Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 925,758 | G→A | 7.7% | R290C (CGC→TGC) | PP_0805 ← | outer membrane efflux protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 925,758 | 0 | G | A | 7.7% | 147.4 / 2.6 | 52 | R290C (CGC→TGC) | PP_0805 | outer membrane efflux protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (22/26); new base A (2/2); total (24/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.82e-01 |
TCAGGTAGATGCCCGCCTGGGTGCGGTCCAGCCGTGCGTTATCGCGGTTGTAGTCGTCGTCCAGGTAATGATTGACCTGCGGTTGCAACGACAGGGTAGGGTAGGCCTCCGCCTTGGCCTGGGCCAGCTCGGCCTGGCCCTGTGCGCGCTGGGCCAGGGCCATCAGCACGGCGGGCAGGCGATCATCACCCTGTGCAGGGCGCTTGCAGGCCTGGTCCAGCTCGGCGGGTGAGCCCTCGGCCAGTGCCGGAGGGGTAACGCGACCCATCAGCGCCGCCAGGGTCGAGCGCCAG > NC_002947/925611‑925903 | gcAGGTAGATGCCCGCCTGGGTGCGGTCCAGCCGTGCGTTATCGCGGTTGTAGTCGTCGTCCAGGTAATGATTGACCTGCGGTTGCAACGACAGGGTAGGGTAGGCCGCCGCCTTGGCCTGGGCCAGCTCGGCCTGGCCCTGTgcgcgc < 3:82055/148‑1 (MQ=255) aGGTAGATGCCCGCCTGGGTGCGGTCCAGCCGTGCGTTAGCGCGGGTGGAGTCGGCGGCCAGGTAATGCTTGCCCGGCGGGTGCAACGCCCGGGTAGGGGAGGCCTCCGCCTTGGCCTGGGCCAGCTCGGCCTGGCCCTGTGCGCGCTg < 3:217996/149‑1 (MQ=255) ttgATGCCCGCCTGGGTGCGGTCCAGCCGTGCGTTATCGCGGTTGTAGTCGTCGTCCAGGTAATGATTGACCTGCGGTTGCAACGACAGGGTAGGGTAGGCCTCCGCCTTGGCCTGGGCCAGCTCGGCCTGGCCCTGTGCGCGCTggg < 8:121562/146‑1 (MQ=255) tAGATGCCCGCCTGGGTGCGGTCCAGCCGTGCGTTATCGCGGTTGTAGTCGTCGTCCAGGTAATGATTGACCTGCGGTTGCAACGACAGGGTAGGGTAGGCCTCCGCCTTGGCCTGGGCCAGCTCGGCCTGGCCCTGTGCGCGCTgggc < 5:224124/149‑1 (MQ=255) gATGCCCGCCTGGGTGCGGTCCAGCCGTGCGTTATCGCGGTTGTAGTCGTCGTCCAGGTAATGATTGACCTGCGGTTGCAACGACAGGGTAGGGTAGGCCTCCGCCTTGGCCTGGGCCAGCTCGGCCTGGCCCAGCGCGCACAgggcca < 1:208376/149‑1 (MQ=255) tGCCCGCCTGGGTGCGGTCCAGCCGTGCGTTATCGCGGTTGTAGTCGTCGTCCAGGTAATGATTGACCTGCGGTTGCAACGACAGGGTAGGGTAGGCCTCCGCCTTGGCCTGGGCCAGCTCGGCCTGGCCCTGTGCGCGCTgggccagg < 3:97770/149‑1 (MQ=255) gCCCGCCTGGGTGCGGTCCAGCCGTGCGTTATCGCGGTTGTAGTCGTCGTCCAGGTAATGATTGACCTGCGGTTGCAACGACAGGGTAGGGTAGGCCTCCGCCTTGGCCTGGGCCAGCTCGGCCTGGCCCTGTGCGCGCTgggccaggg > 5:54880/1‑149 (MQ=255) gCCTGGGTGCGGTCCAGCCGTGCGTTATCGCGGTTGTAGTCGTCGTCCAGGTAATGATTGACCTGCGGTTGCAACGACAGGGTAGGGTAGGCCTCCGCCTTGGCCTGGGCCAGCTCGGCCTGGCCCTGTGCGCGCTGGGCCAGGGCCAt > 3:105985/1‑149 (MQ=255) ggTGCGGTCCAGCCGTGCGTTATCGCGGTTGTAGTCGTCGTCCAGGTAATGATTGACCTGCGGTTGCAACGACAGGGTAGGGTAGGCCTCCGCCTTGGCCTGGGCCAGCTCGGCCTGGCCCTGTGCGCGCTGGGCCAGGGCCATCAGCa < 3:163356/149‑1 (MQ=255) cGGTCCAGCCGTGCGTTATCGCGGTTGTAGTCGTCGTCCAGGTAATGATTGACCTGCGGTTGCAACGACAGGGTAGGGTAGGCCTCCGCCTTGGCCTGGGCCAGCTCGGCCTGGCCCTGTGCGCGCTGGGCCAGGGCCATCAGCAcggc < 7:71600/149‑1 (MQ=255) cGGTCCAGCCGTGCGTTATCGCGGTTGTAGTCGTCGTCCAGGTAATGATTGACCTGCGGTTGCAACGACAGGGTAGGGTAGGCCTCCGCCTTGGCCTGGGCCAGCTCGGCCTGGCCCTGTGCGCGCTGGGCCAGGGCCATCAGCAcggc < 6:231594/149‑1 (MQ=255) cGGTCCAGCCGTGCGTTATCGCGGTTGTAGTCGTCGTCCAGGTAATGATTGACCTGCGGTTGCAACGACAGGGTAGGGTAGGCCTCCGCCTTGGCCTGGGCCAGCTCGGCCTGGCCCTGTGCGCGCTGGGCCAGGGCCATCAGCAcggc > 8:286710/1‑149 (MQ=255) gCCGTGCGTTATCGCGGTTGTAGTCGTCGTCCAGGTAATGATTGACCTGCGGTTGCAACGACAGGGTAGGGTAGGCCTCCGCCTTGGCCTGGGCCAGCTCGGCCTGGCCCTGTGCGCGCTGGGCCAGGGCCATCAGCACGGCGGGCAgg < 1:349698/149‑1 (MQ=255) tGCGTTATCGCGGTTGTAGTCGTCGTCCAGGTAATGATTGACCTGCGGTTGCAACGACAGGGTAGGGTAGGCCTCCGCCTTGGCCTGGGCCAGCTCGCCCTGGCCCAGCGCGCACAgggccaggccg > 2:314078/1‑124 (MQ=39) tGCGTTATCGCGGTTGTAGTCGTCGTCCAGGTAATGATTGACCTGCGGTTGCAACGACAGGGTAGGGTAGGCCTCCGCCTTGGCCTGGGCCAGCTCGCCCTGGCCCAGCGCGCACAgggccaggccg < 1:314078/127‑4 (MQ=39) cgGTTGTAGTCGTCGTCCAGGTAATGATTGACCTGCGGTTGCAACGACAGGGTAGGGTAGGCCTCCGCCTTGGCCTGGGCCAGCTCGGCCTGGCCCTGTGCGCGCTGGGCCAGGGCCATCAGCACGGCGGGCAg < 7:43647/134‑1 (MQ=255) cgGTTGTAGTCGTCGTCCAGGTAATGATTGACCTGCGGTTGCAACGACAGGGTAGGGTAGGCCTCCGCCTTGGCCTGGGCCAGCTCGGCCTGGCCCTGTGCGCGCTGGGCCAGGGCCATCAGCACGGCGGGCAg > 8:43647/1‑134 (MQ=255) ggTTGTAGTCGTCGTCCAGGTAATGATTGACCTGCGGTTGCAACGACAGGGTAGGGTAGGCCTCCGCCTTGGCCTGGGCCAGCTCGGCCTGGCCCTGTGCGCGCTGGGCCAGGGCCATCAGCACGGCGGGCAGGCGATCATCACCCtgt > 4:331903/1‑149 (MQ=255) ggTTGTAGTCGTCGTCCAGGTAATGATTGACCTGCGGTTGCAACGACAGGGTAGGGTAGGCCTCCGCCTTGGCCTGGGCCAGCTCGGCCTGGCCCTGTGCGCGCTGGGCCAGGGCCATCAGCACGGCGGGCAGGCGATCATCACCCtgt > 5:217150/1‑149 (MQ=255) gTAGTCGTCGTCCAGGTAATGATTGACCTGCGGTTGCAACGACAGGGTAGGGTAGGCCTCCGCCTTGGCCTGGGCCAGCTCGGCCTGGCCCTGTGCGCGCTTGGCCAGGGCCCTCAGCACGGCGGGCAGGCGATCATCACCCtctgaat > 7:175681/1‑146 (MQ=255) gtcCAGGTAATGATTGACCTGCGGTTGCAACGACAGGGTAGGGTAGGCCTCCGCCTTGGCCTGGGCCAGCTCGGCCTGGCCCTGTGCGCGCTGGGCCAGGGCCATCAGCACGGCGGGCAGGCGATCATCACCCTGTGCAGGGCGCTTg > 1:109017/1‑148 (MQ=255) cAGGTAATGATTGACCTGCGGTTGCAACGACAGGGTAGGGTAGGCCTCCGCCTTGGCCTGGGCCAGCTCGGCCTGGCCCTGTGCGCGCTGGGCCAGGGCCATCAGCACGGCGGGCAGGCGATCATCACCCTGTGCAGGGCGCTTGCa > 3:98936/1‑147 (MQ=255) cAGGTAATGATTGACCTGCGGTTGCAACGACAGGGTAGGGTAGGCCTCCGCCTTGGCCTGGGCCAGCTCGGCCTGGCCCTGTGCGCGCTGGGCCAGGGCCATCAGCACGGCGGGCAGGCGATCATCACCCTGTGCAGGGCGCTTGCa < 4:98936/147‑1 (MQ=255) gTAATGATTGACCTGCGGTTGCAACGACAGGGTAGGGTAGGCCTCCGCCTTGGCCTGGGCCAGCTCGGCCTGGCCCTGTGCGCGCTGGGCCAGGGCCATCAGCACGGCGGGCAGGCGATCATCACCCTGTGCAGGGCGCTTGCAGGCCt > 3:27340/1‑149 (MQ=255) tGATTGACATGGGTTTGCAAAGACAGTGTAGGGTAGGCCTCCTCGTTGTCCTGGGCCAGCTCGGGCTGGCCCTGTGCGCGCTGTGCCAGGGCAATCAGCACGGCGGGCAGGCGATCATCAACCTGTGCA‑GGCGCTTTCAGGCCTTGTc < 8:175681/148‑1 (MQ=255) gATTGACCTGCGGTTGCAACGACAGGGTAGGGTAGGCCTCCGCCTTGGCCTGGGCCAGCTCGGCCTGGCCCTGTGCGCGCTGGGCCAGTGCCATCAGCACGGCGGGCAGGCGATCATCACCCTGTGCAGGGCGCTTGCAGGCCTGGTc > 1:345683/1‑148 (MQ=255) gTTGCAACGACAGGGTAGGGTAGGCCTCCGCCTTGGCCTGGGCCAGCTCGGCCTGGCCCTGTGCGCGCTGGGCCAGGGCCATCAGCACGGCGGGCAGGCGATCATCACCCTGTGCAGGGCGCTTGCAGGCCTGGTCCAGCTCGGCGGGt < 7:286710/149‑1 (MQ=255) gTTGCAACGACAGGGTAGGGTAGGCCTCCGCCTTGGCCTGGGCCAGCTCGGCCTGGCCCTGTGCGCGCTGGGCCAGGGCCATCAGCACGGCGGGCAGGCGATCATCACCCTGTGCAGGGCGCTTGCAGGCCTGGTCCAGCTCGGCGGGt < 6:16424/149‑1 (MQ=255) ttGCAACGACAGGGTAGGGTAGGCCTCCGCCTTGGCCTGGGCCAGCTCGGCCTGGCCCTGTGCGCGCTgggccagg < 8:17745/76‑1 (MQ=255) ttGCAACGACAGGGTAGGGTAGGCCTCCGCCTTGGCCTGGGCCAGCTCGGCCTGGCCCTGTGCGCGCTGGGCCAGGGCCATCAGCACGGCGGGCAGGCGATCATCACCCTGTGCAGGGCGCTTGCAGGCCTGGTCCAGCTCGGCGGGTg < 2:109017/149‑1 (MQ=255) ttGCAACGACAGGGTAGGGTAGGCCTCCGCCTTGGCCTGGGCCAGCTCGGCATGGCCCTGTGCGCGCTgggccagg > 7:17745/1‑76 (MQ=255) gCAACGACAGGGTAGGGTAGGCCTCCGCCTTGGCCTGGGCCAGCTCGGCCTGGCCCTGTGCGCGCTGGGCCAGGGCCATCAGCACGGCGGGCAGGCGATCATCACCCTGTGCAGGGCGCtt < 6:257422/121‑1 (MQ=255) gCAACGACAGGGTAGGGTAGGCCTCCGCCTTGGCCTGGGCCAGCTCGGCCTGGCCCTGTGCGCGCTGGGCCAGGGCCATCAGCACGGCGGGCAGGCGATCATCACCCTGTGCAGGGCGCtt > 5:257422/1‑121 (MQ=255) aaCGACAGGGTAGGGTAGGCCTCCGCCTTGGCCTGGGCCAGCTCGGCCTGGCCCTGTGCGCGCTGGGCCAGGGCCATCAGCACGGCGGGCAGGCGATCATCACCCTGTGCAGGGCGCTTGCAGGCCTGGTCCAGCTCGGCGGGTGAGcc > 3:56408/1‑149 (MQ=255) aaCGACAGGGTAGGGTAGGCCTCCGCCTTGGCCTGGGCCAGCTCGGCCTGGCCCTGTGCGCGCTGGGCCAGGGCCATCAGCACGGCGGGCAGGCGATCATCACCCTGTGCAGGGCGCTTGCAGGCCTGGTCCAGCTCGGCGGGTGAGcc > 8:34036/1‑149 (MQ=255) aaCGACAGGGTAGGGTAGGCCTCCGCCTTGGCCTGGGCCAGCTCGGCCTGGCCCTGTGCGCGCTGGGCCAGGGCCATCAGCACGGCGGGCAGGCGATCATCACCCTGTGCAGGGCGCTTGCAGGCCTGGTCCAGCTCGGCGGGTGAGcc > 8:337680/1‑149 (MQ=255) ggtagggtagGCCTCCGCCTTGGCCTGGGCCAGCTCGGCCTGGCCCTGTGCGCGCTGGGCCAGGGCCATCAGCACGGCGGGCAGGCGATCATCACCCTGTGCAGGGCGCTTGCAGGCCTGGTCCAGCTCGGCGGGTGAGCCCTCGGc > 7:168157/1‑147 (MQ=255) ggtagggtagGCCTCCGCCTTGGCCTGGGCCAGCTCGGCCTGGCCCTGTGCGCGCTGGGCCAGGGCCATCAGCACGGCGGGCAGGCGATCATCACCCTGTGCAGGGCGCTTGCAGGCCTGGTCCAGCTCGGCGGGTGAGCCCTCGGc > 1:84019/1‑147 (MQ=255) tagggtaggCCTCCGCCTTGGCCTGGGCCAGCTCGGCCTGGCCCTGTGCGCGCTGGGCCAGGGCCATCAGCACGGCGGGCAGGCGATCATCACCCTGTGCAGGGCGCTTGCAGGCCTGGTCCAGCTCGGCGGGTGAGCCCTCGGCCAGt < 7:337680/149‑1 (MQ=255) agggtaggCCTCCGCCTTGGCCTGGGCCAGATCGGCCTGGCCCTGTGCGCGCTGGGCCAGGGCCATCAGCCCGGCTGGCAGGCGATCATCACCCTGTGCAGGGCGCTTGCAGGCCTGGTCCAGCTCGGCGGGTGAGCCCTCGGCCAGTg > 2:167728/1‑149 (MQ=255) aggCCTCCGCCTTGGCCTGGGCCAGCTCGGCCTGGCCCTGTGCGCGCTGGGCCAGGGCCATCAGCACGGCGGGCAGGCGATCATCACCCTGTGCAGGGCGCTTGCAGGCCTGGTCCAGCTCGGCGGGTGAg > 4:341000/1‑131 (MQ=255) aggCCTCCGCCTTGGCCTGGGCCAGCTCGGCCTGGCCCTGTGCGCGCTGGGCCAGGGCCATCAGCACGGCGGGCAGGCGATCATCACCCTGTGCAGGGCGCTTGCAGGCCTGGTCCAGCTCGGCGGGTGAg < 3:341000/131‑1 (MQ=255) ggCCTCCGCCTTGGCCTGGGCCAGCTCGGCCTGGCCCTGTGCGCGCTGGGCCAGGGCCATCAGCACGGCGGGCAGGCGATCATCACCCTGTGCAGGGCGCTTGCAGGCCTGGTCCAGCTCGGCGGGTGAGCCCTCGGCCAGTGCCGGAg < 4:56408/149‑1 (MQ=255) gCCTCCGCCTTGGCCTGGGCCAGCTCGGCCTGGCCCTGTGCGCGCTGGGCCAGGGCCATCAGCACGGCGGGCAGGCGATCATCACCCTGTGCAGGGCGCTTGCGGGCCTGGTCCAGCTCGGCGGGTGAGCCCTCGGCCAGTGCCGGAgg < 6:54880/149‑1 (MQ=255) gCCTCCGCCTTGGCCTGGGCCAGCTCGGCCTGGCCCTGTGCGCGCTGGGCCAGGGCCATCAGCACGGCGGGCAGGCGATCATCACCCTGTGCAGGGCGCTTGCAGGCCTGGTCCAGCTCGGCGGGTGAGCCCTCGGCCAGTGCCGGAgg < 3:331903/149‑1 (MQ=255) tCCGCCTTGGCCTGGGCCAGCTCGGCCTGGCCCTGTGCGCGCTGGGCCAGGGCCATCAGCACGGCGGGCAGGCGATCATCACCCTGTGCAGGGCGCTTGCAGGCCTGGTCCAGCTCGGCGGGTGAGCCCTCGGCCAGTGCCGGAgggg > 3:38954/1‑148 (MQ=255) gCCTGGGCCAGCGCGGCCAGGCCCGGCGCGCGCGCGGCCAGGGCCATCAGCACGGCGGGCAGGCGAGCATCACCCGGTGCCGGGCGCTTGCCGGCCTGGTCCAGCTCGGCGGGTGAGCCCTCGGCCAGTGCCGGAGGGGTAACGCGAcc < 8:203627/149‑1 (MQ=255) ggCCAGCTCGGCCTGGCCCTGTGCGCGCTGGGCCAGGGCCATCAGCACGGCGGGCAGGCGATCATCACCCTGTGCAGGGCGCTTGCAGGCCTGGTCCAGCTCGGCGGGTGAGCCCTCGGCCAGTGCCGGAGGGGTAACGCGACCCATCa < 2:133101/149‑1 (MQ=255) ggCCTGGCCCTGTGCGCGCTGGGCCAGGGCCATCAGCACGGCGGGCAGGCGATCATCACCCTGTGCAGGGCGCTTGCAGGCCTGGTCCAGCTCGGCGGGTGAGCCCTCGGCCAGTGCCGGAGGGGTAACGCGACCCATCAGcgccgc < 4:38954/147‑1 (MQ=255) ccTGGCCCTGTGCGCGCTGGGCCAGGGCCATCAGCACGGCGGGCAGGCGATCATCACCCTGTGCAGGGCGCTTGCAGGCCTGGTCCAGCTCGGCGGGTGAGCCCTCGGCCAGTGCCGGAGGGGTAACGCGACCCATCAGCGCCGCCAgg < 4:105985/149‑1 (MQ=255) ccTGGCCCAGCGCGCACAGGGCCAGGGCCATCAGCACGGCGGGCAGGCGATCATCACCCTGTGCAGGGCGCTTGCAGGCCTGGTCCAGCTCGGCGGGTGAGCCCTCGGCCAGTGCCGGAGGGGTAACGCGACCCATCAGCGCCGCCAgg > 2:283986/1‑149 (MQ=255) cTGGCCCTGTGCGCGCTGGGCCAGGGCCATCAGCACGGCGGGCAGGCGATCATCACCCTGTGCAGGGCGCTTGCAGGCCTGGTCCAGCTCGGCGGGCGAGCCCTCGGCCAGTGCCGGAGGGGTAACGCGACCCATc < 7:284232/136‑1 (MQ=255) cTGGCCCTGTGCGCGCTGGGCCAGGGCCATCAGCACGGCGGGCAGGCGATCATCACCCTGTGCAGGGCGCTTGCAGGCCTGGTCCAGCTCGGCGGGCGAGCCCTCGGCCAGTGCCGGAGGGGTAACGCGACCCATc > 8:284232/1‑136 (MQ=255) cgcgcTGGGCCAGGGCCATCAGCACGGCGGGCAGGCGATCATCACCCTGTGCAGGGCGCTTGCAGGCCTGGTCCAGCTCGGCGGGTGAGCCCTCGGCCAGTGCCGGAGGGGTAACGCGACCCATCAGCGCCGCCAGGGTCGAGCGCCAg < 4:27340/149‑1 (MQ=255) | TCAGGTAGATGCCCGCCTGGGTGCGGTCCAGCCGTGCGTTATCGCGGTTGTAGTCGTCGTCCAGGTAATGATTGACCTGCGGTTGCAACGACAGGGTAGGGTAGGCCTCCGCCTTGGCCTGGGCCAGCTCGGCCTGGCCCTGTGCGCGCTGGGCCAGGGCCATCAGCACGGCGGGCAGGCGATCATCACCCTGTGCAGGGCGCTTGCAGGCCTGGTCCAGCTCGGCGGGTGAGCCCTCGGCCAGTGCCGGAGGGGTAACGCGACCCATCAGCGCCGCCAGGGTCGAGCGCCAG > NC_002947/925611‑925903 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |