| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,327,762 | C→G | 5.8% | A189A (GCG→GCC) | PP_2046 ← | LysR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,327,762 | 0 | C | G | 5.8% | 262.7 / 3.2 | 80 | A189A (GCG→GCC) | PP_2046 | LysR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (40/35); new base G (2/3); total (42/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.64e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCTGCAGGTAGTTGGGCGTGGTATAGGCGATTTGCCGGGTCAGGCCTTGCTCGGCCAGCCACTGGTCGACCATGCCCCGGGTCTGGCCGCCGTGCACCCAGATGTGCCGCAAGCCCAGGAATGCGTCGAGGTCCAGTGCCTGGCCCGGCGCCAGGT‑GCGGGTGCTGCTGGCGCAGCGCGATCTGCAGGGTTTCACGGCGCCAGGGGTGGCGGGTGAAGCGCGCCGGCACCTCGTCGAAACGGCCCAGTACCAGGTCGAGGTCGCCCCGGTCCAGCGCCTCGGCCGGCAGGTTGGGG > NC_002947/2327614‑2327909 | ccTGCAGGTAGTTGGGCGTGGTATAGGCGATTTGCCGGGTCAGGCCTTGCTCGGCCAGCCACTGGTCGACCATGCCCCGGGTCTGGCCGCCGTGCACCCAGATGTGCCGCAAGCCCAGGAATGCGTCGAGGTCCAGTGCCTGGCCCGgc < 3:128707/149‑1 (MQ=255) gCAGGTAGTTGGGCGTGGTATAGGCGATTTGCCGGGTCAGGCCTTGCTCGGCCAGCCACTGGTCGACCATGCCCCGGGTCTGGCCGCCGTGCACCCAGATGTGCCGCAAGCCCAGGAATGCGTCGAGGTCCAGTGCCTGGCCCGgcgc > 2:289786/1‑148 (MQ=255) cAGGTAGTTGGGCGTGGTATAGGCGATTTGCCGGGTCAGGCCTTGCTCGGCCAGCCACTGGTCGACCATGCCCCGGGTCTGGCCGCCGTGCACCCAGATGTGCCGCAAGCCCAGGAATGCGTCGAGGTCCAGTGCCTGGCCCGgcgc > 8:133168/1‑147 (MQ=255) gTTGGGCGTGGTATAGGCGATTTGCCGGGTCAGGCCTTGCTCGGCCAGCCACTGGTCGACCATGCCCCGGGTCTGGCCGCCGTGCACCCAGATGTGCCGCAAGCCCAGGAATGCGTCGAGGTCCAGTGCCTGGCCCGGCGCCAGGT‑GCg > 3:321801/1‑149 (MQ=255) gTATAGGCGATTTGCCGGGTCAGGCCTTGCTCGGCCAGCCACTGGTCGACCATGCCCCGGGTCTGGCCGCCGTGCACCCAGATGTGCCGCAAGCCCAGGAATGCGTCGAGGTCCAGTGCCTGGCCCGGCGCCAGGT‑GCGGGTGctgctg < 1:55195/149‑1 (MQ=255) gTATAGGCGATTTGCCGGGTCAGGCCTTGCTCGGCCAGCCACTGGTCGACCATGCCCCGGGTCTGGCCGCCGTGCACCCAGATGTGCCGCAAGCCCAGGAATGCGTCGAGGTCCAGTGCCTGGCCCGGCGCCAGGT‑GCGGGTGctgctg < 8:265576/149‑1 (MQ=255) tataGGCGATTTGCCGGGTCAGGCCTTGCTCGGCCAGCCACTGGTCGACCATGCCCCGGGTCTGGCCGCCGTGCACCCAGATGTGCCGCAAGCCCAGGAATGCGTCGAGGTCCAGTGCCTGGCCCGGCGCCAGGT‑GCGGGTGCTGCTgg > 4:310583/1‑149 (MQ=255) ataGGCGATTTGCCGGGTCAGGCCTTGCTCGGCCAGCCACTGGTCGACCATGCCCCGGGTCTGGCCGCCGTGCACCCAGATGTGCCGCAAGCCCAGGAATGCGTCGAGGTCCAGTGCCTGGCCCGGCGCCAGGT‑GCGGGTGCTGCTGgc > 6:362253/1‑149 (MQ=255) 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ccGGGTCTGGCCGCCGTGCACCCAGATGTGCCGCAAGCCCAGGAATGCGTCGAGGTCCAGTGCCTGGCCCGGCGCCAGGT‑GCGGGTGCTGCTGGCGCAGCGCGATCTGCAGGGTTTCACGGCGCCAGGGGTGGCGGGTGAAGCGCGCCg > 8:116174/1‑149 (MQ=255) cGGGTCTGGCCGCCGTGCACCCAGATGTGCCGCAAGCCCAGGAATGCGTCGAGGTCCAGTGCCTGGCCCGGCGCCAGGT‑GCGGGTGCTGCTGGCGCAGCGCGATCTGCAGGGTTTCACGGCGCCAGGGGTGGCGGGTGAAGCGCGCCgg > 7:81343/1‑149 (MQ=255) tccggCCTCCGTGCACCCACATGTGCCGCAAGCCCAGGAACGCGTCCAGGTCCCGTGCCTGGCCCGGCGCCAGGT‑GCGGGTGCTGCTGGCGCAGCGCGATCTGCAGGGGTTCACGGCGCCAGGGGTGGCGGGTGAAGCGCGCCGGCAcc < 8:270826/146‑1 (MQ=255) gccgccGTGCACCCAGATGTGCCGCAAGCCCAGGAATGCGTCGAGGTCCAGTGCCTGGCCCGGCGCCAGGT‑GCGGGTGCTGCTGGCGCAGCGCGATCTGCAGGGTTTCACGGCGCCAGGGGTGGCGGGTGAAGCGCGCCGGCACCtcgt < 4:321801/149‑1 (MQ=255) cgccgTGCACCCAGATGTGCCGCAAGCCCAGGAATGCGTCGAGGTCCAGTGCCTGGCCCGGCGCCAGGT‑GCGGGTGCTGCTGGCGCAGCGCGATCTGCAGGGTTTCACGGCGCCAGGGGTGGCGGGTGAAGCGCGCCGGCACCtcgtc > 5:40317/1‑148 (MQ=255) cgccgTGCACCCAGATGTGCCGCAAGCCCAGGAATGCGTCGAGGTCCAGTGCCTGGCCCGGCGCCAGGT‑GCGGGTGCTGCTGGCGCAGCGCGATCTGCAGGGTTTCACGGCGCCAGGGGTGGCGGGTGAAGCGCGCCGGCACCtcgtc > 4:221615/1‑148 (MQ=255) cgccgTGCACCCAGATGTGCCGCAAGCCCAAGAATGCGTCGAGGTCCAGTGCCTGGCCCGGCGCCAGGT‑GCGGGTGCTGCTGGCGCAGCGCGATCTGCAGGGTTTCACGGCGCCAGGGGTGGCGGGTGAAGCGCGCCGGCACCtcgtc > 1:223357/1‑148 (MQ=255) gccgTGCACCCAGATGTGCCGCAAGCCCAGGAATGCGTCGAGGTCCAGTGCCTGGCCCGGCGCCAGGT‑GCGGGTGCTGCTGGCGCAGCGCGATCTGCAGGGTTTCACGGCGCCAGGGGTGGCGGGTGAAGCGCGCCGGCACCTCGTCGa < 6:114648/149‑1 (MQ=255) gTGCACCCAGATGTGCCGCAAGCCCAGGAATGCGTCGAGGTCCAGTGCCTGGCCCGGCGCCAGGT‑GCGGGTGCTGCTGGCGCAGCGCGATCTGCAGGGTTTCACGGCGCCAGGGGTGGCGGGTGAAGCGCGCCGGCACCTCGTCGAAAc > 3:17662/1‑149 (MQ=255) gTGCACCCAGATGTGCCGCAAGACCAGGAATGCGTCGAGGTCCAGTGCCTGGCCCGGCGCCAGGT‑GCGGGTGCTGCTGGCGCAGCGCGATCTGCAGGGTTTCACGGCGCCAGGGGTGGCGGGTGAAGCGCGCCGGCACCTCGTCGAAAc > 7:56084/1‑149 (MQ=255) 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gcaccTGGCGCCGGGCCAGGC‑GCGGGTGCTGCTGGCGCAGCGCGATCTGCAGGGTTTCACGGCGCCAGGGGTGGCGGGTGAAGCGCGCCGGCACCTCGTCGAAACGGCCCAGTACCAGGTCGAGGTCGCCCCGGTCCAGCGCCTcg > 5:211220/4‑146 (MQ=255) ccTGGCCCGGCGCCAGGT‑GCGGGTGCTGCTGGCGCAGCGCGATCTGCAGGGTTTCACGGCGCCAGGGGTGGCGGGTGAAGCGCGCCGGCACCTCGTCGAAACGGCCCAGTACCAGGTCGAGGTCGCCCCGGTCCAGCGCCTcggccgg < 1:191315/148‑1 (MQ=255) ccTGGCCCGGCGCCAGGT‑GCGGGTGCTGCTGGCGCAGCGCGATCTGCAGGGTTTCACGGCGCCAGGGGTGGCGGGTGAAGCGCGCCGGCACCTCGTCGAAACGGCCCAGTACCAGGTCGAGGTCGCCCCGGTCCAGCGCCTcggccgg > 7:142178/1‑148 (MQ=255) cTGGCCCGGCGCCAGGT‑GCGGGTGCTGCTGGCGCAGCGCGATCTGCAGGGTTTCACGGCGCCAGGGGTGGCGGGTGAAGCGCGCCGGCACCTCGTCGAAACGGCCCAGTACCAGGTCGAGGTCGCCCCGGTCCAGCGCCTcggccg < 4:70218/146‑1 (MQ=255) cTGGCCCGGCGCCAGGT‑GCGGGTGCTGCTGGCGCAGCGCGATCTGCAGGGTTTCACGGCGCCAGGGGTGGCGGGTGAAGCGCGCCGGCACCTCGTCGAAACGGCCCAGTACCAGGTCGAGGTCGCCCCGGTCCAGCGCCTcggccg > 3:70218/1‑146 (MQ=255) ccGGCGCCAGGT‑GCGGGTGCTGCTGGCGCAGCGCGATCTGCAGGGTTTCACGGCGCCAGGGGTGGCGGGTGAAGCGCGCCGGCACCtc > 5:41804/1‑88 (MQ=255) ccGGCGCCAGGT‑GCGGGTGCTGCTGGCGCAGCGCGATCTGCAGGGTTTCACGGCGCCAGGGGTGGCGGGTGAAGCGCGCCGGCACCtc < 6:41804/88‑1 (MQ=255) ggCGCCAGGT‑GCGGGTGCTGCTGGCGCAGCGCGATCTGCAGGGTTTCACGGCGCCAGGGGTGGCGGGTGAAGCGCGCCGGCACCTCGTCGAAACGGCCCAGTACCAGGTCGAGGTCGCCCCGGTCCAGCGCCTCGGCCGGCAGGTTggg < 2:223357/149‑1 (MQ=255) ggCGCCAGGT‑GCGGGTGCTGCTGGCGCAGCGCGATCTGCAGGGTTTCACGGCGCCAGGGGTGGCGGGTGAAGCGCGCCGACACCTCGTCGAAACGGCCCAGTACCAGGTCGAGGTCGCCCCGGTCCAGCGCCTCGGCCGGCAGGTTggg < 3:179565/149‑1 (MQ=255) gcgcCAGGT‑GCGGGTGCTGCTGGCGCAGCGCGATCTGCAGGGTTTCACGGCGCCAGGGGTGGCGGGTGAAGCGCGCCGGCACCTCGTCGAAACGGCCCAGTACCAGGTCGAGGTCGCCCCGGTCCAGCGCCTCGGCCGGCAGGTTgggg < 1:244056/149‑1 (MQ=255) gcgcCAGGT‑GCGGGTGCTGCTGGCGCAGCGCGATCTGCAGGGTTTCACGGCGCCAGGGGTGGCGGGTGAAGCGCGCCGGCACCTCGTCGAAACGGCCCAGTACCAGGTCGAGGTCGCCCCGGTCCAGCGCCTCGGCCGGCAGGTTgggg < 7:24646/149‑1 (MQ=255) | CCTGCAGGTAGTTGGGCGTGGTATAGGCGATTTGCCGGGTCAGGCCTTGCTCGGCCAGCCACTGGTCGACCATGCCCCGGGTCTGGCCGCCGTGCACCCAGATGTGCCGCAAGCCCAGGAATGCGTCGAGGTCCAGTGCCTGGCCCGGCGCCAGGT‑GCGGGTGCTGCTGGCGCAGCGCGATCTGCAGGGTTTCACGGCGCCAGGGGTGGCGGGTGAAGCGCGCCGGCACCTCGTCGAAACGGCCCAGTACCAGGTCGAGGTCGCCCCGGTCCAGCGCCTCGGCCGGCAGGTTGGGG > NC_002947/2327614‑2327909 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |