Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,944,263 | T→C | 8.1% | I231T (ATC→ACC) | PP_2577 → | paraquat‑inducible protein B |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,944,263 | 0 | T | C | 8.1% | 139.8 / 2.4 | 49 | I231T (ATC→ACC) | PP_2577 | paraquat‑inducible protein B |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (24/21); new base C (2/2); total (26/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.21e-01 |
GATCTACTACCGCAAGATCCCGGTGGGTGAGGTGGTGTCCTTTGCCCTCCAGGACGATGGCAAGGGGGTAGAGATTGGCGTGTTCGTGCAGGCGCCCTACGACACGTTCGTCACTGCTGACACGCGCTTCTGGAATGCCAGTGGCATCGACATGCAGATCGGTGCCAATGGCCTGAAGGTCGATACCGAATCGCTGTCGTCGATTCTGGTGGGCGGGCTGGCCTTCGGCTCGCCCGATTTCGCCGCGCAAGCCGAGCCTGCTGCCGACCAGGCCCGCTTCCAGCTATTC > NC_002947/2944117‑2944405 | gATCTACTACCGCAAGATCCCGGTGGGTGAGGTGGTGTCCTTTGCCCTCCAGGACGATGGCAAGGGGGTAGAGATTGGCGTGTTCGTGCAGGCGCCCTACGACACGTTCGTCACTGCTGACACGCGCTTCTGGAATGCCAGTGGCATc > 5:162634/1‑148 (MQ=255) tactacCGCAAGATCCCGGTGGGTGAGGTGGTGTCCTTTGCCCTCCAGGACGATGGCAAGGGGGTAGAGATTGGCGTGTTCGTGCAGGCGCCCTACGACACGTTCGTCACTGCTGACACGCGCTTCTGGAATGCCAGTGGCATCGACAt > 8:82703/1‑149 (MQ=255) actacCGCAAGATCCCGGTGGGTGAGGTGGTGTCCTTTGCCCTCCAGGACGATGGCAAGGGGGTAGAGATTGGCGTGTTCGTGCAGGCGCCCTACGACACGTTCGTCACTGCTGACACGCGCTTCTGGAATGCCATTGGCACCGatctg > 8:242440/1‑145 (MQ=255) ctacCGCAAGATCCCGGTGGGTGAGGTGGTGTCCTTTGCCCTCCAGGACGATGGCAAGGGGGTAGAGATTGGCGTGTTCGTGCAGGCGCCCTACGACACGTTCGTCACTGCTGACACGCGCTTCTGGAATGCCAGTGGCATCGa < 2:158933/144‑1 (MQ=255) ctacCGCAAGATCCCGGTGGGTGAGGTGGTGTCCTTTGCCCTCCAGGACGATGGCAAGGGGGTAGAGATTGGCGTGTTCGTGCAGGCGCCCTACGACACGTTCGTCACTGCTGACACGCGCTTCTGGAATGCCAGTGGCATCGACATGc < 2:126473/149‑1 (MQ=255) ctacCGCAAGATCCCGGTGGGTGAGGTGGTGTCCTTTGCCCTCCAGGACGATGGCAAGGGGGTAGAGATTGGCGTGTTCGTGCAGGCGCCCTACGACACGTTCGTCACTGCTGACACGCGCGTCTGGAATGCCAGTGGCATCGACATg > 6:319355/1‑148 (MQ=255) ccGCAAGATCCCGGTGGGTGAGGTGGTGTCCTTTGCCCTCCAGGACGATGGCAAGGGGGTAGAGATTGGCGTGTTCGTGCAGGCGCCCTACGACACGTTCGTCACTGCTGACACGCGTTTCTGGAATGCCAGTGGCATCGACATg > 3:307489/1‑145 (MQ=255) gtgggtgAGGTGGTGTCCTTTGCCCTCCAGGACGATGGCAAGGGGGTAGAGATTGGCGTGTTCGTGCAGGCGCCCTACGACACGTTCGTCACTGCTGACACGCGCTTCTGGAATGCCATTGGCACCGATCTGCATGTCGATGCCacttg < 7:242440/149‑5 (MQ=255) gtgggtgAGGTGGTGTCCTTTGCCCTCCAGGACGATGGCAAGGGGGTAGAGATTGGCGTGTTCGTGCAGGCGCCCTACGACACGTTCGTCACTGCTGACACGCGCTTCTGGAATGCCATTGGCACCGATCTGCATGTCGATGCCACTgg < 8:278752/149‑1 (MQ=38) tgggtgAGGTGGTGTCCTTTGCCCTCCAGGACGATGGCAAGGGGGTAGAGATTGGCGTGTTCGTGCAGGCGCCCTACGACACGTTCGTCACTGCTGACACGCGTTTCTGGAATGCCAGTGGCATCGACATGCAGATCGGTGCCAATGGc < 4:307489/149‑1 (MQ=255) ggtgAGGTGGTGTCCTTTGCCCTCCAGGACGATGGCAAGGGGGTAGAGATTGGCGTGTTCGTGCAGGCGCCCTACGACACGTTCGTCACTGCTGACACGCGCTTCTGGAATGCCAGTGGCATCGACATGCAGATCGGTGCCAATGGCCt < 1:301092/149‑1 (MQ=255) gtCCTTTGCCCTCCAGGACGATGGCAAGGGGGTAGAGATTGGCGTGTTCGTGCAGGCGCCCTACGACACGTTCGTCACTGCTGCCACGCGCTTCTGGAATGCCAGTGGCATCGACATGCAGATCGGTGCCAATGGCCTGAAGGTCGATa > 6:141526/1‑149 (MQ=255) gtttGCCCTCCTGTACGATGGCAAGGGGGTAGAGATTGGCGTGTTCGTGCAGGCGCCCTACGACACGTTCGTCACTGCTGACACGCGCTTCTGGAATGCCAGTGGCATCGACATGCAGATCGGTGCCAATGGCCTGAAGGTCGATAcc < 5:10417/147‑1 (MQ=255) tttGCCCTCCAGGACGATGGCAAGGGGGTAGAGATTGGCGTGTTCGTGCAGGCGCCCTACGACACGTTCGTCACTGCTGACACGCGCTTCTGGAATGCCAGTGGCATCGACATGCAGATCGGTGCCAATGGCCTGAAGGTCGATACCg > 4:140131/1‑148 (MQ=255) tttGCCCTCCAGGACGATGGCAAGGGGGTAGAGATTGGCGTGTTCGTGCAGGCGCCCTACGACACGTTCGTCACTGCTGACACGCGCTTCTGGAATGCCAGTGGCATCGACATGCAGATCGGTGCCAATGGCCTGAAGGTCGATACCg > 2:201260/1‑148 (MQ=255) gCCCTCCAGGACGATGGCAAGGGGGTAGAGATTGGCGTGTTCGTGCAGGCGCCCTACGACACGTTCGTCACTGCTGACACGCGCTTCTGGAATGCCAGTGGCATCGACATGCAGATCGGTGCCAATGGCCTGAAGGTCGATACCGAATc > 4:49796/1‑149 (MQ=255) ccTCCAGGACGATGGCAAGGGGGTAGAGATTGGCGTGTTCGTGCAGGCGCCCTACGACACGTTCGTCACTGCTGACACGCGCTTCTGGAATGCCAGTGGCATCGACATGCAGAACGGTGCCAATGGCCTGAAGGTCGATACCGAATCGc > 7:297634/1‑149 (MQ=255) aTGGCACGGGGGGAGAGCGTGGCGTGTTCGTGCAGGCGCCCTACGACACGTTCGTCACTGCTGACACGCGCTTCTGGAATGCCAGTGGCATCGACATGCAGATCGGTGCCAATGGCCTGAAGGTCGCTACCGAATCGCTGTCGTCGAtt < 6:69236/149‑1 (MQ=255) aTGGCAAGGGGGTAGAGATTGGCGTGTTCGTGCAGGCGCCCTACGAGACGTTCGTCACTGCTGACACGCGCTTCTGGAATGCCAGTGGCATCGACATGCTGATCGGTGCGAATGGCCTGAAGGTCGATACCGAATCGCTGTCGTCGAtt < 6:74599/149‑1 (MQ=255) gCAAGGGGGTAGAGATTGGCGTGTTCGTGCAGGCGCCCTACGACACGTTCGTCACTGCTGACACGCGCTTCTGGAATGCCAGTGGCATCGACATGCAGATCGGTGCCAATGGCCTGAAGGTCGATACCGAATCGCTGTCGTCGATTCtg > 5:33310/1‑149 (MQ=255) gggTAGAGATTGGCGTGTTCGTGCAGGCGCCCTACGACACGTTCGTCACTGCTGACACGCGCTTCTGGAATGCCAGTGGCATCGACATGCAGATCGGTGCCAATGGCCTGAAGGTCGATACCGAATCGCTGTCGTCGATTCTGGTgggc > 7:243979/1‑149 (MQ=255) gaTTGGCGTGTTCGTGCAGGCGCCCTACGACACGTTCGTCACTGCTGACACGCGCTTCTGGAATGCCAGTGGCATCGACATGCAGATCGGTGCCAATGGCCTGAAGGTCGATACCGAATCGCTGTCGTCGATTCTGGTGGGCGGGCTgg < 7:275015/149‑1 (MQ=255) tGGCGTGTTCGTGCAGGCGCCCTACGACACGTTCGTCACTGCTGACACGCGCTTCTGGAATGCCAGTGGCATCGACATGCAGATCGGTGCCAATGGCCTGAAGGTCGATACCGAATCGCTGTCGTCGATTCTGGTGGGCGGGCTGGCCt > 4:175198/1‑149 (MQ=255) ttCGTGCAGTCGCCCTACGACACGTTCGTCACTGCTGACAAGCGCTTCTGGACTGCCAGTGGGATCGACATGCAGATCGGTGCCAATGGCCTGAAGGTCGATACCGAATCGCTGTCGTCGATTCTGGTGGGCGGGCTGGCCTTCGGCTc < 7:149264/149‑1 (MQ=255) ttCGTGCAGGCGCCCTACGACAAGTTCGTCACTGCTGACACGCGCTTCTGGAATGCCAGTGGCATCGACATGCAGATCGGTGCCAATGGCCTGAAGGTCGATACCGAATCGCTGTCGTCGATTCTGGTGGGCGGGCTGGCCTTCGGCTc < 6:102689/149‑1 (MQ=255) tGCAGGCGCCCTACGACACGTTCGTCACTGCTGACACGCGCTTCTGGAATGCCAGTGGCATCGACATGCAGATCGGTGCCAATGGACTGAAGGTCGATACCGAATCGCTGTCGTCGATTCTGGTGGGCGGGCTGGCCTTCGGCTCGccc > 2:346274/1‑149 (MQ=255) gcCCTACGACACGTTCGTCACTGCTGACACGCGCTTCTGGAATGCCAGTGGCATCGACATGCAGATCGGTGCCAATGGCCTGAAGGTCGATACCGAATCGCTGTCGTCGATTCTGGTGGGCGGGCTGGCCTTCGGCTc < 4:64810/138‑1 (MQ=255) gcCCTACGACACGTTCGTCACTGCTGACACGCGCTTCTGGAATGCCAGTGGCATCGACATGCAGATCGGTGCCAATGGCCTGAAGGTCGATACCGAATCGCTGTCGTCGATTCTGGTGGGCGGGCTGGCCTTCGGCTc > 3:64810/1‑138 (MQ=255) acacGTTCGTCACTGCTGACACGCGCTTCTGGAATGCCAGTGGCATCGACATGCAGATCGGTGCCAATGGCCTGAAGGTCGATACCGAATCGCTgtcgtc < 3:731/100‑1 (MQ=255) acacGTTCGTCACTGCTGACACGCGCTTCTGGAATGCCAGTGGCATCGACATGCAGATCGGTGCCAATGGCCTGAAGGTCGATACCGAATCGCTgtcgtc > 4:731/1‑100 (MQ=255) acacGTTCGTCACTGCTGACACGCGCTTCTGGAATGCCAGTGGCATCGACATGCAGATCGGTGCCAATGGCCTGAAGGTCGATACCGAATCGCTGTCGTCGATTCTGGTGGGCGGGCTGGCCTTCGGCTCGCCCGATTTCGCCgcgc > 7:171222/1‑147 (MQ=255) gTTCGTCACTGCTGCCACGCGCTTCTGGAATGCCAGTGGCATCGACATGCAGATCGGTGCCAATGGCCTGAAGGTCGATACCGAATCGCTGTCGTCGATTCTGGTGGGCGGGCTGGCCTTCGGCTCGCCCGATTTCGCCGCGCAAGCCg > 7:319147/1‑149 (MQ=255) ttCGTCACTGCTGACACGCGCTTCTGGAATGCCAGTGGCATCGACATGCAGATCGGTGCCAATGGCCTGAAGGTCGATACCGAATCGCTGTCGTCGATTCTGGTGGGCGGGCTGGCCTTCGGCTCGCCCGATTTCGCCGCGCAAGcc > 7:266956/1‑147 (MQ=255) ttCGTCACTGCTGACACGCGCTTCTGGAATGCCAGTGGCATCGACATGCAGATCGGTGCCAATGGCCTGAAGGTCGATACCGAATCGCTGTCGTCGATTCTGGTGGGCGGGCTGGCCTTCGGCTCGCCCGATTTCGCCGCGCAAGCCGa < 6:33310/149‑1 (MQ=255) tgctgACACGCGCTTCTGGAATGCCAGTGGCATCGACATGCAGATCGGTGCCAATGGCCTGAAGGTCGATACCGAATCGCTGTCGTCGATTCTGGTGGGCGGGCTGGCCTTCGGCTCGCCCGATTTCGCCGCGCAAGCCGAGCctgctg > 1:39431/1‑149 (MQ=255) ctgACACGCGCTTCTGGAATGCCAGTGGCATCGACATGCAGATCGGTGCCAATGGCCTGAAGGTCGATCCCGAAGCGCTGTCGTCGATTCTGGTGGGCGGGCTGGCCTTCGGCTCGCCCGATTTCGCCGCGCAAGCCGAGCCTGCTGcc < 5:319355/149‑1 (MQ=255) ctgACACGCGCTTCTGGAATGCCAGTGGCATCGACATGCAGATCGGTGCCAATGGCCTGAAGGTCGATACCGAATCGCTGTCGTCGATTCTGGTGGGCGGGCTGGCCTTCGGCTCGCCCGATTTCGCCGCGCAAGCCGAGCctgctg < 3:140131/147‑1 (MQ=255) gcgcTTCTGGAATGCCAGTGGCATCGACATGCAGATCGGTGCCAATGGCCTGAAGGTCGATACCGAATCGCTGTCGTCGATTCTGGTGGGCGGGCTGGCCTTCGGCTCGCCCGATTTCGCCGCGCAAGCCGAGCCTGCTGCCGACCAgg < 3:175198/149‑1 (MQ=255) gcgcTTCTGGAATGCCAGTGGCATCGACATGCAGATCGGTGCCAATGGCCTGAAGGTCGATACCGAATCGCTGTCGTCGATTCTGGTGGGCGGGCTGGCCTTCGGCTCGCCCGATTTCGCCGCGCAAGCCGAGCCTGCTGCCGACCAgg < 8:266956/149‑1 (MQ=255) cTTCTGGAATGCCAGTGGCATCGACATGCAGATCGGTGCCAATGGCCTGAAGGTCGATACCGAATCGCTGTCGTCGATTCTGGTGGGCGGGCTGGCCTTCGGCTCGCCCGATTTCGCCGCGCAAGCCGAGCCTGCTGCCGACCAGGccc < 7:82703/149‑1 (MQ=255) gAATGCCAGTGGCATCGACATGCAGATCGGTGCCAATGGCCTGAAGGTCGATACCGAATCGCTGTCGTCGATTCTGGTGGGCGGGCTGGCCTTCGGCTCGCCCGATTTCGCCGCGCAAGCCGAGCCTGCTGCCGAc > 7:287642/1‑136 (MQ=255) gAATGCCAGTGGCATCGACATGCAGATCGGTGCCAATGGCCTGAAGGTCGATACCGAATCGCTGTCGTCGATTCTGGTGGGCGGGCTGGCCTTCGGCTCGCCCGATTTCGCCGCGCAAGCCGAGCCTGCTGCCGAc < 8:287642/136‑1 (MQ=255) aaTGCCAGTGGCATCGACATGCAGATCGGTGCCAATGGCCTGAAGGTCGATACCGAATCGCTGTCGTCGATTCTGGTGGGCGGGCTGGCCTTCGGCTCGCCCGATTTCGCCGCGCAAGCCGAGCCCGCTGCCGACCAGGCCCGCTTCCa < 1:201260/149‑1 (MQ=255) aTGCCAGTGGCATCGACATGCAGATCGGTGCCAATGGCCTGAATGTCGATACCGAATCGCTGTCGTCGATTCTGGTGGGCGGGCTGGCCTTCGGCTCGCCCGATTTCGCCGCGCAAGCCGAGCCTGCTGCCGACCAGGCCCGCTTCCAg < 8:297634/149‑1 (MQ=255) gCCATTGGCACCGATCTGCATGTCGATGCCACTGGCCTGAAGGTCGATACCGAATCGCTGTCGTCGATTCTGGTGGGCGGGCTGGCCTTCGGCTCGCCCGATTTCGCCGCGCAAGCCGAGCCTGCTGCCGACCAGGCCCGCTTCCAGc > 6:343681/1‑148 (MQ=38) ccAGTGGCATCGACATGCAGATCGGTGCCAATGGCCTGAAGGTCGTTACCGAATCGCTGTCGTCGATTCTGGTGGGCGGGCTGGCCTTCGGCTCGCCCGATTTCGCCGCGCAAGCCGAGCCTGCTGCCGACCAGGCCCGCTTCCAGCTa > 1:262548/1‑149 (MQ=255) ccAGTGGCATCGACATGCAGATCGGTGCCAATGGCCTGAAGGTCGATACCGAATCGCTGTCGTCGATTCTGGTGGGCGGGCTGGCCTTCGGCTCGCCCGATTTCGCCGCGCAAGCCGAGCCTGCTGCCGACCAGGCCCGCTTCCAGCTa > 5:46969/1‑149 (MQ=255) aGTGGCATCGACATGCAGATCGGTGCCAATGGCCTGAAGGTCGATACCGAATCGCTGTCGTCGATTCTGGTGGGCGGGCTGGCCTTCGGCTCGCCCGATTTCGCCGCGCAAGCCGAGCCTGCTGCCGACCAGGCCCGCTTCCAGCTAtt > 7:94131/1‑149 (MQ=255) gTGGCATCGACATGCAGATCGGTGCCAATGGCCTGAAGGTCGATACCGAATCGCTGTCGTCGATTCTGGTGGGCGGGCTGGCCTTCGACTCGCCCGATTTCGCCGCGCAAGCCGAGCCTGCTGCCGACCAGGCCCGCTTCCAGCTATTc > 2:346390/1‑149 (MQ=255) | GATCTACTACCGCAAGATCCCGGTGGGTGAGGTGGTGTCCTTTGCCCTCCAGGACGATGGCAAGGGGGTAGAGATTGGCGTGTTCGTGCAGGCGCCCTACGACACGTTCGTCACTGCTGACACGCGCTTCTGGAATGCCAGTGGCATCGACATGCAGATCGGTGCCAATGGCCTGAAGGTCGATACCGAATCGCTGTCGTCGATTCTGGTGGGCGGGCTGGCCTTCGGCTCGCCCGATTTCGCCGCGCAAGCCGAGCCTGCTGCCGACCAGGCCCGCTTCCAGCTATTC > NC_002947/2944117‑2944405 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |