Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,086,693 | T→G | 5.6% | D119A (GAC→GCC) | PP_0941 ← | ribosome associated protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,086,693 | 0 | T | G | 5.6% | 246.9 / 4.4 | 83 | D119A (GAC→GCC) | PP_0941 | ribosome associated protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (40/38); new base G (3/2); total (43/40) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.89e-01 |
TCGAGGTCGCGGATGTACTTGAACACCTTGCGCGCGGCGGCAGGCGGCTTGTTTCGCGCCTTCTCGTGCTGGGCATGGCGCACCAGCGAGCGTAGCTGCTGGCGGTCGGTGTCGGGGTACTCGTTGACGAAGCGCTCGAGGTCTTCGTCGTTACCGTCGATCAACCGGTCACGCCAGCGCTCCAGGCTGTGGAAACGTTCGTTGTACTGGCGAGTCGAGCTGTCCATCTGTTCGAGCAAGGCATGGATGGCATCGAGGTCTTGCACGCGCATGAGCTTGCCGACGAAC > NC_002947/1086552‑1086839 | tcgAGGTCGCGGATGTACTTGAACACCTTGCGCGCGGCGGCAGGCGGCTTGTTTCGCGCCTTCTCGTGCTGGGCATGGCGCACCAGCGAGCGTAGCTGCTGGCGGTCGGTGTCGGGGTACTCGTTGACGAAGCGCTCGAGGTCTtcgtc < 2:295200/149‑1 (MQ=255) tcgAGGTCGCGGATGTACTTGAACACCTTGCGCGCGGCGGCAGGCGGCTTGTTTCGCGCCTTCTCGTGCTGGGCATGGCGCACCAGCGAGCGTAGCTGCTGGCGGTCGGTGTCGGGGTACTCGTTGACGAAGACCTCGAGCGCTtcgt > 2:19206/1‑148 (MQ=255) gAGGTCGCGGATGTACTTGAACACCTTGCGCGCGGCGGCAGGCGGCTTGTTTCGCGCCTTCTCGTGCTGGGCATGGCGCACCAGCGAGCGTAGCTGCTGGCGGTCGGTGTCGGGGTACTCGTTGACGAAGACCTCGAGCGCTtcgtcaa < 1:19206/149‑3 (MQ=255) aGGTCGCGGATGTACTTGAACACCTTGCGCGCGGCGGCAGGCGGCTTGTTTCGCGCCTTCTCGTGCTGGGCATGGCGCACCAGCGAGCGTAGCTGCTGGCGGTCGGTGTCGGGGTACTCGTTGACGAAGCGCTCGAGGTCTTCGTCGtt < 1:285455/149‑1 (MQ=255) aGGTCGCGGATGTACTTGAACACCTTGCGCGCGGCGGCAGGCGGCTTGTTTCGCGCCTTCTCGTGCTGGGCATGGCGCACCAGCGAGCGTAGCTGCTGGCGGTCGGTGTCGGGGTACTCGTTGACGAAGCGCTCGAGGTCTTCGTCGtt < 1:297596/149‑1 (MQ=255) ggTCGCGGATGTACTTGAACACCTTGCGCGCGGCGGCAGGCGGCTTGTTTCGCGCCTTCTCGTGCTGGGCATGGCGCACCAGCGAGCGTAGCTGCTGGCGGTCGGTGTCGGGGTACTCGTTGACGAAGCGCTCGAGGTCTTCGTCGTTa < 8:263898/149‑1 (MQ=255) gTCGCGGATGTACTTGAACACCTTGCGCGCGGCGGCAGGCGGCTTGTTTCGCGCCTTCTCGTGCTGGGCATGGCGCACCAGCGAGCGTAGCTGCTGGCGGTCGGTGTCGGGGTACTCGTTGACGAAGCGCTCGAGGTCTTCGTCGTTAc > 2:4954/1‑149 (MQ=255) gcgGATGTACTTGAACACCTTGCGCGCGGCGGCAGGCGGCTTGTTTCGCGCCTTCTCGTGCTGGGCATGGCGCACCAGCGAGCGTAGCTGCTGGCGGTCGGTGTCGGGGTACTCGTTGACGAAGCGCTCGAGGTCTTCGTCGTTACCGt > 6:86818/1‑149 (MQ=255) cgGATGTACTTGAACACCTTGCGCGCGGCGGCAGGCGGCTTGTTTCGCGCCTTCTCGTGCTGGGCATGGCGCACCAGCGAGCGTAGCTGCTGGCGGTCGGTGTCGGGGTACTCGTTGACGAAGCGCTCGAGGTCTTCGTCGTTACCGTc < 7:331983/149‑1 (MQ=255) ggATGTACTTGAACACCTTGCGCGCGGCGGCAGGCGGCTTGTTTCGCGCCTTCTCGTGCTGGGCATGGCGCACCAGCGAGCGTAGCTGCTGGCGGTCGGTGTCGGGGTACTCGTTGACGAAGCGCTCGAGGTCTTCGTCGTTACCGTc > 6:10112/1‑148 (MQ=255) ggATGTACTTGAACACCTTGCGCGCGGCGGCAGGCGGCTTGTTTCGCGCCTTCTCGTGCTGGGCATGGCGCACCAGCGAGCGTAGCTGCTGGCGGGCGGTGTGGGGGTACTCGTTGACGAAGCGCTCGAGGTCTTCGTCGTTACCGTCg < 4:355309/149‑1 (MQ=255) gATGTACTTGAACACCTTGCGCGCGGCGGCAGGCGGCTTGTTTCGCGCCTTCTCGTGCTGGGCATGGCGCACCAGCGAGCGTAGCTGCTGGCGGTCGGTGTCGGGGTACTCGTTGACGAAGCGCTCGAGGTCTTCGTCGTTACCGTCGa < 6:201161/149‑1 (MQ=255) gATGTACTTGAACACCTTGCGCGCGGCGGCAGGCGGCTTGTTTCGCGCCTTCTCGTGCTGGGCATGGCGCACCAGCGAGCGTAGCTGCTGGCGGTCGGTGTCGGGGTACTCGTTGACGAAGCGCTCGAGGTCTTCGTCGTTACCGTCGa > 7:330798/1‑149 (MQ=255) aTGTACTTGAACACCTTGCGCGCGGCGGCAGGCGGCTTGTTTCGCGCCTTCTCGTGCTGGGCATGGCGCACCAGCGAGCGTAGCTGCTGGCGGTCGGTGTCGGGGTACTCGTTGACGAAGCGCTCGAGGTCTTCGTCGTTACCGTCGAt > 2:113116/1‑149 (MQ=255) aTGTACTTGAACACCTTGCGCGCGGCGGCAGGCGGCTTGTTTCGCGCCTTCTCGTGCTGGGCATGGCGCACCAGCGAGCGTAGCTGCTGGCGGTCGGTGTCGGGGTACTCGTTGACGAAGCGCTCGAGGTCTTCGTCGTTACCGTCGAt > 8:177337/1‑149 (MQ=255) aCTTGAACACCTTGCGCGCGGCGGCAGGCGGCTTGTTTCGCGCCTTCTCGTGCTGGGCATGGCGCACCAGCGAGCGTAGCTGCTGGCGGTCGGTGTCGGGGTACTCGTTGACGAAGCGCTCGAGGTCTTCGTCGTTACCGTCGATCAAc > 2:136786/1‑149 (MQ=255) ttGAACACCTTGCGCGCGGCGGCAGGCGGCTTGTTTCGCGCCTTCTCGTGCTGGGTATGGCGCACCAGCGAGCGTAGCTGCTGGCGGTCGGTGTCGGGGTACTCGTTGACGAAGCGCTCGAGGTCTTCGTCGTTACCGTCGATCAACCg > 8:349392/1‑149 (MQ=255) ttGAACACCTTGCGCGCGGCGGCAGGCGGCTTGTTTCGCGCCTTCTCGTGCTGGGCATGGCGCACCAGCGAGCGTAGCTGCTGGCGGTCGGTGTCGGGGTACTCGTTGACGAAGCGCTCGAGGTCTTCGTCGTTAc > 4:59537/1‑136 (MQ=255) ttGAACACCTTGCGCGCGGCGGCAGGCGGCTTGTTTCGCGCCTTCTCGTGCTGGGCATGGCGCACCAGCGAGCGTAGCTGCTGGCGGTCGGTGTCGGGGTACTCGTTGACGAAGCGCTCGAGGTCTTCGTCGTTAc < 3:59537/136‑1 (MQ=255) aaCACCTTGCGCGCGGCGGCAGGCGGCTTGTTTCGCGCCTTCTCGTGCTGGGCATGGCGCACCAGCGAGCGTAGCTGCTGGCGGTCGGTGTCGGGGTACTCGTTGACGAAGCGCTCGAGGTCTTCGTCGTTACCGTCGATCAACCGGt > 4:70674/1‑148 (MQ=255) cacCTTGCGCGCGGCGGCAGGCGGCTTGTTTCGCGCCTTCTCGTGCTGGGCATGGCGCACCAGCGAGCGTAGCTGCTGGCGGTCGGTGTCGGGGTACTCGTTGACGAAGCGCTCGAGGTCTTCGTCGTTACCGTCGATCAACCGGTCAc > 4:308012/1‑149 (MQ=255) ccTTGCGCGCGGCGGCAGGCGGCTTGTTTCGCGCCTTCTCGTGCTGGGCATGGCGCACCAGCGAGCGTAGCTGCTGGCGGTCGGTGTCGGGGTACTCGTTGACGAAGCGCTCGAGGTCTTCGTCGTTACCGTCGATCAACCGGTCACGc < 5:350923/149‑1 (MQ=255) cTTGCGCGCGGCGGCAGGCGGCTTGTTTCGCGCCTTCTCGTGCTGGGCATGGCGCACCAGCGAGCGTAGCTGCTGGCGGTCGGTGTCGGGGTACTCGTTGACGAAGCGCTCGAGGTCTTCGTCGTTACCGTCGATCAACCGGTCACGc > 3:313197/1‑148 (MQ=255) cTTGCGCGCGGCGGCAGGCGGCTTGTTTCGCGCCTTCTCGTGCTGGGCATGGCGCACCAGCGAGCGTAGCTGCTGGCGGTCGGTGTCGGGGTACTCGTTGACGAAGCGCTCGAGGTCTTCGTCGTTACCGTCGATCAACCGGTCACGc > 7:5628/1‑148 (MQ=255) cgcgGCGGCAGGCGGCTTGTTTCGCGCCTTCTCGTGCTGGGCATGGCGCACCAGCGAGCGTAGCTGCTGGCGGTCGGTGTCGGGGTACTCGTTGACGAAGCGCTCGAGGTCTTCGTCGTTACCGTCGATCAACCGGTCACGCCAGCGCt > 6:206314/1‑149 (MQ=255) 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7:90202/148‑1 (MQ=255) gcgcCTTCTCGTGCTGGGCATGGCGCACCAGCGAGCGTAGCTGCTGGCGGTCGGTGTCGGGGTACTCGTTGACGAAGCGCTCGAGGTCTTCGTCGTTACCGTCGATCAACCGGTCACGCCAGCGCTCCAGGCTGTGGAAACGTTCGTTg > 4:205793/1‑149 (MQ=255) gcCTTCTCGTGCTGGGCATGGCGCACCAGCGAGCGTAGCTGCTGGCGGTCGGTGTCGGGGTACTCGTTGACGAAGCGCTCGAGGTCTTCGTCGTTACCGTCGATCAAc > 6:188994/1‑108 (MQ=255) gcCTTCTCGTGCTGGGCATGGCGCACCAGCGAGCGTAGCTGCTGGCGGTCGGTGTCGGGGTACTCGTTGACGAAGCGCTCGAGGTCTTCGTCGTTACCGTCGATCAAc < 5:188994/108‑1 (MQ=255) tcGTGCTGGGCATGGCGCACCAGCGAGCGTAGCTGCTGGCGGTCGGTGTCGGGGTACTCGTTGACGAAGCGCTCGAGGTCTTCGTCGTTACCGTCGATCAACCGGTCACGCCAGCGCTCCAGGCTGTGGaaa > 2:46048/1‑132 (MQ=255) tcGTGCTGGGCATGGCGCACCAGCGAGCGTAGCTGCTGGCGGTCGGTGTCGGGGTACTCGTTGACGAAGCGCTCGAGGTCTTCGTCGTTACCGTCGATCAACCGGTCACGCCAGCGCTCCAGGCTGTGGaaa < 1:46048/132‑1 (MQ=255) tcGTGCTGGGCATGGCGCACCAGCGAGCGTAGCTGCTGGCGGTCGGTGTCGGGGTACTCGTTGACGAAGCGCTCGAGGTCTTCGTCGTTACCGTCGATCAACCGGTCACGCCAGCGCTCCAGGCTGTGGAAACGTTCGTTGTACTGGc > 5:318334/1‑148 (MQ=255) gTGCTGGGCATGGCGCACCAGCGAGCGTAGCTGCTGGCGGTCGGTGTCGGGGTACTCGTTGACGAAGCGCTCGAGGTCTTCGTCGTTACCGTCGATCAACCGGTCACGCCAGCGCTCCAGGCTGTGGAAACGTTCGTTGTACTGGCGa < 4:313197/148‑1 (MQ=255) ggtaTGGCGCACCAGCGAGCGTAGCTGCTGGCGGTCGGTGTCGGGGTACTCGTTGACGAAGCGCTCGAGGTCTTCGTCGTTACCGTCGATCAACCGGTCACGCCAGCGCTCCAGGCTGTGGAAACGTTCGTTGTACTGGCGAGTCGa < 7:349392/144‑1 (MQ=255) aTGGCGCACCAGCGAGCGTAGCTGCTGGCGGTCGGTGTCGGGGTACTCGTTGACGAAGCGCTCGAGGTCTTCGTCGTTACCGTCGATCAACCGGTCACGCCAGCGCTCCAGGCTGTGGAAACGTTCGTTGTACTGGCGAGTCGAGCTGt < 8:5628/149‑1 (MQ=255) gcgcACCAGCGAGCGTAGCTGCTGGCGGTCGGTGTCGGGGTACTCGTTGACGAAGCGCTCGAGGTCTTCGTCGTTACCGTCGATCAACCTGTCACGCCAGCGCTCCAGGCTGTGGAAACGTTCGTTGTACTGTCGAGTCGAGCTGTcc < 7:177337/148‑1 (MQ=255) gcgcACCAGCGAGCGTAGCTGCTGGCGGTCGGTGTCGGGGTACTCGTTGACGAAGCGCTCGAGGTCTTCGTCGTTACCGTCGATCAACCGGTCACGCCAGCGCTCCAGGCTGTGGAAACGTTCGTTGTACTGGCGAGTCGAGCTGTcc < 5:10112/148‑1 (MQ=255) gcgcACCAGCGAGCGTAGCTGCTGGCGGTCGGTGTCGGGGTACTCGTTGACGAAGCGCTCGAGGTCTTCGTCGTTACCGTCGATCAACCGGTCACGCCAGCGCTCCAGGCTGTGGAAACGTTCGTTGTACTGGCGAGTCGAGCTGTcc < 5:86818/148‑1 (MQ=255) gcACCAGCGAGCGTAGCTGCTGGCGGTCGGTGTCGGGGTACTCGTTGACGAAGCGCTCGAGGTCTTCGTCGTTACCGTCGATCAACCGGTCACGCCAGCGCTCCAGGCTGTGGAAACGTTCGTTGTACTGGCGAGTCGAGCTGTCCATc > 1:357678/1‑149 (MQ=255) gcACCAGCGAGCGTAGCTGCTGGCGGTCGGTGTCGGGGTACTCGTTGACGAAGCGCTCGAGGTCTTCGTCGTTACCGTCGATCAACCGGTCACGCCAGCGCTCCAGGCTGTGGAAACGTTCGTTGTACTGGCGAGTCGAGCTGTCCATc < 3:308012/149‑1 (MQ=255) aCCAGCGAGCGTAGCTGCTGGCGGTCGGTGTCGGGGTACTCGTTGACGAAGCGCTCGAGGTCTTCGTCGTTACCGTCGATCAACCGGTCACGCCAGCGCTCCAGGCTGTGGAAACGTTCGTTGTACTGGCGAGTCGAGCTGTCCATCTg > 7:315888/1‑149 (MQ=255) aCCAGCGAGCGTAGCTGCTGGCGGTCGGTGTCGGGGTACTCGTTGACGAAGCGCTCGAGGTCTTCGTCGTTACCGTCGATCAACCGGTCACGCCAGCGCTCCAGGCTGTGGAAACGTTCGTTGTACTGGCGAGTCGAGCTGTCCATCTg > 3:67026/1‑149 (MQ=255) cAGCGAGCGTAGCTGCTGGCGGTCGGTGTCGGGGTACTCGTTGACGAAGCGCTCGAGGTCTTCGTCGTTACCGTCGATCAACCGGTCACGCCAGCGCTACAGGCTGTGGAAACGTTCGTTGTACTGGCGAGTCGAGCTGTCCATCTGtt > 1:307192/1‑149 (MQ=255) cgTAGCTGCTGGCGGTCGGTGTCGGGGTACTCGTTGACGAAGCGCTCGAGGTCTTCGTCGTTACCGTCGATCAACCGGTCACGCCAGCGCTCCAGGCTGTGGAAACGTTCGTTGTACTGGCGAGTCGAGCTGTCCATCTGTTCGAGc > 3:184998/1‑147 (MQ=255) cgTAGCTGCTGGCGGTCGGTGTCGGGGTACTCGTTGACGAAGCGCTCGAGGTCTTCGTCGTTACCGTCGATCAACCGGTCACGCCAGCGCTCCAGGCTGTGGAAACGTTCGTTGTACTGGCGAGTCGAGCTGTCCATCTGTTCGAGCaa < 3:70674/149‑1 (MQ=255) tAGCTGCTGGCGGTCGGTGTCGGGGTACTCGTTGACGAAGCGCTCGAGGTCTTCGTCGTTACCGTCGATCAACCGGTCACGCCAGCGCTCCAGGCTGTGGAAACGTTCGTTGTACTGGCGAGTCGAGCTGTCCATCTGTTCGAGCAAgg < 5:206314/149‑1 (MQ=255) cgctgctGGCTGTCTGGGTCGGTGTACTCGTGGACGAAGCGCGCGAGGGCGTCGTCGTTAACGTCGATCAACCGGGCACGCCAGCGCGCCCTGCTGTGGACACGTTCGTTGTACTGGCGAGGCGAGCTGTCCAGCTGTTCGCGCAAGGc < 4:208629/148‑1 (MQ=255) 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gtgtCGGGGTACTCGTTGACGAAGCGCTCGAGGTCTTCGTCGTTACCGTCGATCAACCGGTCACGCCAGCGCTCCAGCCTGTGGAAACGTTCGTTGTACTGGCGAGTCGAGCTGTCCATCTGTTCGAGCAAGGCATGGATGGCATCGAg < 8:315888/149‑1 (MQ=255) tCGGGGTACTCGTTGACGAAGCGCTCGAGGTCTTCGTCGTTACCGTCGATCAACCGGTCACGCCAGCGCTCCAGGCTGTGGAAACGTTCGTTGTACTGGCGAGTCGAGCTGTCCATCTGTTCGAGCAAGGCATGGATGGCATCGAGGTc > 3:290064/1‑149 (MQ=255) ggggTACTCGTTGACGAAGCGCTCGAGGTCTTCGTCGTTACCGTCGATCAACCGGTCACGCCAGCGCTCCAGGCTGTGGAAACGTTCGTTGTACTGGTGAGTCGAGCTGTCCATCTGTTCGAGCAAGGCATGGATGGCATCGAGGTCtt > 8:206482/1‑149 (MQ=255) ggggTACTCGTTGACGAAGCGCTCGAGGTCTTCGTCGTTACCGTCGATCAACCGGTCACGCCAGCGCTCCAGGCTGTGGAAACGTTCGTTGTACTGGCGAGTCGAGCTGTCCATCTGTTCGAGCAAGGCATGGATGGCATCGAGGTCtt > 5:147010/1‑149 (MQ=255) ggggTACTCGTTGACGAAGCGCTCGAGGTCTTCGTCGTTACCGTCGATCAACCGGTCACGCCAGCGCTCCAGGCTGTGGAAACGTTCGTTGTACTGGCGAGTCGAGCTGTCCATCTGTTCGAGCAAGGCATGGATGGCATCGAGGTCtt < 3:205793/149‑1 (MQ=255) 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gcgcTCGAGGTCTTCGTCGTTACCGGCGTTGAACCGGTCACGCCAGCGCTCGAGGCTGTGGAATCGTTCGTTGTACTGGCGAGTCGAGCTGTCCATCTGTTCGAGCAAGGCATGGATGGCATCGAGGTCTTGCACTCGCATGAGCTTGc < 8:331617/149‑1 (MQ=255) cgcTCGAGGTCTTCGTCGTTACCGTCGATCAACCGGTCACGCCAGCGCTCCAGGCTGTGGAAACGTTCGTTGTACTGGCGAGTCGAGCTGTCCATCTGTTCGAGCAAGGCATGGATGGCATCGAGGTCTTGCACGCGCATGAGCTTGcc > 5:354486/1‑149 (MQ=255) gcTCGAGGTCTTCGTCGTTACCGTCGATCAACCGGTCACGCCAGCGCTCCAGGCTGTGGAAACGTTCGTTGTACTGGCGAGTCGAGCTGTCCATCTGTTCGAGCAAGGCATGGATGGCATCGAGGTc < 8:33245/127‑1 (MQ=255) gcTCGAGGTCTTCGTCGTTACCGTCGATCAACCGGTCACGCCAGCGCTCCAGGCTGTGGAAACGTTCGTTGTACTGGCGAGTCGAGCTGTCCATCTGTTCGAGCAAGGCATGGATGGCATCGAGGTc > 7:33245/1‑127 (MQ=255) ggTCTTCGTCGTTACCGTCGATCAACCGGTCACGCCAGCGCTCCAGGCTGTGGAAACGTTCGTTGTACTGGCGAGTCGAGCTGTCCATCTGTTCGAGCAAGGCATGGATGGCATCGAGGTCTTGCACGCGCATGAGCTTGCCGacgaac < 6:147010/149‑1 (MQ=255) | 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |