| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,467,955 | T→A | 9.7% | intergenic (+14/+18) | queF → / ← PP_2161 | NADPH‑dependent 7‑cyano‑7‑deazaguanine reductase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,467,955 | 0 | T | A | 9.7% | 157.3 / 6.1 | 59 | intergenic (+14/+18) | queF/PP_2161 | NADPH‑dependent 7‑cyano‑7‑deazaguanine reductase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (28/25); new base A (4/2); total (32/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTGAAGAATCTGCTGCAGCCGGAGCACCTGACGGTCTATGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGC‑CGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTGTGCA‑GCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCGGGGTGGTCGGCCTCGAAGCGCTCGATTGCCAGGTTCACGCCGTCCACCAGGTTGTTGTCTGGCGTGGCTTCC > NC_002947/2467810‑2468102 | ttGAAGAATCTGCTGCAGCCGGAGCACCTGACGGTCTATGCGCGCAATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGC‑CGATCACCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGAAGTAATACAGAGCGCCCCATTg > 4:280253/1‑149 (MQ=255) aagaaTCTGCTGCAGCCGGAGCACCTGACGGTCTATGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGC‑CGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCg < 3:280253/148‑1 (MQ=255) tgctgcAGCCGGAGCACCTGACGGTCTATGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGC‑CGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGc > 7:147431/1‑149 (MQ=255) ctgcAGCCGGAGCACCTGACGGTCTATGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGC‑CGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCAAAGCGGccccc < 5:334887/145‑1 (MQ=255) tgcAGCCGGAGCACCTGACGGTCTATGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGC‑CGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTAt > 8:130272/1‑149 (MQ=255) aGCCGGAGCACCTGACGGTCTATGCGCGCTATGTGCTCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGC‑CGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTc < 1:41387/149‑1 (MQ=255) aGCCGGAGCACCTGACGGTCTATGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGC‑CGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCAAAGCGGccccc > 3:326373/1‑141 (MQ=255) aGCCGGAGCACCTGACGGTCTATGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGC‑CGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCAAAGCGGccccc < 4:326373/141‑1 (MQ=255) gAGCACCTGACGGTCTATGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGC‑CGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATc > 4:116532/1‑149 (MQ=255) tGACGGTCTATGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGC‑CGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGc > 1:228071/1‑149 (MQ=255) gTCTATGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGC‑CGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCtgtg > 8:68900/1‑148 (MQ=255) tCTATGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGC‑CGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCtgtg > 2:310016/1‑147 (MQ=255) tCTATGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGC‑CGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCtgtg > 3:150745/1‑147 (MQ=255) aTGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGC‑CGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTGTGCA‑Gc > 3:289216/1‑148 (MQ=255) tGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGCTCGTTCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATCCAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTGTGCA‑GCg > 1:102735/1‑149 (MQ=255) tGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGC‑CGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTGTGCA‑GCg < 3:116532/148‑1 (MQ=255) cgcgcTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGC‑CGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTAttt > 2:170924/1‑124 (MQ=255) cgcgcTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGC‑CGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTAttt < 1:170924/124‑1 (MQ=255) cgcTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGC‑CGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTGTGCA‑GCGAGTTg < 7:130272/149‑1 (MQ=255) gcgGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGC‑CGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTGTGCA‑GCGAGTTGGCAATGCTGCGCa < 8:224595/149‑1 (MQ=255) gTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGC‑CGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTGTGCA‑GCGAGTTGGCAATGCTGCGCAggg < 2:228071/149‑1 (MQ=255) ggCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGC‑CGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTGTGCA‑GCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTgg < 8:147431/149‑1 (MQ=255) ggCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGC‑CGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCACCGCTATTTCAGATCCCCATGCTGTGCA‑GCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGTGTgg > 2:365363/1‑149 (MQ=255) ggCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGC‑CGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGGCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTGTGCA‑GCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTgg < 1:130993/149‑1 (MQ=255) ggACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGC‑CGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTGTGCa < 6:358902/118‑1 (MQ=255) ggACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGC‑CGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTGTGCa > 5:358902/1‑118 (MQ=255) aCATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGC‑CGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTGTGCA‑GCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGt > 3:78689/1‑147 (MQ=255) cAACCCGTATCGCAGCACCGGGC‑CGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTGTGCA‑GCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGt > 5:63220/1‑137 (MQ=255) aaCCCGTATCGCAGCACCGGGC‑CGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTGTGCA‑GCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCg > 7:155944/1‑149 (MQ=255) aaCCCGTATCGCAGCACCGGGC‑CGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTGTGCA‑GCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCg < 8:204135/149‑1 (MQ=255) cagcaCCGGGC‑CGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTGTGCA‑GCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCGGGGTGGTCGGc < 1:310016/149‑1 (MQ=255) tccGGGC‑TGATCGGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTGTGCA‑GCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCGGGGTGGTCGGCCTc > 1:189253/2‑148 (MQ=255) ccGGGC‑TGATCGGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTGTGCA‑GCGAGTTGGCAATGCTGCGCa < 1:78301/116‑1 (MQ=255) ccGGGC‑TGATCGGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTGTGCA‑GCGAGTTGGCAATGCTGCGCa > 2:78301/1‑116 (MQ=255) gATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTGTGCATCCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCGGGGTGGTCGGCCTCGAAGCGCt < 1:293497/149‑1 (MQ=255) gCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTGTGCA‑GCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCGGGGTGGTCGGCCTCGAAGCGCTCGATTg > 7:121000/1‑149 (MQ=255) aaaCGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTGTGCA‑GCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCGGGGTGGTCGGCCTCGAAGCGCTCGATTGCCAGGTTCACg > 2:290835/1‑149 (MQ=255) aaCGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTGTGCA‑GCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCGGGGTGGTCGGCCTCGAAGCGCTCGATTGCCAGGTTCACGc > 2:235840/1‑149 (MQ=255) aCGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTGTGCA‑GCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCa > 2:180296/1‑99 (MQ=255) aCGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTGTGCA‑GCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCa < 1:180296/99‑1 (MQ=255) gCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTGTGCA‑GCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCGGGGTGGTCGGCCTCGAAGCGCTCGATTGCCAGGTTCACGCCGTc < 5:258001/149‑1 (MQ=255) gCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTGTGCA‑GCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCGGGGTGGTCGGCCTCGAAGCGCTCGATTGCCAGGTTCACGCCGTCCACCAGgtt > 1:185217/1‑149 (MQ=255) ctACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTGTGCA‑GCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCGGGGTGGTCGGCCTCGAAGCGCTCGATTGCCAGGTTCACGCCGTCCACCAGGTTGTTGTc < 4:289216/148‑1 (MQ=255) atagcgggggCCGCAAAGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTGTGCA‑GCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCGGGGTGGTCGGCCTCGAAGCGCTCGATTGCCAGGTTCACGCCGTCCACCAGGTTGTTGTc > 8:99328/6‑149 (MQ=255) aCAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTGTGCA‑GCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCGGGGTGGTCGGCCTCGAAGCGCTCGATTGCCAGGTTCACGCCATCCACCAGGTTGTTGTCTg > 1:299730/1‑149 (MQ=255) gggggCCGCAAAGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCAATGCTGTGCA‑GCGAGTTGGCAATGCAGCGCAGGGTCGCAGTGAGGTCGGGGTGGTATGCATCGAAGCGCTCGATTGCCAGGTTCACGCCGTCCACCATGTTGTTGTCTggag > 2:295261/1‑147 (MQ=255) ggggCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTGTGCA‑GCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCGGGGTGGTCGGCCTCGAAGCGCTCGATTGCCAGGTTCACGCCGTc > 6:268343/1‑128 (MQ=255) ggggCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTGTGCA‑GCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCGGGGTGGTCGGCCTCGAAGCGCTCGATTGCCAGGTTCACGCCGTc < 5:268343/128‑1 (MQ=255) ggggCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTGTGCA‑GCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCGGGGTGGTCGGCCTCGAAGCGCTCGATTGCCAGGTTCACGCCGTCCACCAGgttgtt < 1:220261/140‑1 (MQ=255) ggggCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTGTGCA‑GCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCGGGGTGGTCGGCCTCGAAGCGCTCGATTGCCAGGTTCACGCCGTCCACCAGgttgtt > 2:220261/1‑140 (MQ=255) ggggCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTGTGCA‑GCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCGGGGTGGTCGGCCTCGAAGCGCTCGATTGCCAGGTTCACGCCGTCCACCAGGTTGTTGTCTGGCGt > 4:65224/1‑149 (MQ=255) ggggCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTGTGCA‑GCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCGGGGTGGTCGGCCTCGAAGCGCTCGATTGCCAGGTTCACGCCGTCCACCAGGTTGTTGTCTGGCGt < 4:150745/149‑1 (MQ=255) ggggCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTGTGCA‑GCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCGGGGTGGTCGGCCTCGAAGCGCTCGATTGCCAGGTTCACGCCGTCCACCAGGTTGTTGTCTGGCGt < 3:65224/149‑1 (MQ=255) gggCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTGTGCA‑GCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCGGGGTGGTCGGCCTCGAAGCGCTCGATTGCCAGGTTCACGCCGTCCACCAGGTTGTTGTCTGGCGTg < 1:290835/149‑1 (MQ=255) gggCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTGTGCA‑GCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCGGGGTGGTCGGCCTCGAAGCGCTCGATTGCCAGGTTCACGCCGTCCACCAGGTTGTTGTCTGGCGTg < 8:121000/149‑1 (MQ=255) ccGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTGTGCA‑GCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCGGGGTGGTCGGCCTCGAAGCGCTCGATTGCCAGGTTCACGCCGTCCACCAGGTTGTTGTCTGGCGTGGCt < 4:78689/149‑1 (MQ=255) gCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTGTGCA‑GCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCGGGGTGGTCGGCCTCGAAGCGCTCGATTGCCAGGTTCACGCCGTCCCCCAGGTTGTTGTCTGGCGTGGCTTc > 3:233128/1‑149 (MQ=255) gCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTGTGCA‑GCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCGGGGTGGGCGGCCTCGAAGCGCTCGATTGCCAGGTTCACGCCGTCCACCAGGTTGTTGTCTGGCGTGGCTTc < 8:155944/149‑1 (MQ=255) cTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTGTGCA‑GCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCGGGGTGGTCGGCCTCGAAGCGCTCGATTGCCAGGTTCACGCCGTCCACCAGGTTGTTGTCTGGCGTGGCTTcc > 3:78800/1‑149 (MQ=255) | TTGAAGAATCTGCTGCAGCCGGAGCACCTGACGGTCTATGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGC‑CGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTGTGCA‑GCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCGGGGTGGTCGGCCTCGAAGCGCTCGATTGCCAGGTTCACGCCGTCCACCAGGTTGTTGTCTGGCGTGGCTTCC > NC_002947/2467810‑2468102 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |