Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,463,024 | A→T | 9.9% | intergenic (‑100/+42) | algI ← / ← algL | alginate O‑acetylase AlgI/alginate lyase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,463,024 | 0 | A | T | 9.9% | 137.5 / 6.2 | 58 | intergenic (‑100/+42) | algI/algL | alginate O‑acetylase AlgI/alginate lyase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (27/24); new base T (3/3); total (31/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.71e-01 |
TCGGCAAGAACAGGAACAGGAACACGTTGGACGAGAAGACCATCCCGGTTCTCCTAATTTGTTCACAGCATCCAGGGCAAAGCGCCCCCCAAACCCCCCAGTGCAAGGCTGGAAGGCAACTTAGATCCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTTCCGCCCCCGCAATGGGGGTCAATTCATTTCTTGCTCTCTGCACTCGGGTCGTAGACCCGCGTCA‑CATCGCCGCCCAGCCGGAAGCTGTTGAACGGCTGCATGTCGTGCTTGCGCTCAAGCGTGTCGCCAA > NC_002947/1462882‑1463172 | tCGGCAAGAACAGGAACAGGAACACGTTGGACGAGAAGACCATCCCGGTTCTCCTAATTTGTTCACAGCATCCAGGGCAAAGCGCCCCCCAACCCCCCCCGTGCAAGGCTGGAAGGCAACGTAGCTCCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCg > 2:278581/1‑149 (MQ=255) ggCAAGAACAGGAACAGGAACACGTTGGACGAGAAGACCATCCCGGTTCTCCTAATTTGTTCACAGCATCCAGGGCAAAGCGCCCCCCAAACCCCCCAGTGGAAGGCGGGAAGGCAACTTAGATACCAGTGGGGGCGGGCAAGCCCGca > 8:336117/1‑148 (MQ=255) aGAACAGGAACAGGAACACGTTGGACGAGAAGACCAACCCGGTTCTCCTAATTTGTTCACAGCATCCAGGGCAAAGCGCCCCCCAAACCCCCCAGTGCACGGCTGGAAGGCAACTTAGATCCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCTCCca < 5:206631/149‑1 (MQ=255) cgaacaggaacaCGTTGGACGACAAGACCAACCCGGTGCTCCTAATTTGTTCACAGCATCCAGCGCAAAGCGCCCCCCAAACCCCCCAGTGCAAGGCTGGAAGGCAACTTAGAGCCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAggga < 1:344802/148‑3 (MQ=255) gTTGGACGAGAAGACCATCCCGGTTCTCCTAATTTGTCCACAGCATCCAGGGCAAAGCGCCCCCCAACCCCCCCAGTGGCAGGCTGGAAGGCCACTTAGATACCTGTGGGAGGGGGCAAGCCCGCGCCCGCAGGATCCGCCCCCGcc > 8:327784/1‑146 (MQ=255) ttGGACGAGAAGACCATCCCGGTTCTCCTAATTTGTTCACAGCATCCAGGGCAAAGCGCCCCCCAAGCCCCCCCCTGAAAGGCTGGCCGGGCAAGTAGAACCCTGTGGGCGCGGGCAAGCCCGCACCCACAGGTTGCGCCCCCGCAATg > 6:23834/1‑149 (MQ=255) ggACGAGAAGACCATCCCGGTTCTCCTAATTTGTTCACAGCATCCAGGGCAAAGCGCCCCCCAAACCCCCCAGTGCAAGGCTGGAAGGCAACTTAGATCCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTTCCGCCCCCGCAATgg < 5:134041/148‑1 (MQ=255) aCGAGAAGACCATCCCGGTTCTCCTAATTTGTTCACAGCATCCAGGGCAAAGCGCCCCCCACACCCCCCAGTGCAAGGGTGGAAGGCGACGTAGATCCCTGTGGGAGCGGGGAAGCCCGCGCCCACAGGGTCCGCCCCCCCAAAggggg > 2:239767/1‑149 (MQ=255) cGAGAAGACCATCCCGGTTCTCCTAATTTGTTCACAGCATCCAGGGCAAAGCGCCCCCCAATCCCCGCAGTGCAAGGCTGGAAGGCAACTTAGATCCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTTCCGCCCCCGCAATGGGGGt < 5:255622/149‑1 (MQ=255) gagaAGACCATCCCGGTTCTCCTAATTTGTTCACAGCATCCAGGGCAAAGCGCCCCCCAAACCCCCCAGTGCAAGGCTGGAAGGCAACTTAGATCCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTTCCGCCCCCGCAATGGGGGTc < 6:68221/149‑1 (MQ=255) tCCCGGTTCTCCTAATTTGTTCACAGCATCCAGGGCAAAGCGCCCCCCAAACCCCCCAGTGCACGGCTGGAAGGCAACTTAGATCCCTGTGGGGGCGGGCACGCCCGGGCCCCCAGGTTCCGCCCCCGCAATGGGGGTCAATTCATTTc > 8:198991/1‑149 (MQ=255) ccGGTTCTCCTAATTTGTTCACAGCATCCAGGGCAAAGCGCCCCCCAAACCCCCCAGTGCAAGGCTGGAAGGCAACTTAGATCCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTTCCGCCCCCGCAATGGGGGTCAATTCATTTCtt < 3:235786/149‑1 (MQ=255) cGGTTCTCCTAATTTGTTCACAGCATCCAGGGCAAAGCGCCCCCCAAACCCCCCAGTGCAAGGCTGGAAGGCAACTTAGATCCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTTCCGCCCCCGCAATGGGGGTCAATTCATTTCTTg < 7:61455/149‑1 (MQ=255) cTAATTTGTTCACAGCATCCAGGGCAAAGCGCCCCCCCAACCCCCCAGTGCAAGGCGGGAAGGCAACTTAGATCCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCTCCCCCCGGTTCCGCCCCCGCAATGGGGGTCAATTCATTTCTTGGTCTCTg > 8:168191/1‑148 (MQ=255) ttCACAGCATCCAGGGCAAAGCGCCCCCCAAACCCCCCAGTGCAAGGCTGGAAGGCAACTTAGATCCCAGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCTCCCCCAGGTTCCGCCCCCCCAATGGGGGTCAATTAATTTCTTGAGGTGTGCACACGGGt > 8:339623/1‑149 (MQ=255) aGCATCCAGGGCAAAGCGCCCCCCAAACCCCCCAGTGCAAGGCTGGAAGGCAACTTAGATCCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTTCCGCCCCCGCAATGGGGGTCAATTCATTTCTTGctct < 3:348328/132‑1 (MQ=255) aGGGCAAAGCGCCCCCCCAACCCCCCAGTGCAAGGCTGGAAGGCAACTTAGATCCCTGTGGGAGCGGGCCAGCCCGCGCCCCCCGGGTCCGCCCCCGCAATGGGGGGCAATTCATTTGTTGCTGTCTGCACTCGGGTCGTAGCCCcgcg > 6:148245/1‑149 (MQ=255) cccAAACCCCCCAGTGCAAGGCTGGAAGGCAACTTAGATCCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTTCCGCCCCCGCAATGGGGGTCAATTCATTTCTTGCTCTCTGCACTCGGGTCGTAGACCCGCGTCA‑CATCgccgcc > 3:86477/1‑148 (MQ=255) aaCCCCCCAGTGCAAGGCTGGAAGGCAACTTAGATCCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTTCCGCCCCCGCAATGGGGGTCAATTCATTTCTTGCTCTCTGCACTCGGGTCGTAGACCCGCGTCA‑CATCGCCGCCCAGcc > 7:120554/1‑149 (MQ=255) cccccAGTGCAAGGCTGGAAGGCAACTTAGATCCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTTCCGCCCCCGCAATGGGGGTCAATTCATTTCTTGCTCTCTGCACTCGGGTCGTAGACCCGCGTCA‑CATCGCCGCCCAGCCgg > 3:17138/1‑148 (MQ=255) cccccAGTGCAAGGCTGGAAGGCAACTTAGATCCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTTCCGCCCCCGCAATGGGGGTCAATTCATTTCTTGCTCTCTGCACTCGGGTCGTAGACCCGCGTCA‑CATCGCCGCCCAGCCGGa < 7:168191/149‑1 (MQ=255) cAGTGCAAGGCTGGAAGGCAACTTAGATCCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTTCCGCCCCCGCAATGGGGGTCAATTCATTTCTTGCTCTCTGCACTCGGGTCGTAGACCCGCGTCA‑CATCGCCGCCCAGCCGGAAGCt < 5:134049/149‑1 (MQ=255) cAAGGCTGGAAGGCAACTTAGATCCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTTCCGCCCCCGCAATGGGGGTCAATTCATTTCTTGCTCTCTGCACTCGGGTCGTAGACCCGCGTCA‑CATCGCCGCCCAGCCGGAAGCTGTTg > 5:363919/1‑148 (MQ=255) aaGGCTGGAAGGCAACTTAGATCCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTTCCGCCCCCGCAATGGGGGTCAATTCATTTCTTGCTCTCTGCACTCGGGTCGTAGACCCGCGTCA‑CATCGCCGCCCAGCCGGAAGCTGTTGaa > 7:13033/1‑149 (MQ=255) gCTGGAAGGCAACTTAGATCCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTTCCGCCCCCGCAATGGGGGTCAATTCATTTCTTGCTCTCTGCACTCgg > 8:298971/1‑101 (MQ=255) gCTGGAAGGCAACTTAGATCCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTTCCGCCCCCGCAATGGGGGTCAATTCATTTCTTGCTCTCTGCACTCgg < 7:298971/101‑1 (MQ=255) cTGGAAGGCAACTTAGATCCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTTCCGCCCCCGCAATGGGGGTCAATTCATTTCTTGCTCTCTGCACTCGGGTCGTAGACCCGCGTCA‑CATCGCCGCCCAGCCGGAAGCTGTTGAACGGc < 8:114218/149‑1 (MQ=255) tGGAAGGCAACTTAGATCCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTTCCGCCCCCGCAATGGGGGTCAATTCATTTCTTGCTCTCTGCACTCGGGTCGTAGACCCGCGTCA‑CATCGCCGCCCAGCCGGAAGCTGTTGAACGGCt > 1:63938/1‑149 (MQ=255) caGGCAACTTATTTCCCTTTTGGAGCGGGCAAGCCCGCTGCCAAATGTTCCGGCCCCGCAATGGGGGTCAATTCATTTCTTGCTCTCTGCACTCGGGGCGTAGACCCGGGTCACCATCGCCGCCCAGCCGGAAGCTGTTGAACGGCTg < 1:239767/147‑1 (MQ=255) aaGGCAACTTAGATCCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTTCCGCCCCCGCAATGGGGGTCAATTCATTTCTTGCTCTCTGCACTCGGGTCGTAGACCCGCGTCA‑CATCGCCGCCCAGCCGGAAGCTGTTGAACGGCTGCa > 4:124505/1‑149 (MQ=255) cAACTTAGATCCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTTCCGCCCCCGCAATGGGGGTCAATTCATTTCTTGCTCTCTGCACTCGGGTCGTAGACCCGCGTCA‑CATCGCCGCCCAGCCGGAAGCTGTTGAACGGCTGCATGTc < 7:143341/149‑1 (MQ=255) aaCTTAGATCCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTTCCGCCCCCGCAATGGGGGTCAATTCATTTCTTGCTCTCTGCACTCGGGTCGTAGACCCGCGTCA‑CATCGCCGCCCAGCCGGAAGCTGTTGAACGGCTGCATGTCg < 4:12848/149‑1 (MQ=255) aCTTAGATCCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTTCCGCCCCCGCAATGGGGGTCAATTCATTTCTTGCTCTCTGCACTCGGGTCGTAGCCCCGCGTCA‑CATCGCCGCCCAGCCGGAAGCTGTGGAACGGCTGCATGTCGt > 5:348648/1‑149 (MQ=255) cTTAGATCCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTTCCGCCCCCGCAATGGGGGTCAATTCATTTCTTGCTCTCTGCACTCGGGTCGTAGACCCGCGTCA‑CATCGCCGCCCAGCCGGAAGCTGTTGAACGGCTGCATGTCGTg < 6:363919/149‑1 (MQ=255) ggaaccTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTTCCGCCCCCGCAATGGGGGTCAATTCATTTCTTGCTCTCTGCACTCGGGTCGTAGACCCGCGTCA‑CATCGCCGCCCAGCCGGAAGCTGTTGAACGGCTGCATGTCGTGCTTg > 5:98965/5‑149 (MQ=255) gATCCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTTCCGCCCCCGCAATGGGGGTCAATTCATTTCTTGCTCTCTGCACTCGGGTCGTAGACCCGCGTCA‑CATCGCCGCCCAGCCGGAAGCTGTTGAACGGCTGCATGTCGTGCtt < 8:13033/148‑1 (MQ=255) gATCCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTTCCGCCCCCGCAATGGGGGACAATTCATTTCTTGCTCTCTGCACTCGGGTCGTAGACCCGCGTCA‑CATCGCCGCCCAGCCGGAAGCTGTTGAACGGCTGCATGTCGTGCtt < 5:131256/148‑1 (MQ=255) aTCCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTTCCGCCCCCGCAATGGGGGTCAATTCATTTCTTGCTCTCTGCACTCGGGTCGTAGACCCGCGTCA‑CATCGCCGCCCAGCCGGAAGCTGTTGaa < 5:61229/129‑1 (MQ=255) aTCCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTTCCGCCCCCGCAATGGGGGTCAATTCATTTCTTGCTCTCTGCACTCGGGTCGTAGACCCGCGTCA‑CATCGCCGCCCAGCCGGAAGCTGTTGaa > 6:61229/1‑129 (MQ=255) cccTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTTCCGCCCCCGCAATGGGGGTCAATTCATTTCTTGCTCTCTGCACTCGGGTCGTAGACCCGCGTCA‑CATCGCCGCCCAGCCGGAAGCTGTTGAACGGCTGCATGTCGTGCTTgcgc > 3:127531/1‑149 (MQ=255) ccTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTTCCGCCCCCGCAATGGGGGTCAATTCATTTCTTGCTCTCTGCACTCGGGTCGTAGCCCCGCGTCA‑CATCGCCGCCCAGCCGGAAGCTGTTGAACGGCTGCATGTCGTGCTTGCGCt > 3:85124/1‑149 (MQ=255) ccTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTTCCGCCCCCGCAATGGGGGTCAATTCATTTCTTGCTCTCTGCACTCGGGTCGTAGACCCGCGTCA‑CATCGCCGCCCAGCCGGAAGCTGTTGAACGGCTGCATGTCGTGCTTgcgc < 7:339623/148‑1 (MQ=255) cTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTTCCGCCCCCGCAATGGGGGTCAATTCATTTCTTGCTCTCTGCACTCGGGTCGTAGACCCGCGTCA‑CATCGCCGCCCAGCCGGAAGCTGTTGAACGGCTGc < 3:156024/132‑1 (MQ=255) cTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTTCCGCCCCCGCAATGGGGGTCAATTCATTTCTTGCTCTCTGCACTCGGGTCGTAGACCCGCGTCA‑CATCGCCGCCCAGCCGGAAGCTGTTGAACGGCTGc > 4:156024/1‑132 (MQ=255) tgtgGGAGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTTCCGCCCCCGCAATGGGGGTCAATTCATTTCTTGCTCTCTGCACTCGGGTCGTAGACCCGCGt < 8:299550/94‑1 (MQ=255) tgtgGGAGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTTCCGCCCCCGCAATGGGGGTCAATTCATTTCTTGCTCTCTGCACTCGGGTCGTAGACCCGCGt > 7:299550/1‑94 (MQ=255) tgGGAGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTTCCGCCCCCGCAATGGGGGTCAATTCATTTCTTGCTCTCTGCACTCGGGTCGTAGACCCGCGTCA‑CATCGCCGCCCAGCCGGAAGCTGTTGAACGGCTGCATGTCGTGCTTGCGCTCaa < 5:97875/148‑1 (MQ=255) ggAGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTTCCGCCCCCGCAATGGGGGTCAATTCATTTCTTGCTCTCTGCACTCGGGTCGTAGACCCGCGTCA‑CATCGCCGCCCAGCCGGAAGCTGTTGAACGGCTGCATGTCGTGCTTGCGCTCAAGCg > 4:8769/1‑149 (MQ=255) gAGCGGGCAAGCCCGCTCCCACATGTTCCGCCCCCGCAATGGGGGTCAATTCATTTCTTGCTCTCTGCACTCGGGTCGTAGACCCGCGTCA‑CATCGCCGCCCAGCCGGAAGCTGTTGATCGGCTGCATGTCGTGCTTGCGCTCAAGCgt < 4:17138/149‑1 (MQ=255) aGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTTCCGCCCCCGCAATGGGGGTCAATTCATTTCTTGCTCTCTGCACTCGGGTCGTAGACCCGCGTCA‑CATCGCCGCCCAGCCGGAAGCTGTTGAACGGCt > 3:99982/1‑123 (MQ=255) aGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTTCCGCCCCCGCAATGGGGGTCAATTCATTTCTTGCTCTCTGCACTCGGGTCGTAGACCCGCGTCA‑CATCGCCGCCCAGCCGGAAGCTGTTGAACGGCt < 4:99982/123‑1 (MQ=255) aGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTTCCGCCCCCGCAATGGGGGTCAATTCATTTCTTGCTCTCTGCACTCGGGTCGTAGACCCGCGTCA‑CATCGCCGCCCAGCCGGAAGCTGTTGAACGGCTGCATGTCGTGCTTGCGCTCAAGCgtg > 4:136131/1‑149 (MQ=255) gCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTTCCGCCCCCGCAATGGGGGTCAATTCATTTCTTGCTCTCTGCACTCGGGTCGTAGACCCGCGTCA‑CATCGCCGCCCAGCCGGAAGCTGTTGAACGGCTGCATGTCGTGCTTGCGCTCAAGCgtgt < 3:8769/149‑1 (MQ=255) gCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTTCCGCCCCCGCAATGGGGGTCAATTCATTTCTTGCTCTCTGCACTCGGGTCGTAGACCCGCGTCA‑CATCGCCGCCCAGCCGGAAGCTGTTGAACGGCTGCATGTCGTGCTTGCGCTCAAGCgtgt < 7:327784/149‑1 (MQ=255) cGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTTCCGCCCCCGCAATGGGGGTCAATTCATTTCTTGCTCTCTGAACGCGGGTCGTAGACCCGCGTCC‑CATCGCCGCCCAGCCGGAAGCTGTTGAACGGCTGCATGTCGTGATTGCGCTCAAGCGTGTc > 2:12264/1‑149 (MQ=255) gggCAAGCCCGCTCACAAAGGTTCCGCCACCGCAATGGTGGTCAATTCATTTCTTGCTCTCTGCAATCGGGTCGAATACAAGCTTCA‑CATATCCGCCCAGCCCTAACCTCTTTCAAGGCTGCAAGTCGTGCTTGAGCTAAAGCGTGTCg > 4:142425/1‑149 (MQ=255) gCAAGCCCGCTCCCACAGGTTCCGCCCCCGCAATGGGGGTCAATTCATTTCTTGCTCTCTGCACTCGGGTCGTAGACCCGCGTCA‑CATCGCCGCCCAGCCGGAAGCTGTTGAACGGCTGCATGTCGTGCTTGCGCTCAAGCGTGTCGc > 5:108034/1‑148 (MQ=255) gCAAGCCCGCTCCCACAGGTTCCGCCCCCGCAATGGGGGTCAATTCATTTCTTGCTCTCTGCACTCGGGTCGTAGACCCGCGTCA‑CATCGCCGCCCAGCCGGAAGCTGTTGAACGGCTGCATGTCGTGCTTGCGCTCAAGCGTGTCGc > 5:115522/1‑148 (MQ=255) aaGCCCGCTCCCACAGGTTCCGCCCCCGCATTGGGGGTCAATTCATTTCTTGCTCTCTGCACTCGGGTCGTAGACCCGCGTCA‑CATAGCCGCCCAGCCGGAAGCTGTTGAACGGCTGCATGTCGTGCTTGCGCTCACTCGTGTCGCCaa > 3:237225/1‑149 (MQ=255) | TCGGCAAGAACAGGAACAGGAACACGTTGGACGAGAAGACCATCCCGGTTCTCCTAATTTGTTCACAGCATCCAGGGCAAAGCGCCCCCCAAACCCCCCAGTGCAAGGCTGGAAGGCAACTTAGATCCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTTCCGCCCCCGCAATGGGGGTCAATTCATTTCTTGCTCTCTGCACTCGGGTCGTAGACCCGCGTCA‑CATCGCCGCCCAGCCGGAAGCTGTTGAACGGCTGCATGTCGTGCTTGCGCTCAAGCGTGTCGCCAA > NC_002947/1462882‑1463172 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |