| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,144,368 | G→C | 6.1% | Q239H (CAG→CAC) | lpxK → | tetraacyldisaccharide 4'‑kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,144,368 | 0 | G | C | 6.1% | 268.4 / 6.2 | 82 | Q239H (CAG→CAC) | lpxK | tetraacyldisaccharide 4'‑kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (37/40); new base C (3/2); total (40/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.72e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.26e-01 | |||||||||||
CGACCGCTTGCGTGAGGCTGACGCGGTGCTGTTCAACGGCGCCAGCGAAGACCGCACCGATGGTTTCGGTTTCTGCCTGCAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGTGCGC‑TCGACCATTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCGGCAACCCGCAACGTTTCTTCAACACCCTGCTGGGGCTAAACTGGCAGCCGGTGCCGCATCCCTTCGCCGACCATGCGCAGTTCAGTGCCCGGAGCCTGGCCTTCAGCCCGCCACTGCCGCT > NC_002947/2144221‑2144514 | cgACCGCTTGCGTGAGGCTGACGCGGTGCTGTTCAACGGCGCCAGCGAAGACCGCACCGATGGTTTCGGTTTCTGCCTGCAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGTGCGC‑TCGACCATTTCCCCGCCGGCCAgc > 3:62676/1‑149 (MQ=255) gACCGCTTGCGTGAGGCTGACGCGGTGCTGTTCAACGGCGCCAGCGAAGACCGCACCGATGGTTTCGGTTTCTGCCTGCAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGTGCGC‑TCGACCATTTCCCCGCCGGCCAgcg > 3:220769/1‑149 (MQ=255) gCTTGCGTGAGGCTGACGCGGTGCTGTTCAACGGCGCCAGCGAAGACCGCACCGATGGTTTCGGTTTCTGCCTGCAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGTGCGC‑TCGACCATTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTg > 5:87952/1‑149 (MQ=255) cTTGCGTGAGGCTGACGCGGTGCTGTTCAACGGCGCCAGCGAAGACCGCACCGATGGTTTCGGTTTCTGCCTGCAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGTGCGC‑TCGACCATTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGc < 4:82221/149‑1 (MQ=255) ttGCGTGAGGCTGACGCGGTGCTGTTCAACGGCGCCAGCGAAGACCGCACCGATGGTTTCGGTTTCTGCCTGCAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGTGCGC‑TCGACCATTTCCCCGCCGGCCACCGCATg > 7:97426/1‑147 (MQ=255) gTGAGGCTGACGCGGTGCTGTTCAACGGCGCCAGCGAAGACCGCACCGATGGTTTCGGTTTCTGCCTGCAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGTGCGC‑TCGACCATTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCg > 4:69113/1‑149 (MQ=255) aGGCTGACGCGGTGCTGTTCAACGGCGCCAGCGAAGACCGCACCGATGGTTTCGGTTTCTGCCTGCAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGTGCGC‑TCGACCATTTCCCTGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTg > 5:231516/1‑149 (MQ=255) gCTGACGCGGTGCTGTTCAACGGCGCCAGCGAAGACCGCACCGATGGTTTCGGTTTCTGCCTGCAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGTGCGC‑TCGACCATTTCCCCGCCGGCCACCGCATGCAGGCGCTGGc < 8:97426/149‑1 (MQ=255) cTGACGCGGTGCTGTTCAACGGCGCCAGCGAAGACCGCACCGATGGTTTCGGTTTCTGCCTGCAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGTGCGC‑TCGACCATTTCCCTGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGcc < 6:231516/149‑1 (MQ=255) aCGCGGTGCTGTTCAACGGCGCCAGCGAAGACCGCACCGATGGTTTCGGTTTCTGCCTGCAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGTGCGC‑TCGACCATTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCg < 4:173778/147‑1 (MQ=255) aCGCGGTGCTGTTCAACGGCGCCAGCGAAGACCGCACCGATGGTTTCGGTTTCTGCCTGCAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGTGCGC‑TCCACCATTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCgg > 5:324382/1‑148 (MQ=255) cgcgGTGCTGTTCAACGGCGCCAGCGAAGACCGCACCGATGGTTTCGGTTTCTGCCTGCAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGTGCGC‑TCGACCATTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCggcg < 2:262294/149‑3 (MQ=255) cgcgGTGCTGTTCAACGGCGCCAGCGAAGACCGCACCGATGGTTTCGGTTTCTGCCTGCAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGTGCGC‑TCGACCATTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTa < 4:220769/149‑1 (MQ=255) gcgGTGCTGTTCAACGGCGCCAGCGAAGACCGCACCGATGGTTTCGGTTTCTGCCTGCAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGTGCGC‑TCGACCATTTCCCCACCGGCCACCGCATGCAGGCGCTGGCCggcgg < 2:76514/149‑4 (MQ=255) cgGTGCTGTTCAACGGCGCCAGCGAAGACCGCACCGATGGTTTCGGTTTCTGCCTGCAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGTGCGC‑TCGACCATTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATc < 6:87406/149‑1 (MQ=255) ggTGCTGTTCAACGGCGCCAGCGAAGACCGCACCGATGGTTTCGGTTTCTGCCTGCAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGTGCGC‑TCGACCATTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCg > 4:275628/1‑149 (MQ=255) ggTGCTGTTCAACGGCGCCAGCGAAGACCGCACCGATGGTTTCGGTTTCTGCCTGCAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGTGCGC‑TCGACCATTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCg < 4:112207/149‑1 (MQ=255) gTGCTGTTCAACGGCGCCAGCGAAGACCGCTCCGATGGTTTCGGTTTCTGCCTGCAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGGGCGCACTGGCGAGCGCCGTGCGC‑TCGACCATTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCgg < 4:103492/149‑1 (MQ=255) tGCTGTTCAACGGCGCCAGCGAAGACCGCACCGATGGTTTCGGTTTCTGCCTGCAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGTGCGC‑TCGACCATTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCgg > 4:317346/1‑148 (MQ=255) gCTGTTCAACGGCGCCAGCGAAGACCGCACCGATGGTTTCGGTTTCTGCCTGCAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGTGCGC‑TCGACCATTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCGGc > 5:148167/1‑148 (MQ=255) ttCAACGGCGCCAGCGAAGACCGCACCGATGGTTTCGGTTTCTGCCTGCAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGTGCGC‑TCGACCATTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCGGCAAccc < 3:69113/149‑1 (MQ=255) ttCAACGGCGCCAGCGAAGACCGCACCGATGGTTTCGGTTTCTGCCTGCAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGTGCGC‑TCGACCATTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCGGCAAccc < 6:87952/149‑1 (MQ=255) ttCAACGGCGCCAGCGAAGACCGCACCGATGGTTTCGGTTTCTGCCTGCAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGTGCGC‑TCGACCATTTCCCAGCAGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCGGCAAccc > 8:356255/1‑149 (MQ=255) cAACGGCGCCAGCGAAGACCGCACCGATGGTTTCGGTTTCTGCCTGCAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGTGCGC‑TCGACCATTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCGGCAACCCg > 6:221557/1‑148 (MQ=255) aaCGGCGCCAGCGAAGACCGCACCGATGGTTTCGGTTTCTGCCTGCAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGTGCGC‑TCGACCATTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTTGCCGATACCGGCCAccgcat < 7:299828/149‑5 (MQ=255) aaCGGCGCCAGCGAAGACCGCACCGATGGTTTCGGTTTCTGCCTGCAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGTGCGC‑TCGACCATTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCGGCAACCCGc > 1:211582/1‑148 (MQ=255) aCGGCGCCAGCGAAGACCGCACCGATGGTTTCGGTTTCTGCCTGCAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGTGCGC‑TCGACCATTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCGGCAACCCGCaa < 5:221557/149‑1 (MQ=255) aCGGCGCCAGCGAAGACCGCACCGATGGTTTCGGTTTCTGCCTGCAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGTGCGC‑TCGACCATTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCGGCAACCCGCaa > 2:46344/1‑149 (MQ=255) aCGGCGCCAGCGAAGACCGCACCGATGGTTTCGGTTGCTGCCTGCAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGTGCGC‑TCGACCATTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCGGCAACCCGCaa < 8:149662/149‑1 (MQ=255) ccAGCGAAGACCGCACCGATGGTTTCGGTTTCTGCCTGCAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGTGCGC‑TCGACCATTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCGGCAACCCGCAACGTttc < 7:156483/149‑1 (MQ=255) ccAGCGAAGACCGCACCGATGGTTTCGGTTTCTGCCTGCAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGTGCGC‑TCGACCATTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCGGCAACCCGCAACGTttc < 2:211582/149‑1 (MQ=255) cAGCGAAGACCGCACCGATGGTTTCGGTTTCTGCCTGCAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGTGCGC‑TCGACCATTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCGGCAACCCGCAACGTttct < 7:172095/149‑1 (MQ=255) cgCGAAGACCGCACGGATGGTGTCGGTTTCTGCCTGCAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGTGCGC‑TCGACCATTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCGGCAACCCGCAACGTttctt < 8:308911/148‑1 (MQ=255) aGCGAAGACCGCACCGATGGTTTCGGTTTCTGCCTGCAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGTGCGC‑TCGACCATTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCGGCAACCCGCAACGTttctt < 3:317346/149‑1 (MQ=255) aGCGAAGACCGCACCGATGGTTTCGGTTTCTGCCTGCAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGTGCGC‑TCGACCATTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCGGCAACCCGCAACGTttct > 4:84533/1‑148 (MQ=255) cGAAGACCGCACCGATGGTTTCGGTTTCTGCCTGCAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGTGCGC‑TCGACCATTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCGGCAACCCGCAACGTTTCTTCa < 7:259676/149‑1 (MQ=255) ccGATGGTTTCGGTTTCTGCCTGCAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGTGCGC‑TCGACCATTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCGGCAACCCGCAACGTTTCTTCAACACCctgc < 6:240371/147‑1 (MQ=255) ccGATGGTTTCGGTTTCTGCCTGCAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGTGCGC‑TCGACCATTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCGGCAACCCGCAACGTTTCTTCAACACCctgc > 5:240371/1‑147 (MQ=255) cGATGGTTTCGGTTTCTGCCTGCAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGTGCGC‑TCGACCATTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCGGCAACCCGCAACGTTTCTTCAACACCCTGCTgg > 3:350722/1‑149 (MQ=255) gtttcggtgtcTGCCTGCAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGTGCGC‑TCGACCATTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCGGCAACCCGCAACGTTTCTTCAACACCCTGCTGGGGCt < 7:256714/148‑1 (MQ=255) tttcggtttcTGCCTGCAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGTGCGC‑TCGACCATTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCGGCAACCCGCAACGTTTCTTCAACACCCTGCTGGGGCTa > 2:177968/1‑148 (MQ=255) tttcggtttcTGCCTGCAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGTGCGC‑TCGACCATTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCGGCAACCCGCAACGTTTCTTCAACACCCTGCTGGGGCTa > 6:193662/1‑148 (MQ=255) tttcggtttcTGCCTGCAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGTGCGC‑TCGACCATTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCGGCAACCCGCAACGTTTCTTCAACACCCTGCTGGGGCTa > 3:143326/1‑148 (MQ=255) ttcggtttcTGCCTGCAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGTGCGC‑TCGACCATTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCGGCAACCCGCAACGTTTCTTCAACACCCTGCTGGGGCTaaa > 8:314532/1‑149 (MQ=255) tcggtttcTGCGTTCAGCCGTCGGCCCTGGTCATCGTGCGCACTGGCGAGCGCCGTGCGC‑TCGACCATTTCCCCGCGGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCGGCAACCCGCATCGTTTCTTCAACACCCTGCTGGGGCTAAAc < 5:205062/149‑1 (MQ=255) tttcTGCCTGCAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGTGCGC‑TCGACCATTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGt > 5:170355/1‑93 (MQ=255) tttcTGCCTGCAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGTGCGC‑TCGACCATTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGt < 6:170355/93‑1 (MQ=255) tcTGCCTGCAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGTGCGC‑TCGACCATTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCGGCAACCCGCAACGTTTCTTCAACACCCTGCTGGGGCTAAACTGGCa < 3:84533/148‑1 (MQ=255) cctgcAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGTGCGC‑TCGACCATTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCGGCAACCCGCAACGTTTCTTCAACACCCTGCTGGGGCTAAACTGGCAGc < 1:91941/146‑1 (MQ=255) cctgcAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGTGCGC‑TCGACCATTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCGGCAACCCGCAACGTTTCTTCAACACCCTGCTGGGGCTAAACTGGCAGCCgg > 5:345387/1‑149 (MQ=255) cctgcAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGTGCGC‑TCGACCATTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCGGCAACCCGCAACGTTTCTTCAACACCCTGCTGGGGCTAAACTGGCAGCCg < 4:62676/148‑1 (MQ=255) ctgcAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGTGCGCTTCGACCATTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCGGCAACCCGCAACGTTTCTTCAACACCCTGCTGGGGCTAAACTGGCAGCCgg > 1:91584/1‑149 (MQ=255) caaGCGGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGTGCGC‑TCGACCATTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCGGCAACCCGCAACGTTTCTTCAACACCCTGCTGGGGCTAAACTGGCAGCCGGTGc < 1:65576/147‑1 (MQ=255) cAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGTGCGC‑TCGACCATTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCGGCAACCCGCAACGTTTCTTCAACACCCTGCTGGGGCTAAACTGGCAGCCGGTGc < 4:350722/148‑1 (MQ=255) 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> NC_002947/2144221‑2144514 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |