| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 479,512 | C→T | 6.5% | intergenic (‑44/+12) | cca ← / ← ycgB | multifunctional tRNA nucleotidyltransferase/2',3'‑cyclic phosphodiesterase/2' nucleotidase/phosphatase/type IV piliation protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 479,512 | 0 | C | T | 6.5% | 182.3 / 2.6 | 61 | intergenic (‑44/+12) | cca/ycgB | multifunctional tRNA nucleotidyltransferase/2',3'‑cyclic phosphodiesterase/2' nucleotidase/phosphatase/type IV piliation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (27/30); new base T (2/2); total (29/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.71e-01 | |||||||||||
TAGCATTTCTTCGACGGTGGCGCCCACCACCAGCCAGTCGATATCGCTGACAGGGCGGCCGAGCAAACGGTCGCGCACGGCGCCGCCAACTTTGTAGATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGGATAACAGCCAGGTCCATGCGGCCATAGTCGGCGCTTTCGCTATGCTCGCCGCGCGGCGGCATGTGGTGAGTACTCATCACTTGCTCGCCTTGCACGGTCTCCAGGTGGATATCGAAGCCCCAC > NC_002947/479364‑479659 | tAGCATTTCTTCGACGGTGGCGCCCACCACCAGCCAGTCGATATCGCTGACAGGGCGGCCGAGCAAACGGTCGCGCACGGCGCCGCCAACTTTGTAGATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTc > 5:6115/1‑149 (MQ=255) tttCTTCGACGGTGGCGCCCACCACCAGCCAGTCGATATCGCTGACAGGGCGGCCGAGCAAACGGTCGCGCACGGCGCCGCCAACTTTGTAGATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACCGCCGACGGGTTATCCTGTCGGCAGTTATgga < 3:129052/149‑2 (MQ=38) tcttcGCCGGTGGCGCCCACCTCCAGCCAGTCGATATCGCTGACAGGGCGGCCGAGCAAACGGTCGCGCACGGCGCCGCCAACTTTGTAGATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATgggg < 5:53548/148‑1 (MQ=255) tcttcGACGGTGGCGCCCACCACCAGCCAGTCGATATCGCTGACAGGGCGGCCGAGCAAACGGTCTCGCACGGCGCCGCCAACTTTGTAGATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATgggg < 3:15744/148‑1 (MQ=255) tcttcGACGGTGGCGCCCACCACCAGCCAGTCGATATCGCTGACAGGGCGGCCGAGCAAACGGTCGCGCACGGCGCCGCCAACTTTGTAGATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGt > 1:181064/1‑149 (MQ=255) ttcGACGGTGGCGCCCACCACCAGCCAGTCGATATCGCTGACAGGGCGGCCGAGCAAACGGTCGCGCACGGCGCCGCCAACTTTGTAGATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTg > 6:241913/1‑149 (MQ=255) ttcGACGGTGGCGCCCACCACCAGCCAGTCGATATCGCTGACAGGGCGGCCGAGCAAACGGTCGCGCACGGCGCCGCCAACTTTGTAGATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTg > 4:69100/1‑149 (MQ=255) tcGACGGTGGCGCCCACCACCAGCCAGTCGATATCGCTGACAGGGCGGCCGAGCAAACGGTCGCGCACGGCGCCGCCAACTTTGTAGATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTg > 6:264013/1‑148 (MQ=255) cGACGGTGGCGCCCACCACCAGCCAGTCGATATCGCTGACAGGGCGGCCGAGCAAACGGTCGCGCACGGCGCCGCCAACTTTGTAGATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGtt < 7:353846/146‑1 (MQ=255) cGACGGTGGCGCCCACCACCAGCCAGTCGATATCGCTGACAGGGCGGCCGAGCAAACGGTCGCGCACGGCGCCGCCAACTTTGTAGATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGc < 5:330888/148‑1 (MQ=255) cGGTGGCGCCCACCACCAGCCAGTCGATATCGCTGACAGGGCGGCCGAGCAAACGGTCGCGCACGGCGCCGCCAACTTTGTAGATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCa < 3:69100/149‑1 (MQ=255) gTGGCGCCCACCACCAGCCAGTCGATATCGCTGACAGGGCGGCCGAGCAAACGGTCGCGCACGGCGCCGCCAACTTTGTAGATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCaga < 5:264013/149‑1 (MQ=255) tGGCGCCCACCACCAGCCAGTCGATATCGCTGACAGGGCGGCCGAGCAAACGGTCGCGCACGGCGCCGCCAACTTTGTAGATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCagag < 6:6115/149‑1 (MQ=255) caccaGCCAGTCGATCTCGCTGACAGGGCGGCCGAGCAAACGGTCGCGCACGGCGCCGCCAACTTTGTAGATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTc > 4:32659/1‑122 (MQ=255) accaGCCAGTCGATATCGCTGACAGGGCGGCCGAGCAAACGGTCGCGCACGGCGCCGCCAACTTTGTAGATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATgggg < 2:323416/127‑1 (MQ=255) accaGCCAGTCGATATCGCTGACAGGGCGGCCGAGCAAACGGTCGCGCACGGCGCCGCCAACTTTGTAGATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATgggg > 1:323416/1‑127 (MQ=255) accaGCCAGTCGATATCGCTGACAGGGCGGCCGAGCAAACGGTCGCGCACGGCGCCGCCAACTTTGTAGATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGGATaa < 7:321478/149‑1 (MQ=255) accaGCCAGTCGATATCGCTGACAGGGCGGCCGAGCAAACGGTCGCGCACGGCGCCGCCAACTTTGTAGATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGGATaa < 2:181064/149‑1 (MQ=255) cagccagTCGATATCGCTGACAGGGCGGCCGAGCAAACGGTCGCGCACGGCGCCGCCAACTTTGTAGATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGGATAACa < 5:241913/149‑1 (MQ=255) cagccagTCGATATCGCTGACAGGGCGGCCGAGCAAACGGTCGCGCACGGCGCCGCCAACTTTGTAGATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGGATAACa < 6:130096/149‑1 (MQ=255) gccagTCGATATCGCTGACAGGGCGGCCGAGCAAACGGTCGCGCACGGCGCCGCCAACTTTGTAGATGTGCATGTGCAGCTCTCCATGACCGCCGACGGGTTATCCTGTCGGCAGTTATggagag < 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6:344425/1‑149 (MQ=255) aGGGCGGCCGAGCAAACGGTCGCGCACGGCGCCGCCAACTTTGTAGATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGGATCAGAGGTGGTGGATAACAGCCAGGTCCATGCGGCCATAg > 8:150624/1‑149 (MQ=255) cGAGCAAACGGTCGCGCACGGCGCCGCCAACTTTGTAGATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGGATAACAGCCAGGTCCATGCGGCCATAGTCGGCGCt > 7:244968/1‑149 (MQ=255) cGAGCAAACGGTCGCGCACGGCGCCGCCAACTTTGTAGATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGGATAACAGCCAGGTCCATGCGGCCATAGTCGGCGCt > 6:182987/1‑149 (MQ=255) tCGCGCACGGCGCCGCCAACTTTGTAGATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGGATAACAGCCAGGTCCATGCGGCCATAGTCGGCGCTTTCGCTATGCt > 4:359907/1‑149 (MQ=255) gccgccAACTTTGTAGATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGGATAACAGCCAGGTCCATGCGGCCATAGTCGGCGCTTTCGCTATGCTCGCCGCgcggc < 3:9194/149‑1 (MQ=255) 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tAGATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGGATAACAGCCAGGTCCATGCGGCCATAGTCGGCGCTTTCGCTATGCTCGCCGCgcggc < 3:100444/136‑1 (MQ=255) tAGATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGGATAACAGCCAGGTCCATGCGGCCATAGTCGGCGCTTTCGCTATGCTCGCCGCgcggc > 4:100444/1‑136 (MQ=255) tAGATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGGATAACAGCCAGGTCCATGCGGCCATAGTCGGCGCTTTCGCTATGCTCGCCGCGCGGCGGCATGTGGTGa < 3:359907/148‑1 (MQ=255) catgtgcaGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGGATAACAGCCAGGTCCATGCGGCCATAGTCGGCGCTTTCGCTATGCTCGCCGCGCGGCGGCATGTGGTGAGTACtcat > 4:336262/1‑148 (MQ=255) cgcaGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTTCATCATAGTTGGTGGATAACAGCAAGTTCCATGATTCCATAGTCGTCGCTTTCTCTATGCTCGCCGTGCGGCGGCATGTGATGAGTACTcaccacat < 2:115785/148‑3 (MQ=255) caGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGGATAACAGCCAGGTCCATGCGGCCATAGTCGGCGCTTTCGCTATGCTCGCCGCGCGGCGGCATGTGGTGAGTACTCATCACTTGc < 2:126552/149‑1 (MQ=255) cccATGACCGCCGACGGGTTATCCTGTCGGCAGTTATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGGATAACAGCCAGGTCCATGCGGCCATAGTCGGCGCTTTCGCTATGCTCGCCGCGCGGCGGCATGTGGTGAGTACTCATCACTTGCTCGCCt > 8:52081/2‑149 (MQ=38) cATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGGATAACAGCCAGGTCCATGCGGCCATAGTCGGCGCTTTCGCTATGCTCGCCGCGCGGCGGCATgtggt > 6:232665/1‑124 (MQ=255) cATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGGATAACAGCCAGGTCCATGCGGCCATAGTCGGCGCTTTCGCTATGCTCGCCGCGCGGCGGCATgtggt < 5:232665/124‑1 (MQ=255) cATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGGATAACAGCCAGGTCCATGCGGCCATAGTCGGCGCTTTCGCTATGCTCGCCGCGCGGCGGCATGTGGTGAGTACTCATCACTTGCTCGCCtt < 7:150624/148‑1 (MQ=255) cATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGGATAACAGCCAGGTCCATGCGGCCATAGTCGGCGCTTTCGCTATGCTCGCCGCGCGGCGGCATGTGGTGAGTACTCATCACTTGCTCGCCTTg > 8:840/1‑149 (MQ=255) cTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGGATAACAGCCAGGTCCATGCGGCCATAGTCGGCGCTTTCGCTATGCTCGCCGCGCGGCGGCATGTGGTGAGTACTCATCACTTGCTCGCCTTGCACgg > 1:215960/1‑149 (MQ=255) tGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGGATAACAGCCAGGTCCATGCGGCCATAGTCGGCGCTTTCGCTATGCTCGCCGCGCGGCGGCATGTGGTGAGTACTCATCACTTGCTCGCCTTGCACGGt > 5:40031/1‑149 (MQ=255) ccGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGGATAACAGCCAGGTCCATGCGGCCATAGTCGGCGCTTTCGCTATGCTCGCCGCGCGGCGGCATGTGGTGAGTACTCATCACTTGCTCGCCTTGCACTGtct > 8:230522/1‑149 (MQ=255) cGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGGATAACAGCCAGGTCCATGCGGCCATAGTCGGCGCTTTCGCTATGCTCGCCGCGCGGCGGCATGTGGTGAGTACTCATCACTTGCTCGCCTTGCACGGtctc < 8:244968/149‑1 (MQ=255) ggATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGGATAACAGCCAGGTCCATGCGGCCATAGTCGGCGCTTTCGCTATGCTCGCCGCGCGGCGGCATGTGGTGAGTACTCATCACTTGCTCGCCTTGCACGGTCTCCAGGt < 7:840/149‑1 (MQ=255) 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ccGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGGATAACAGCCAGGTCCATGCGGCCATAGTCGGCGCTTTCGCTATGCTCGCCGCGCGGCGGCATGTGGTGAGTACTCATCACTTGCTCGCCTTGCACGGTCTCCAGGTGGATATc < 6:40031/149‑1 (MQ=255) ccGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGGATAACAGCCAGGTCCATGCGGCCATAGTCGGCGCTTTCGCTATGCTCGCCGCGCGGCGGCATGTGGTGAGTACTCATCACTTGCTCGCCTTGCACGGTCTCCAGGTGGATATc > 2:207275/1‑149 (MQ=255) gTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGGATAACAGCCAGGTCCATGCGGCCATAGTCGGCGCTTTCGCTATGCTCGCCGCGCGGCGGCATGTGGTGAGTACTCATCACTTGCTCGCCTTGCACGGTCTCCAGGTGGATATCg > 6:200046/1‑148 (MQ=255) ggcggTCATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGGATAACAGCCAGGTCCATGCGGCCATAGTCGGCGCTTTCGCTATGCTCGCCGCGCGGCGGCATGTGGTGAGTACTCATCACTTGCTCGCCTTGCACGGTCTCCAGGTGGATATCGAAg < 2:206827/148‑1 (MQ=255) tCATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGGATAACAGCCAGGTCCATGCGGCCATAGTCGGCGCTTTCGCTATGCTCGCCGCGCGGCGGCATGTGGTGAGTACTCATCACTTGCTCGCCTTGCACGGTCTCCAGGTGGATATCGAAGCCCcac < 5:344425/149‑1 (MQ=255) | TAGCATTTCTTCGACGGTGGCGCCCACCACCAGCCAGTCGATATCGCTGACAGGGCGGCCGAGCAAACGGTCGCGCACGGCGCCGCCAACTTTGTAGATGTGCATGTGCAGCTCTCCATAACTGCCGACAGGATAACCCGTCGGCGGTCATGGGGTTGCATCAGAGGTGGTGGATAACAGCCAGGTCCATGCGGCCATAGTCGGCGCTTTCGCTATGCTCGCCGCGCGGCGGCATGTGGTGAGTACTCATCACTTGCTCGCCTTGCACGGTCTCCAGGTGGATATCGAAGCCCCAC > NC_002947/479364‑479659 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |