| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,025,786 | C→G | 8.8% | A394A (GCG→GCC) ‡ | dppA‑II ← | dipeptide ABC transporter substrate‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,025,786 | 0 | C | G | 8.8% | 154.9 / 4.8 | 54 | A394A (GCG→GCC) ‡ | dppA‑II | dipeptide ABC transporter substrate‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (25/24); new base G (3/2); total (28/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.75e-01 | |||||||||||
GGTACCCAGCCAGTTGTCCGGGTCGCCGTTGTCACCGGTCCAGCCGATCAGGGCGATGTCGTGCTCACCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCC‑GCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCATTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGGTGCCAGGTTTGACACCCGCCTGCTGGATCAGCTGTCTGGCCTTTTCCGGCGCGTACGGGGCGTCCTTGA > NC_002947/1025642‑1025934 | ggTACCCAGCCAGTTGTCCGGGTCGCCGTTGTCACCGGTCCAGCCGATCAGGGCGATGTCGTGCTCACCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCC‑GCCt > 3:137835/1‑149 (MQ=255)ggTACCCAGCCAGTTGTCCGGGTCGCCGTTGTCACCGGTCCAGCCGATCAGGGCGATGTCGTGCTCACCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCC‑GCCt < 2:228297/149‑1 (MQ=255)ggTACCCAGCCAGTTGTCCGGGTCGCCGTTGTCACCGGTCCAGCCGATCAGGGCGATGTCGTGCTCACCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCC‑GCCt < 3:334528/149‑1 (MQ=255) cagccagTTGTCCGGGTCGCCGTTGTCACCGGTCCAGCCGATCAGGGCGATGTCGTGCTCACCGTTTTTCATGCGCTTGAGCTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCC‑GCCTGGAGCa > 8:85336/1‑149 (MQ=255) agccagTTGTCCGGGTCGCCGTTGTCACCGGTCCAGCCGATCAGGGCGATGTCGTGCTCACCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGGCG‑GACTGGAGCaa < 7:148450/149‑2 (MQ=255) agTTGTCCGGGTCGCCGTTGTCACCGGTCCAGCCGATCAGGGCGATGTCGTGCTCACCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCC‑GCCTGGAGCATTTCg > 6:96497/1‑149 (MQ=255) agTTGTCCGGGTCGCCGTTGTCACCGGTCCAGCCGATCAGGGCGATGTCGTGCTCACCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGGCG‑GACTGGAGCaagctc < 4:229851/149‑6 (MQ=255) ccGTTGTCACCGGTCCAGCCGATCAGGGCGATGTCGTGCTCACCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCC‑GCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCt < 8:265151/145‑1 (MQ=255) ccGTTGTCACCGGTCCAGCCGATCAGGGCGATGTCGTGCTCACCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCC‑GCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCt > 7:265151/1‑145 (MQ=255) aCCGGTCCAGCCGATCAGGGCGATGTCGTGCTCACCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCC‑GCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCATTgggg < 3:42557/148‑1 (MQ=255) aCCGGTCCAGCCGATCAGGGCGATGTCGTGCTCACCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCC‑GCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCATTgggg < 3:343049/148‑1 (MQ=255) cGGTCCAGCCGATCAGGGCGATGTCGTGCTCACCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCC‑GCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCATTGGGGTTg > 2:227923/1‑149 (MQ=255) ggTCCAGCCGATCAGGGCGATGTCGTGCTCACCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCC‑GCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCATTGGGGTTGt < 1:257048/149‑1 (MQ=255) gTCCAGCCGATCAGGGCGATGTCGTGCTCACCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCC‑GCCTGGAGCATTTCGTCCATCAGCTTGGCATTGGGGTTGTa > 5:327751/1‑149 (MQ=255) tCCAGCCGATCAGGGCGATGTCGTGCTCACCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCC‑GCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCATTGGGGTTGTAc > 3:3334/1‑149 (MQ=255) gATCAGGGCGATGTCGTGCTCACCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCC‑GCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCATTGGGGTTGTACGGGCGtt > 2:365293/1‑149 (MQ=255) aGGGCGATGTCGTGCTCACCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCC‑GCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCATTGGGGTTGTACGGGCGTTGCAc > 5:135527/1‑149 (MQ=255) ggCGATGTCGTGCTCACCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCC‑GCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCATTggg > 3:274479/1‑129 (MQ=255) ggCGATGTCGTGCTCACCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCC‑GCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCATTggg < 4:274479/129‑1 (MQ=255) ggCGATGTCGTGCTCACCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCC‑GCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCATTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCg > 7:196402/1‑149 (MQ=255) cGATGTCGTGCGCACCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATGCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGCGCTTGCTCCAGTCC‑GCCTGGATCATTTCGGCCATCCGCTTGGCATTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGc < 3:321719/149‑1 (MQ=37) tCGTGCTCACCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCGCCAGTCC‑GCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCATTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATgg < 5:275253/148‑1 (MQ=255) cGTGCTCACCGGTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCC‑GCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCATTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGcc < 4:265956/149‑1 (MQ=255) cTCACCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCC‑GCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCATTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCcaca < 4:355588/149‑1 (MQ=255) tCACCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCC‑GCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCATTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAg > 4:201337/1‑149 (MQ=255) tCACCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGAGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCC‑GCCTGGAGCATTTCGGCCATAAGCTTGGCATTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAg > 4:100369/1‑149 (MQ=255) cACCGGTTTTCATGCCCTTGAGGTATTCCCCCCATTCGTAGCTTAAGAAGCCCAACTTGAATCCGTGCTTGCTCCAGTGC‑CCCTTGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCATTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAgg < 7:286253/149‑1 (MQ=25) ccGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCC‑GCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCATTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGt < 5:96497/149‑1 (MQ=255) tttCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGCACACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCC‑GCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCATTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGAtct > 1:78102/1‑149 (MQ=255) tCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCC‑GCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCATTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGAtctc < 1:227923/148‑1 (MQ=255) aTGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCC‑GCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCATTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGGt < 2:202357/149‑1 (MQ=255) aGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCC‑GCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCATTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGGTGCCAGGttt > 6:323142/1‑149 (MQ=255) gTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCC‑GCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCATTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGGTGCCAGGTTTGa > 1:84617/1‑149 (MQ=255) ttCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCC‑GCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCATTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGGTGCCAGGTTTGacac < 8:196402/149‑1 (MQ=255) 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4:3334/149‑1 (MQ=255) ttGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCC‑GCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCATTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGGTGCCAGGTTTGACACCCGCCTGCTGGATCAGCTGTCTGGCCTTTTc > 4:32750/1‑149 (MQ=255) gAATCCGAGCTTGCTCCAGTCC‑GCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCATTGGTGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGGTGCGAGGTTTGACACCCGCCTGCTGGATCAGCTGTCTGGCCTTTTcc < 6:327751/148‑1 (MQ=255) cgaaatGCTCCAGGCG‑GACTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCATTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGGTGCCAGGTTTGCCACCCGCCTGCTGGATCAGCTGTCTGGCCTTTTCCGGcgcg > 3:359782/6‑148 (MQ=21) cgaaatGCTCCAGGCG‑GACTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCATTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGGTGCCAGGTTTGACACCCGCCTGCTGGATCAGCTGTCTGGCCTTTTCCGGcgcg > 3:354182/6‑148 (MQ=255) aaatGCTCCAGGCG‑GACTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCATTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGGTGCCAGGTTTGACACCCGCCTGCTGGATCAGCTGTCTGGCCTTTTCCGGCGCGTAc > 6:218778/4‑149 (MQ=255) ttGCTCCAGTCC‑GCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCATTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGGTGCCAGGTTTGACACCCGCCTGCTGGATCAGCTGTCTGGCCTTTTc > 7:16340/1‑137 (MQ=255) ttGCTCCAGTCC‑GCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCATTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGGTGCCAGGTTTGACACCCGCCTGCTGGATCAGCTGTCTGGCCTTTTc < 8:16340/137‑1 (MQ=255) tGCTCCCGTCC‑CCCTCGAGCATTGCGGCCCTCAGCTTGGCATTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGGTGCCAGGTTTGACACCCGCCTGCTGGATCAGCTGTCTGGCCTTTTCCGGCGCGTACggg < 2:221441/149‑1 (MQ=37) cTCCAGTCC‑GCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCATTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGGTGCCAGGTTTGACACCCGCCTGCTGGATCAGCTGTCTGGCCTTTTCCGGCGCGTACGGGGc > 1:194702/1‑149 (MQ=255) cc‑GCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCATTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGGTGCCAGGTTTGACACCCGCCTGCTGGATCAGCTGTCTGTCCGTTTCCGGAGCGTACGGGGCGTCCtt > 2:295432/1‑148 (MQ=255) cc‑GCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCATTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGGTGCCAGGTTTGACACCCGCCTGCTGGATCAGCTGTCTGGCCTTTTCCGGCGCGTACGGGGCGTCCtt > 1:144496/1‑148 (MQ=255) c‑GCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCATTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGGTGCCAGGTTTGACACCCGCCTGCTGGATCAGCTGTCTGGCCTTTTCCGGCGCGTACGGGGCGTCCTTGa < 5:323142/149‑1 (MQ=255) | GGTACCCAGCCAGTTGTCCGGGTCGCCGTTGTCACCGGTCCAGCCGATCAGGGCGATGTCGTGCTCACCGTTTTTCATGCGCTTGAGGTATTCGCCCCATTCGTAGCTGACGATGCGCACCTTGAATCCGAGCTTGCTCCAGTCC‑GCCTGGAGCATTTCGGCCATCAGCTTGGCATTGGGGTTGTACGGGCGTTGCACCGGCATGGCCCACAGGGTGATCTCGGTGCCAGGTTTGACACCCGCCTGCTGGATCAGCTGTCTGGCCTTTTCCGGCGCGTACGGGGCGTCCTTGA > NC_002947/1025642‑1025934 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |