Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,567,981 | G→C | 9.7% | V155V (GTG→GTC) | pcaK → | 4‑hydroxybenzoate transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,567,981 | 0 | G | C | 9.7% | 144.3 / 4.5 | 50 | V155V (GTG→GTC) | pcaK | 4‑hydroxybenzoate transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (21/24); new base C (3/2); total (24/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.61e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TTCAGCCTGGCCTCGGCCTATGCCACCAACGTCGACCAGTTGCTGGTACTGCGCTTCCTGACTGGCCTGGGCCTGGGTGCAGGCATGCCCAACGCTACCACGCTGTTGTCCGAATACACCCCGGAGCGCCTCAAGTCGCTGCTGGTGACCAGCATGTTCTGTGGCTTCAACCTGGGCATGGCGGGTGGTGGCTTCATTTCCGCCAAGATGATCCCGGCCTACGGCTGGCACAGCCTGCTGGTCATCGGTGGCGTGCTGCCGTTGCTGCTGGCGCTGGTGCTGATGATCTGGCTG > NC_002947/1567835‑1568128 | ttCAGCCTGGCCTCGGCCTATGCCACCAACGTCGACCAGTTGCTGGTACTGCGCTTCCTGACTGGCCTGGGCCTGGGTGCAGGCATGCCCAACGCTACCACGCTGTTGTCCGAATACACCCCGGAGCGCCTCAAGTCGCTGCTGGTGAc > 6:322314/1‑149 (MQ=255) ttCAGCCTGGCCTCGGCCTATGCCACCAACGTCGACCAGTTGCTGGTACTGCGCTTCCTGACTGGCCTGGGCCTGGGTGCAGGCATGCCCAACGCTACCACGCTGTTGTCCGAATACACCCCGGAGCGCCTCAAGTCGCTGCTGGTGAc > 4:180700/1‑149 (MQ=255) ccTGGCCTCGGCCTATGCCACCAACGTCGACCAGTTGCTGGTACTGCGCTTCCTGACTGGCCTGGGCCTGGGTGCAGGCATGCCCAACGCTACCACGCTGTTGTCCGAATACACCCCGGAGCGCCTCAAGTCGCTGCTGGTGACCAGCa < 1:227545/149‑1 (MQ=255) ccTCGGCCTATGCCACCAACGTCGACCAGTTGCTGGTACTGCGCTTCCTGACTGGCCTGGGCCTGGGTGCAGGCATGCCCAACGCTACCACGCTGTTGTCCGAATACACCCCGGAGCGCCTCAAGTCGCTGCTGGTCACCAGCagcga < 4:333528/148‑5 (MQ=255) ccTCGGCCTATGCCACCAACGTCGACCAGTTGCTGGTACTGCGCTTCCTGACTGGCCTGGGCCTGGGTGCAGGCATGCCCAACGCTACCACGCTGTTGTCCGAATACACCCCGGAGCGCCTCAAGTCGCTGCTGGTCACCAGCagcga > 3:333528/1‑144 (MQ=255) ggCCTATGCCACCAACGTCGACCAGTTGCTGGTACTGCGCTTCCTGACTGGCCTGGGCCTGGGTGCAGGCATGCCCAACGCTACCACGCTGTTGTCCGAATACACCCCGGAGCGCCTCAAGTCGCTGCTGGTGACCAGCATGTTCtgt < 8:254260/148‑1 (MQ=255) cTATGCCACCAACGTCGACCAGTTGCTGGTACTGCGCTTCCTGACTGGCCTGGGCCTGGGTGCAGGCATGCCCAACGCTACCACGCTGTTGTCCGAATACACCCCGGAGCGCCTCAAGTCGCTGCTGGTGACCAGCATGTTCTGTGGCt < 7:218707/149‑1 (MQ=255) ccaccaACGTCGACCAGTTGCTGGTACTGCGCTTCCTGACTGGCCTGGGCCTGGGTGCAGGCATGCCCAACGCTACCACGCTGTTGTCCGAATACACCCCGGAGCGCCTCAAGTCGCTGCTGGTGACCAGCATGTTCTGTGGCTTCAAc > 1:128022/1‑149 (MQ=255) cAGGTGCTGGTACTGCGCTTCCTGACTGGCCTGGGCCTGGGTGCAGTCATGCCCAACGCTACCACGCTGTTGTCCGAATACACCCCGGAGCGCCTCAAGTCGCTGCTGGTGACCCGCATGTTCTGTGGCTTCACCCTGGGCATGGCggg < 3:159951/149‑1 (MQ=255) aGTTGCTGGTACTGCGCTTCCTGACTGGCCTGGGCCTGGGTGCAGGCATGCCCAACGCTACCACGCTGTTGTCCGAATACACCCCGGAGCGCCTCAAGTCGCTGCTGGTGACCAGCATGTTCTGTGGCTTCAACCTGGGCATGGCGggt < 7:38849/149‑1 (MQ=255) gCTGGTACTGCGCTTCCTGACTGGCCTGGGCCTGGGTGCAGGCATGCCCAACGCTACCACGCTGTTGTCCGAATACACCCCGGAGCGCCTCAAGTCGCTGCTGGTGACCAGCATGTTCTGTGGCTTCAACCTGGGCATGGCGggtggt < 2:281592/148‑1 (MQ=255) gCTGGTACTGCGCTTCCTGACTGGCCTGGGCCTGGGTGCAGGCATGCCCAACGCTACCACGCTGTTGTCCGAATACACCCCGGAGCGCCTCAAGTCGCTGCTGGTGACCAGCATGTTCTGTGGCTTCAACCTGGGCATGGCGggtggt < 1:243328/148‑1 (MQ=255) cTGGTACTGCGCTTCCTGACTGGCCTGGGCCTGGGTGCAGGCATGCCCAACGCTACCACGCTGTTGTCCGAATACACCCCGGAGCGCCTCAAGTCGCTGCTGGTGACCAGCATGTTCTGTGGCTTCAACCTGGGCATGGCGGGtggtgg < 7:45671/149‑1 (MQ=255) cTGCGCTTCCTGACTGGCCTGGGCCTGGGTGCAGGCATGCCCAACGCTACCACGCTGTTGTCCGAATACACCCCGGAGCGCCTCAAGTCGCTGCTGGTGACCAGCATGTTCTGTGGCTTCAACCTGGGCATGGCGGGTGGTGGCTTCAt < 3:180700/149‑1 (MQ=255) gcTTCCTGACTGGCCTGGGCCTGGGTGCAGGCATGCCCAACGCTACCACGCTGTTGTCCGAATACACCCCGGAGCGCCTCAAGTCGCTGCTGGTGACCAGCATGTTCTGTGGCTTCAACCTGGGCATGGCGGGTGGTGGCTTCATTTcc > 4:243160/1‑149 (MQ=255) ttCCTGACTGGCCTGGGCCTGGGTGCAGGCATGCCCAACGCTACCACGCTGTTGTCCGAATACACCCCGGAGCGCCTCAAGTCGCTGCTGGTGACCAGCATGTTCTGTGGCTTCAACCTGGGCATGGCGGGTGGTGGCTTCATTTCCGc > 2:274031/1‑149 (MQ=255) tCCTGACTGGCCTGGGCCTGGGTGCAGGCATGCCCAACGCTACCACGCTGTTGTCCGAATACACCCCGGAGCGCCTCAAGTCGCTGCTGGTGACCAGCATGTTCTGTGGCTTCAACCTGGGCATGGCGGGTGGTGGCTTCATTTCCGc > 5:296368/1‑148 (MQ=255) cctgggcctgggTGCAGGCATGCCCAACGCTACCACGCTGTTGTCCGAATACACCCCGGAGCGCCTCAAGTCGCTGCTGGTGACCAGCATGTTCTGTGGCTTCAACCTGGGCATGGCGGGTGGTGGCTTCATTTCCGCCAAGATGATcc > 3:4586/1‑149 (MQ=255) gCAGGCATGCCCAACGCTACCACGCTGTTGTCCGAATACACCCCGGAGCGCCTCAAGTCGCTGCTGGTGACCAGCATGTTCTGTGGCTTCAACCTGGGCATGGCGGGTGGTGGCTTCATTTCCGCCAAGATGATCCCGGCCTACGGCTg > 5:199973/1‑149 (MQ=255) aGGCATGCCCAACGCTACCACGCTGTTGTCCGAATACACCCCGGAGCGCCTCAAGTCGCTGCTGGTGACCAGCATGTTCTGTGGCTTCAACCTGGGCATGGCGGGTGGTGGCTTCATTTCCGCCAAGATGATCCCGGCCTACGGCTgg > 1:27666/1‑148 (MQ=255) ccAACGCTACCACGCTGTTGTCCGAATACACCCCGGAGCGCCTCAAGTCGCTGCTGGTGACCAGCATGTTCTGTGGCTTCAACCTGGGCATGGCGGGTGGTGGCTTCATTTCCGCCAAGATGATCCCGGCCTACGGCTGGCACAGCctg > 1:371865/1‑149 (MQ=255) cAACGCTACCACGCTGTTGTCCGAATACACCCCGGAGCGCCTCAAGTCGCTGCTGGTGACCAGCATGTTCTGTGGCTTCAACCTGGGCATGGCGGGTGGTGGCTTCATTTCCGCCAAGATGATCCCGGCCTACGGCTGGCACAGCctgc < 2:128022/149‑1 (MQ=255) aCGCTACCACGCTGTTGTCCGAATACACCCCGGAGCGCCTCAAGTCGCTGCTGGTGACCAGCATGTTCTGTGGCTTCAACCTGGGCATGGCGGGTGGTGGCTTCATTTCCGCCAAGATGATCCCGGCCTACGGCTGGCACAGCctgctg < 3:287902/149‑1 (MQ=255) aCGCTACCACGCTGTTGTCCGAATACACCCCGGAGCGCCTCAAGTCGCTGCTGGTGACCAGCATGTTCTGTGGCTTCAACCTGGGCATGGCGGGTGGTGGCTTCATTTCCGCCAAGATGATCCCGGCCTACGGCTGGCACAGCctgctg < 2:371865/149‑1 (MQ=255) tACCACGCTGTTGTCCGAATACACCCCGGAGCGCCTCAAGTCGCTGCTGGTGACCAGCATGTTCTGTGGCTTCAACCTGGGCATGGCGGGTGGTGGCTTCATTTCCGCCAAGATGATCCCGGCCTACGGCTGGCACAGCCTGCTGGTCa > 7:151244/1‑149 (MQ=255) tACCACGCTGTTGTCCGAATACACCCCGGAGCGCCTCAAGTCGCTGCTGGTGACCAGCATGTTCTGTGGCTTCAACCTGGGCATGGCGGGTGGTGGCTTCATTTCCGCCAAGATGATCCCGGCCTACGGCTGGCACAGCCTGCTGGTCa > 5:339847/1‑149 (MQ=255) aCGCTGTTGTCCGAATACACCCCGGAGCGCCTCAAGTCGCTGCTGGTGACCAGCATGTTCTGTGGCTTCAACCTGGGCATGGCGGGTGGTGGCTTCATTTCCGCCAAGATGATCCCGGCCTACGGCTGGCACAGCCTGCTGGTCATCgg < 6:199973/149‑1 (MQ=255) gCTGTTGTCCGAATACACCCCGGAGCGCCTCAAGTCGCTGCTGGTGACCAGCATGTTCTGTGGCTTCAACCTGGGCATGGCGGGTGGTGGCTTCATTTCCGCCAAGATGATCCCGGCCTACGGCTGGCACAGCCTGCTGGTCATCGGTg > 6:201057/1‑149 (MQ=255) gCTGTTGTCCGAATACACCCCGGAGCGCCTCAAGTCGCTGCCGGTGACCAGCATGTTCTGTGGCTTCAACCTGGGCATGGCGGGTGGTGGCTTCATTTCCGCCAAGATGATCCCGGCCTACGGCTGGCACAGCCTGCTGGTCATCGGTg < 5:322314/149‑1 (MQ=255) ccGAATACACCCCGGAGCGCCTCAAGTCGCTGCTGGTGACCAGCATGTTCTGTGGCTTCAACCTGGGCATGGCGGGTGGTGGCTTCAt < 3:313894/88‑1 (MQ=255) ccGAATACACCCCGGAGCGCCTCAAGTCGCTGCTGGTGACCAGCATGTTCTGTGGCTTCAACCTGGGCATGGCGGGTGGTGGCTTCAt > 4:313894/1‑88 (MQ=255) gAATACACCCCGCAGCGCAGCAAGTCGCTGCTGGTGACCAGCATGTTCTGTGGCTTCAACCTGGGCATGGCGGGTGGTGGCTTCATTTCCGCCAAGATGATCCCGGCCTACGGCTGGCACAGCCTGCTGGTCATCGGTGGCGTGCTGcc < 6:89544/149‑1 (MQ=255) aaTACACCCCGGAGCGCCTCAAGTCGCTGCTGGTGACCAGCATGTTCTGTGGCTTCAACCTGGGCATGGCGGGTGGTGGCTTCATTTCCGCCAAGATGATCCCGGCCTACGGCTGGCACAGCCTGCTGGTCATCGGTGGCGTGCTGCCg < 6:296368/149‑1 (MQ=255) ccccGGAGCGCCTCAAGGCGCTGCTGGTGACCAGCATGTTCTGTGGCTTCAACCTGGGCATGGCGGGTGGGGGCTTCATTTCCGCCAAGATGATCCCGGCCTACGGCTGGCACAGCCTGCTGGTCATCGGTGGCGTGCTGCCGTtgctg < 4:354373/149‑1 (MQ=255) gcCTCAAGTCGCTGCTGGTGACCAGCATGTTCTGTGGCTTCAACCTGGGCATGGCGGGTGGTGGCTTCATTTCCGCCAAGATGATCCCGGCCTACGGCTGGCACAGCCTGCTGGTCATCGGTGGCGTGCTGCCGTTGCTGCTGGCGCTg > 5:138989/1‑149 (MQ=255) gcCTCAAGTCGCTGCTGGTGACCAGCATGTTCTGTGGCTTCAACCTGGGCATGGCGGGTGGTGGCTTCATTTCCGCCAAGATGATCCCGGCCTACGGCTGGCACAGCCTGCTGGTCATCGGTGGCGTGCTGCCGTTGCTGCTGGCGCTg < 6:138989/149‑1 (MQ=255) cTCAAGTCGCTGCTGGTGACCAGCATGTTCTGTGGCTTCAACCTGGGCATGGCGGGTGGTGGCTTCATTTCCGCCAAGATGATCCCGGCCTACGGCTGGCACAGCCTGCTGGTCATCGGTGGCGTGCTGCCGTTGCTGCTGGCGCTGGt > 2:118146/1‑149 (MQ=255) tCAAGTCGCTGCTGGTGACCAGCATGTTCTGTGGCTTCAACCTGGGCATGGCGGGTGGTGGCTTCATTTCCGCCAAGATGATCCCGGCCTACGGCTGGCACAGCCTGCTGGTCATCGGTGGCGTGCTGCCGtt < 8:120862/133‑1 (MQ=255) tCAAGTCGCTGCTGGTGACCAGCATGTTCTGTGGCTTCAACCTGGGCATGGCGGGTGGTGGCTTCATTTCCGCCAAGATGATCCCGGCCTACGGCTGGCACAGCCTGCTGGTCATCGGTGGCGTGCTGCCGTTGCTGCTGGCGCTg > 5:267503/1‑146 (MQ=255) tCAAGTCGCTGCTGGTGACCAGCATGTTCTGTGGCTTCAACCTGGGCATGGCGGGTGGTGGCTTCATTTCCGCCAAGATGATCCCGGCCTACGGCTGGCACAGCCTGCTGGTCATCGGTGGCGTGCTGCCGTTGCTGCTGGCGCTg < 6:267503/146‑1 (MQ=255) tCAAGTCGCTGCTGGTGACCAGCATGTTCTGTGGCTTCAACCTGGGCATGGCGGGTGGTGGCTTCATTTCCGCCAAGATGATCCCGGCCTACGGCTGGCAAAGCCTGCTGGTCATCGGTGGCGTGCTGCCGtt > 7:120862/1‑133 (MQ=255) acatgctgGTCACCAGCATGTTCTGTGGCTTCAACCTGGGCATGGTGGGTGGTGGCTTCATTTCCGCCAAGATGATCCCGGCCTACGGCTGGCACAGCCTGCTGGTCATCGGTGGCGTGCTGCCGTTGCTGCTGGCGCTGGTGCtga < 1:868/144‑1 (MQ=255) acatgctgGTCACCAGCATGTTCTGTGGCTTCAACCTGGGCATGGTGGGTGGTGGCTTCATTTCCGCCAAGATGATCCCGGCCTACGGCTGGCACAGCCTGCTGGTCATCGGTGGCGTGCTGCCGTTGCTGCTGGCGCTGGTGCtga > 2:868/4‑147 (MQ=255) ctgctgGTGACCAGCATGTTCTGTGGCTTCAACCTGGGCATGGCGGGTGGTGGCTTCATTTCCGCCaa < 1:260664/68‑1 (MQ=255) ctgctgGTGACCAGCATGTTCTGTGGCTTCAACCTGGGCATGGCGGGTGGTGGCTTCATTTCCGCCaa > 2:260664/1‑68 (MQ=255) gctgGTCACCAGCATGTTCTGTGGCTTCAACCTGGGCATGGCGGGTGGTGGCTTCATTTCCGCCAAGATGATCCCGGCCTACGGCTGGCACAGCCTGCTGGTCATCGGTGGCGTGCTGCCGTTGCTGCTGGCGCTGGTGCTGATGATCt > 2:47399/1‑149 (MQ=255) ctgGTGACCAGCATGTTCTGTGGCTTCAACCTGGGCATGGCGGGTGGTGGCTTCATTTCCGCCAAGATGATCCCGGCCTACGGCTGGCACAGCCTGCTGGTCATCGGTGGCGTGCTGCCGTTGCTGCTGGCGCTGGTGCTGATGATCt < 8:151244/148‑1 (MQ=255) ctgGTGACCAGCATGTTCTGTGGCTTCAACCTGGGCATGGCGGGTGGTGGCTTCATTTCCGCCAAGATGATCCCGGCCTACGGCTGGCACAGCCTGCTGGTCATCGGTGGCGTGCTGCCGTTGCTGCTGGCGCTGGTGCTGATGATCTg > 5:62513/1‑149 (MQ=255) ctgGTGACCAGCATGTTCTGTGGCTTCAACCAGGGCATGGCGGGTGGTGGCTTCATTTCCGCCAAGATGATCCCGGCCTACGGCTGGCACAGCCTGCTGGTCATCGGTGGCGTGCTGCCGTTGCTGCTGGCGCGGGTGCTGATGATCTg < 6:339847/149‑1 (MQ=255) tGACCAGCATGTTCTGTGGCTTCAACCTGGGCATGGCGGGTGGTGGCTTCATTTCCGCCAAGATGATCCCGGCCTACGGCTGGCACAGCGTGCTGGTCATCGGTGGCGTGCTGCCGTTGCTGCTGGCGGTGGTGCTGATGATCTGGcag > 3:328086/1‑147 (MQ=255) ggACCAGCCTGGGCTGTGGCTTCAACCTGGGCATGGCGGGTGGTGGCTTCATATCCGCCAAGATGATCCCGGCCTACGGCTGGCACAGCCTGCTGGTCATCGGTGGCGTGCTGCCGTTGCTGCTGGCGCTGGTGCTGATGATCTgg < 4:328086/145‑1 (MQ=255) | TTCAGCCTGGCCTCGGCCTATGCCACCAACGTCGACCAGTTGCTGGTACTGCGCTTCCTGACTGGCCTGGGCCTGGGTGCAGGCATGCCCAACGCTACCACGCTGTTGTCCGAATACACCCCGGAGCGCCTCAAGTCGCTGCTGGTGACCAGCATGTTCTGTGGCTTCAACCTGGGCATGGCGGGTGGTGGCTTCATTTCCGCCAAGATGATCCCGGCCTACGGCTGGCACAGCCTGCTGGTCATCGGTGGCGTGCTGCCGTTGCTGCTGGCGCTGGTGCTGATGATCTGGCTG > NC_002947/1567835‑1568128 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |