 6:144053/1‑147 (MQ=255) gatgatGGTCGCGCCATCAGCTATGAACA‑GCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGACTGGGCGGCCATTGATGGGCTCAGCGAGACCCTGGGCCGCAACGGTGTCACCTCCAACTATCGCTACGACCTGGCACCCTATACCTgg < 7:216514/147‑1 (MQ=255) tgatgGTCGCGCCATCAGCTATGAACA‑GCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGACTGGGCGGCCATTGATGGGCTCAGCGAGACCCTGGGCCGCAACGGTGTCACCTCCAACTATCGCTACGACCTGGCACCCTATACCTGGGAGc > 2:252606/1‑149 (MQ=255) atgGTCGCGCCATCAGCTATGAACA‑GCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGACTGGGCGGCCATTGATGGGCTCAGCGAGACCCTGGGCCGCAACGGTGTCACCTCCAACTATCGCTACGACCTGGCACCCTATACCTGGGAGCTg > 8:338902/1‑149 (MQ=255) tgGTCGCGCCATCAGCTATGAACA‑GCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGACTGGGCGGCCATTGATGGGCTCAGCGAGACCCTGGGCCGCAACGGTGTCACCTCCAACTATCGCTACGACCTGGCACCCTATACCTGGGAGCTg < 5:251463/148‑1 (MQ=255) tgGGCGCGCCATCAGCTATGAACA‑GCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCGGGACTGGGCGGCCATTGATGGGCTCAGCGAGACCCTGGGCCGCAACGGTGTCACCTCCAACTATCGCTACGACCTGGCACCCTATACCTGGGAGCTg < 8:94664/148‑1 (MQ=255) gcCATCAGCTATGAACA‑GCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGACTGGGCGGCCATTGATGGGCTCAGCGAGACCCTGGGCCGCAACGGTGTCACCTCCAACTATCGCTACGACCTGGCACCCTATACCTGGGAGCTGGTGCaaaa < 3:143190/149‑1 (MQ=255) gaTCAGCTGTTCATA‑GCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGACTGGGCGGCCATTGATGGGCTCAGCGAGACCCTGGGCCGCAACGGTGTCACCTCCAACTATCGCTACGACCTGGCACCCTATACCTGGGAGCTGGTGCAAAAGc > 6:340630/2‑149 (MQ=255) gaTCAGCTGTTCATA‑GCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGACTGGGCGGCCATTGATGGGCTCAGCGAGACCCTGGGCCGCAACGGTGTCACCTCCAACTATAGCTACGACCTGGCACCCTATACCTGGGAGCTGGTGCAAAAGc > 3:105356/2‑149 (MQ=255) aTCAGCTATGAACA‑GCTGATCGTCTGCCCCGCCCTCAAGCTGGACTGggcgg < 2:348913/52‑1 (MQ=255) aTCAGCTATGAACA‑GCTGATCGTCTGCCCCGCCCTCAAGCTGGACTGggcgg > 1:348913/1‑52 (MQ=255) aGCTATGAACA‑GCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGACTGGGCGGCCATTGATGGGCTCAGCGAGACCCTGGGCCGCAACGGTGTCACCTCCAACTATCGCTACGACCTGGCACCCTATACCTGGGAGCTGGTGCAAAAGCTca < 1:252606/148‑1 (MQ=255) tGAACA‑GCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGACTGGGCGGCCATTGATGGGCTCAGCGAGACCCTGGGCCGCAACGGTGTCACCTCCAACTATCGCTACGACCTGGCACCCTATACCTGGGAGCTGGTGCAAAAGCTcaagcaag < 4:136982/149‑1 (MQ=255) tGAACA‑GCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGACTGGGCGGCCATTGATGGGCTCAGCGAGACCCTGGGCCGCAACGGTGTCACCTCCAACTATCGCTACGACCTGGCACCCTATACCTGGGAGCTGGTGCAAAAGCTcaagcaag > 3:176561/1‑149 (MQ=255) tGAACA‑GCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGACTGGGCGGCCATTGATGGGCTCAGCGAGACCCTGGGCCGCAACGGTGTCACCTCCAACTATCGCTACGACCTGGCACCCTATACCTGGGAGCTGGTGCAAAAGCTcaagcaag < 6:173146/149‑1 (MQ=255) | TGCCGGTGTGTTCAAGGCACCAAGCACTGCCCGCACCATGGCGTCGACCATTCCTCGCGGTGTGCGCTGGGTCAAGGCGCGGGTAAAGGGATTCGACCCATTGGCCCAGTTGGTCATCCTCGATGATGGTCGCGCCATCAGCTATGAACA‑GCTGATCGTCTGCCCCGGCCTCAAGCTGGACTGGGCGGCCATTGATGGGCTCAGCGAGACCCTGGGCCGCAACGGTGTCACCTCCAACTATCGCTACGACCTGGCACCCTATACCTGGGAGCTGGTGCAAAAGCTCAAGCAAG > NC_002947/61932‑62224 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |