Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,759,768 | T→C | 9.2% | D392G (GAT→GGT) | PP_2413 ← | GGDEF domain‑containing protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,759,768 | 0 | T | C | 9.2% | 117.0 / 2.1 | 43 | D392G (GAT→GGT) | PP_2413 | GGDEF domain‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (22/17); new base C (2/2); total (24/19) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GGTCGCCCACGTCGTGTCCATGGCTATCATTTATCCGCTTGAAGTGGTCGATATCCAGCGCAATGGCTGCAAACTCCCGCTTTTCAGCCTCCAGTAACGACAGGCTGATTTCCAGGCTGCGGCGGTTGCCCAGGCCGGTCAGCGGATCGGTCTGGGCGTCCCGATTGAGCCGGCCGATACGCTCTTGCAGCAAGTTCAGGCTGAACAGCA‑ACGCGCGCTTGAGCTCGGCCGCCTCGAAGTACCAGGCCCGCACCTGATGCAAATGCTCGGCGGTACCGGCGCGGTCCATCGT > NC_002947/2759622‑2759913 | ggTCGCCCACGTCGTGTCCATGGCTATCATTTATCCGCTTGAAGTGGTCGATATCCAGCGCAATGGCTGCAAACTCCCGCTTTTCAGCCTCCAGTAACGACAGGCTGATTTCCAGGCTGCGGCGGTTGCCCAGGCCGGTCAGCGGATCg > 5:200951/1‑149 (MQ=255) gTCGCCCACGTCGTGTCCATGGCTATGATTTATCCGCTTGAAGTGGTCGATATCCAGCGCAATGGCTGCAAACTCCCGCTTTTCAGCCTCCAGTAACGACAGGCTGATTTCCAGGCTGCGGCGGTTGCCCAGGCCGGTCAGCGGATCg < 2:368279/148‑1 (MQ=255) cccACGTAGTGTCTATGGCTATAATTTATCCGCTTGAAGTGGTCGATATCCAGCTAAATGGCTGAAAACTCCCTCTTTTAAGCCTATAGTAACGAGAGGGTGATTTCCATGCTGCGGCGGTTGCCCAGAGCGATCCGCTGACCGGCCTg < 2:111436/149‑1 (MQ=255) ccACGTCGTGTCCATGGCTATCATTTATCCGCTTGAAGTGGTCGATATCCAGCGCAATGGCTGCAAACTCCCGCTTTTCAGCCTCCAGTAACGACTGGCTGATTTCCAGGCTGCGGCGGTTGCCCAGGCCGGTCAGCGGATCGGTCTgg < 2:268680/149‑1 (MQ=255) cACGTCGTGTCCATGGCTATCATTTATCCGCTTGAAGTGGTCGATATCCAGCGCAATGGCTGCAAACTCCCGCTTTTCAGCCTCCAGTAACGACAGGCTGATTTCCAGGCTGCGGCGGTTGCCCAGACCGATCCGCTGACCGGCCTggg < 4:217634/149‑1 (MQ=255) aCGTCGTGTCCATGGCTATCATTTATCCGCTTGAAGTGGTCGATATCCAGCGCAATGGCTGCAAACTCCCGCTTTTCAGCCTCCAGTAACGACAGGCTGATTTCCAGGCTGCGGCGGTTGCCCAGGCCGGTCAGCGGATCGGTCTGGGc < 2:218995/149‑1 (MQ=255) gtCCATGGCTATCATTTATCCGCTTGAAGTGGTCGATATCCAGCGCAATGGCTGCAAACTCCCGCTTTTCAGCCTCCAGTAACGACAGGCTGATTTCCAGGCTGCGGCGGTTGCCCAGGCCGGTCAGCGGATCGGTCTGGGCGTCCCGa > 1:28934/1‑149 (MQ=255) tCCATGGCTATCATTTATCCGCTTGAAGTGGTCGATATCCAGCGCAATGGCTGCAAACTCCCGCTTTTCAGCCTCCAGTAACGACAGGCTGATTTCCAGGCTGCGGCGGTTGCCCAGGCCGGTCAGCGGATCGGTCTGGGCGTCCCGAt < 8:244089/149‑1 (MQ=255) gCTATCATTTATCCGCTTGAAGTGGTCGATATCCAGCGCAATGGCTGCAAACTCCCGCTTTTCAGCCTCCAGTAACGACAGGCTGATTTCCAGGCTGCGGCGGTTGCCCAGGCCGGTCAGCGGATCGGTCTGGGCGTCCCGATTGAgc < 2:28934/148‑1 (MQ=255) tATCCGCTTGAAGTGGTCGATATCCAGCGCAATGGCTGCAAACTCCCGCTTTTCAGCCTCCAGTAACGACAGGCTGATTTCCAGGCTGCGGCGGTTGCCCAGGCCGGTCAGCGGATCGGTCTGGGCGTCCCGATTGAGCCGGCCGATa < 6:200951/148‑1 (MQ=255) tCCGCTTGAAGTGGTCGATATCCAGCGCAATGGCTGCAAACTCCCGCTTTTCAGCCTCCAGTAACGACAGGCTGATTTCCAGGCTGCGGCGGTTGCCCAGGCCGGTCAGCGGATCGGTCTGGGCGTCCCGATTGAGCCGGCCGATACGc > 5:42979/1‑149 (MQ=255) ccGCTTGAAGTGGTCGATATCCAGCGCAATGGCTGCAAACTCCCGCTTTTCAGCCTCCAGTAACGACAAACTGATTTCCAGGCTGCGGCGGTTGCCCAGGCCGGTCAGCGGATCGGTCTGGGCGTCCCGATTGAGCCGGCCGATACGct > 1:117341/1‑149 (MQ=255) aaGTGGTCGATACCCAGCGCAATGGCTGCAAACTCCCGCTTTTCAGCCTCCAGTAACGACAGGCTGATTTCCAGGCTGCGGCGGTTGCCCAGGCCAGTCAGCGGATCGGTCTGGGCGTCCCGATTGAGCCGGCCGATACGCTCTTgca < 2:44808/148‑1 (MQ=255) gTCGATATCCAGCGCAATGGCTGCAAACTCCCGCTTTTCAGCCTCCAGTAACGACAGGCTGATTTCCAGGCTGCGGCGGTTGCCCAGGCCGGTCAGCGGATCGGTCTGGGCGTCCCGATTGAGCCGGCCGATACGCTCTTGCAGCAAg < 2:145097/148‑1 (MQ=255) 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ccAGTAACGACAGGCTGATTTCCAGGCTGCGGCGGTTGCCCAGGCCGGTCAGCGGATCGGTCTGGGCGTCCCGATTGAGCCGGCCGATACGCTCTTGCAGCAAGTTCAGGCTGAACAGCA‑ACGCGCGCTTGAGCTCGGCCGCCTCGAAg > 2:41481/1‑149 (MQ=255) cAGTAACGACAGGCTGATTTCCAGGCTGCGGCGGTTGCCCAGGCCGGTCAGCGGATCGGTCTGGGCGTCCCGATTGAGCCGGCCGATACGCTCTTGCAGCAAGTTCAGGCTGAACAGCA‑ACGCGCGCTTGAGCTCGGCCGCCTCGaa < 7:327314/147‑1 (MQ=255) aGTAACGACAGGCTGATTTCCAGGCTGCGGCGGTTGCCCAGGCCGGTCAGCGGATCGGTCTGGGCGTCCCGATTGAGCCGGCAGATACGCTCTTGCAGCAAGTTCAGGCTGAACAGCA‑ACGCGCGCTTGAGCTCGGCCGCCTCGAAGTa > 8:260161/1‑149 (MQ=255) gTAACGACAGGCTGATTTCCAGGCTGCGGCGGTTGCCCAGGCCGGTCAGCGGATCGGTCTGGGCGTCCCGATCGAGCCGGCCGATACGCTCTTGCAGCAAGTTCAGGCTGAACAGCA‑ACGCGCGCTTGAGCTCGGCCGCCTCGAAGTAc > 6:58150/1‑149 (MQ=255) aCGACAGGCTGATTTCCAGGCTGCGGCGGTTGCCCAGGCCGGTCAGCGGATCGGTCTGGGCGTCCCGATTGAGCCGGCCGATACGCTCTTGCAGCAAGTTCAGGCTGAACAGCATACGCGCGCTTGAGCTCGGCCGCCTCGAAGTAcc < 1:50898/148‑1 (MQ=255) aGGCTGATTTCCAGGCTGCGGCGGTTGCCCAGGCCGGTCAGCGGATCGGTCTGGGCGTCCCGATTGAGCCGGCCGATACGCTCTTGCAGCAAGTTCAGGCTGAACAGCA‑ACGCGCGCTTGAGCTCGGCCGCCTCGAAGTACCAGGCCCg > 5:367311/1‑149 (MQ=255) aGGCTGATTTCCAGGCTGCGGCGGTTGCCCAGGCCGGTCAGCGGATCGGTCTGGGCGTCCCGATTGAGCCGGCCGATACGCTCTTGCAGCAAGTTCAGGCTGAACAGCA‑ACGCGCGCTTGAGCTCGGCCGCCTCGAAGTACCAGGCCCg > 5:38015/1‑149 (MQ=255) cTGATTTCCAGGCTGCGGCGGTTGCCCAGGCCGGTCAGCGGATCGGTCTGGGCGTCCCGATTGAGCCGGCCGATACGCTCTTGCAGCAAGTTCAGGCTGAACAGCA‑ACGCGCGCTTGAGCTCGGCCGCCTCGAAGTACCAGGCCCGCAc > 3:324499/1‑149 (MQ=255) cTGATTTCCAGGCTGCGGCGGTTGCCCAGGCCGGTCAGCGGATCGGTCTGGGCGTCCCGATTGAGCCGGCCGATACGCTCTTGCAGCAAGTTCAGGCTGAACAGCA‑ACGCGCGCTTGAGCTCGGCCGCCTCGAAGTACCAGGCCCGCAc < 6:367311/149‑1 (MQ=255) gATTTCCAGGCTGCGGCGGTTGCCCAGGCCGGTCAGCGGATCGGTCTGGGCGTCCCGATTGAGCCGGCCGATACGCTCTTGCAGCAAGTTCAGGCTGCACAGCA‑ACGCGCGCTTGAGCTCGGCCGCCTCGAAGTACCAGGCCCGCACCt > 8:310079/1‑149 (MQ=255) tCCAGGCTGCGGCGGTTGCCCAGGCCGGTCAGCGGATCGGTCTGGGCGTCCCGATTGAGCCGGCCGATACGCTCTTGCAGCAAGTTCAGGCTGAACAGCA‑ACGCGCGCTTGAGCTCGGCCGCCTCGAAGTACCAGGCCCGCACCTGATg > 7:21944/1‑149 (MQ=255) tCCAGGCTGCGGCGGTTGCCCAGGCCGGTCAGCGGATCGGTCTGGGCGTCCCGATTGAGCCGGCCGATACGCTCTTGCAGCAAGTTCAGGCTGAACAGCA‑ACGCGCGCTTGAGCTCGGCCGCCTCGAAGTACCAGGCCCGCACCTGATg > 3:322487/1‑149 (MQ=255) tCCAGGCTGCGGCGGTTGCCCAGGCCGGTCAGCGGATCGGTCTGGGCGTCCCGATTGAGCCGGCCGATACGCTCTTGCAGCAAGTTCAGGCTGAACAGCA‑ACGCGCGCTTGAGCTCGGCCGCCTCGAAGTACCAGGCCCGCACCTGATg > 6:200454/1‑149 (MQ=255) aGGCTGCGGCGGTTGCCCAGGCCGGTCAGCGGATCGGTCTGGGCGTCCCGATTGAGCCTGCCGATACGCTCTTGCAGCAAGTTCAGGCTGAACAGCA‑ACGCGCGCTTGAGCTCGGCCGCCTCGAAGTACCAGGCCCGCACCTGATGCa > 1:293616/1‑148 (MQ=255) aGGCTGCGGCGGTTGCCCAGGCCGGTCAGCGGATCGGTCTGGGCGTCCCGATTGAGCCGGCCGATACGCTCTTGCAGCAAGTTCAGGCTGAACAGCA‑ACGCGCGCTTGAGCTCGGCCGCCTCGAAGTACCAGGCCCGCACCTGATGCa > 3:297695/1‑148 (MQ=255) ttGCCCAGGCCGGTCAGCGGATCGGTCTGGGCGTCCCGATTGAGCCGGCCGATACGCTCTTGCAGCAAGTTCAGGCTGAACAGCA‑ACGCGCGCTTGAGCTCGGCCGCCTCGAAGTACCAGGCCCGCACCTGATGCAAATGCTcggcgg > 8:350682/1‑148 (MQ=255) gCCCAGACCGATCCGCTGACCGGCCTGCGCGTCCCGATTGACCCGGCCCATACGCTCTTGCAGCAAGTTCAGGCTGAACAGCA‑ACGCGACCTTGAGCTCCGCCGCCTCGAACTACCAGGACCGCACCTGATGCAAATGCTCGGCGGTAc > 2:92678/1‑149 (MQ=255) cccAGGCCGGTCAGCGGATCGGTCTGGGCGTCCCGATTGAGCCGGCCGATACGCTCTTGCAGCAAGTTCAGGCTGAACAGCA‑ACGCGCGCTTGAGCTCGGCCGCCTCGAAGTACCAGGCCCGCACCTGATGCAAATGCTCGGCGGTAc < 7:280519/148‑1 (MQ=255) ccAGGCCGGTCAGCGGATCGGTCTGGGCGTCCCGATTGAGCCGGCCGATACGCTCTTGCAGCAAGTTCAGGCTGAACAGCA‑ACGCGCGCTTGAGCTCGGCCGCCTCGAAGTACCAGGCCCGCACCTGATGCAAATGCTCGGCGGTACCg > 7:233504/1‑149 (MQ=255) ccAGACCGATCCGCTGACCGGCCTGGGCGTCCCGATTGAGCCGGCCGATACGCTCTTGCAGCAAGTTCAGGCTGAACAGCA‑ACGCGCGCTTGAGCTCGGCCGCCTCGAAGTACCAGGCCCGCACCTGATGCAAATGCTCGGCGGTACCg > 3:354158/1‑149 (MQ=255) aGGCCGGTCAGCGGATCGGTCTGGGCGTCCCGATTGAGCCGGCCGATACGCTCTTGCAGCAAGTTCAGGCTGAACAGCA‑ACGCGCGCTTGAGCTCGGCCGCCTCGAAGTACCAGGCCCGCACCTGATGCAAATGCTCGGCGGTACCGgc > 7:234374/1‑149 (MQ=255) gCCGGTCAGCGGATCGGTCTGGGCGTCCCGATTGAGCCGGCCGATACGCTCTTGCAGCAAGTTCAGGCTGAACAGCA‑ACGCGCGCTTGAGCTCGGCCGCCTCGAAGTACCAGGCCCGCACCTGATGCAAATg > 2:286550/1‑132 (MQ=255) gCCGGTCAGCGGATCGGTCTGGGCGTCCCGATTGAGCCGGCCGATACGCTCTTGCAGCAAGTTCAGGCTGAACAGCA‑ACGCGCGCTTGAGCTCGGCCGCCTCGAAGTACCAGGCCCGCACCTGATGCAAATg < 1:286550/132‑1 (MQ=255) ggATCGGTCTGGGCGTCCCGATTGAGCCGGCCGATACGCTCTTGCAGCAAGTTCAGGCTGAACAGCA‑ACGCGCGCTTGAGCTCGGCCGCCTCGAAGTACCAGGCCCGCACCTGATGCAAATGCTCGGCGGTACCGGCGCGGTCCATCGt < 1:41481/149‑1 (MQ=255) | GGTCGCCCACGTCGTGTCCATGGCTATCATTTATCCGCTTGAAGTGGTCGATATCCAGCGCAATGGCTGCAAACTCCCGCTTTTCAGCCTCCAGTAACGACAGGCTGATTTCCAGGCTGCGGCGGTTGCCCAGGCCGGTCAGCGGATCGGTCTGGGCGTCCCGATTGAGCCGGCCGATACGCTCTTGCAGCAAGTTCAGGCTGAACAGCA‑ACGCGCGCTTGAGCTCGGCCGCCTCGAAGTACCAGGCCCGCACCTGATGCAAATGCTCGGCGGTACCGGCGCGGTCCATCGT > NC_002947/2759622‑2759913 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |