| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,987,441 | G→A | 7.0% | L232L (TTG→TTA) ‡ | PP_1778 → | lipopolysaccharide ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,987,441 | 0 | G | A | 7.0% | 203.8 / 2.6 | 71 | L232L (TTG→TTA) ‡ | PP_1778 | lipopolysaccharide ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (32/33); new base A (2/3); total (34/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTGCAGGTGTTGTTCTGGTTTACCCCAATCGTTTACATGGTCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCACCCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGG‑TTG‑TCATGACCGGGATTTCCTTTGGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAATGGTGGATGTACTATGAGCCTTTTGAGTGTCAGTGATGTGGGCAAAGCCTACAAAACGTACCGT > NC_002947/1987295‑1987587 | ctgcAGGTGTTGTTCTGGTTTACCCCAATCGTTTACATGGTCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCACCCTTAGTTTTAACCCCATGTATCTCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGa < 1:306435/148‑1 (MQ=255)ctgcAGGTGTTGTTCTGGTTTACCCCAATCGTTTACATGGTCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCACCCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGa < 6:150692/148‑1 (MQ=255)ctgcAGGTGTTGTTCTGGTTTACCCCAATCGTTTACATGGTCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCACCCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGa < 8:212764/148‑1 (MQ=255)ctgcAGGTGTTGTTCTGGTTTACCCCAATCGTTTACATGGTCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCACCCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGa < 7:5709/148‑1 (MQ=255) ggTGTTGTTCTGGTTTACCCCAATCGTTTACATGGTCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCACCCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAgg < 1:306812/149‑1 (MQ=255) ggTGTTGTTCTGGTTTACCCCAATCGTTTACATGGTCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCACCCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAgg < 3:183745/149‑1 (MQ=255) ttgttCTGGTTTACCCCAATCGTTTACATGGTCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCACCCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCgg < 7:45946/148‑1 (MQ=255) gttCTGGTTTACCCCAATCGTTTACATGGTCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCACCCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGG‑tt < 4:305788/148‑1 (MQ=255) ttCTGGTTTACCCCTATCGTTTACATGGTCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCACCCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGACTCAAATCAGGCGC‑ttta < 6:41278/149‑3 (MQ=255) ttCTGGTTTACCCCAATCGTTTACATGGTCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCACCCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGa > 5:43597/1‑136 (MQ=255) ttCTGGTTTACCCCAATCGTTTACATGGTCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCACCCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGG‑TTG‑t > 2:40850/1‑149 (MQ=255) ttCTGGTTTACCCCAATCGTTTACATGGTCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCACCCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGACTCAAATCAGGCGC‑ttta < 6:220072/149‑3 (MQ=255) ttCTGGTTTACACCAATCGTTTACATGGTCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCACCCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGa < 6:43597/136‑1 (MQ=255) gTTTACCCCAATCGTTTACATGGTCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCACCCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGG‑TTG‑TCAt < 1:207374/147‑1 (MQ=255) aCCCCAATCGTTTACATGGTCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCACCCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGG‑TTG‑TCATGACCg < 1:147946/148‑1 (MQ=255) ccccAATCGTTTACATGGTCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCACCCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGG‑TTG‑TCATGACCgg > 6:363509/1‑148 (MQ=255) aaTCGTTTACATGGTCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCACCCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGG‑TTG‑TCATGACCGGGAttt < 5:363509/149‑1 (MQ=255) tttACATGGTCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCACCCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGG‑TTG‑TCATGACCGGGATTTCCttt < 2:304479/149‑1 (MQ=255) tGGTCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCACCCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGG‑TTG‑TCATGACCGGGATTTCCTTTGGTCtg < 1:40850/149‑1 (MQ=255) 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4:217444/113‑1 (MQ=255) tATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGG‑TTG‑TCATGACCGGGACTTCCTTTGGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAATGGTGGATg < 6:145241/148‑1 (MQ=255) cATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGGTTTGATCATGAACGGGATAACATTTTTTATTTTTTTGATTGGCATGTTAATGTTTAGTCTTTCTGTGCCTTAAATGTTGTATGTACt > 1:298225/1‑149 (MQ=255) cATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGG‑TTG‑TCATTACCGGGATTTGCTTTGGTCTCTTGTTGATTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCAGTGCATGAAATGGTGGATGTACTAt > 7:128261/1‑149 (MQ=255) aTTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGG‑TTG‑TCATGACCGGGATTTCCTTTGGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAATGGTGGATGTACTATg > 8:219295/1‑149 (MQ=255) aCTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGG‑TTG‑TCATGACCGGGATTTCCTTTGGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAATGGTGGATGTACTATGAGCCtt > 7:89623/1‑149 (MQ=255) tGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGG‑TTG‑TCATGACCGGGATTTCCTTTGGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAATGGTGGATGTACTATGAGCCtttt > 2:124882/1‑149 (MQ=255) ccTTTCAGGACGTACTCCTGTACGCTTATGCTCCTGATTTTAGTCAGGCGG‑TTG‑TCTTGAGGGGGTTTTGCTTTGGTCTTTTTTTGCTTGGCCTGTTCCTTTTTCGTCGGTCTGTGCGTGTAATGGTGGATGTACTATGAGCCtttt < 3:334603/147‑1 (MQ=255) ccTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGG‑TTG‑TCATGACCGGGATTTCCTTTGGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAAtggt > 1:245738/1‑127 (MQ=255) ccTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGG‑TTG‑TCATGACCGGGATTTCCTTTGGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAAtggt < 2:245738/127‑1 (MQ=255) ccTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGG‑TTG‑TCATGACCGGGATTTCCTTTGGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAATGGTGGATGTACTATGAGCCtttt > 6:149408/1‑147 (MQ=255) ccTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGG‑TTG‑TCATGACCGGGATTTCCTTTGGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAATGGTGGATGTACTATGAGCCtttt < 7:196117/147‑1 (MQ=255) tCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGG‑TTG‑TCATGACCGGGATTTCCTTTGGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAATGGTGGATGTACTATGAGCCTTTTGAgt < 3:93859/147‑1 (MQ=255) acgacgTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGG‑TTG‑TCATGACCGGGATTTCCTTTGGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAATGGTGGATGTACTATGAGCCTTTTGAGTGTCa < 3:315117/149‑1 (MQ=255) acgacgTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGAGG‑TTG‑TCATGACCGGGATTTCCTTTGGTCTGTTGTTGCTAGGCCTGTTCATGTTTCGTCGGTCTGTGCGTGAAATGGTGGATGTACTATGAGACTTTTGAGTGTCa > 4:107084/1‑149 (MQ=255) gacgTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGG‑TTG‑TCATGACCGGGATTTCCTTTGGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAATGGTGGATGTACTATGAGCCTTTTGAGTGTCAGt > 8:165777/1‑149 (MQ=255) acgTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGG‑TTG‑TCATTACCGGGATTTCCTTTGGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAATGGTGGATGTACTATGAGc < 4:309156/133‑1 (MQ=255) acgTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGG‑TTG‑TCATGACCGGGATTTCCTTTGGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAATGGTGGATGTACTATGAGc > 3:309156/1‑133 (MQ=255) cgTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGG‑TTG‑TCATGACCGGGATTTCCTTTGGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAATGGTGGATGTACTATGAGCCTTTTGAGTGTCAGTGa < 6:263474/149‑1 (MQ=255) gTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGG‑TTG‑TCATGACCGGGATTTCCTTTGGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAATGGTGGATGTACTATGAGCCTTTTGAGTGTCAGTGAt > 8:147895/1‑149 (MQ=255) tCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGG‑TTG‑TCATGACCGGGATTTCCTTTGGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAATGGTGGATGTACTATGAGCCTTTTGAGTGTCAGTGATGTgg < 4:251182/149‑1 (MQ=255) cTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGG‑TTG‑TCATGACCGGGATTTCCTTTGGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAATGGTGGATGTACTATGAGCCTTTTGAGTGTCAGTGATGTggg > 7:37416/1‑148 (MQ=255) 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gATTTGAGTCAGGCGG‑TTG‑TCATGACCGGGATTTCCTTTGGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAATGGTGGATGTACTATGAGCCTTTTGAGTGTCAGTGATGTGGCCAAAGCCTACAAAACGTAc > 1:306098/1‑149 (MQ=255) aTTTGAGTCAGGCGG‑TTG‑TCATGACCGGGATTTCCTTTGGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAATGGTGGATGTACTATGAGCCTTTTGAGTGTCAGTGATGTGGGCAAAGCCTACAAAACGTAc < 7:112259/148‑1 (MQ=255) ttGAGTCAGGCGG‑TTG‑TCATGACCGGGATTTCCTTTGGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAATGGTGGATGTACTATGAGCCTTTTGAGTGTCAGTGATGTGGGCAAAGCCTACAAAACGTACCGt > 4:309434/1‑149 (MQ=255) | CTGCAGGTGTTGTTCTGGTTTACCCCAATCGTTTACATGGTCAATGTGATACCTGAACACCTTCGGGCCACCCTTAGTTTTAACCCCATGTATCCCATTGTTACTGCCTATCACGACGTACTCCTGTACGCTAAAGCGCCTGATTTGAGTCAGGCGG‑TTG‑TCATGACCGGGATTTCCTTTGGTCTGTTGTTGCTTGGCCTGTTCCTGTTTCGTCGGTCTGTGCCTGAAATGGTGGATGTACTATGAGCCTTTTGAGTGTCAGTGATGTGGGCAAAGCCTACAAAACGTACCGT > NC_002947/1987295‑1987587 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |