Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,314,990 | C→T | 6.9% | P45P (CCG→CCA) | PP_2036 ← | 4‑hydroxy‑tetrahydrodipicolinate synthase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,314,990 | 0 | C | T | 6.9% | 170.5 / 2.5 | 58 | P45P (CCG→CCA) | PP_2036 | 4‑hydroxy‑tetrahydrodipicolinate synthase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (25/29); new base T (2/2); total (27/31) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.60e-01 |
GCACGCTGCACGGTGCGGGCGGTGGTCAGGTCGGAGACGCTGACCACGCTGGGTACGCGCCCGGCAATGCGTGCCTGGCTGAAGCGCACCACGGTTTCCCATTCGCTGTCGGACAGGTAAGCCCCTTCGCCGGTGCTGCCCAGCGGCGCGATGGCGTGCACGCCGCCTGCAATCAGGCTATCGATGGACGTGCCCAAGGCATCCAGGTCGAGTGTGCCGTCTGCCGTGAAGGGAGTGATGGTGTAGCCGATAACGCCGCGAATTACAGGTGTAGACATGAC > NC_002947/2314847‑2315127 | gCACGCTGCACGGTGCGGGCGGTGGTCAGGTCGGAGACGCTGACCACGCTGGGTACGCGCCCGGCAATGCGTGCCTGGCTGAAGCGCACCACGGTTTCCCATTCGCTGTCGGACAGGTAAGCCCCTTCGCCGGTGCTGCCCAGCGgcgc > 2:196207/1‑149 (MQ=255) tGCACGGTGCGGGCGGTGGTCAGGTCGGAGACGCTGACCACGCTGGGTACGCGCCCGGCAATGCGTGCCTGGCTGAAGCGCACCACGGTTTCCCATTCGCTGTCGGACAGGTAAGCCCCTTCGCCGGTGCTGCCCAGCGGCGCGATGGc > 1:287284/1‑149 (MQ=255) cACGGTGCGGGCGGTGGTCAGGTCGGAGACGCTGACCACGCTGGGTACGCGCCCGGCAATGCGTGCCTGGCTGAAGCGCACCACGGTTTCCCATTCGCTGTCGGACAGGTAAGCCCCTTCGCCGGTGCTGCCCAGCGGCGCGATGGCGt < 6:188615/149‑1 (MQ=255) gggcggTGGTCAGGTCGGAGACGCTGACCACGCTGGGTACGCGCCCGGCAATGCGTGCCTGGCTGAAGCGCACCACGGTTTCCCATTCGCTGTCGGACAGGTAAGCCCCTTCGCCGGTGCTGCCCAGCGGCGCGATGGCGTGCAcgccg > 1:241054/1‑149 (MQ=255) gggcggTGGTCAGGTCGGAGACGCTGACCACGCTGGGTACGCGCCCGGCAATGCGTGCCTGGCTGAAGCGCACCACGGTTTCCCATTCGCTGTCGGACAGGTAAGCCCCTTCGCCGGTGCTGCCCAGCGGCGCGATGGCGTGCAcgccg > 7:259933/1‑149 (MQ=255) ggcggTGGTCAGGTCGGAGACGCTGACCACGCTGGGTACGCGCCCGGCAATGCGTGCCTGGCTGAAGCGCACCACGGTTTCCCATTCGCTGTCGGACAGGTAAGCCCCTTCGCCGGTGCTGCCCAGCGGCGCGATGGCg > 8:6710/1‑139 (MQ=255) ggcggTGGTCAGGTCGGAGACGCTGACCACGCTGGGTACGCGCCCGGCAATGCGTGCCTGGCTGAAGCGCACCACGGTTTCCCATTCGCTGTCGGACAGGTAAGCCCCTTCGCCGGTGCTGCCCAGCGGCGCGATGGCg < 7:6710/139‑1 (MQ=255) gtCAGGTCGGAGACGCTGACCACGCTGGGTACGCGCCCGGCAATGCGTGCCTGGCTGAAGCGCACCACGGTTTCCCATTCGCTGTCGGACAGGTAAGCCCCTTCGCCGGTGCTGCCCAGCGGCGCGATGGCGTGCACGCCGCCTGCaa < 8:300494/148‑1 (MQ=255) cGGAGACGCTGACCACGCTGGGTACGCGCCCGGCAATGCGTGCCTGGCTGAAGCGCACCACGGTTTCCCATTCGCTGTCGGACAGGTAAGCCCCTTCGCCGGTGCTGCCCAGCGGCGCGATGGCGTGCACGCCGCCTGCAATCAGGCTa > 1:205191/1‑149 (MQ=255) gCTGACCACGCTGGGTACGCGCCCGGCAATGCGTGCCTGGCTGAAGCGCACCACGGTTTCCCATTCGCTGTCGGACAGGTAAGCCCCTTCGCCGGTGCTGCCCAGCGGCGCGATGGCGTGCACGCCGCCTGCAATCAGGCTATCGATg > 1:229383/1‑148 (MQ=255) gCTGACCACGCTGGGTACGCGCCCGGCAATGCGTGCCTGGCTGAAGCGCACCACGGTTTCCCATTCGCTGTCGGACAGGTAAGCCCCTTCGCCGGTGCTGCCCAGCGGCGCGATGGCGTGCACGCCGCCTGCAATCAGGCTATCGATg > 6:291618/1‑148 (MQ=255) ccACGCTGGGTACGCGCCCGGCAATGCGTGCCTGGCTGAAGCGCACCACGGTTTCCCATTCGCTGTCGGACAGGTAAGCCCCTTCGCCGGTGCTGCCCAGTGGCGCGATGGCGTGCACGCCGCCTGCAATCAGGCTATCGATGGACGTg > 8:228485/1‑149 (MQ=255) ccACGCTGGGTACGCGCCCGGCAATGCGTGCCTGGCTGAAGCGCACCACGGTTTCCCATTCGCTGTCGGACAGGTAAGCCCCTTCGCCGGTGCTGCCCAGTGGCGCGATGGCGTGCACGCCGCCTGCAATCAGGCTATCGATGGACGTg > 8:222698/1‑149 (MQ=255) cACGCTGGGTACGCGCCCGGCAATGCGTGCCTGGCTGAAGCGCACCACGGTTTCCCATTCGCTGTCGGACAGGTAAGCCCCTTCGCCGGTGCTGCCCAGCGGCGCGATGGCGTGCACGCCGCCTGCAATCAGGCTATCGa < 6:118561/140‑1 (MQ=255) cACGCTGGGTACGCGCCCGGCAATGCGTGCCTGGCTGAAGCGCACCACGGTTTCCCATTCGCTGTCGGACAGGTAAGCCCCTTCGCCGGTGCTGCCCAGCGGCGCGATGGCGTGCACGCCGCCTGCAATCAGGCTATCGa > 5:118561/1‑140 (MQ=255) cACGCTGGGTACGCGCCCGGCAATGCGTGCCTGGCTGAAGCGCACCACGGTTTCCCATTCGCTGTCGGACAGGTAAGCCCCTTCGCCGGTGCTGCCCAGCGGCGCGATGGCGTGCACGCCGCCTGCAATCAGGCTATCGATGGACGTGc < 6:122783/149‑1 (MQ=255) cACGCTGGGTACGCGCCCGGCAATGCGTGCCTGGCTGAAGCGCACCACGGTTTCCCATTCGCTGTCGGACAGGTAAGCCCCTTCGCCGGTGCTGCCCAGCGGCGCGATGGCGTGCACGCCGCCTGCAATCAGGCTATCGATGGACGTGc < 6:117384/149‑1 (MQ=255) gggTACGCGCCCGGCAATGCGTGCCTGGCTGAAGCGCACCACGGTTTCCCATTCGCTGTCGGACAGGTAAGCCCCTTCGCCGGTGCTGCCCAGCGGCGCGATGGCGTGCACGCCGCCTGCAATCAGGCTATCGATGGACGTGCCCAAgg > 3:310743/1‑149 (MQ=255) ccGGCAATGCGTGCCTGGCTGAAGCGCACCACGGTTTCCCATTCGCTGTCGGACAGGTAAGCCCCTTCGCCGGTGCTGCCCAGCGGCGCGATGGCGTGCACGCCGCCTGCAATCAGGCTATCGATGGACGTGCCCAAGGCATc < 6:171135/143‑1 (MQ=255) ccGGCAATGCGTGCCTGGCTGAAGCGCACCACGGTTTCCCATTCGCTGTCGGACAGGTAAGCCCCTTCGCCGGTGCTGCCCAGCGGCGCGATGGCGTGCACGCCGCCTGCAATCAGGCTATCGATGGACGTGCCCAAGGCATc > 5:171135/1‑143 (MQ=255) ccGGCAATGCGTGCCTGGCTGAAGCGCACCACGGTTTCCCATTCGCTGTCGGACAGGTAAGCCCCTTCGCCGGTGCTGCCCAGCGGCGCGATGGCGTGCACGCCGCCTGCAATCAGGCTATCGATGGACGTGCCCAAGGCATCCAGGTc < 2:241054/149‑1 (MQ=255) ggCAATGCGTGCCTGGCTGAAGCGCACCACGGTTGCCCATTCGCTGTCGGACAGGTAAGCCCCTTCGCCGGTGCTGCCCAGCGGCGCGATGGCGTGCACGCCGCCTGCAATCAGGCTATCGATGGACGTGCCCAAGGCATCCAGGTCGa < 6:225034/149‑1 (MQ=255) gCAATGCGTGCCTGGCTGAAGCGCACCACGGTTTCCCATTCGCTGTCGGACAGGTAAGCCCCTTCGCCGGTGCTGCCCAGTGGCGCGATGGCGTGCACGCCGCCTGCAATCAGGCTATCGATGGACGTGCCCAAGGCATCCAGGTCGAg < 7:222698/149‑1 (MQ=255) gCAATGCGTGCCTGGCTGAAGCGCACCACGGTTTCCCATTCGCTGTCGGACAGGTAAGCCCCTTCGCCGGTGCTGCCCAGTGGCGCGATGGCGTGCACGCCGCCTGCAATCAGGCTATCGATGGACGTGCCCAAGGCATCCAGGTCGAg < 7:228485/149‑1 (MQ=255) cAATGCGTGCCTGGCTGAAGCGCACCACGGTTTCCCATTCGCTGTCGGACAGGTAAGCCCCTTCGCCGGTGCTGCCCAGCGGCGCGATGGCGTGCACGCCGCCTGCAATCAGGCTATCGATGGACGTGCCCAAGGCATCCAGGTCGAgt < 1:80050/149‑1 (MQ=255) cGTGCCGGGCTGAAGCGCACCACGGTTTCCCATTCGCTGTCGGACAGGTAAGCCCCTTCGCCGGTGCTGCCCAGCGGCGCGATGGCGTGCACGCCGCCTGCAATCAGGCTATCGATGGACGTGCCCAAGGCATCCAGGTCGAGTGTGcc < 6:193463/149‑1 (MQ=255) ggCTGAAGCGCACCACGGTTTCCCATTCGCTGTCGGACAGGTAAGCCCCTTCGCCGGTGCTGCCCAGCGGCGCGATGGCGTGCACGCCGCCTGCAATCAGGCTATCGATgg > 6:325344/1‑111 (MQ=255) ggCTGAAGCGCACCACGGTTTCCCATTCGCTGTCGGACAGGTAAGCCCCTTCGCCGGTGCTGCCCAGCGGCGCGATGGCGTGCACGCCGCCTGCAATCAGGCTATCGATgg < 5:325344/111‑1 (MQ=255) aGCGCACCACGGTTTCCCATTCGCTGTCGGACAGGTAAGCCCCTTCGCCGGTGCTGCCCAGCGGCGCGATGGCGTGCACGCCGCCTGCAATCAGGCTATCGATGGACGTGCGCAAGGCATCCAGGTCGAGTGTGCCGTCTGCCGTGAAg < 2:229383/149‑1 (MQ=255) aGCGCACCACGGTTTCCCATTCGCTGTCGGACAGGTAAGCCCCTTCGCCGGTGCTGCCCAGCGGCGCGATGGCGTGCACGCCGCCTGCAATCAGGCTATCGATGGACGTGCCCAAGGCATCCAGGTCGAGTGTGCCGTCTGCCGTGAAg < 5:240135/149‑1 (MQ=255) accacGGTTTCCCATTCGCTGTCGGACAGGTAAGCCCCTTCGCCGGTGCTGCCCAGCGGCGCGATGGCGTGCACGCCGCCTGCAATCAGGCTATCGATGGACGTGCCCAAGGCATCCAGGTCGAGTGTGCCGTCTGCCGTGAAgg < 4:340104/145‑1 (MQ=255) accacGGTTTCCCATTCGCTGTCGGACAGGTAAGCCCCTTCGCCGGTGCTGCCCAGCGGCGCGATGGCGTGCACGCCGCCTGCAATCAGGCTATCGATGGACGTGCCCAAGGCATCCAGGTCGAGTGTGCCGTCTGCCGTGAAgg > 3:340104/1‑145 (MQ=255) ccacGGTTTCCCATTCGCTGTCGGACAGGTAAGCCCCTTCGCCGGTGCTGCCCAGCGGCGCGATGGCGTGCACGCCGCCTGCAATCAGGCTATCGATGGACGTGCCCAAGGCATCCAGGTCGAGTGTGCCGTCTGCCGTGAAGGGAGt > 5:297965/1‑148 (MQ=255) cacGGTTTCCCATTCGCTGTCGGACAGGTAAGCCCCTTCGCCGGTGCTGCCCAGCGGCGCGATGGCGTGCACGCCGCCTGCAATCAGGCTATCGATGGACGTGCCCAAGGCATCCAGGTCGAGTGTGCCGTCTGCCGTGAAGGGAGTGa > 2:183597/1‑149 (MQ=255) cGGTTTCCCATTCGCTGTCGGACAGGTAAGCCCCTTCGCCGGTGCTGCCCAGCGGCGCGATGGCGTGCACGCCGCCTGCAATCAGGCTATCGATGGACGTGCCCAAGGCATCCAGGTCGAGTGTGCCGTCTGCCGTGAAGGGAGTGATg < 6:297965/149‑1 (MQ=255) cGGTTTCCCATTCGCTGTCGGACAGGTAAGCCCCTTCGCCGGTGCTGCCCAGCGGCGCGATGGCGTGCACGCCGCCTGCAATCAGGCTATCGATGGACGTGCCCAAGGCATCCAGGTCGAGTGTGCCGTCTGCCGTGAAGGGAGTGATg < 2:205191/149‑1 (MQ=255) ccATTCGCTGTCGGACAGGTAAGCCCCTTCGCCGGTGCTGCCCAGCGGCGCGATGGCGTGCACGCCGCCTGCAATCAGGCTATCGATGGACGTGCCCAAGGCATCCAGGTCGAGTGTGCCGTCTGCCGTGAAGGGAGTGATGGTGTAGc < 8:259933/149‑1 (MQ=255) ccATTCGCTGTCGGACAGGTAAGCCCCTTCGCCGGTGCTGCCCAGCGGCGCGATGGCGTGCACGCCGCCTGCAATCAGGCTATCGATGGACGTGCCCAAGGCATCCAGGTCGAGTGTGCCGTCTGCCGTGAAGGGAGTGATGGTGTAGc > 5:59388/1‑149 (MQ=255) ttCGCTGTCGGACAGGTAAGCCCCTTCGCCGGTGCTGCCCAGCGGCGCGATGGCGTGCACGCCGCCTGCAATCAGGCTATCGATGGACGTGCCCAAGGCATCCAGGTCGAGTGTGCCGTCTGCCGTGAAGGGAGTGATGGTGTAGCCGa < 2:287284/149‑1 (MQ=255) tGTCGGACAGGTAAGCCCCTTCGCCGGTGCTGCCCAGCGGCGCGATGGCGTGCACGCCGCCTGCAATCAGGCTATCGATGGACGTGCCCAAGGCATCCAGGTCGAGTGTGCCGTCTGCCGTGAAGGGAGTGATGGTGTAGCCGATAAcg > 3:251064/1‑149 (MQ=255) cGGACAGGTAAGCCCCTTCGCCGGTGCTGCCCAGCGGCGCGATGGCGTGCACGCCGCCTGCAATCAGGCTATCGATGGACGTGCCCAAGGCATCCAGGTCGAGTGTGCCGTCTGCCGTGAAGGGAGTGATGGTGTAGCCGATAAcgccg < 2:280094/149‑1 (MQ=255) ggACAGGTAAGCCCCTTCGCCGGTGCTGCCCAGCGGCGCGATGGCGTGCACGCCGCCTGCAATCAGGCTATCGATGGACGTGCCCAAGGCATCCAGGTCGAGTGTGCCTTCTGCCGTGAAGGGAGTGATGGTGTAGCCGATAAcgccgc < 4:310743/149‑1 (MQ=255) ggACAGGTAAGCCCCTTCGCCGGTGCTGCCCAGCGGCGCGATGGCGTGCACGCCGCCTGCAATCAGGCTATCGATGGACGTGCCCAAGGCATCCAGGTCGAGTGTGCCGTCTGCCGTGAAGGGAGTGATGGTGTAGCCGATAAcgccgc > 6:181142/1‑149 (MQ=255) ggACAGGTAAGCCCCTTCGCCGGTGCTGCCCAGCGGCGCGATGGCGTGCACGCCGCCTGCAATCAGGCTATCGATGGACGTGCCCAAGGCATCCAGGTCGAGTGTGCCGTCTGCCGTGAAGGGAGTGATGGTGTAGCCGATAAcgccgc > 8:222110/1‑149 (MQ=255) aCAGGTAAGCCCCTTCGCCGGTGCTGCCCAGCGGCGCGATGGc > 4:16829/1‑43 (MQ=255) aCAGGTAAGCCCCTTCGCCGGTGCTGCCCAGCGGCGCGATGGc < 3:16829/43‑1 (MQ=255) aCAGGTAAGCCCCTTCGCCGGTGCTGCCCAGCGGCGCGATGGCGTGCACGCCGCCTGCAATCAGGCTATCGATGGACGTGCCCAAGGCATCCAGGTCGAGTGTGCCGTCTGCCGTGa > 1:36301/1‑117 (MQ=255) aCAGGTAAGCCCCTTCGCCGGTGCTGCCCAGCGGCGCGATGGCGTGCACGCCGCCTGCAATCAGGCTATCGATGGACGTGCCCAAGGCATCCAGGTCGAGTGTGCCGTCTGCCGTGa < 2:36301/117‑1 (MQ=255) tAAGCCCCTTCGCCGGTGCTGCCCAGCGGCGCGATGGCGTGCACGCCGCCTGCAATCAGGCTATCGATGGACGTGCCCAAGGCATCCAGGTCGAGTGTGCCGTCTGCCGTGAAGGGAGTGATGGTGTAGCCGATAACGCCGCGAATTa > 5:137880/1‑148 (MQ=255) aGCCCCTTCGCCGGTGCTGCCCAGCGGCGCGATGGCGTGCACGCCGCCTGCAATCAGGCTATCGATGGACGTGCCCAAGGCATCCAGGTCGAGTGTGCCGTCTGCCGTGAAGGGAGTGATGGTGTAGCCGATAACGCCGCGAATTACAg < 4:251064/149‑1 (MQ=255) aGCCCCTTCGCCGGTGCTGCCCAGCGGCGCGATGGCGTGCACGCCGCCTGCAATCAGGCTATCGATGGACGTGCCCAAGGCATCCAGGTCGAGTGTGCCGTCTGCCGTGAAGGGAGTGATGGTGTAGCCGATAACGCCGCGAATTACAg < 7:121389/149‑1 (MQ=255) ccccTTCGCCGGTGCTGCCCAGCGGCGCGATGGCGTGCACGCCGCCTGCAATCAGGCTATCGATGGACGTGCCCAAGGCATCCAGGTCGAGTGTGCCGTCTGCCGTGAAGGGAGTGATGGTGTAGCCGa > 4:220394/1‑129 (MQ=255) cccTTCGCCGGTGCTGCCCAGCGGCGCGATGGCGTGCACGCCGCCTGCAATCAGGCTATCGATGGACTTGCCCAAGGCATCCAGGTCGAGTGTGCCGTCTGCCGTGAAGGGAGTGATGGTGTAGCCGATAACGCCGCGAATTACAGgtg > 7:214491/1‑149 (MQ=255) ccTTCGCCGGTGCTGCCCAGCGGCGCGATGGCGTGCACGCCGCCTGCAATCAGGCTATCGATGGACGTGCCCAAGGCATCCAGGTCGAGTGTGCCGTCTGCCGTGAAGGGAGTGATGGGGTAGCCGATAACGCCGCGAATTACAGgtgt < 5:181142/149‑1 (MQ=255) cTTCGCCGGTGCTGCCCAGCGGCGCGATGGCGTGCACGCCGCCTGCAATCAGGCTATCGATGGACGTGCCCAAGGCATCCAGGTCGAGTGTGCCGTCTGCCGTGAAGGGAGTGATGGTGTAGCCGATAACGCCGCGAATTACAGgtg > 3:157143/1‑147 (MQ=255) gCCGGTGCTGCCCAGCGGCGCGATGGCGTGCACGCCGCCTGCAATCAGGCTATCGATGGACGTGCCCAAGGCATCCAGGTCGAGTGTGCCGTCTGCCGTGAAGGGAGTGATGGTGTAGCCGATAACGCCGCGAATTACAGGTGTAGAc < 1:196207/148‑1 (MQ=255) ccGGTGCTGCCCAGCGGCGCGATGGCGTGCACGCCGCCTGCAATCAGGCTATCGATGGACGTGCCCAAGGCATCCAGGTCGAGTGTGCCGTCTGCCGTGAAGGGAGTGATGGTGTAGCCGATAACGCCGCGAATTACAGGTGTAGACAt < 1:47092/149‑1 (MQ=255) gTGCTGCCCAGCGGCGCGATGGCGTGCACGCCGCCTGCAATCAGGCTATCGATGGACGTGCCCAAGGCATCCAGGTCGAGTGTGCCGTCTGCCGTGAAGGGAGTGATGGTGTAGCCGATAACGCCGCGAATTACAGGTGTAGACATGAc < 7:222110/149‑1 (MQ=255) | GCACGCTGCACGGTGCGGGCGGTGGTCAGGTCGGAGACGCTGACCACGCTGGGTACGCGCCCGGCAATGCGTGCCTGGCTGAAGCGCACCACGGTTTCCCATTCGCTGTCGGACAGGTAAGCCCCTTCGCCGGTGCTGCCCAGCGGCGCGATGGCGTGCACGCCGCCTGCAATCAGGCTATCGATGGACGTGCCCAAGGCATCCAGGTCGAGTGTGCCGTCTGCCGTGAAGGGAGTGATGGTGTAGCCGATAACGCCGCGAATTACAGGTGTAGACATGAC > NC_002947/2314847‑2315127 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |