| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 170,841 | A→C | 9.1% | intergenic (+22/‑548) | PP_0159 → / → PP_16SA | family III CoA‑transferase/16S ribosomal RNA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 170,841 | 0 | A | C | 9.1% | 138.7 / 7.8 | 55 | intergenic (+22/‑548) | PP_0159/PP_16SA | family III CoA‑transferase/16S ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (28/22); new base C (3/2); total (31/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.78e-02 | |||||||||||
GAGACGCCAGTGGAGTATCGCCGGGCGCCACCACTGCTGGGCGAGCATACCGAAGTGGTGCTGGGGGAAGTGTTGGGGCTGGATGCTGGCGAGGTACAGCGTCTGCGTGATGCTGGGGTGCTCTA‑GATGAAAAGCGGGGAGGCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTCAGCGCTATCAAAGGTAATTGAAATTAAAGGTTGACGCCCTCTCGAATCCCCTTATAATGCGCCCCACTTCCAGCGACATCGGAACGAAAAACTCCTTGAGATTCAATGAGTTAAGTAGTTAAGGCA > NC_002947/170694‑170988 | gagaCGCCAGTGGAGTATCGCCGGGCGCCACCACTGCTGGGCGAGCATACCGAAGTGGTGCTGGGGGAAGTGTTGGGGCTGGATGCTGGCGAGGTACAGCGTCTGCGTGATGCTGGGGAGCTCTA‑GATGAAAAGCGGGGAGGCCGTCAg < 1:31590/149‑1 (MQ=255) gaCGCCAGTGGAGTATCGCCGGGCGCCACCACTGCTGGGCGAGCATACCGAAGTGGTGCTGGGGGAAGTGTTGGGGCTGGATGCTGGCGAGGTACAGCGTCTGCGTGATGCTGGGGTGCTCTA‑GATGAAAAGCGGGGAGGCCGTCAGGc < 8:230049/149‑1 (MQ=255) gCCAGTGGAGTATCGCCGGGCGCCACCACTGCTGGGCGAGCATACCGAAGTGGTGCTGGGGGAAGTGTTGGGGCTGGATGCTGGCGAGGTACAGCGTCTGCGTGATGCTGGGGTGCTCTA‑GATGAAAAGCGGGGCGGCCGTCAGGCCTc > 1:172278/1‑149 (MQ=255) 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aTGCTGGCGAGGTACAGCGTCTGCGTGATGCTGGGGTGCTCTA‑GATGAAAAGCGGGGAGGCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTCAGCGCTATCAAAGGTAATTGAAATTAAAGGTTGACGCCCTCTCGAATCCCCTTATAATgcgc < 4:103255/149‑1 (MQ=255) tGCTGGCGAGGTACAGCGTCTGCGTGATGCTGGGGTGCTCTA‑GATGAAAAGCGGGGAGGCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTCAGCGCTATCAAAGGTAATTGAAATTAAAGGTTGACGCCCTCTCGAATCCCCTTATAATGCGcc > 7:113316/1‑149 (MQ=255) cTGGCGAGGTACAGCGTCTGCGTGATGCTGGGGTGCTCTA‑GATGAAAAGCGGGGCGGCCGTCAGGCCTCCCCGCGTTGTTTTTGAGCGCTTTCAAAGGTAATTGAAATTAAAGGTTGACGCCCTATCGAATCCCCTTATAATGCGccc > 3:61032/1‑148 (MQ=38) tGGCGAGGTACAGCGTCTGCGTGATGCTGGGGTGCTCTA‑GATGAAAAGCGGGGAGGCCGTCAGGCCACCCCGCTTTGTTTTTCAGCGCTATAAAAGGTAATTGAAATTTAACGTTGAAGCCCGCTCGAATCCCCTTATAATGCGccccc > 8:325115/1‑148 (MQ=39) gCGAGGTACAGCGTCTGCGTGATGCTGGGGTGCTCTA‑GATGAAAAGCGGGGAGGCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTCAGCGCTATCAAAGGTAATTGAAATTAAAGGTTGACGCCCTCTCGAATCCCCTTATAATGCGCCCCACt < 4:344152/149‑1 (MQ=255) 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aGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTCAGCGCTATCAAAGGTAATTGAAATTAAAGGTTGACGCCCTCTCGAATCCCCTTATAATGCGCCCCACTTCCAGCGACATCGGAACGAAAAACTCCTTGAGATTCAATGAGTTAAGTAGTTAAGGCa > 8:271753/1‑148 (MQ=255) | GAGACGCCAGTGGAGTATCGCCGGGCGCCACCACTGCTGGGCGAGCATACCGAAGTGGTGCTGGGGGAAGTGTTGGGGCTGGATGCTGGCGAGGTACAGCGTCTGCGTGATGCTGGGGTGCTCTA‑GATGAAAAGCGGGGAGGCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTCAGCGCTATCAAAGGTAATTGAAATTAAAGGTTGACGCCCTCTCGAATCCCCTTATAATGCGCCCCACTTCCAGCGACATCGGAACGAAAAACTCCTTGAGATTCAATGAGTTAAGTAGTTAAGGCA > NC_002947/170694‑170988 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |