Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,803,123 | G→A | 11.0% | A503T (GCC→ACC) | rbsA‑I → | ribose ABC transporter ‑ ATP‑binding subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,803,123 | 0 | G | A | 11.0% | 91.2 / 3.4 | 37 | A503T (GCC→ACC) | rbsA‑I | ribose ABC transporter ‑ ATP‑binding subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (16/16); new base A (2/2); total (18/19) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.79e-01 |
GCTGGCGCGCCAAGGCAAGGCCTTGGTGGTGGTGTCCAGTGACCTGCGCGAACTGATGCTGATTTGCGACCGCATCGCCGTGCTGTCCGCTGGCCGCCTGATCGACACCTTCGCGCGTGATCATTGGAGCCAGGACCAGTTGCTTGCCGCCGCCTTCGCCGGTTATCAGAAACGTGACGCGCTGCTGCATGATGCAGCCCCCAGGATGGATGCATGAAAACCACCCCGCTCAACAACCAGGACGCCGCCCCCGTGCGCCGCAGCGGTACGTACTTTGGCCTGGGCACCTACCTGGG > NC_002947/2802975‑2803270 | gCTGGCGCGCCAAGGCAAGGCCTTGGTGGTGGTGTCGAGTGACCTGCGCGAACTGATGCTGATTTGCGACCGCATCGCCGTGCTGTCCGCTGGCCGCCTGATCGACACCTTCGCGCGTGATCATTGGAGCCAGGACCAGTTGCTTgccg > 5:285575/1‑149 (MQ=255) gcgcCAAGGCAAGGCCTTGGTGGTGGTGTCCAGTGACCTGCGCGAACTGATGCTGATTTGCGACCGCATCGCCGTGCTGTCCGCTGGCCGCCTGATCGACACCTTCGCGCGTGATCATTGGAGCCAGGACCAGTTGCTTGCCGCCGCCt > 5:108955/1‑149 (MQ=255) caccAAGGCCTTGCCTTGGTGGTGGTGTCCAGTGACCTGCGCGAACTGATGCTGATTTGCGACCGCATCGCCGTGCTGTCCGCTGGCCGCCTGATCGACACCTTCGCGCGTGATCATTGGAGCCAGGACCAGTTGCTTGCCGCCGCCtt > 4:179928/3‑149 (MQ=255) accAAGGCCTTGCCTTGGTGGTGGTGTCCAGTGACCTGCGCGAACTGATGCTGATTTGCGACCGCATCGCCGTGCTGTCCGCTGGCCGCCTGATCGACCTGTTGGCGCGGGATAAATTGAGACAGGACCACTTTATTTGCGCCGCCATc > 1:125950/2‑149 (MQ=255) caaggcaaggCCTTGGTGGTGGTGTCCAGTGACCTGCGCGAACTGATGCTGATTTGCGACCGCATCGCCGTGCTGTCCGCTGGCCGCCTGATCGACACCTTCGCGCGTGATCATTGGAGCCAGGACCAGTTGCTTGCCGCCGCCTTCGc > 3:276151/1‑149 (MQ=255) ggcCTTGGTGGTGGTGTCCAGTGACCTGCGCGAACTGATGCTGATTTGCGACCGCATCGCCGTGCTGTCCGCTGGCCGCCTGATCGACACCTTCGCGCGTGATCATTAGAGCCAGGACCAGTTGCTTGCCGCCGCCTTCGCCGGTTATc < 5:349861/149‑1 (MQ=255) gcCTTGGTGGTGGTGTCCAGTGACCTGCGCGAACTGATGCTGATTTGCGACCGCATCGCCGTGCTGTCCGCTGGCCGCCTGATCGACACCTTCGCGCGTGATCATTGGAGCCAGGACCAGTTGCTTGCCGCCGCCTTCGCCGGTTATCa < 1:355072/149‑1 (MQ=255) ggtggtggtGTCCAGTGACCTGCGCGAACTGATGCTGATTTGCGACCGCATCGCCGTGCTGTCCGCTGGCCGCCTGATCGACACCTTCGCGCGTGATCATTGGAGCCAGGACCAGTTGCTTGCCGCCGCCTTCGCCGGTTATCAGaaa < 4:276151/148‑1 (MQ=255) gtggtggtgTCCAGTGACCTGCGCGAACTGATGCTGATTTGCGACCGCATCGCCGTGCTGTCCGCTGGCCGCCTGATCGACACCTTCGCGCGTGATCATTGGAGCCAGGACCAGTTGCTTGCCGCCGCCTTCGCCGGTTATCAGAAACg < 4:178154/149‑1 (MQ=255) tggtgTCCAGTGACCTGCGCGAACTGATGCTGATTTGCGACCGCATCGCCGTGCTGTCCGCTGGCCGCCTGATCGACACCTTCGCGCGTGATCATTGGAGCCAGGACCAGTTGCTTGCCGCCGCCTTCGCCGGTTATCAGAAACGTGAc < 4:322196/149‑1 (MQ=255) cAGTGACCTGCGCGAACTGATGCTGATTTGCGACCGCATCGCCGTGCTGTCCGCTGGCCGCCTGATCGACACCTTCGCGCGTGATCATTGGAGCCAGGACCAGTTGCTTGCCGCCGCCTTCGCCGGTTATCAGAAACGTGACGCgctgc > 8:29653/1‑149 (MQ=255) cAGTGACCTGCGCGAACTGATGCTGATTTGCGACCGCATCGCCGTGCTGTCCGCTGGCCGCCTGATCGACACCTTCGCGCGTGATCATTGGAGCCAGGACCAGTTGCTTGCCGCCGCCTTCGCCGGTTATCAGAAACGTGACGCgctgc > 7:13014/1‑149 (MQ=255) cTGCGCTAACTGATGCTGATTTGCGACCGCATCTCCGTGCTGTCCGCTGGCCGCCTGATCGACACCTTCGCGCGTGATCATTGGAGCCAGGAGCAGTTGCTTGCCGCCGCCTTCGCCGGTTATCAGAAACGTGACGCGCTGCTGCatga < 5:263209/149‑1 (MQ=255) cTGCGCGAACTGAAGCTGAATAGCGACCGCATCGCCGTGCTGGCCGCTGGCCGCCTGATCTACACCTTCGCGCGTGATCATTGGAGCCAGGACCAGTAGCTTGCCGCCGCCTTCGCCGGTTATCAGAAACGTGACGCGCTGCTGCatga < 4:226384/149‑1 (MQ=255) cgcgAACTGATGCTGATTTGCGACCGCATCGCCGTGCTGTCCGCTGGCCGCCTGATCGACACCTTCGCGCGTGATCATTGGAGCCAGGACCAGTTGCTTGCCGCCGCCTTCGCCGGTTATCAGAAACGTGACGCGCTGCTGCatgat < 3:179928/147‑1 (MQ=255) ccTGATGCTGATTTCCGACCGCATCGCCGGGCTGCCCGCTGGCCGCCTGAGCGACACCTTCGCGCGGGAGCCTTGGAGCCCGGACCAGCTGCTTGCCGCCGCCTTCGCCGGTTATCAGACCCGGGACGCCCTGCTGCATGATGCAGccc < 2:296659/148‑1 (MQ=255) tGATTTGCGACCGCATCGCCGTGCTGTCCGCTGGCCGCCTGATCGACACCTTCGCGCGTGATCATTGGAGCCAGGACCAGTTGCTTGCCACCGCCTTCGCCGGTTATCAGAAACGTGACGCGCTGCTGCATGATGCAGCCCCCAggatg > 3:166087/1‑149 (MQ=255) tGATTTGCGACCGCATCGCCGTGCTGTCCGCTGGCCGCCTGATCGACACCTTCGCGCGTGATCATTGGAGCCAGGACCAGTTGCTTGCCACCGCCTTCGCCGGTTATCAGAAACGTGACGCGCTGCTGCATGATGCAGCCCCCAggatg > 3:171768/1‑149 (MQ=255) 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aTCGCCGTGCTGTCCGCTGGCCGCCTGATCGACACCTTCGCGCGTGATCATTGGAGCCAGGACCAGTTGCTTGCCGCCGCCTTCGCCGGTTATCAGAAACGTGACGCGCTGCTGCATGATGCAGCCCCCAGGATGGATGCATGAAAac > 2:124642/1‑148 (MQ=255) tCGCCGTGCTGTCCGCTGGCCGCCTGATCGACACCTTCGCGCGTGATCATTGGAGCCAGGACCAGTTGCTTGCCGCCGCCTTCGCCGGTTATCAGAAACGTGACGCGCTGCTGCATGATGCAGCCCCCAGGATGGATGCATGAAAacca < 1:124642/149‑1 (MQ=255) tCCGCTGGCCGCCTGATCGACACCTTCGCGCGTGATCATTGGAGCCAGGACCAGTTGCTTGCCGCCGCCTTCGCCGGTTATCAGAAACGTGACGCGCTGCTGCATGATGCAGCCCCCAGGATGGATGCATGAAAACCACCCCGCTcaa < 6:28756/148‑1 (MQ=255) tCCGCAGGCCGCCTGATCGACACCTTCGCGCGTGATAATTGGAGCCAGGACCAGTTGCTTGCCGCCGCCTTCGCCGGTTATCAGAAACGTGACGCGCTGCTGCATGATGCAGCCCCCAGGATGGATGCATGAAAACCACCCCCCTcaa > 7:2112/1‑148 (MQ=255) gccgccTGATCGACACCTTCGCGCGTGATCATTGGAGCCAGGACCAGTTGCTTGCCGCCGCCTTCGCCGGTTATCAGAAACGTGACGCGCTGCTGCATGATGCAGCCCCCAGGATGGATGCATGAAAACCACCCCGCTCAACAACCAg < 2:125950/148‑1 (MQ=255) cgccTGATCGACACCTTCGCGCGTGATCATTGGAGCCAGGACCAGTTGCTTGCCGCCGCCTTCGCCGGTTATCAGAAACGTGACGCGCTGCTGCATGATGCAGCCCCCAGGATGGATGCATGAAAACCACCCCGCTCAACAACCAGGAc > 6:7462/1‑149 (MQ=255) ttCGCGCGTGATCATTGGAGCCAGGACCAGTTGCTTGCCGCCGCCTTCGCCGGGTATCAGAAACGTGACGCGCTGCTGCATGATGCAGCCCCCAGGATGGATGCAGGAAAACCACCCCGCGCAACAAACAGGACGCCGCCCCCGTgcgc > 4:246373/1‑149 (MQ=255) cgcgcgTGATCATTGGAGCCAGGACCAGTTGCTTGCCGCCGCCTTCGCCGGTTATCAGAAACGTGACGCGCTGCTGCATGATGCAGCCCCCAGGATGGATGCATGAAAACCACCCCGCTCAACAACCAGGACGCCGCCCCCGTgcgc < 2:198880/147‑1 (MQ=255) gcgcgTGATCATTGGAGCCAGGACCAGTTGCTTGCCGCCGCCTTCGCCGGTTATCAGAAACGTGACGCGCTGCTGCATGATGCAGCCCCCAGGATGGATGCATGAAAACCACCCCGCTCAACAACCAGGACGCCGCCCCCGTGcgccg > 3:158084/1‑148 (MQ=255) gATCATTGGAGCCAGGACCAGTTGCTTGCCGCCGCCTTCGCCGGTTATCAGAAACGTGACGCGCTGCTGCATGATGCAGCCCCCAGGATGGATGCATGAAAACCACCCCGCTCAACAACCAGGACGCCGCCCCCGTGCGCCGCAGCgg > 3:149662/1‑148 (MQ=255) aTTGGAGCCAGGACCAGTTGCTTGCCGCCGCCTTCGCCGGTTATCAGAAACGTGACGCGCTGCTGCATGATGCAGCCCCCAGGATGGATGCATGAAAACCACCCCGCTCAACACCCAGGACGCCGCCCCCGTGCGCCGCAGCGgtacg > 3:275580/1‑148 (MQ=255) ttGGAGCCAGGACCAGTTGCTTGCCGCCGCCTTCGCCGGTTATCAGAAACGTGACGCGCTGCTGCATGATGCAGCCCCCAGGATGGATGCATGAAAACCACCCCGCTCAACAACCAGGACGCCGCCCCCGTGCGCCGCAGCGgtacgta > 1:59308/1‑149 (MQ=255) ccAGGACCAGTTGCTTGCCGCCGCCTTCGCCGGTTATCAGAAACGTGACGCGCTGCTGCATGATGCAGCCCCCAGGATGGATGCATGAAAACCACCCCGCTCAACAACCAGGACGCCGCCCCCGTGCGCCGCAGCGGTACGTACTTTgg > 1:341424/1‑149 (MQ=255) gACCAGTTGCTTGCCGCCGCCTTCGCCGGTTATCAGAAACGTGACGCGCTGCTGCATGATGCAGCCCCCAGGATGGATGCATGAAAACCACCCCGCTCAACAACCAGGACGCCGCCCCCGTGCGCCGCAGCGGTACGTACTTTGGCCTg < 6:108955/149‑1 (MQ=255) cAGTTGCTTGCCTCCGCGTTCGCCGGTTTTCAGAAACGTGACGCGCTGCTGGTTGATGCAGCGCCCAGGATGGATGCAGGAAAACCACCCCGCTCAACACCCAGGACTCCGCGCCCGTGCGGCGCAGCGGTACGTACATTGGCCTGGGc < 8:2112/149‑1 (MQ=255) cgccgccTTCGCCGGTTATCAGAAACGTGACGCGCTGCTGCATGATGCAGCCCCCAGGATGGATGCATGAAAACCACCCCGCTCAACAACCAGGACGCCGCCCCCGTGCGCCGCAGCGGTACGTACTTTGGCCTGGGCACCTACCTggg > 2:30989/1‑149 (MQ=255) | GCTGGCGCGCCAAGGCAAGGCCTTGGTGGTGGTGTCCAGTGACCTGCGCGAACTGATGCTGATTTGCGACCGCATCGCCGTGCTGTCCGCTGGCCGCCTGATCGACACCTTCGCGCGTGATCATTGGAGCCAGGACCAGTTGCTTGCCGCCGCCTTCGCCGGTTATCAGAAACGTGACGCGCTGCTGCATGATGCAGCCCCCAGGATGGATGCATGAAAACCACCCCGCTCAACAACCAGGACGCCGCCCCCGTGCGCCGCAGCGGTACGTACTTTGGCCTGGGCACCTACCTGGG > NC_002947/2802975‑2803270 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |