Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,008,052 | A→G | 7.3% | M348T (ATG→ACG) | PP_2628 ← | ABC transporter ATP‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,008,052 | 0 | A | G | 7.3% | 160.3 / 2.9 | 55 | M348T (ATG→ACG) | PP_2628 | ABC transporter ATP‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (26/25); new base G (2/2); total (28/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
TTACCAGCTCTGCAGCACCCGGCACATCCTGCACCTTGGGGCCGCGGGTGAGGGTGGCCATACCGTCCTGCACGGTGCCGATGTTTTCGAACAGCGAGGTAATTTCCCACATGATCCAGTGCGACATACCGTTGACGCGCAAGGCCATGGCGGTGATTGCCGCCACGGCCCCGGTGCCAACCTGGCCCTGGTGCCACAGCCACAGTGCGTAGCCACCGGCACCAAAGATCAAGCCCACCACCAACGCCTGGTTGACGATTTCGAACTGGCTCACCAGGCGCATCTGG > NC_002947/3007906‑3008192 | ttACCAGCTCTGCAGCACCCGGCACATCCTGCACCTTGGGGCCGCGGGTGAGGGTGGCCATACCGTCCTGCACGGTGCCGATGTTTTCGAACAGCGAGGTAATTTCCCACATGATCCAGTGCGACATACCGTTGACGCGCAAGGCCATg < 6:171323/149‑1 (MQ=255) tctGCAGCACCCGGCACATCCTGCACCTTGGGGCCGCGGGTGAGGGTGGCCATACCGTCCTGCACGGTGCCGATGTTTTCGAACAGCGAGGTAATTTCCCACATGATCCAGTGCGACATACCGTTGACGCGCAAGGCCGTGGCggcaat > 4:368533/1‑145 (MQ=255) tGCAGCACCCGGCACATCCTGCACCTTGGGGCCGCGGGTGAGGGTGGCCATACCGTCCTGCACGGTGCCGATGTTTTCGAACAGCGAGGTAATTTCCCACATGATCCAGTGCGACATACCGTTGACGCGCAAGGCCATGGCGGTGATTg > 6:333058/1‑149 (MQ=255) cagcaCCCGGCACATCCTGCACCTTGGGGCCGCGGGTGAGGGTGGCCATACCGTCCTGCACGGTGCCGATGTTTTCGAACAGCGAGGTAATTTCCCACATGATCCAGTGCGACATACCGTTGACGCGCAAGGCCATGGCGGTGATTgcc > 3:192082/1‑149 (MQ=255) cagcaCCCGGCACATCCTGCACCTTGGGGCCGCGGGTGAGGGTGGCCATACCGTCCTGCACGGTGCCGATGTTTTCGAACAGCGAGGTAATTTCCCACATGATCCAGTGCGACATACCGTTGACGCGCAAGGCCATGGCGGTGATTgcc > 6:364872/1‑149 (MQ=255) aCCCGGCACATCCTGCACCTTGGGGCCGCGGGTGAGGGTGGCCATACCGTCCTGCACGGTGCCGATGTTTTCGAACAGCGAGGTAATTTCCCACATGATCCAGTGCGACATACCGTTGACGCGCAAGGCCATGGCGGTGATTGCCGCCa < 2:10453/149‑1 (MQ=255) ggCACATCCTGCACCTTGGGGCCGCGGGTGAGGGTGGCCATACCGTCCTGCACGGTGCCGATGTTTTCGAACAGCGAGGTAATTTCCCACATGATCCAGTGCGACATACCGTTGACGCGCAAGGCCGTGGCGGCAATCACCGCCATGGc < 3:368533/149‑1 (MQ=255) gCACATCCTGCACCTTGGGGCCGCGGGTGAGGGTGGCCATACCGTCCTGCACGGTGCCGATGTTTTCGAACAGCGAGGTAATTTCCCACATGATCCAGTGCGACATACCGTTGACGCGCAAGGCCGTGGCGGCAATCACCGCCATGGcc < 1:155803/149‑1 (MQ=255) ccTTGGGGCCGCGGGTGAGGGTGGCCATACCGTCCTGCACGGTGCCGATGTTTTCGAACAGCGAGGTAATTTCCCACATGATCCAGTGCGACATACCGTTGACGCGCAAGGCCATGGCGGTg > 4:322966/1‑122 (MQ=255) ccTTGGGGCCGCGGGTGAGGGTGGCCATACCGTCCTGCACGGTGCCGATGTTTTCGAACAGCGAGGTAATTTCCCACATGATCCAGTGCGACATACCGTTGACGCGCAAGGCCATGGCGGTg < 3:322966/122‑1 (MQ=255) cTTGGGGCCGCGGGTGAGGGTGGCCATACCGTCCTGCACGGTGCCGATGTTTTCGAACAGCGAGGTAATTTCCCACATGATCCAGTGCGACATACCGTTGACGCGCAAGGCCATGGCGGTGATTGCCGCCACGGCCCCGGTGCCAACCt < 6:201252/149‑1 (MQ=255) gcgGGTGAGGGTGGCCATACCGTCCTGCACGGTGCCGATGTTTTCGAACAGCGAGGTAATTTCCCACATGATCCAGTGCGACATACCGTTGACGCGCAAGGCCATGGCGGTGATTGCCGCCACGGCCCCGGTGCCAACCTGGCCCTGGt > 7:267505/1‑149 (MQ=255) gtgTGAGGGTGGCCATACCGTCCTGCACGGTGCCGATGTTTTCGAAGAGCGAGGTAATTTCCCACATGATCCAGTGCGACATACCGTTGACGCGCAAGGCCATGGCGGTGATTGCCGCCACGGCCCCGGTGCCAACCTGGCCCTGGTgc < 5:355039/147‑1 (MQ=255) gAGGGTGGCCATACCGTCCTGCACGGTGCCGATGTTTTCGAACAGCGAGGTAATTTCCCACATGATCCAGTGCGACATACCGTTGACGCGCAAGGCCATGGCGGTGATTGCCGCCACGGCCCCGGTGCCAACCTGGCCCTGGTgcca > 8:148247/1‑147 (MQ=255) ggTGGCCATACCGTCCTGCACGGTGCCGATGTTTTCGAACAGCGAGGTAATTTCCCACATGATCCAGTGCGACATACCGTTGACGCGCAAGGCCATGGCGGTGATTGCCGCCACGGCCCCGGTGCCAACCTGGCCCTGGTgccacagc > 6:12181/1‑148 (MQ=255) tGGCCATACCGTCCTGCACGGTGCCGATGTTTTCGAACAGCGAGGTAATTTCCCACATGATCCAGTGCGACATACCGTTGACGCGCAAGGCCATGGCGGTGATTGCCGCCACGGCCCCGGTGCCAACCTGGCCCTGGTgccacagccac < 4:269490/149‑1 (MQ=255) ccATACCGTCCTGCACGGTGCCGATGTTTTCGAACAGCGAGGTAATTTCCCACATGATCCAGTGCGACATACCGTTGACGCGCAAGGCCATGGCGGTGATTGCCGCCACGGCCCCGGTGCCAACCTGGCCCTGGTGCCACAGCCACAGt < 4:192082/149‑1 (MQ=255) cATACCGTCCTGCACGGTGCCGATGTTTTCGAACAGCGAGGTAATTTCCCACATGATCCAGTGCGACATACCGTTGACGCGCAAGGCCATGGCGGTGATTGCCGCCACGGCCCCGGTGCCAACCTGGCCCTGGTGCCACAGCCACAGTg > 1:225008/1‑149 (MQ=255) aCCGTCCTGCACGGTGCCGATGTTTTCGAACAGCGAGGTAATTTCCCACATGATCCAGTGCGACATACCGTTGACGCGCAAGGCCATGGCGGTGATTGCCGCCACGGCCCCGGTGCCAACCTGGCCCTGGTGCCACAGCCACAGTGCg > 7:341788/1‑148 (MQ=255) ccGTCCTGCACGGTGCCGATGTTTTCGAACAGCGAGGTAATTTCCCACATGATCCAGTGCGACATACCGTTGACGCGCAAGGCCATGGCGGTGATTGCCGCCACGGCCCCGGTGCCAACCTGGCCCTGGTGCCACAGCCACAGTGCGTa < 1:297094/149‑1 (MQ=255) tCCTGCACGGTGCCGATGTTTTCGAACAGCGAGGTAATTTCCCACATGATCCAGTGCGACATACCGTTGACGCGCAAGGCCATGGCGGTGATTGTCGCCACGGCCCCGGTGCCAACCTGGCCCTGGTGCCACAGCCACAGTGCGTAGcc > 6:67749/1‑149 (MQ=255) tGCACGGTGCCGATGTTTTCGAACAGCGAGGTAATTTCCCACATGATCCAGTGCGACATACCGTTGACGCGCAAGGCCATGGCGGTGATTGCCGCCACGGCCCCGGTGCCAACCTGGCCCTGGTGCCACAGCCACAGTGCGTAGCCAcc > 2:21577/1‑149 (MQ=255) gCACGGTGCCGATGTTTTCGAACAGCGAGGTAATTTCCCACATGATCCAGTGCGACATACCGTTGACGCGCAAGGCCATGGCGGTGATTGCCGCCACGGCCCCGGTGCCAACCTGGCCCTGGTGCCACAGCCACAGTGCGTa > 7:345985/1‑142 (MQ=255) gCACGGTGCCGATGTTTTCGAACAGCGAGGTAATTTCCCACATGATCCAGTGCGACATACCGTTGACGCGCAAGGCCATGGCGGTGATTGCCGCCACGGCCCCGGTGCCAACCTGGCCCTGGTGCCACAGCCACAGTGCGTa < 8:345985/142‑1 (MQ=255) cACGGTGCCGATGTTTTCGAACAGCGAGGTAATTTCCCACATGATCCAGTGCGACATACCGTTGACGCGCAAGGCCATGGCGGTGATTGCCGCCACGGCCCCGGTGCCACCCTGGCCCTGGTGCCACAGCCACAGTGCGTAGCCACCgg > 1:29421/1‑149 (MQ=255) cACGGTGCCGATGTTTTCGAACAGCGAGGTAATTTCCCACATGATCCAGTGCGACATACCGTTGACGCGCAAGGCCATGGCGGTGATTGCCGCCACGGCCCCGGTGCCAACCTGGCCCTGGTGCCACAGCCACAGTGCGTAGCCACCg < 5:225460/148‑1 (MQ=255) aCGGTGCCGATGTTTTCGAACAGCGAGGTAATTTCCCACATGATCCAGTGCGACATACCGTTGACGCGCAAGGCCATGGCGGTGATTGCCGCCACGGCCCCGGTGCCAACCTGGCCCTGGTGCCACAGCCACAGTGCGTAGCCACCgg > 8:116666/1‑148 (MQ=255) ggTGCCGATGTTTTCGAACAGCGAGGTAATTTCCCACATGATCCAGTGCGACATACCGTTGACGCGCAAGGCCATGGCGGTGATTGCCGCCACGGCCCCGGTGCCAACCTGGCCCTGGTGCCACAGCCACAGTGCGTAGCCACCGGCAc < 7:116666/149‑1 (MQ=255) cGATGTTTTCGAACAGCGAGGTAATTTCCCACATGATCCAGTGCGACATACCGTTGACGCGCAAGGCCATGGCGGTGATTGCCGCCACGGCCCCGGTGCCAACCTGGCCCTGGTGCCACAGCCACAGTGCGTAGCCACCGGCACCa > 6:269767/1‑146 (MQ=255) gATGTTTTCGAACAGCGAGGTAATTTCCCACATGATCCAGTGCGACATACCGTTGACGCGCAAGGCCATGGCGGTGATTGCCGCCACGGCCCCGGTGCCAACCTGGCCCTGGTGCCACAGCCACAGTGCGTAGCCACCGGCACCa > 6:90574/1‑145 (MQ=255) tGTTTTCGAACAGCGAGGTAATTTCCCACATGATCCAGTGCGACATACCGTTGACGCGCAAGGCCATGGCGGTGATTGCCGCCACGGCCCCGGTGCCAACCTGGCCCTGGTGCCACAGCCACAGTGCGTAGCCACCGGCACCAAAGATc < 5:364872/149‑1 (MQ=255) ttttCGAACAGCGAGGTAATTTCCCACATGATCCAGTGCGACATACCGTTGACGCGCAAGGCCATGGCGGTGATTGCCGCCACGGCCCCGGTGCCAACCTGGCCCTGGTGCCACAGCCACAGTGCGTAGCCACCGGCACCAAAGATCaa < 8:267505/149‑1 (MQ=255) ttCGAACAGCGAGGTAATTTCCCACATGATCCAGTGCGACATACCGTTGACGCGCAAGGCCATGGCGGTGATTGCCGCCACGGCCCCGGTGCCAACCTGGCCCTGGTGCCACAGCCACAGTGCGTAGCCACCGGCACCAAAGATCAAg < 5:269767/148‑1 (MQ=255) ttCGAACAGCGAGGTAATTTCCCACATGATCCAGTGCGACATACCGTTGACGCGCAAGGCCATGGCGGTGATTGCCGCCACGGCCCCGGTGCCAACCTGGCCCTGGTGCCACAGCCACAGTGCGTAGCCACCGGCACCAAAGATCAAg < 2:225008/148‑1 (MQ=255) cGAACAGCGAGGTAATTTCCCACATGATCCAGTGCGACATACCGTTGACGCGCAAGGCCATGGCGGTGATTGCCGCCACGGCCCCGGTGCCAACCTGGCCCTGGTGCCACAGCCACAGTGCGTAGCCACCGGCACCAAAGATCAAGcc > 3:305982/1‑148 (MQ=255) cGAGGTAATTTCCCACATGATCCAGTGCGACATACCGTTGACGCGCAAGGCCATGGCGGTGATTGCCGCCACGGCCCCGGTGCCAACCTGGCCCTGGTGCCACAGCCACAGTGCGTAGCCACCGGCACCAAAGATCAAGCccaccacca < 7:148247/149‑1 (MQ=255) gAGGTAATTTCCCACATGATCCAGTGCGACATACCGTTGACGCGCAAGGCCATGGCGGTGATTGCCGCCACGGCCCCGGTGCCAACCTGGCCCTGGTGCCACAGCCACAGTGCGTAGCCACCGGCACCAAAGATCAAGCCCACCACCaa > 3:181888/1‑149 (MQ=255) gTAATTTCCCACATGATCCAGTGCGACATACCGTTGACGCGCAAGGCCATGGCGGTGATTGCCGCCACGGCCCCGGTGCCAACCTGGCCCTGGTGCCACAGCCACAGTGCGTAGCCACCGGCACCa < 2:249900/126‑1 (MQ=255) gTAATTTCCCACATGATCCAGTGCGACATACCGTTGACGCGCAAGGCCATGGCGGTGATTGCCGCCACGGCCCCGGTGCCAACCTGGCCCTGGTGCCACAGCCACAGTGCGTAGCCACCGGCACCa > 1:249900/1‑126 (MQ=255) aTTTCCCACATGATCCAGTGCGACATACCGTTGACGCGCAAGGCCATGGCGGTGATTGCCGCCACGGCCCCGGTGCCACCCTGGCCCTGGTGCCACAGCCACAGTGCGTAGCCACCGGCACCAAAGATAAAGCCAAACACCAACGCCTg > 6:263483/1‑149 (MQ=255) aTTTCCCACATGATCCAGTGCGACATACCGTTGACGCGCAAGGCCATGGCGGTGATTGCCGCCACGGCCCCGGTGCCAACCTGGCCCTGGTGCCACAGCCACAGTGCGTAGCCACCGGCACCAAAGATCAAGCCCACCACCAACGCCTg > 2:365764/1‑149 (MQ=255) tCCCACATGATCCAGTGCGACATACCGTTGACGCGCAAGGCCATGGCGGTGATTGCCGCCACGGCCCCGGTGCCAACCTGGCCCTGGTGCCACAGCCACAGTGCGTAGCCACCGGCACCAAAGATCAAGCCCACCACCAACGCCTGGt < 4:181888/148‑1 (MQ=255) cccACATGATCCAGTGCGACATACCGTTGACGCGCAAGGCCATGGCGGTGATTGCCGCCACGGCCCCGGTGCCAACCTGGCCCTGGTGCCACAGCCACAGTGCGTAGCCACCGGCACCAAAGATCAAGCCCACCACCAACGCCTGGtt < 2:29421/148‑1 (MQ=255) ccACATGATCCAGTGCGACATACCGTTGACGCGCAAGGCCATGGCGGTGATTGCCGCCACGGCCCCGGTGCCAACCTGGCCCTGGTGCCACAGCCACAGTGCGTAGCCACCGGCACCAAAGATCAAGCCCACCACCAACGCCTGGtgag > 2:136306/1‑146 (MQ=255) ccACATGATCCAGTGCGACATACCGTTGACGCGCAAGGCCATGGCGGTGATTGCCGCCACGGCCCCGGTGCCAACCTGGCCCTGGTGCCACAGCCACAGTGCGTAGCCACCGGCACCAAAGATCAAGCCCACCACCAACGCCTGGTTGa < 2:9320/149‑1 (MQ=255) acaTGATCCAGTGCGACATACCGTTGACGCGCAAGGCCATGGCGGTGATTGCCGCCACGGCCCCGGTGCCAACCTGGCCCTGGTGCCACAGCCACAGTGCGTAGCCACCGGCACCAAAGATCAAGCCCACCACCAACGCCTGGTTGAc > 1:77368/1‑148 (MQ=255) tCCAGTGCGACATACCGTTGACGCGCAAGGCCATGGCGGTGATTGCCGCCACGGCCCCGGTGCCAACCTGGCCCTGGTGCCACAGCCACAGTGCGTAGCCACCGGCACCAAAGATCAAGCCCACCACCAACGCCTGGTTGACGATTTc > 4:207754/1‑148 (MQ=255) tCCAGTGCGACATACCGTTGACGCGCAAGGCCATGGCGGTGATTGCCGCCACGGCCCCGGTGCCAACCTGGCCCTGGTGCCACAGCCACAGTGCGTAGCCACCGGCACCAAAGATCAAGCCCACCACCAACGCCTGGTTGACGATTTc > 8:252691/1‑148 (MQ=255) ctccATACCGTTGCAGCTCAAGGGCATGGCGGTGATTGCCGCCACGGCCCCGGGGCCCACCTGGCCCTGGTGCCACAGCCACAGTGCGTAGCCACCGGCACCAAAGTTGAAGCCCACCACCAACGCCTGGTTGACGATTTCGAACTgg < 8:341788/145‑1 (MQ=255) aTACCGTTGACGCGCAAGGCCATGGCGGTGATTGTCGCCACGGCCCCGGTGCCAACCTGGCCCTGGTGCCACAGCCACAGTGCGTAGCCACCGGCACCAAAGATCAAGCCCACCACCAACGCCTGGTTGACGATTTCGAACTGGCTCAc < 5:67749/149‑1 (MQ=255) aCCGTTGACGCGCAAGGCCATGGCGGTGATTGCCGCCACGGCCCCGGTGCCAACCTGGCCCTGGTGCCACAGCCACAGTGCGTAGCCACCAGCACCAAAGATCAAGCCCCCCACCAACGCCTGGTTGACGATTTCGAACTGGCTCGccc > 4:91271/1‑148 (MQ=255) cGTTGACGCGCAAGGCCATGGCGGTGATTGCCGCCACGGCCCCGGTGCCAACCTGGCCCTGGTGCCACAGCCACAGTGCGTAGCCACCGGCACCAAAGATCAAGCCCACCACCAACGCCTGGTTGACGATTTCGAACTGGCTCACCAgg < 5:90574/149‑1 (MQ=255) gTTGACGCGCAAGGCCATGGCGGTGATTGCCGCCACGGCCCCGGTGCCAACCTGGCCCTGGTGCCACAGCCACAGTGCGTAGCCACCGGCACCAAAGATCAAGCCCACCACCAACGCCTGGTTGACGATTTCGAACTGGCTCACCAGgc < 7:252691/149‑1 (MQ=255) gcAAGGCCATGGCGGTGATTGCCGCCACGGCCCCGGTGCCAACCTGGCCCTGGTGCCACAGCCACAGTGCGTAGCCACCGGCACCAAAGATCAAGCCCACCACCAACGCCTGGTTGACGATTTCGAACTGGCTCACCAGGCGCATCTgg < 5:333058/149‑1 (MQ=255) ccggggCCGTGGCGGCAATCACCGCCATGGCCCCGGTGCCAACCTGGCCCTGGTGCCCCAGCCACAGTGCGTAGCCACCGGCACCAAAGATCAAGCCCACCACCAACGCCGGGTTGACGATTTCGAACTGGCTCACCAGGCGCATCTgg > 5:56662/5‑149 (MQ=255) | TTACCAGCTCTGCAGCACCCGGCACATCCTGCACCTTGGGGCCGCGGGTGAGGGTGGCCATACCGTCCTGCACGGTGCCGATGTTTTCGAACAGCGAGGTAATTTCCCACATGATCCAGTGCGACATACCGTTGACGCGCAAGGCCATGGCGGTGATTGCCGCCACGGCCCCGGTGCCAACCTGGCCCTGGTGCCACAGCCACAGTGCGTAGCCACCGGCACCAAAGATCAAGCCCACCACCAACGCCTGGTTGACGATTTCGAACTGGCTCACCAGGCGCATCTGG > NC_002947/3007906‑3008192 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |