Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,493,487 | A→T | 12.8% | W462R (TGG→AGG) | PP_1306 ← | Pyocin S‑type killer domain‑containing protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,493,487 | 0 | A | T | 12.8% | 118.0 / 8.9 | 47 | W462R (TGG→AGG) | PP_1306 | Pyocin S‑type killer domain‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (23/18); new base T (3/3); total (26/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.45e-01 |
CAACCCCCGCCAGAAGGTAGGGCAGGTCGATGCTGGTCGAGGATGCCGCCAAGGCAGCAAGGTCGGGCCCACCGGCAGGGCTAAGGCTGTCGAGTGGGGTGCTGATGAGGTACTGGCGTTCACTGTTGCCCAGCGTTGATGGCCAGGCCATCGCAA‑GGGTGCCTACTGCGACCGAAGGGACAGTCGTAGCAACAAGCCGGGTAAGTGCCGCTGCGATCGATTCAGCCAAGGCAGAGTAAGCCGCT‑TCGGCTACGGCAAAAGTGGTAGCCCCAATTGGGATTACGGCAGGTGT > NC_002947/1493343‑1493634 | cAACCCCCGCCAGAAGGTAGGGCAGGTCGATGCTGGTCGAGGATGCCGCCAAGGCAGCAAGGTCGGGCCCACCGGCAGGGCTAAGGCTGTCGAGTGGGGTGCTGATGAGGTACTGGCGTTCACTGTTGCCCAGCGTTGATggccaggc > 7:52264/1‑148 (MQ=255) cAACCCCCGCCAGAAGGTAGGGCAGGTCGATGCTGGTCGAGGATGCCGCCAAGGCAGCAAGGTCGGGCCCACCGGCAGGGCTAAGGCTGTCGAGTGGGGTGCTGATGAGGTACTGGCGTTCACTGTTGCCCAGCGTTGATggccaggc > 6:51914/1‑148 (MQ=255) aaCCCCCGCCAGAAGGTAGGGCAGGTCGATGCTGGTCGAGGATGCCGCCAAGGCAGCAAGGTCGGGCCCACCGGCAGGGCTAAGGCTGTCGAGTGGGGTGCTGATGAGGTACTGGCGTTCACTGTTGCCCAGCGTTGATggccaggcca < 4:172405/149‑1 (MQ=255) cccGCCAGAAGGTAGGGCAGGTCGATGCTGGTCGAGGATGCCGCCAAGGCAGCAAGGTCGGGCCCACCGGCAGGGCTAAGGCTGTCGAGTGGGGTGCTGATGAGGTACTGGCGTTCACTGTTGCCCAGCGTTGATGGCCAGGCCATCg > 8:44420/1‑148 (MQ=255) ccGCCAGAAGGTAGGGCAGGTCGCTGCTGGTCGAGGATGCCGCCAAGGCAGCAAGGTCGGGCCCACCGGCAGGGCTAAGGCTGTCGAGTGGGGTGCTGATGAGGTACTGGCGTTCACTGTTGCCCAGCGTTGATGGCCTGGCCATcaac < 2:294493/149‑4 (MQ=255) cGCCAGAAGGTAGGGCAGGTCGATGCTGGTCGAGGATGCCGCCAAGGCAGCAAGGTCGGGCCCACCGGCAGGGCTAAGGCTGTCGAGTGGGGTGCTGATGAGGTACTGGCGTTCACTGTTGCCCAGCGTTGATGGCCTGGCCATcaacg < 6:350346/149‑5 (MQ=255) cAGAAGGTAGGGCAGGTCGATGCTGGTCGAGGATGCCGCCAAGGCAGCAAGGTCGGGCCCACCGGCAGGGCTAAGGCTGTCGAGTGGGGTGCTGATGAGGTACTGGCGTTCACTGTTGCCCAGCGTTGATGGCCAGGCCATCGCAA‑ggg > 2:4832/1‑149 (MQ=255) ggCAGGTCGATGCTGGTCGAGGATGCCGCCAAGGCAGCAAGGTCGGGCCCACCGGCAGGGCTAAGGCTGTCGAGTGGTGTGCTGATGCGGTACTGGCGTTCACTGTTGCCCAGCGTTGATGGCCAGGCCATCGCAA‑GGGTGCCTACtac < 6:124043/149‑3 (MQ=255) aGGATGCCGCCAAGGCAGCAAGGTCGGGCCCACCGGCAGGGCTAAGGCTGTCGAGTGGGGTGCTGATGAGGTACTGGCGTTCACTGTTGCCCAGCGTTGATGGCCAGGCCATCGCAA‑GGGTGCCTACTGCGACCGAAGGGACAGTCg > 7:284364/1‑147 (MQ=255) 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aGGTCGGGCCCACCGGCAGGGCTAAGGCTGTCGAGTGGGGTGCTGATGAGGTACTGGCGTTCACTGTTGCCCAGCGTTGATGGCCAGGCCATCGCAA‑GGGTGCCTACTGCGACCGAAGGGACAGTCGTAGCAACAAGCCGGGTAAGTGc < 5:51914/149‑1 (MQ=255) gTCGGGCCCACCGGCAGGGCTAAGGCTGTCGAGTGGGGTGCTGATGAGGTACTGGCGTTCACTGTTGCCCAGCGTTGATGGCCAGGCCATCGCAA‑GGGTGCCTACTGCGACCGAAGGGACAGTCGTAGCAACAAGCCGGGTAAGTGCCg < 5:57580/149‑1 (MQ=255) gCCCACCGGCAGGGCTAAGGCTGTCGAGTGGGGTGCTGATGAGGTACTGGCGTTCACTGTTGCCCAGCGTTGATGGCCAGGCCATCGCAA‑GGGTGCCTACTGCGACCGAAGGGACAGTCGTAGCAACAAGCCGGGTAAGTGCCGCTGc > 5:249961/1‑148 (MQ=255) gCCCACCGGCAGGGCTAAGGCTGTCGAGTGGGGTGCTGATGAGGTACTGGCGTTCACTGTTGCCCAGCGTTGATGGCCAGGCCATCGCAA‑GGGTGCCTACTGCGACCGAAGGGACAGTCGTAGCAACAAGCCGGGTAAGTGCCGCTGc > 6:60885/1‑148 (MQ=255) ccACCGGCAGGGCTAAGGCTGTCGAGTGGGGTGCTGATGAGGTACTGGCGTTCACTGTTGCCCAGCGTTGATGGCCAGGCCATCGCAA‑GGGTGCCTACTGCGACCGAAGGGACAGTCGTAGCAACAAGCCGGGTAAGTGCCGCTGcgat < 1:5779/149‑1 (MQ=255) ccGGCAGGGCTAAGGCTGTCGAGTGGGGTGCTGATGAGGTCCTGGCGTTCACTGTTGCCCAGCTTTGATGGCCAGTCCATCGCAA‑GGGTGCCTACTGCGACCGAAGGGACAGTCGTAGCAACAAGCCGGGTAAGTGCCGCTGcgatcga < 4:93102/149‑1 (MQ=255) ccGGCAGGGCTAAGGCTGTCGAGTGGGGTGCTGATGAGGTACTGGCGTTCACTGTTGCCCAGCGTTGATGGCCAGGCCATCGCAA‑GGGTGCCTACTGCGACCGAAGGGACAGTCGTAGCAACAAGCCGGGTAAGTGCCGCTGcgatcga > 6:213295/1‑149 (MQ=255) gCAGGGCTAAGGCTGTCGAGTGGGGTGCTGATGAGGTACTGGCGTTCACTGTTGCCCAGCGTTGATGGCCAGGCCATCGCAA‑GGGTGCCTACTGCGACCGAAGGGACAGTCGTAGCAACAAGCCGGGTAAGTGCCGCTGCGATCGATTc < 8:52264/149‑1 (MQ=255) ggCTAAGGCTGTCGAGTGGGGTGCTGATGAGGTACTGGCGTTCACTGTTGCCCAGCGTTGATGGCCAGGCCATCGCAA‑GGGTGCCTACTGCGACCGAAGGGACAGTCGTAGCAACAAGCCGGGTAAGTGCCGCTGCGATCGATTCAGcc < 2:106126/149‑1 (MQ=255) ggCTGTCGAGTGGGGTGCTGATGAGGTACTGGCGTTCACTGTTGCCCAGCGTTGATGGCCAGGCCATCGCAA‑GGGTGCCTACTGCGACCGAAGGGACAGTCGTAGCAACAAGCCGGGTAAGTGCCGCTGCGATCGATTCAGCCAAgg > 6:70779/1‑147 (MQ=255) ggCTGTCGAGTGGGGTGCTGATGAGGTACTGGCGTTCACTGTTGCCCAGCGTTGATGGCCAGGCCATCGCAA‑GGGTGCCTACTGCGACCGAAGGGACAGTCGTAGCAACAAGCCGGGTAAGTGCCGCTGCGATCGATTCAGCCAAGGCa < 7:64386/149‑1 (MQ=255) cTGTCGAGTGGGGTGCTGATGAGGTACTGGCGTTCACTGTTGCCCAGCGTTGATGGCCAGGCCATCGCAA‑GGGTGCCTACTGCGACCGAAGGGACAGTCGTAGCAACAAGCCGGGTAAGTGCCGCTGCGATCGATTCAGCCAAGGCaga < 8:284364/149‑1 (MQ=255) tCGAGTGGGGTGCTGATGAGGTACTGGCGTTCACTGTTGCCCAGCGTTGATGGCCAGGCCATCGCAA‑GGGTGCCTACTGCGACCGAAGGGACAGTCGTAGCAACAAGCCGGGTAAGTGCCGCTGCGATCGATTCAGCCAAGGCAGAGt > 5:87692/1‑148 (MQ=255) gAGTGGGGTGCTGATGAGGTACTGGCGTTCACTGTTGCCCAGCGTTGATGGCCAGGCCATCGCAA‑GGGTGCCTACTGCGACCGAAGGGACAGTCGTAGCAACAAGCCGGGTAAGTGCCGCTGCGATCGATTCAGCCAAGGCAGAGTAAg > 7:285572/1‑149 (MQ=255) gTGGGGTGCTGATGAGGTACTGGCGTTCACTGTTGCCCAGCGTTGATGGCCAGGCCATCGCAA‑GGGTGCCTACTGCGACCGAAGGGACAGTCGTAGCAACAAGCCGGGTAAGTGCCGCTGCGATCGATTCAGCCAAGGCAGAGTAAGcc > 6:327171/1‑149 (MQ=255) 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gTTCACTGTTGCCCAGCGTTGATGGCCAGGCCATCGCAA‑GGGTGCCTACTGCGACCGAAGGGACAGTCGTAGCAACAAGCCGGGTAAGTGCCGCTGCGATCGATTCAGCCAAGGCAGAGTAAGCCGCT‑TCGGCTACGGCAAAAGTgg > 2:347954/1‑147 (MQ=255) tGTTGCCCAGCGTTGATGGCCAGGCCATCGCAA‑GGGTGCCTACTGCGACCGAAGGGACAGTCGTAGCAACAAGCCGGGTAAGTGCCGCTGCGATCGATTCAGCCAAGGCAGAGTAAGCCGCT‑TCGGCTACGGCAAAAGTGGTAGcccc > 5:235984/1‑148 (MQ=255) ttGCCCAGCGTTGATGGCCAGGCCATCGCAA‑GGGTGCCTACTGCGACCGAAGGGACAGTCGTAGCAACAAGCCGGGTAAGTGCCGCTGCGATCGATTCAGCCAAGGCAGAGTAAGCCGCTCTCGGCTACGGCAAAAGTGGTAGcccc < 1:4832/147‑1 (MQ=255) gCCCAGCGTTGATGGCCAGGCCATCGCAA‑GGGTGCCTACTGCGACCGAAGGGACAGTCGTAGCAACAAGCCGGGTAAGTGCCGCTGCGATCGATTCAGCCAAGGCAGAGTAAGCCGCT‑TCGGCTACGGCAAAAGTGGTAGCCCCAAtt < 5:213295/148‑1 (MQ=255) ccAGCGTTGATGGCCAGGCCATCGCAAGGGGTGCCTACTGCGACCGAAGGGACAGTCGTAGCAACAAGCCGGGTAAGTGCCGCTGCGATCGATTCAGCCAAGGCAGAGTAAGCCGCT‑TCGGCTACGGCAAAAGTGGTAGCCCCAATTgg > 1:34265/1‑149 (MQ=255) ccttgcgATGGCCTGGCCATCGCAA‑GGGTGCCTACTGCGACCGAAGGGACAGTCGTAGCAACAAGCCGGGTAAGTGCCGCTGCGATCGATTCAGCCAAGGCAGAGTAAGCCGCT‑TCGGCTACGGCAAAAGTGGTAGCCCCAATTGGGAt > 6:358344/7‑149 (MQ=255) gCGTTGATGGCCAGGCCATCGCAA‑GGGTGCCTACTGCGACCGAAGGGACAGTCGTAGCAACAAGCCGGGTAAGTGCCGCTGCGATCGATTCAGCCGAGGCAGAGTAAGCCGCT‑TCGGCTACGGCAAAAGTGGTAGCCCCAATTGGGAt > 5:381694/1‑148 (MQ=255) cttgcgATGGCCTGGCCATCGCAA‑GGGTGCCTACTGCGACCGAAGGGACAGTCGTAGCAACAAGCCGGGTAAGTGCCGCTGCGATCGATTCAGCCAAGGCAGAGTAAGCCGCT‑TCGGCTACGGCAAAAGTGGTAGCCCCAATTGGGAt > 3:288369/6‑148 (MQ=255) cttgcgATGGCCTGGCCATCGCAA‑GGGTGCCTACTGCGACCGAAGGGACAGTCGTAGCAACAAGCCGGGTAAGTGCCGCTGCGATCGATTCAGCCAAGGCAGAGTAAGCCGCT‑TCGGCTACGGCAAAAGTGGTAGCCCCAATTGGGAt > 6:317121/6‑148 (MQ=255) gATGGCCTGGCCATCGCAA‑GGGTGCCTACTGCGACCGAAGGGACAGTCGTAGCAACAAGCCGGGTAAGTGCCGCTGCGATCGATTCAGCCAAGGCAGAGTAAGCCGCT‑TCGGCTACGGCAAAAGTGGTAGCCCCAATTGGGATTACGGc < 5:317121/149‑1 (MQ=255) tGGCCAGGCCATCGCAA‑GGGTGCCTACTGCGACCGAAGGGACAGTCGTAGCAACAAGCCGGGTAAGTGCCGCTGCGATCGATTCAGCCAAGGCAGAGTAAGCCGCT‑TCGGCTACGGCAAAAGTGGTAGCCCCAATTGGGATTACGGCAg > 6:212421/1‑149 (MQ=255) gccaggccaTCGCAA‑GGGTGCCTACTGCGACCGAAGGGACAGTCGTAGCAACAAGCCGGGTAAGTGCCGCTGCGATCGATTCAGCCAAGGCAGAGTAAGCCGCT‑TCGGCTACGGCAAAAGTGGTAGCCCCAATTGGGATTACggaatgt > 4:49505/1‑144 (MQ=255) caggccaTCGCAA‑GGGTGCCTACTGCGACCGAAGGGACAGTCGTAGCAACAAGCCGGGTAAGTGCCGCTGCGATCGATTCAGCCAAGGCAGAGTAAGCCGCT‑TCGGCTACGGCAAAAGTGGTAGCCCCAATTGGGATTACGGCAGgtgt > 2:373858/1‑149 (MQ=255) | CAACCCCCGCCAGAAGGTAGGGCAGGTCGATGCTGGTCGAGGATGCCGCCAAGGCAGCAAGGTCGGGCCCACCGGCAGGGCTAAGGCTGTCGAGTGGGGTGCTGATGAGGTACTGGCGTTCACTGTTGCCCAGCGTTGATGGCCAGGCCATCGCAA‑GGGTGCCTACTGCGACCGAAGGGACAGTCGTAGCAACAAGCCGGGTAAGTGCCGCTGCGATCGATTCAGCCAAGGCAGAGTAAGCCGCT‑TCGGCTACGGCAAAAGTGGTAGCCCCAATTGGGATTACGGCAGGTGT > NC_002947/1493343‑1493634 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |