| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 170,839 | T→G | 12.5% | intergenic (+20/‑550) | PP_0159 → / → PP_16SA | family III CoA‑transferase/16S ribosomal RNA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 170,839 | 0 | T | G | 12.5% | 123.8 / 9.7 | 55 | intergenic (+20/‑550) | PP_0159/PP_16SA | family III CoA‑transferase/16S ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (26/22); new base G (5/2); total (31/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.51e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.05e-01 | |||||||||||
GAGACGCCAGTGGAGTATCGCCGGGCGCCACCACTGCTGGGCGAGCATACCGAAGTGGTGCTGGGGGAAGTGTTGGGGCTGGATGCTGGCGAGGTACAGCGTCTGCGTGATGCTGGGGTGCTCTA‑GATGAAAAGCGGGGAGGCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTCAGCGCTATCAAAGGTAATTGAAATTAAAGGTTGACGCCCTCTCGAATCCCCTTATAATGCGCCCCACTTCCAGCGACATCGGAACGAAAAACTCCTTGAGATTCAATGAGTTAAG > NC_002947/170694‑170977 | gagaCGCCAGTGGAGTATCGCCGGGCGCCACCACTGCTGGGCGAGCATACCGAAGTGGTGCTGGGGGAAGTGTTGGGGCTGGATGCTGGCGAGGTACAGCGTCTGCGTGATGCTGGGGAGCTCTA‑GATGAAAAGCGGGGAGGCCGTCAg < 1:31590/149‑1 (MQ=255) gaCGCCAGTGGAGTATCGCCGGGCGCCACCACTGCTGGGCGAGCATACCGAAGTGGTGCTGGGGGAAGTGTTGGGGCTGGATGCTGGCGAGGTACAGCGTCTGCGTGATGCTGGGGTGCTCTA‑GATGAAAAGCGGGGAGGCCGTCAGGc < 8:230049/149‑1 (MQ=255) gCCAGTGGAGTATCGCCGGGCGCCACCACTGCTGGGCGAGCATACCGAAGTGGTGCTGGGGGAAGTGTTGGGGCTGGATGCTGGCGAGGTACAGCGTCTGCGTGATGCTGGGGTGCTCTA‑GATGAAAAGCGGGGCGGCCGTCAGGCCTc > 1:172278/1‑149 (MQ=255) gCCAGTGGAGTATCGCCGGGCGCCACCACTGCTGGGCGAGCATACCGAAGTGGTGCTGGGGGAAGGGTTGGGGCTGGATGCTGGCGAGGTACAGCGGCTGCGTGAGGCTGGGGTGCTCTA‑GATGAAAAGCGGGGAGGCCGGCAGGCCTc > 5:289559/1‑149 (MQ=255) cAGTGGAGTATCGCCGGGCGCCACCACTGCTGGGCGAGCATACCGAAGTGGTGCTGGGGGAAGTGTTGGGGCTGGATGCTGGCGAGGTACAGCGTCTGCGTGATGCTGGGGTGCTCTA‑GATGAAAAGCGGGGAGGCCGTCAGGCCTccc < 4:215131/149‑1 (MQ=255) aGTGGAGTATCGCCGGGCGCCACCACTGCTGGGCGAGCATACCGAAGGGGTGCGGGGGGAAGTGTTGGGGCTGGATGCTGGCGAGGTACAGCGTCTGCTTGATGCTGGGGTGCTCTA‑GATGAAAAGCGGGGAGGCCTGACGGCCTcccc < 8:288625/149‑1 (MQ=255) aGTGCAGTATCCCCGGCCGCCACCACTGCGGGGCGAGCATACCGAAGTGGTGCTGGGGGAAGGGTTGGGGCGGGATGCGGGCGCGGTACAGCGTCTGCGTGATGCTGGGGGGCTCTA‑GATGAAACGCGGGGAGGCCTGACGGCCTcccc < 4:65354/149‑1 (MQ=255) gtaGTTTCGCGGGGCGCACCCAGTGGTGGGGGAGCATACCGATGGGGTGCTGGGGTATGTGTGGGGGCTGGATGCTGTCGAGGTCCAGCGTCGGGGTGTGGCTGGGGTGCGCTA‑GATGAAAAGCGGGGAGGCCGTCAGGCCTCCCCGCt < 8:197504/147‑1 (MQ=255) ggAGTATCGCCGGGCGCCACCACTGCTGGGCGAGCATACCGAAGTGGTGCTGGGGGAAGTGTTGGGGCTGGATGCTGGCGAGGTACAGCGTCTGCGTGATGCTGGGGTGCTCTA‑GATGAAAAGCGGGGAGGCCGTCAGGCCTCCCCGCt > 2:126095/1‑149 (MQ=255) 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NC_002947/170694‑170977 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |