| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 709,204 | C→G | 10.0% | intergenic (+67/‑52) | murJ → / → ribF | lipid II flippase/bifunctional riboflavin kinase/FMN adenylyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 709,204 | 0 | C | G | 10.0% | 202.0 / 12.1 | 70 | intergenic (+67/‑52) | murJ/ribF | lipid II flippase/bifunctional riboflavin kinase/FMN adenylyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (36/27); new base G (4/3); total (40/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.24e-01 | |||||||||||
GCGGGCGTCGTGACGTATTTTGGCTGCCTGTACCTGTGTGGCTTCCGGCCCCGGCATTTC‑GCTCGCAAGGCCTTGCACTGAGGCTTTTGGCGGGTCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTT‑GGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAGGTCTTCACAACCTGCGCCCCGAGCACCGGGGCTGTGTCGCCACCATTGGCAACTTCGACGGGGTTCACCGCGGCCACCAG > NC_002947/709057‑709351 | gcgggcgTCGTGACGTATTTTGGCTGCCTGTACCTGTGTGGCTTCCGGCCCCGGCATTTC‑GCTCGCAAGGCCTTGCACTGAGGCTTTTGGCGGGTCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTT‑GGGCGCTGCTGCCTGTCAc < 2:182103/148‑1 (MQ=255) cgtcgtGACGTATTTTGGCTGCCTGTACCTGTGTGGCTTCCGGCCCCGGCATTTC‑GCTCGCAAGGCCTTGCACTGAGGCTTTTGGCGGGTCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTT‑GGGCGCTGGTGACAGGCAGCAgcgc < 4:309677/149‑1 (MQ=255) cgtGACGTATTTTGGCTGCCTGTACCTGTGTGGCTTCCGGCCCCGGCATTTC‑GCTCGCAAGGCCTTGCACTGAGGCTTTTGGCGGGTCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTT‑GGGCGCTGGTGACAGGCAGCAGCGccc > 1:127338/1‑148 (MQ=255) 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cTGTACCTGTGTGGCTTCCGGCCCCGGCATTTC‑GCTCGCAAGGCCTTGCACTGAGGCTTTTGGCGGGTCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTT‑GGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGc > 2:291080/1‑148 (MQ=255) gTACCTGTGTGGCTTCCGGCCCCGGCATTTC‑GCTCGCAAGGCCTTGCACTGAGGCTTTTGGCGGGTCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTT‑GGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCAc > 1:5870/1‑149 (MQ=255) tgtgtgGCTTCCGGCCCCGGCATTTCAGCTCGCAAGGCCTTGCACTGAGGCTTTTGGCGGGTCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTT‑GGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCAGCCACTTTa > 1:4478/1‑149 (MQ=255) tgtgGCTTCCGGCCCCGGCATTTC‑GCTCGCAAGGCCTTGCACTGAGGCTTTTGGCGGGTCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTT‑GGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTAt < 3:31342/147‑1 (MQ=255) tgGCTTCCGGGCCCGGCATTTC‑GCTCGCAAGGCGTTGCACTGAGGCTTTTGGCTGGTCAGGGGTCGGTTTTTCTCATTCCACGCCGCCCTT‑GGGCGCTGCTGCCTCTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATTATCGGGCACTTTATGa < 6:163659/147‑1 (MQ=255) tgGCTTCCGGCCCCGGCATTTC‑GCTCCCAAGGCCTTGCAGTGAGGCTTTTGCCGGGTCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTT‑GGGCGCTGCTGGCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTTTATTCGGGCACTTTATGa > 5:163659/1‑147 (MQ=255) gCTTCCGGCCCCGGCATTTC‑GCTCGCAAGGCCTTGCACTGAGGCTTTTGGCGGGTCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTT‑GGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGc > 6:179288/1‑147 (MQ=255) ttCCGGCCCCGGCATTTC‑GCTCGCAAGGCCTTGCACTGAGGCTTTTGGCGGGTCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTT‑GGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCaag > 8:75951/1‑148 (MQ=255) ccGGCCCCGGCATTTC‑GCTCGCAAGGCCTTGCACTGAGGCTTTTGGCGGGTCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTT‑GGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCaagaag > 2:69164/1‑149 (MQ=255) ccccGGCATTTC‑GCTCGCAAGGCCTTGCACTGAGGCTTTTGGCGGGTCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTT‑GGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGcgcg < 6:158263/149‑1 (MQ=255) tc‑gctcgcAAGGCCTTGCACTGAGGCTTTTGGCGGGTCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTT‑GGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCt > 8:17868/1‑149 (MQ=255) c‑gctcgcAAGGCCTTGCACTGAGGCTTTTGGCGGGTCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTT‑GGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTg > 6:353708/1‑149 (MQ=255) gctcgcAAGGCCTTGCACTGAGGCTTTTGGCGGGTCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTT‑GGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTgg > 8:167574/1‑149 (MQ=255) gctcgcAAGGCCTTGCACTGAGGCTTTTGGCGGGTCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTT‑GGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTgg > 8:172509/1‑149 (MQ=255) gCCTTGCACTCAGGCTTATGGCGGGTCAGGCGTAGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTT‑GGGCGCTGCTGCCTGACACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGACACTTTATGAGCATGAAGCGCGAGATGCAGCTGGTTCGAGGTc > 6:384751/1‑149 (MQ=255) ccTTGCACTGAGGCTTTTGGCGGGTCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTT‑GGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAGGTCt < 5:353708/149‑1 (MQ=255) gCACTGAGGCTTTTGGCGGGTCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTT‑GGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAGGTCTTc < 1:291080/147‑1 (MQ=255) cTGAGGCTTTTGGCGGGTCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTT‑GGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCAGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAGGTCTTCACAAc < 2:4478/149‑1 (MQ=255) aGGCTTTTGGCGGGTCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTT‑GGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAGGTCTTCACAACCTg > 6:253351/1‑149 (MQ=255) gCTTTTGGCGGGTCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTTGGGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAGGTCTTCACAACCTgc > 1:91997/1‑149 (MQ=255) cTTTTGGCGGGTCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTT‑GGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAGGTCTTCACAACCTgcgc < 2:40549/149‑1 (MQ=255) ttttGGCGGGTCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTT‑GGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAGGTCTTCACAACCTGCGcc > 3:120734/1‑149 (MQ=255) ttttGGCGGGTCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTT‑GGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAGGTCTTCACAACCTGCGcc > 7:200219/1‑149 (MQ=255) ggCGGGTCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTT‑GGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAGGTCTTCACAACCTGCGcccc > 8:99521/1‑147 (MQ=255) gggTCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTT‑GGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAGGTCTTCAGAACCTGCGCCCCGAGCa > 2:374180/1‑149 (MQ=255) gTCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTT‑GGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTgg < 6:307963/71‑1 (MQ=255) 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cATTCCACGCCGCCCTT‑GGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAGGTCTTCACAACCTGCGCCCCGAGCACCGGGGCTGTGTCGCCACCAt > 5:173819/1‑149 (MQ=255) aTTCCACGCCGTCCTT‑GTGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTTGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAATCGCGTTATTCAGCTGGTTCGATGTCTTCACAACCTGCGCCACGAGCACCGGGGCTGTGTCGCCACCAtt < 2:142650/149‑1 (MQ=255) aTTCCACGCCGCCCTT‑GGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAGGTCTTCACAACCTGCGCCCCGAGCACCGGGGCTGTGTCGCCACCAtt < 5:179288/149‑1 (MQ=255) aTTCCACGCCGCCCTT‑GGGCGCTGCTGCCTGTCACCACCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTGTATGAGCAAGAAGCGCGTTATTCCGCTGGTTCGACCTCTACCCAACCTTCGCCCAGAGCACCGGGGCTGTGTCGCCACCAtt > 1:142650/1‑149 (MQ=255) ttCCACGCCGCCCTT‑GGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAGGTCTTCACAACCTGCGCCCCGAGCACCGGGGCTGTGTCGCCACCATTg > 5:210602/1‑149 (MQ=255) 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ccTT‑GGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAGGTCTTCAGAACCTGCGCCCCGAGCACCGGGGCTGTGTCGCCACCATTGGCAACTTCGAc < 1:374180/149‑1 (MQ=255) ccTT‑GGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAGGTCTTCACAACCTGCGCCCCGAGCACCGGGGCTGTGTCGCCACCATTGGCAACTTCGAc < 7:17868/149‑1 (MQ=255) acccgggCGCTGGTGACAGGCAGCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAGGTCtt > 6:167568/5‑95 (MQ=37) acccgggCGCTGGTGACAGGCAGCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAGGTCtt < 5:167568/91‑1 (MQ=37) tt‑GGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAGGTCTTCACAACCTGCGCCCCGAGCACCGGGGCTGTGTCGCCACCATTGGCAACTTCGACgg > 3:298266/1‑149 (MQ=255) cgggCGCTGGTGACAGGCAGCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAGGTCTTCACAACCTGCGCCCCGAGCACCGGGGCTGTGTCGCCACCATTGGCAACTTCGACggg > 6:376016/2‑149 (MQ=255) 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tGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTAAGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAGGTCATCACAACATGCGCCCCGAGCACCGGGGCTGAGTCGCCACCATTGGCAACATCGACGGGGTTCACCGCGGcca > 1:92473/1‑149 (MQ=255) tCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAGGTCTTCACAACCTGCCCCCCGAGCACCGGGGCTGTGTCGCCACCATTGGCAACTTCGACGGGGTTCACCGCGGccac < 2:5870/148‑1 (MQ=255) aCCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAGGTCTTCACAACCTGCGCCCCGAGCACCGGGGCTGTGTCGCCACCATTGGCAACTTCGACGGGGTTCACCGCGGccacca < 5:253351/148‑1 (MQ=255) aCCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAGGTCTTCACAACCTGCGCCCCGAGCACCGGGGCTGTGTCGCCACCATTGGCAACTTCGACGGGGTTCACCGCGGCCACCAg > 1:223969/1‑149 (MQ=255) aCCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAGGTCTTCACAACCTGCGCCCCGAGCACCGGGGCTGTGTCGCCACCATTGGCAACTTCGACGGGGTTCACCGCGGCCACCAg > 1:182912/1‑149 (MQ=255) | GCGGGCGTCGTGACGTATTTTGGCTGCCTGTACCTGTGTGGCTTCCGGCCCCGGCATTTC‑GCTCGCAAGGCCTTGCACTGAGGCTTTTGGCGGGTCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTT‑GGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAGGTCTTCACAACCTGCGCCCCGAGCACCGGGGCTGTGTCGCCACCATTGGCAACTTCGACGGGGTTCACCGCGGCCACCAG > NC_002947/709057‑709351 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |