Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,009,575 | T→C | 8.8% | intergenic (‑481/‑1187) | PP_2628 ← / → PP_2631 | ABC transporter ATP‑binding protein/cellulose biosynthesis protein BcsF/YhjT |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,009,575 | 0 | T | C | 8.8% | 117.9 / 2.9 | 46 | intergenic (‑481/‑1187) | PP_2628/PP_2631 | ABC transporter ATP‑binding protein/cellulose biosynthesis protein BcsF/YhjT |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (22/19); new base C (2/2); total (24/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.89e-01 |
ATCGCCGATGCGCAAGCCATGGATGACGTGCTGGGTGCGCTCGACGCGACGCGCGGTCCGGCCGAGCTGGCACTGTATGAGGCCAACTCGCAAGCCACCCGTTATCTGGTTGAAGACCTG‑CCTCGTCTTGATGCCCGTGGGCGTGTGCTGGTGCTGCTGGCACCGGCACACGCCTGG‑GCGGATACCGAAGTCGAGCACT‑GGTGCAATGCGCTGCGCCAGGCATTGTTGGCTGAAGCGGCGTTGCTGCTGGTCGTCAGTGGGGGGGCAGAGCACTGCCTTGGTCGAGC > NC_002947/3009427‑3009713 | aTCGCCGATGCGCAAGCCATGGATGACGTGCTGGGTGCGCTCGACGCGACGCGCGGTCCGGCCGAGCTGGCACTGTATGAGGCCAACTCGCAAGCCACCCGTTATCTGGTTGAAGACCTG‑CCTCGTCTTGATGCCCGTGGGCGTgtgct > 1:336999/1‑149 (MQ=255) tCGCCGATGCGCAAGCCATGGATGACGTGCTGGGTGCGCTCGACGCGACGCGCGGTCCGGCCGAGCTGGCACTGTATGAGGCCAACTCGCAAGCCACCCGTTATCTGGTTGAAGACCTG‑CCTCGTCTTGATGCCCGTGGGCGTgtgctg < 8:116156/149‑1 (MQ=255) gcAAGCCATGGATGACGTGCTGGGTGCGCTCGACGCGACGCGCGGTCCGGCCGAGCTGGCACTGTATGAGGCCAACTCGCAAGCCACCCGTTATCTGGTTGAAGACCTG‑CCTCGTCTTGATGCCCGTGGGCGTGTGCTGGTGCTGCTgg > 6:381259/1‑149 (MQ=255) aaGCCATGGATGACGTGCTGGGTGCGCTCGACGCGACGCGCGGTCCGGCCGAGCTGGCACTGTATGAGGCCAACTCGCAAGCCACCCGTTATCTGGTTGAAGACCTG‑CCTCGTCTTGATGCCCGTGGGCGTgtgctggtgc < 5:124038/141‑1 (MQ=255) aaGCCATGGATGACGTGCTGGGTGCGCTCGACGCGACGCGCGGTCCGGCCGAGCTGGCACTGTATGAGGCCAACTCGCAAGCCACCCGTTATCTGGTTGAAGACCTG‑CCTCGTCTTGATGCCCGTGGGCGTgtgctggtgc > 6:124038/1‑141 (MQ=255) aaGCCATGGATGACGTGCTGGGTGCGCTCGACGCGACGCGCGGTCCGGCCGAGCTGGCACTGTATGAGGCCAACTCGCAAGCCACCCGTTATCTGGTTGAAGACCTG‑CCTCGTCTTGATGCCCGTGGGCGTGTGCTGGTGCTGCTGGCa > 4:51316/1‑149 (MQ=255) aGCCATGGATGACGTGCTGGGTGCGCTCGACGCGACGCGCGGTCCGGCCGAGCTGGCACTGTATGAGGCCAACTCGCAAGCCACCCGTTATCTGGTTGAAGACCTG‑CCTCGTCTTGATGCCCGTGGGCGTGTGCTGGTGCTGCTGGCAc < 5:302445/149‑1 (MQ=255) ccATGGATGACGTGCTGGGTGCGCTCGACGCGACGCGCGGTCCGGCCGAGCTGGCACTGTATGAGGCCAACTCGCAAGCCACCCGTTATCTGGTTGAAGACCTG‑CCTCGTCTTGATGCCCGTGGGCGTGTGCTTGTGCTGCTGGCACCg > 3:204000/1‑149 (MQ=255) ccATGGATGACGTGCTGGGTGCGCTCGACGCGACGCGCGGTCCGGCCGAGCTGGCACTGTATGAGGCCAACTCGCAAGCCACCCGTTATCTGGTTGAAGACCTG‑CCTCGTCTTGATGCCCGTGGGCGTGTGCTGGTGCTGCTGGCACCg > 4:273505/1‑149 (MQ=255) cATGGATGACGTGCTGGGTGCGCTCGACGCGACGCGCGGTCCGGCCGAGCTGGCACTGTATGAGGCCAACTCGCAAGCCACCCGTTATCTGGTTGAAGACCTG‑CCTCGTCTTGATGCCCGTGGGCGTGTGCTGGTGCTGCTGGCACCgg > 2:274797/1‑149 (MQ=255) gATGACGTGCTGGGTGCGCTCGACGCGAAGCGCGGTCCGGCCGAGCTGGCACTGTATGAGGCCAACTCGCAAGCCACCCGTTATCTGGTTGAAGACCTG‑CCTCGTCTTGATGCCCGTGGGCGTGTGCTGGTGCTGCTGGCACCGGcaca > 8:114771/1‑149 (MQ=255) gTGCTGGGTGCGCTCGACGCGACGCGCGGTCCGGCCGAGCTGGCACTGTATGAGGCCAACTCGCAAGCCACCCGTTATCTGGTTGAAGACCTG‑CCTCGTCTTGATGCCCGTGGGCGTGTGCTGGTGCTGCTGGCACCGGCACACGCCTg > 1:336619/1‑149 (MQ=255) cgggggGCGCTCGACGCGACGCGCGGCCCGGCCGAGCTGGCACTGTATGCGGCCAACTCGCAAGCCACCCGTTATCTGGTTTAAGACCTG‑CCTCGTCTTGATGCCCGTGGGCGTGTGCTGGTGCTGCTGGCACCGGCACACGCCTGG‑Gc < 2:114784/147‑1 (MQ=255) tGGGTGCGCTCGACGCGACGCGCGGTCCGGCCGAGCTGGCACTGTATGAGGCCAACTCGCAAGCCACCCGTTATCTGGTTGAAGACCTG‑CCTCGTCTTGATGCCCGTGGGCGTGTGCTGGGGCTGCTGGCACCGGCACACGCCTGG‑GCg < 7:96433/149‑1 (MQ=255) gcgcTCGCCGCGACGCGGGGGCCGGCGGAGCTGGCAGGTTATGAGGCCAACTCGCAAGCCCCCCGTTATCTGGTTGAAGACCTG‑CCTCGTCTTGTGGCCCGTGGGCGTGTGCGGGGGCTGCGGGCACCGGCACACGCCTGG‑GCGGATAc < 6:131607/149‑1 (MQ=255) tCGACGCGACGCGCGGTCCGGCCGAGCTGGCACTGTATGAGGCCAACTCGCAAGCCACCCGTTATCTGGTTGAAGACCTG‑CCTCGTCTTGATGCCCGTGGGCGTGTGCTGGTGCTGCTGGCACCGGCACACGCCTGG‑GCGGATACCg > 1:137265/1‑147 (MQ=255) cgcgcgGTCCGGCCGAGCTGGCACTGTATGAGGCCAACTCGCAAGCCACCCGTTATCTGGTTGAAGACCTG‑CCTCGTCTTGATGCCCGTGGGCGTGTGCTGGTGCTGCTGGCACCGGCACACGCCTGG‑GCGGATACCGAAGTCGa > 6:91935/1‑145 (MQ=255) cgcgcgGTCCGGCCGAGCTGGCACTGTATGAGGCCAACTCGCAAGCCACCCGTTATCTGGTTGAAGACCTG‑CCTCGTCTTGATGCCCGTGGGCGTGTGCTGGTGCTGCTGGCACCGGCACACGCCTGG‑GCGGATACCGAAGTCGa < 5:91935/145‑1 (MQ=255) gcgGTCCGGCCGAGCTGGCACTGTATGAGGCCAACTCGCAAGCCACCCGTTATCTGGTTGAAGACCTG‑CCTCGTCTTGATGCCCGTGGGCGTGTGCTGGTGCTGCTGGCACCGGCACACGCCTGG‑GCGGATACCGAAGTCGAGCACT‑gg > 8:38743/1‑149 (MQ=255) ggTCCGGCCGAGCTGGCACTGTATGAGGCCAACTCGCAAGCCACCCGTTATCTGGTTGAAGACCTG‑CCTCGTCTTGATGCCCGTGGGCGTGTGCTGGTGCTGCTGGCACCGGCACACGCCTGG‑GCGGATACCGAAGTCGAGCACT‑GGTg < 3:273505/149‑1 (MQ=255) ggCCGAGCTGGCACTGTATTTGGCCAACTCGCAAGCCACCCGTTCTCTGGTTGAAGAGCTG‑CCTCGTCTTGATGCCCGTGGGCGTGTGCTGGTGCTGCTGGCACGGGCACACGCCTGG‑GCGGATACCGAAGTCGAGCACT‑GGTGCAAt < 2:260628/148‑1 (MQ=255) ggCCGAGCTGGCACTGTATGAGGCCAACTCGCAAGCCACCCGTTATCTGGTTGAAGACCTG‑CCTCGTCTTGATGCCCGTGGGCGTGTGCTGGTGCTGCTGGCACCGGCACACGCCTGG‑GCGGATACCGAAGTCGAGCACG‑GGTGCAAtg > 6:352862/1‑149 (MQ=255) gCCGAGCTGGCACTGTATGAGGCCAACTCGCAAGCCAACCGTTATCTGGTTGAAGACCTG‑CCTCGTCTTGATGCCCGTGGGCGTGTGCTGGTGCTGCTGGCACCGGCACACGCCTGG‑GCGGATACCGAAGTCGAGCAAT‑GGTGCAAtgc > 4:263063/1‑149 (MQ=255) cGAGCTGGCACTGTATGAGGCCAACTCGCAAGCCACCCGTTATCTGGTTGAAGACCTG‑CCTCGTCTTGATGCCCGTGGGCGTGTGCCGGTGCTGCTGGCACCGGCACACGCCTGG‑GCGGATACCGAAGTCGAGCACT‑GGTGCAAtgcgc > 5:194037/1‑149 (MQ=255) gAGCTGGCACTGTATGAGGCCAACTCGCAAGCCACCCGTTATCTGGTTGAAGACCTGCCCTCGTCTTGATGCCCGTGGGCGTGTGCTGGTGCTGCTGGCACCGGCACACGCCTGG‑GCGGATACCGAAGTCGAGCACT‑GGTGCAAtgcgc > 1:293351/1‑149 (MQ=255) aCTGTATGAGGCCAACTCGCAAGCCACCCGTTATCTGGTTGAAGACCTG‑CCTCGTCTTGATGCCCGTGGGCGTGTGCTGGTGCTGCTGGCACCGGCACACGCCTGG‑GCGGATACCGAAGTCGAGCACT‑GGTGCAATGCGCTGCGCCAgg > 3:325333/1‑149 (MQ=255) tATGAGGCCAACTCGCAAGCCACCCGTTATCTGGTTGAAGACCTG‑CCTCGTCTTGATGCCCGTGGGCGTGTGCTGGTGCTGCTGGCACCGGCACACGCCTGG‑GCGGATACCGAAGTCGAGCACT‑GGTGCAATGCGCTGCGCCAGGCAtt > 5:175938/1‑149 (MQ=255) gCCAACTCGCAAGCCACCCGTTATCTGGTTGAAGACCTG‑CCTCGTCTTGATGCCCGTGGGCGTGTGCTGGTGCTGCTGGCACCGGCACACGCCTGG‑GCGGATACCGAAGTCGAGCACT‑GGTGCAATGCGCTGCGCCAGGCATTGTTGGc > 6:176388/1‑149 (MQ=255) cAAGCCACCCGTTATCTGGTTGAAGACCTG‑CCTCGTCTTGATGCCCGTGGGCGTGTGCTGGTGCTGCTGGCACCGGCACACGCCTGG‑GCGGATACCGAAGTCGAGCACT‑GGTGCAATGTGCTGCGCCAGGCATTGTTGGCTGAAgcggc < 3:51316/149‑1 (MQ=255) aaGCCACCCGTTATCTGGTTGAAGACCTG‑CCTCGTCTTGATGCCCGTGGGCGTGTGCTGGTGCTGCTGGCACCGGCACACGCCTGG‑GCGGATACCGAAGTCGAGCACT‑GGTGCAATGCGCTGCGCCAGGCATTGTTGGCTGAAgcggcg < 4:325333/149‑1 (MQ=255) ccACCCTTTATCTGTTTTAAGACCTG‑CGTCGTCTTTCTGCCCGTGGGCTTTTGTTGGTGCTGCTGGCACCGGAACACGCCTGG‑GCGGATACCGAAGTCGAGCACT‑GGTGCAATGCGCTGCGCCAGGCATTGTTGGCTGAAGCGGCGTtg < 2:336999/149‑1 (MQ=255) cACCCGTTATCTGGTTGAAGACCTG‑CCTCGTCTTGATGCCCGTGGGCGTGTGCTGGTGCTGCTGGCACCGGCACACGCCTGG‑GCGGATACCGAAGTCGAGCACG‑GGTGCAATGCGCTGCGCCAGGCATTGTTGGCTGAAGCGGCGTtgc < 5:352862/149‑1 (MQ=255) aCCCGTTATCTGGTTGAAGACCTG‑CCTCGTCTTGATGCCCGTGGGCGTGTGCTGGTGCTGCTGGCACCGGCACACGCCTGG‑GCGGATACCGAAGTCGAGCACT‑GGTGCAATGCGCTGCGCCAGGCATTGTTGGCTGAAGCGGCGTtgct < 7:114771/149‑1 (MQ=255) cccGTTATCTGGTTGAAGACCTG‑CCTCGTCTTGATGCCCGTGGGCGTGTGCTGGTGCTGCTGGCACCGGCACACGCCTGG‑GCGGATACCGAAGTCGAGCACT‑GGTGCAATGCGCTGCGCCAGGCATTGTTGGCTGAAGCGGCGTtgctg > 7:192472/1‑149 (MQ=255) aTCTGGTTGAAGACCTG‑CCTCGTCTTGATGCCCGTGGGCGTGTGCTGGTGCTGCTGGCACCGGCACACGCCTGG‑GCGGATACCGAAGTCGAGCACTGGGTGCAATGCGCTGCGCCAGGCATTGTTGGCTGAAGCGGCGTTGCTGCTgg < 1:274797/148‑1 (MQ=255) tGGTTGAAGACCTG‑CCTCGTCTTGATGCCCGTGGGCGTGTGCTGGTGCTGCTGGCACCGGCACACGCCTGG‑GCGGATACCGAAGTCGAGCACT‑GGTGCAATGCGCTGCGCCAGGCATTGTTGGCTGAAGCGGCGTTGCTGCTGgtcgt > 2:194941/1‑148 (MQ=255) gTTGAAGACCTG‑CCTCGTCTTGATGCCCGTGGGCGTGTGCTGGTGCTGCTGGCACCGGCACACGCCTGG‑GCGGATACCGAAGTCGAGCACT‑GGTGCAATGCGCTGCGCCAGGCATTGTTGGCTGAAGCGGCGTTGCTGCTGGTCGTCa < 1:194941/148‑1 (MQ=255) gTTGAAGACCTG‑CCTCGTCTTGATGCCCGTGGGCGTGTGCCGGTGCTGCTGGCACCGGCACACGCCTGG‑GCGGATACCGAAGTCGAGCACT‑GGTGCAATGCGCTGCGCCAGGCATTGTTGGCTGAAGCGGCGTTGCTGCTGgtcgt < 6:194037/146‑1 (MQ=255) ttGAAGACCTG‑CCTCGTCTTGATGCCCGTGGGCGTGTGCTGGTGCTGCTGGCACCGGCACACGCCTGG‑GCGGATACCGAAGTCGAGCACT‑GGTGCAATGCGCTGCGCCAGGCATTGTTGGCTGAAGCGGCGTTGCTGCTGGTCGTCAGt < 5:176388/149‑1 (MQ=255) aGACCTG‑CCTCGTCTTGATGCCCGTGGGCGTGTGCTGGTGCTGCTGGCACCGGCACACGCCTGG‑GCGGATACCGAAGTCGAGCACT‑GGTGCAATGCGCTGCGCCAGGCATTGTTGGCTGAAGCGGCGTTGCTGCTGGTCGTCAGTgggg < 5:381259/149‑1 (MQ=255) gACCTG‑CCTCGTCTTGATGCCCGTGGGCGTGTGCTGGTGCTGCTGGCACCGGCACACGCCTGG‑GCGGATACCGAAGTCGAGCACT‑GGTGCAATGCGCTGCGCCAGGCATTGTTGGCTGAAGCGGCGTTGCTGCTGGTCGTCAGTggggg < 5:145487/149‑1 (MQ=255) tCGTCTTGATGCCCGTGGGCGTGTGCTGGTGCTGCTGGCACCGGCACACGCCTGGCGCGGATACCGAAGTCGAGCACT‑GGTGCAATGCGCTGCGCCAGGCATTGTTGGCTGAAGCGGCGTTGCTGCTGGTCGTCAGTGGGGGGGCagag > 1:102465/1‑149 (MQ=255) tCGTCTTGATGCCCGTGGGCGTGTGCTGGTGCTGCTGGCACCGGCACACGCCTGG‑GCGGATACCGAAGTCGAGCACT‑GGTGCAATGCGCTGCGCCAGGCATTGTTGGCTGAAGCGGCGTTGCTGCTGGTCGTCAGTGGGGGGGCagag > 3:238627/1‑148 (MQ=255) tGATGCCCGTGGGCGTGTGCTGGTGCTGCTGGCACCGGCACACGCCTGG‑GCGGATACCGAAGTCGAGCACT‑GGTGCAATGCGCTGCGCCAGGCATTGTTGGCTGAAGCGGCGTTGCTGCTGGTCGTCAGTGGGGGGGCAGAGCACTGcc > 5:239447/1‑149 (MQ=255) tGCCCGTGGGCGTGTGCTGGTGCTGCTGGCACCGGCACACGCCTGG‑GCGGATACCGAAGTCGAGCACT‑GGTGCAATGCGCTGCGCCa > 3:262293/1‑87 (MQ=255) tGCCCGTGGGCGTGTGCTGGTGCTGCTGGCACCGGCACACGCCTGG‑GCGGATACCGAAGTCGAGCACT‑GGTGCAATGCGCTGCGCCa < 4:262293/87‑1 (MQ=255) gCCCGTGGGCGTGTGCTGGTGCTGCTGGCACCGGCACACGCCTGG‑GCGGATACCGAAGTCGAGCACT‑GGTGCAATGCGCTGCGCCAGGCATTGTTGGCTGAAGCGGCGTTGCTGCTGGTCGTCAGTGGGGGGGCAGAGCACTGCCTTg < 7:38743/148‑1 (MQ=255) cgcccaggCGTGTGCCGGTGCCAGCAGCACCAGCACACGCCTGG‑GCGGATACCGAAGTCGAGCACT‑GGTGCAATGCGCTGCGCCAGGCATTGTTGGCTGAAGCGGCGTTGCTGCTGGTCGTCAGTGGGGGGGCAGAGCACTGCCTTGGt > 7:239047/7‑149 (MQ=38) aggCGTGTGCCGGTGCCAGCAGCACCAGCACACGCCTGG‑GCGGATACCGAAGTCGAGCACT‑GGTGCAATGCGCTGCGCCAGGCATTGTTGGCTGAAGCGGCGTTGCTGCTGGTCGTCAGTGGGGGGGCAGAGCACTGCCTTGGTCGAgc < 8:239047/148‑1 (MQ=38) ggCGTGTGCTGGTGCTGCTGGCACCGGCACACGCCTGG‑GCGGATACCGAAGTCGAGCACT‑GGTGCAATGCGCTGCGCCAGGCATTGTTGGCTGAAGCGGCGTTGCTGCTGGTCGTCAGTGGGGGGGCAGAGCACTGCCTTGGTCGAgc < 8:192472/148‑1 (MQ=255) | ATCGCCGATGCGCAAGCCATGGATGACGTGCTGGGTGCGCTCGACGCGACGCGCGGTCCGGCCGAGCTGGCACTGTATGAGGCCAACTCGCAAGCCACCCGTTATCTGGTTGAAGACCTG‑CCTCGTCTTGATGCCCGTGGGCGTGTGCTGGTGCTGCTGGCACCGGCACACGCCTGG‑GCGGATACCGAAGTCGAGCACT‑GGTGCAATGCGCTGCGCCAGGCATTGTTGGCTGAAGCGGCGTTGCTGCTGGTCGTCAGTGGGGGGGCAGAGCACTGCCTTGGTCGAGC > NC_002947/3009427‑3009713 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |