| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 697,239 | G→A | 7.4% | intergenic (+166/‑585) | mmsA‑I → / → PP_16SD | methylmalonate‑semialdehyde dehydrogenase/16S ribosomal RNA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 697,239 | 0 | G | A | 7.4% | 238.8 / 6.7 | 81 | intergenic (+166/‑585) | mmsA‑I/PP_16SD | methylmalonate‑semialdehyde dehydrogenase/16S ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (32/43); new base A (2/4); total (34/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.04e-01 | |||||||||||
GGGAGGCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGT‑GAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTCTTGAAATTAAAGGTTGACACCCTCTTGAATCCCCTTATAATGCGCCCCACTTCCAGCGACAACGGAAC > NC_002947/697091‑697383 | gggAGGCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGT‑GAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCgg > 6:104236/1‑149 (MQ=255)gggAGGCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGT‑GAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCgg > 4:206983/1‑149 (MQ=255) ggAGGCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGT‑GAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGt < 8:168460/149‑1 (MQ=255) ggAGGCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGT‑GAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGt < 4:144107/149‑1 (MQ=255) ggAGGCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGT‑GAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGt < 3:118503/149‑1 (MQ=255) gAGGCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTGGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTGGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGT‑GAGACCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGAtc < 5:77979/149‑1 (MQ=18) gcctgccggCCTCCCCACTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGT‑GAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTca < 8:89065/142‑1 (MQ=255) gCCGTCCGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGT‑GAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTca < 7:195981/149‑1 (MQ=255) gCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGT‑GAGACCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTca < 3:239861/149‑1 (MQ=255) ccGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACGACAGTTTCAGCGCCTGTCGAGACCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTca < 1:55497/149‑1 (MQ=21) ccGTCAGGCCTCCCCGCTTTGGTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGCAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGT‑GAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTcac < 8:261881/149‑1 (MQ=255) gTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGT‑GAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTAGGTCTCACAg > 5:336647/1‑149 (MQ=255) cAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGT‑GAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGgc > 1:5476/1‑149 (MQ=255) gCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGT‑GAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGt > 3:279236/1‑149 (MQ=255) cTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGT‑GAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTc < 2:16227/149‑1 (MQ=255) tGTTTTTGGGGGTGGGTTGTTGCTGGTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTCT‑GAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGt < 5:125440/148‑1 (MQ=255) gTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGT‑GAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTg < 3:3871/148‑1 (MQ=255) tttttGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGT‑GAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTgg < 5:237980/148‑1 (MQ=255) tttttGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGT‑GAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTgg > 2:9932/1‑148 (MQ=255) tttttGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGT‑GAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTgg < 1:9932/148‑1 (MQ=255) tGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGT‑GAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGaa < 3:206983/148‑1 (MQ=255) gggggTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGT‑GAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAac < 2:237371/148‑1 (MQ=255) ggttggttGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTCGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGT‑GAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACtt < 7:116991/149‑1 (MQ=255) ttgttgCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGATGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGT‑GAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGc > 8:52728/1‑149 (MQ=255) ttgCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGT‑GAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGccc < 1:147468/148‑1 (MQ=255) ttgCTGTTGGGGAGCAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGT‑GAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCTAACACTTGGCAGccc < 3:6961/148‑1 (MQ=255) gTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGT‑GAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATAc > 7:298961/1‑149 (MQ=255) ttGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGT‑GAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATa < 3:253349/147‑1 (MQ=255) tGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCAGT‑GACATCCAGCGCCGCCCCCGCGGCCCGCCGGCGAACATGCGCTGAAACAGTAGGGGCGCACCCATGGCAGCCCCGCTaacg > 2:186100/1‑146 (MQ=17) ggaggaACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGT‑GAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCt > 3:174937/1‑149 (MQ=255) gaggaAGTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGT‑GAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCtt < 8:276887/149‑1 (MQ=255) gaggaACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGT‑GAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCtt > 4:244515/1‑149 (MQ=255) aggaACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGT‑GAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCttt < 2:5476/149‑1 (MQ=255) tGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGT‑GAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCt > 1:226377/1‑149 (MQ=255) ttttGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGT‑GAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTta > 6:343878/1‑149 (MQ=255) gagGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGT‑GAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATAttt > 7:211465/1‑148 (MQ=255) gagGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGT‑GAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATAttt > 6:333519/1‑148 (MQ=255) agGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGT‑GAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCa < 8:298961/149‑1 (MQ=255) ggTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGT‑GAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACt > 8:279732/1‑149 (MQ=255) gtgtTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGT‑GAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACtt > 6:288356/1‑149 (MQ=255) gtTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGT‑GAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTc < 3:274322/149‑1 (MQ=255) gtTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGT‑GAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTc < 3:244515/149‑1 (MQ=255) ttGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGT‑GAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTCt < 8:352806/149‑1 (MQ=255) 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gaTGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGT‑GAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTCTTGAAATTaaa < 5:288356/149‑1 (MQ=255) tgtgTCCGCGACAACCCTTGCAGTGCCTGT‑GAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTCTTGAAATTAAAgg < 5:208634/149‑1 (MQ=255) tgtCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGT‑GAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTCTTGAAATTAAAGGtt < 4:279236/149‑1 (MQ=255) tCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGT‑GAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAacac > 1:19696/1‑89 (MQ=255) tCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGT‑GAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAacac < 2:19696/89‑1 (MQ=255) tCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGT‑GAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTCTTGAAATTAAAGGTTGa > 1:192218/1‑149 (MQ=255) 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ccgcgcggGCGGCGCTCGATCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTCTTGAAATTAAAGGTTGACACCCTCTTGAATCCCCTTATAATGCGCCCCACTTcc < 7:15257/149‑1 (MQ=255) cgcccgcGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTCTTGAAATTAAAGGTTGACACCCTCTTGAATCCCCTTATAATGCGCCCCACTTCCa < 7:343595/149‑1 (MQ=255) ccgcGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTCTTGAAATTAAAGGTTGACACCCTCTTGAATCCCCTTATAATGCGCCCCACTTCCAGc > 2:202905/1‑148 (MQ=255) cTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTCTTGAAATTAAAGGTTGACACCCTCTTGAATCCCCTTATAATGCGCCCCACTTCCAGCGACAACGGAAc < 2:96591/149‑1 (MQ=255) | GGGAGGCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGT‑GAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTCTTGAAATTAAAGGTTGACACCCTCTTGAATCCCCTTATAATGCGCCCCACTTCCAGCGACAACGGAAC > NC_002947/697091‑697383 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |