Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,688,583 | G→T | 7.8% | A318A (GCC→GCA) | ydcT ← | polyamine ABC transporter ATP‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,688,583 | 0 | G | T | 7.8% | 159.5 / 4.0 | 51 | A318A (GCC→GCA) | ydcT | polyamine ABC transporter ATP‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/22); new base T (2/2); total (27/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.87e-01 |
AACAGCAGTGCCAGGTACAGGTTGGGGCGCCGGTACAGCAGGTTGGACAGGGTGCGCAGTGTGCTCATGTCAGCGGCCCTCGGTTTCCTGCAGCACCGTCATGGCCTCGCGGGGCCAGTGCGCCTGCAGGCGTTGCCCGAGCTGCCAGGCCTGCATCTGCTTCTGCCAGCGGTCATTGGCCTGGCTTACTGCCAGCAGTTGACCGTTGTCCAGCTGCAGTTCGTAGCGGGTGGCGCTGCCTTGGTACTGGACATCGTGCAGCACGCCGCTGACCTGTACCTCATGGCTGGTCA > NC_002947/1688436‑1688728 | aaCAGCAGTGCCAGGTACAGGTTGGGGCGCCGGTACAGCAGGTTGGACAGGGTGCGCAGTGTGCTCATGTCAGCGGCCCTCGGTTTCCTGCAGCACCGTCATGGCCTCGCGGGGCCAGTGCGCCTGCAGGCGTTGCCCGAGCTGCCAgg > 3:102918/1‑149 (MQ=255) gTGCCAGGTACAGGTTGGGGCGCCGGTACAGCAGGTTGGACAGGGTGCGCAGTGTGCTCATGTCAGCGGCCCTCGGTTTCCTGCAGCACCGTCATGGCCTCGCGGGGCCAGTGCGCCTGCAGGCGTTGCCCGAGCTGCCAGGCCTGCAt < 4:102918/149‑1 (MQ=255) cAGGTACAGGTTGGGGCGCCGGTACAGCAGGTTGGACAGGGTGCGCAGTGTGCTCATGTCAGCGGCCCTCGGTTTCCTGCAGCACCGTCATGGCCTCGCGGGGCCAGTGCGCCTGCAGGCGTTGCCCGAGCTGCCAGGCCTGCATCTGc < 4:239936/149‑1 (MQ=255) gTTGGGGCGCCGGTACAGCAGGTTGGACAGGGTGCGCAGTGTGCTCATGTCAGCGGCCCTCGGTTTCCTGCAGCACCGTCATGGCCTCGCGGGGCCAGTGCGCCTGCAGGCGTTGCCCGAGCTGCCAGGCCTGCATCTGCTTCTGCCAg > 3:34069/1‑149 (MQ=255) cGGTACAGCAGGTTGGACAGGGTGCGCAGTGTGCTCATGTCAGCGGCCCTCGGTTTCCTGCAGCACCGTCATGGCCTCGCGGGGCCAGTGCGCCTGCAGGCGTTGCCCGAGCTGCCAGGCCTGCATCTGCTTCTGCCAGCGGTCATTgg > 5:143417/1‑149 (MQ=255) gTACAGCAGGTTGGACAGGGTGCGCAGTGTGCTCATGTCAGCGGCCCTCGGTTTCCTGCAGCACCGTCATGGCCTCGCGGGGCCAGTGCGCCTGCAGGCGTTGCCCGAGCTGCCAGGCCTGCATCTGCTTCTGCCAGCGGTCATTGGc > 4:142506/1‑148 (MQ=255) gTACAGCAGGTTGGACAGGGTGCGCAGTGTGCTCATGTCAGCGGCCCTCGGTTTCCTGCAGCACCGTCATGGCCTCGCGGGGCCAGTGCGCCTGCAGGCGTTGCCCGAGCTGCCAGGCCTGCATCTGCTTCTGCCAGCGGTCATTGGc < 3:142506/148‑1 (MQ=255) agcagGTTGGACAGGGTGCGCAGTGTGCTCATGTCAGCGGCCCTCGGTTTCCTGCAGCACCGTCATGGCCTCGCGGGGCCAGTGCGCCTGCAGGCGTTGCCCGAGCTGCCAGGCCTGCATCTGCTTCTGCCAGCGGTCATTGGCCTGGc > 3:128420/1‑149 (MQ=255) agcagGTTGGACAGGGTGCGCAGTGTGCTCATGTCAGCGGCCCTCGGTTTCCTGCAGCACCGTCATGGCCTCGCGGGGCCAGTGCGCCTGCAGGCGTTGCCCGAGCTGCCAGGCCTGCATCTGCTTCTGCCAGCGGTCATTGGCCTGGc > 8:217561/1‑149 (MQ=255) agcagGTTGGACAGGGTGCGCAGTGTGCTCATGTCAGCGGCCCTCGGTTTCCTGCAGCACCGTCATGGCCTCGCGGGGCCAGTGCGCCTGCAGGCGTTGCCCGAGCTGCCAGGCCTGCATCTGCTTCTGCCAGCGGTCATTGGCCTGGc < 5:178859/149‑1 (MQ=255) ggTTGGACAGGGTGCGCAGTGTGCTCATGTCAGCGGCCCTCGGTTTCCTGCAGCACCGTCATGGCCTCGCGGGGCCAGTGCGCCTGCAGGCGTTGCCCGAGCTGCCAGGCCTGCATCTGCTTCTGCCAGCGGTCATTGGCCt < 4:78634/142‑1 (MQ=255) ggTTGGACAGGGTGCGCAGTGTGCTCATGTCAGCGGCCCTCGGTTTCCTGCAGCACCGTCATGGCCTCGCGGGGCCAGTGCGCCTGCAGGCGTTGCCCGAGCTGCCAGGCCTGCATCTGCTTCTGCCAGCGGTCATTGGCCt > 3:78634/1‑142 (MQ=255) gTTGGACAGGGTGCGCAGTGTGCTCATGTCAGCGGCCCTCGGTTTCCTGCAGCACCGTCATGGCCTCGCGGGGCCAGTGCGCCTGCAGGCGTTGCCCGAGCTGCCATGCCTGCATCTGCTTCTGCCAGCGGTCAtt < 6:295762/136‑1 (MQ=255) gTTGGACAGGGTGCGCAGTGTGCTCATGTCAGCGGCCCTCGGTTTCCTGCAGCACCGTCATGGCCTCGCGGGGCCAGTGCGCCTGCAGGCGTTGCCCGAGCTGCCATGCCTGCATCTGCTTCTGCCAGCGGTCAtt > 5:290810/1‑136 (MQ=255) gTTGGACAGGGTGCGCAGTGTGCTCATGTCAGCGGCCCTCGGTTTCCTGCAGCACCGTCATGGCCTCGCGGGGCCAGTGCGCCTGCAGGCGTTGCCCGAGCTGCCATGCCTGCATCTGCTTCTGCCAGCGGTCAtt > 5:295762/1‑136 (MQ=255) gTTGGACAGGGTGCGCAGTGTGCTCATGTCAGCGGCCCTCGGTTTCCTGCAGCACCGTCATGGCCTCGCGGGGCCAGTGCGCCTGCAGGCGTTGCCCGAGCTGCCATGCCTGCATCTGCTTCTGCCAGCGGTCAtt < 6:290810/136‑1 (MQ=255) gACAGGGTGCGCAGTGTGCTCATGTCAGCGGCCCTCGGTTTCCTGCAGCACCGTCATGGCCTCGCGGGGCCAGTGCGCCTGCAGGCGTTGCCCGAGCTGCCAGGCCTGCATCTGCTTCTGCCAGCGGTCATTGGCCTGGCTTACTGc > 7:232332/1‑147 (MQ=255) aGGGTGCGCAGTGTGCTCATGTCAGCGGCCCTCGGTTTCCTGCAGCACCGTCATGGCCTCGCGGGGCCAGTGCGCCTGCAGGCGTTGCCCGAGCTGCCAGGCCTGCATCTGCTTCTGCCAGCGGTCATTGGCCTGGCTTACTGCcag > 4:59909/1‑147 (MQ=255) gggTGCGCAGTGTGCTCATGTCAGCGGCCCTCGGTTTCCTGCAGCACCGTCATGGCCTCGCGGGGCCAGTGCGCCTGCAGGCGTTGCCCGAGCTGCCAGGCCTGCATCTGCTTCTGCCAGCGGTCATTGGCCTGGCTTACTGc > 5:228242/1‑143 (MQ=255) gggTGCGCAGTGTGCTCATGTCAGCGGCCCTCGGTTTCCTGCAGCACCGTCATGGCCTCGCGGGGCCAGTGCGCCTGCAGGCGTTGCCCGAGCTGCCAGGCCTGCATCTGCTTCTGCCAGCGGTCATTGGCCTGGCTTACTGc < 6:228242/143‑1 (MQ=255) gggTGCGCAGTGTGCTCATGTCAGCGGCCCTCGGTTTCCTGCAGCACCGTCATGGCCTCGCGGGGCCAGTGCGCCTGCAGGCGTTGCCCGAGCTGCCAGGCCTGCATCTGCTTCTGCCAGCGGTCATTGGCCTGGCTTACTGCcagcag < 7:217561/149‑1 (MQ=255) ggTGCGCAGTGTGCTCATGTCAGCGGCCCTCGGTTTCCTGCAGCACCGTCATGGCCTCGCGGGGCCAGTGCGCCTGCAGGCGTTGCCCGAGCTGCCAGGCCTGCATCTGCTTCTGCCAGCGGTCATTGGCCTGGCTTACTGCCAGCAGt < 1:96642/149‑1 (MQ=255) cgcAGTGTGCTCATGTCAGCGGCCCTCGGTTTCCTGCAGCACCGTCATGGCCTCGCGGGGCCAGTGCGCCTGCAGGCGTTGCCCGAGCTGCCAGGCCTGCATCTGCTTCTGCCAGCGGTCATTGGCCTGGCTTACTGCCAGCAGTTGa < 2:59783/148‑1 (MQ=255) cAGTGTGCTCATGTCAGCGGCCCTCGGTTTCCTGCAGCACCGTCATGGCCTCGCGGGGCCAGTGCGCCTGCAGGCGTTGCCCGAGCTGCCAGGCCTGCATCTGCTTCTGCCAGCGGTCATTGGCCTGGCTTACTGCCAGCAGTTGACCg > 4:321593/1‑149 (MQ=255) tgtgCTCATGTCAGCGGCCCTCGGTTTCCTGCAGCACCGTCATGGCCTCGCGGGGCCAGTGCGCCTGCAGGCGTTGCCCGAGCTGCCAGGCCTGCATCTGCTTCTGCCAGCGGTCATTGGCCTGGCTTACTGCCAGCAGTTGACCGTTg < 6:143417/149‑1 (MQ=255) tgCTCATGTCAGCGGCCCTCGGTTTCCTGCAGCACCGTCATGGCCTCGCGGGGCCAGTGCGCCTGCAGGCGTTGCCCGAGCTGCCAGGCCTGCATCTGCTTCTGCCAGCGGTCATTGGCCTGGCTTACTGCCAGCAGTTGACCGTTGTc < 4:34069/149‑1 (MQ=255) cTCATGTCAGCGGCCCTCGGTTTCCTGCAGCACCGTCATGGCCTCGCGGGGCCAGTGCGCCTGCAGGCGTTGCCCGAGCTGCCAGGCCTGCATCTGCTTCTGCCAGCGGTCATTg > 1:246444/1‑115 (MQ=255) cTCATGTCAGCGGCCCTCGGTTTCCTGCAGCACCGTCATGGCCTCGCGGGGCCAGTGCGCCTGCAGGCGTTGCCCGAGCTGCCAGGCCTGCATCTGCTTCTGCCAGCGGTCATTg < 2:246444/115‑1 (MQ=255) cTCATGTCAGCGGCCCTCGGTTTCCTGCAGCACCGTCATGGCCTCGCGGGGCCAGTGCGCCTGCAGGCGTTGCCCGAGCTGCCAGGCCTGCATCTGCTTCTGCCAGCGGTCATTGGCCTGGCTTACTGCCAGCAGTTGACCGTTGTCCa < 2:200685/149‑1 (MQ=255) tCATGTCAGCGGCCCTCGGTTTCCTGCAGCACCGTCATGGCCTCGCGGGGCCAGTGCGCCTGCAGGCGTTGCCCGAGCTGCCAGGCCTGCATCTGCTTCTGCCAGCGGTCATTGGCCTGGCTTACTGCCAGCAGTTGACCGTTGTCCAg > 8:207405/1‑149 (MQ=255) tCATGTCAGCGGCCCTCGGTTTCCTGCAGCACCGTCATGGCCTCGCGGGGCCAGTGCGCCTGCAGGCGTTGCCCGAGCTGCCAGGCCTGCATCTGCTTCTGCCAGCGGTCATTGGCCTGGCTTACTGCCAGCAGTTGACCGTTGTCCAg > 5:344308/1‑149 (MQ=255) cATGTCAGCGGCCCTCGGTTTCCTGCAGCACCGTCATGGCCTCGCGGGGCCAGTGCGCCTGCAGGCGTTGCCCGAGCTGCCAGGCCTGCATCTGCTTCTGCCAGCGGTCATTGGCCTGGCTTACTGCCAGCAGTTGACCGTTGTCCAGc > 4:203762/1‑149 (MQ=255) aTGTCAGCGGCCCTCGGTTTCCTGCAGCACCGTCATGGCCTCGCGGGGCCAGTGCGCCTGCAGGCGTTGCCCGAGCTGCCAGGCCTGCATCTGCTTCTGCCAGCGGTCATTGGCCTGGCTTACTGCCAGCAGTTGACCGTTGTCCAGc < 3:59909/148‑1 (MQ=255) tGTCAGCGGCCCTCGGTTTCCTGCAGCACCGTCATGGGCTCGCGGGGCCAGTGCGCCTGCAGGCGTTGCCCGAGCTGCCAGGCCTGCATCTGCTTCTGCCAGCGGTCATTGGCCTGGCTTACTGCCAGCAGTTGACCGTTGTCCAGCTg > 5:48892/1‑149 (MQ=255) gCCCTCGGTTTCCTGCAGCACCGTCATGGCCTCGCGGGGCCAGTGCGCCTGCAGGCGTTGCCCGAGCTGCCAGGCCTGCATCTGCt > 3:353026/1‑86 (MQ=255) gCCCTCGGTTTCCTGCAGCACCGTCATGGCCTCGCGGGGCCAGTGCGCCTGCAGGCGTTGCCCGAGCTGCCAGGCCTGCATCTGCt < 4:353026/86‑1 (MQ=255) ggTTTCCTGCAGCACCGTCATGGCCTCGCGGGGCCAGTGCGCCTGCAGGCGTTGCCCGAGCTGCCAGGCCTGCATCTGCTTCTGCCAGCGGTCATTGGCCTGGCTTACTGCCAGCAGTTGACCGTTGTCCAGCTGCAGTTCGTAGCgg < 4:128420/148‑1 (MQ=255) caCCGTCATGGCCTCGCGGGGCCAGTGCGCCTGCAGGCGTTGCCCGAGCTGCCAGGCCTGCATCTGCTTCTGCCAGCGGTCATTGGCCTGGCTTACTGCCAGCAGTTGACCGTTGTCCAGCTGCAGTTCGTAGCGGGTGGCGCTGCCtt > 1:251309/1‑149 (MQ=255) aCCGTCATGGCCTCGCGGGGCCAGTGCGCCTGCAGGCGTTGCCCGAGCTGCCAGGCCTGCATCTGCTTCTGCCAGCGGTCATTGGCCTGGCTTACTGCCAGCAGTTGACCGTTGTCCAGCTGCAGTTCGTAGCGGGTGGCGCTGCCTTg < 7:207405/149‑1 (MQ=255) gTCATGGCCTCGCGGGGCCAGGGCGCCTGCAGGCGTTGCCCGAGCTGCCAGGCCTGCATCTGCTTCTGCCAGCGGTCATTGGCCTGGCTTACTGCCAGCAGTTGACCGTTGTCCAGCTGCAGTTCGTAGCGGGTGGCGCTGCCTTGGTa < 4:79301/149‑1 (MQ=255) aTGGCCTCGCGGGGCCAGTGCGCCTGCAGGCGTTGCCCGAGCTGCCAGGCCTGCATCTGCTTCTGCCAGCGGTCATTGGCCTGGCTTACTGCCAGCAGTTGACCGTTGTCCAGCTGCAGTTCGTAGCGGGTGGCGCTGCCTTGGTACTg < 6:131373/149‑1 (MQ=255) ggCCTCGCGGGGCCAGTGCGCCTGCAGGCGTTGCCCGAGCTGCCAGGCCTGCATCTGCTTCTGCCAGCGGTCATTGGCCTGGCTTACTGCCAGCAGTTGACCGTTGTCCAGCTGCAGTTCGTAGCGGGTGGCGCTGCCTTGGTACt > 7:269898/1‑146 (MQ=255) ggCCTCGCGGGGCCAGTGCGCCTGCAGGCGTTGCCCGAGCTGCCAGGCCTGCATCTGCTTCTGCCAGCGGTCATTGGCCTGGCTTACTGCCAGCAGTTGACCGTTGTCCAGCTGCAGTTCGTAGCGGGTGGCGCTGCCTTGGTACt < 8:269898/146‑1 (MQ=255) ccTCGCGGGGCCAGTGCGCCTGCAGGCGTTGCCCGAGCTGCCAGGCCTGCATCTGCTTCTGCCAGCGGTCATTGGCCTGGCTTACTGCCAGCAGTTGACCGTTGTCCAGCTGCAGTTCGTAGCGGGTGGCGCTGCCTTGGTACTGGACa > 8:103246/1‑149 (MQ=255) ccTCGCGGGGCCAGTGCGCCTGCAGGCGTTGCCCGAGCTGCCAGGCCTGCATCTGCTTCTGCCAGCGGTCATTGGCCTGGCTTACTGCCAGCAGTTGACCGTTGTCCAGCTGCAGTTCGTAGCGGGTGGCGCTGCCTTGGTACTGGACa < 3:203762/149‑1 (MQ=255) cTCGCGGGGCCAGTGCGCCTGCAGGCGTTGCCCGAGCTGCCAGGCCTGCATCTGCTTCTGCCAGCGGTCATTGGCCTGGCTTACTGCCAGCAGTTGACCGtt > 4:51211/1‑102 (MQ=255) gcgcCTGCAGGCGTTGCCCGAGCTGCCAGGACTGCATCTGCTTCTGCCAGCGGTCATTGGCCTGGCTTACTGCCAGCAGTTGACCGTTGTCCAGCTGCAGTTCGTAGCGGGTGGCGCTGCCTTGGTACTGGACATCGTGCAGCAcgccg > 1:24523/1‑149 (MQ=255) gCAGGCGTTGCCCGAGCTGCCAGGCCTGCATCTGCTTCTGCCAGCGGTCATTGGCCTGGCTTACTGCCAGCAGTTGACCGTTGTCCAGCTGCAGTTCGTAGCgg < 6:127119/104‑1 (MQ=255) gCAGGCGTTGCCCGAGCTGCCAGGCCTGCATCTGCTTCTGCCAGCGGTCATTGGCCTGGCTTACTGCCAGCAGTTGACCGTTGTCCAGCTGCAGTTCGTAGCgg > 5:127119/1‑104 (MQ=255) cGAGCTGCCAGGCCTGCATCTGCTTCTGCCAGCGGTCATTGGCCTGGCTTACTGCCAGCAGTTGACCGTTGTCCAGCTGCAGTTCGTAGCGGGTGGCGCTGCCTTGGTACTGGACATCGTGCAGCACGCCGCTGACCTGTACCTCATgg > 3:63729/1‑149 (MQ=255) gCCAGGCCTGCATCTGCTTCTGCCAGCGGTCATTGGCCTGGCTTACTGCCAGCAGTTGACCGTTGTCCAGCTGCAGTTCGTAGCGGGTGGCGCTGCCTTGGTACTGGACATCGTGCAGCACGCCGCTGACCTGTACCTCATGGCTGGt > 4:65396/1‑148 (MQ=255) ccAGGCCTGCATCTGCTTCTGCCAGCGGTCATTGGCCTGGCTTACTGCCAGCAGTTGACCGTTGTCCAGCTGCAGTTCGTAGCGGGTGGCGCTGCCTTGGTACTGGACATCGTGCAGCACGCCGCTGACCTGTACCTCATGGCTGGTCa > 7:200462/1‑149 (MQ=255) | AACAGCAGTGCCAGGTACAGGTTGGGGCGCCGGTACAGCAGGTTGGACAGGGTGCGCAGTGTGCTCATGTCAGCGGCCCTCGGTTTCCTGCAGCACCGTCATGGCCTCGCGGGGCCAGTGCGCCTGCAGGCGTTGCCCGAGCTGCCAGGCCTGCATCTGCTTCTGCCAGCGGTCATTGGCCTGGCTTACTGCCAGCAGTTGACCGTTGTCCAGCTGCAGTTCGTAGCGGGTGGCGCTGCCTTGGTACTGGACATCGTGCAGCACGCCGCTGACCTGTACCTCATGGCTGGTCA > NC_002947/1688436‑1688728 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |