| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 709,194 | C→G | 10.8% | intergenic (+57/‑62) | murJ → / → ribF | lipid II flippase/bifunctional riboflavin kinase/FMN adenylyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 709,194 | 0 | C | G | 10.8% | 184.5 / 12.5 | 65 | intergenic (+57/‑62) | murJ/ribF | lipid II flippase/bifunctional riboflavin kinase/FMN adenylyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (31/27); new base G (4/3); total (35/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.42e-01 | |||||||||||
CTGATCCTGGCGGGCGTCGTGACGTATTTTGGCTGCCTGTACCTGTGTGGCTTCCGGCCCCGGCATTTC‑GCTCGCAAGGCCTTGCACTGAGGCTTTTGGCGGGTCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTT‑GGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAGGTCTTCACAACCTGCGCCCCGAGCACCGGGGCTGTGTCGCCACCATTGGCAACTTCGACGGGGTTC > NC_002947/709048‑709337 | cTGATCCTGGCGGGCGTCGTGACGTATTTTGGCTGCCTGTACCTGTGTGGCTTCCGGCCCCGGCATTTC‑GCTCGCAAGGCCTTGCACTGAGGCTTTTGGCGGGTCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTT‑GGGCGctgctg > 3:324718/1‑149 (MQ=255)cTGATCCTGGCGGGCGTCGTGACGTATTTTGGCTGCCTGTACCTGTGTGGCTTCCGGCCCCGGCATTTC‑GCTCGCAAGGCCTTGCACTGAGGCTTTTGGCGGGTCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTT‑GGGCGctgctg > 3:319445/1‑149 (MQ=255) aTCCTGGCGGGCGTCGTGACGTATTTTGGCTGCCTGTACCTGTGTGGCTTCCGGCCCCGGCATTTC‑GCTCGCAAGGCCTTGCACTGAGGCTTTTGGCGGGTCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTT‑GGGCGCTGCTGCCt < 3:41486/149‑1 (MQ=255) 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ttCCGGCCCCGGCATTTC‑GCTCGCAAGGCCTTGCACTGAGGCTTTTGGCGGGTCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTT‑GGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCaag > 8:75951/1‑148 (MQ=255) ccGGCCCCGGCATTTC‑GCTCGCAAGGCCTTGCACTGAGGCTTTTGGCGGGTCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTT‑GGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCaagaag > 2:69164/1‑149 (MQ=255) ccccGGCATTTC‑GCTCGCAAGGCCTTGCACTGAGGCTTTTGGCGGGTCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTT‑GGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGcgcg < 6:158263/149‑1 (MQ=255) tc‑gctcgcAAGGCCTTGCACTGAGGCTTTTGGCGGGTCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTT‑GGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCt > 8:17868/1‑149 (MQ=255) c‑gctcgcAAGGCCTTGCACTGAGGCTTTTGGCGGGTCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTT‑GGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTg > 6:353708/1‑149 (MQ=255) gctcgcAAGGCCTTGCACTGAGGCTTTTGGCGGGTCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTT‑GGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTgg > 8:172509/1‑149 (MQ=255) gctcgcAAGGCCTTGCACTGAGGCTTTTGGCGGGTCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTT‑GGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTgg > 8:167574/1‑149 (MQ=255) gCCTTGCACTCAGGCTTATGGCGGGTCAGGCGTAGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTT‑GGGCGCTGCTGCCTGACACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGACACTTTATGAGCATGAAGCGCGAGATGCAGCTGGTTCGAGGTc > 6:384751/1‑149 (MQ=255) ccTTGCACTGAGGCTTTTGGCGGGTCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTT‑GGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAGGTCt < 5:353708/149‑1 (MQ=255) gCACTGAGGCTTTTGGCGGGTCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTT‑GGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAGGTCTTc < 1:291080/147‑1 (MQ=255) cTGAGGCTTTTGGCGGGTCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTT‑GGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCAGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAGGTCTTCACAAc < 2:4478/149‑1 (MQ=255) aGGCTTTTGGCGGGTCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTT‑GGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAGGTCTTCACAACCTg > 6:253351/1‑149 (MQ=255) gCTTTTGGCGGGTCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTTGGGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAGGTCTTCACAACCTgc > 1:91997/1‑149 (MQ=255) cTTTTGGCGGGTCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTT‑GGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAGGTCTTCACAACCTgcgc < 2:40549/149‑1 (MQ=255) ttttGGCGGGTCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTT‑GGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAGGTCTTCACAACCTGCGcc > 7:200219/1‑149 (MQ=255) ttttGGCGGGTCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTT‑GGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAGGTCTTCACAACCTGCGcc > 3:120734/1‑149 (MQ=255) ggCGGGTCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTT‑GGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAGGTCTTCACAACCTGCGcccc > 8:99521/1‑147 (MQ=255) gggTCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTT‑GGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAGGTCTTCAGAACCTGCGCCCCGAGCa > 2:374180/1‑149 (MQ=255) gTCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTT‑GGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTgg > 5:307963/1‑71 (MQ=255) gTCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTT‑GGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTgg < 6:307963/71‑1 (MQ=255) tCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTT‑GGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAGGTCTTCACAACCTGCGCCCCGAGCACCg < 8:200219/149‑1 (MQ=255) gTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTT‑GGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAGGTCTTCACAACCTGCGCCCCGAGCACCGGGGCTGTGTc > 4:311491/1‑149 (MQ=255) tttCGCATTCCACGCCGCCCTT‑GGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAGGTCTTCACAACCTGCGCCCCGAGCACCGGGGCTGTGTCGc > 6:275403/1‑148 (MQ=255) cATTCCACGCCGCCCTT‑GGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAGGTCTTCACAACCTGCGCCCCGAGCACCgggg < 3:29898/134‑1 (MQ=255) cATTCCACGCCGCCCTT‑GGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAGGTCTTCACAACCTGCGCCCCGAGCACCgggg > 4:29898/1‑134 (MQ=255) cATTCCACGCCGCCCTT‑GGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAGGTCTTCACAACCTGCGCCCCGAGCACCGGGGCTGTGTCGCCACCAt > 5:173819/1‑149 (MQ=255) aTTCCACGCCGTCCTT‑GTGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTTGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAATCGCGTTATTCAGCTGGTTCGATGTCTTCACAACCTGCGCCACGAGCACCGGGGCTGTGTCGCCACCAtt < 2:142650/149‑1 (MQ=255) aTTCCACGCCGCCCTT‑GGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAGGTCTTCACAACCTGCGCCCCGAGCACCGGGGCTGTGTCGCCACCAtt < 5:179288/149‑1 (MQ=255) aTTCCACGCCGCCCTT‑GGGCGCTGCTGCCTGTCACCACCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTGTATGAGCAAGAAGCGCGTTATTCCGCTGGTTCGACCTCTACCCAACCTTCGCCCAGAGCACCGGGGCTGTGTCGCCACCAtt > 1:142650/1‑149 (MQ=255) ttCCACGCCGCCCTT‑GGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAGGTCTTCACAACCTGCGCCCCGAGCACCGGGGCTGTGTCGCCACCATTg > 5:210602/1‑149 (MQ=255) ccACGCCGCCCTT‑GGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAGGTCTTCACAACCTGCGCCCCGAGCACCGGGGCTGTGTCGCCACCATTgg < 4:324718/148‑1 (MQ=255) ccACGCCGCCCTT‑GGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAGGTCTTCACAACCTGCGCCCCGAGCACCGGGGCTGTGTCGCCACCATTgg < 4:319445/148‑1 (MQ=255) gccgccCTT‑GGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAGGTGTTCACAACCTGCGCCCCGAGCAGCGGGGCTGTGTCGCCACCATTGGCAACt > 2:299088/1‑149 (MQ=255) gccgccCTT‑GGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAGGTCTTCACAACCTGCGCCCCGAGCACCGGGGCTGTGTCGCCACCATTGGCAACt > 2:303683/1‑149 (MQ=255) cgccCTT‑GGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAGGTCTTCACAACCTGCGCCCCGAGCACCGGGGCTGTGTCGCCACCATTGGCAACTTc < 2:91997/149‑1 (MQ=255) ccTT‑GGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAGGTCTTCAGAACCTGCGCCCCGAGCACCGGGGCTGTGTCGCCACCATTGGCAACTTCGAc < 1:374180/149‑1 (MQ=255) ccTT‑GGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAGGTCTTCACAACCTGCGCCCCGAGCACCGGGGCTGTGTCGCCACCATTGGCAACTTCGAc < 7:17868/149‑1 (MQ=255) acccgggCGCTGGTGACAGGCAGCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAGGTCtt > 6:167568/5‑95 (MQ=37) acccgggCGCTGGTGACAGGCAGCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAGGTCtt < 5:167568/91‑1 (MQ=37) tt‑GGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAGGTCTTCACAACCTGCGCCCCGAGCACCGGGGCTGTGTCGCCACCATTGGCAACTTCGACgg > 3:298266/1‑149 (MQ=255) cgggCGCTGGTGACAGGCAGCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAGGTCTTCACAACCTGCGCCCCGAGCACCGGGGCTGTGTCGCCACCATTGGCAACTTCGACggg > 6:376016/2‑149 (MQ=255) gggCGCTGGTGACAGGCAGCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAGGTCTTCACAACCTGCGCCCCGAGCACCGGGGCTGTGTCGCCACCATTGGCAACTTCGACgggg > 8:71372/1‑149 (MQ=255) gggCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAGGTCTTCACAACCTGCGCCCCGAGCACCGGGGCTGTGTCGCCACCATTGGCAACTTCGACgg < 4:120734/147‑1 (MQ=255) cgcTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATACTCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAGGTCTTCACAACCTGCGCCCCGAGCACCGGGGCTGTGTCGCCACCATTGGCAACTTCGACGGGGTTc < 8:161631/149‑1 (MQ=255) | CTGATCCTGGCGGGCGTCGTGACGTATTTTGGCTGCCTGTACCTGTGTGGCTTCCGGCCCCGGCATTTC‑GCTCGCAAGGCCTTGCACTGAGGCTTTTGGCGGGTCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTT‑GGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAGGTCTTCACAACCTGCGCCCCGAGCACCGGGGCTGTGTCGCCACCATTGGCAACTTCGACGGGGTTC > NC_002947/709048‑709337 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |