Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,238,145 | T→G | 9.4% | L195R (CTG→CGG) | PP_2836 → | 2‑keto‑3‑deoxyxylonate dehydratase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,238,145 | 0 | T | G | 9.4% | 142.3 / 4.9 | 51 | L195R (CTG→CGG) | PP_2836 | 2‑keto‑3‑deoxyxylonate dehydratase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (28/18); new base G (3/2); total (31/20) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
TCGGCGCCGACCTGTCGCAGATCGTGCCCGGCTCGGCTCAGGCCGAAGCGCTGCGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTG‑GCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACA‑ACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATGGCAGCATCAAGGGCGCCATGCTCGGCAACGACGTCAACCTGCGCGACTTCG > NC_002947/3238001‑3238291 | tCGGCGCCGACCTGTCGCAGATCGTGCCCGGCTCGGCTCAGGCCGAAGCGCTGCGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTcc < 8:293856/149‑1 (MQ=255) cGGCGCCGACCTGTCGCAGATCGTGCCCGGCTCGGCTCAGGCCGAAGCGCTGAGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCcg > 1:285587/1‑149 (MQ=255) gcgcCGACCTGTCGCAGATCGTGCCCGGCTCGGCTCAGGCCGAAGCGCCGCGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCcgcg < 3:33350/149‑1 (MQ=255) cgcCGACCTGTCGCAGATCGTGCCCGGCTCGGCTCAGGCCGAAGCGCTGCGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCgg < 7:102641/149‑1 (MQ=255) gACCTGTCGCAGATCGTGCCCGGCTCGGCTCAGGCCGAAGCGCTGCGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTg‑g > 8:98736/1‑149 (MQ=255) aCCTGTCGCAGATCGTGCCCGGCTCGGCTCAGGCCGAAGCGCTGCGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTG‑Gc > 4:112032/1‑149 (MQ=255) aCCTGTCGCAGATCGTGCCCGGCTCGGCTCAGGCCGAAGCGCTGCGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTG‑Gc > 4:356320/1‑149 (MQ=255) cagTCGCAGATCGTGCCCGGCTCGGCTCAGGCCGAAGCGCTGCGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCGGACAGCGGTTg‑ggcc < 6:83012/147‑4 (MQ=255) tGCCCGGCTCGGCTCAGGCCGAAGCGCTGCGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTG‑GCCACGGCGCCGACATc > 6:48717/1‑149 (MQ=255) gCCCGGCTCGGCTCAGGCCGAAGCGCTGCGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTG‑GCCACGGCGCCGACATCg > 2:5530/1‑149 (MQ=255) cccGGCTCGGCTCAGGCCGAAGCGCTGCGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTG‑GCCACGGCGCCGACATCgg > 6:22905/1‑149 (MQ=255) gctcggctcAGGCCGAAGCGCTGCGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTG‑GCCACGGCGCCGACATCGGCATc < 8:139251/149‑1 (MQ=255) gctcAGGCCGAAGCGCTGCGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTG‑GCCACGGCGCCGACATCGGCATCCAccc < 5:22905/149‑1 (MQ=255) gctcAGGCCGAAGCGCTGCGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTG‑GCCACGGCGCCGACATCGGCATCCAccc > 3:80717/1‑149 (MQ=255) ctcAGGCCGAAGCGCTGCGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTG‑GCCACGGCGCCGACATCGGCATCCAcccc < 7:98736/149‑1 (MQ=255) gTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTG‑GCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACA‑ACCCAGAGCCgg > 5:248722/1‑148 (MQ=255) tAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTG‑GCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACA‑ACCCAGAGCCGGaa < 1:228886/149‑1 (MQ=255) gCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTG‑GCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACA‑ACCCAGAGCCGGAAgtgg > 6:4305/1‑149 (MQ=255) gCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTG‑GCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACA‑ACCCAGAGCCGGAAgtgg > 6:177443/1‑149 (MQ=255) cTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTG‑GCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACA‑ACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGc < 1:10946/149‑1 (MQ=255) tgGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTG‑GCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACACACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGcc < 1:5530/148‑1 (MQ=255) gTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTG‑GCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACA‑ACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCgtg < 5:48717/148‑1 (MQ=255) cGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTG‑GCCACGGCGCCGACATCGGCATACACCCCAAGTCCAGCTGGAACA‑ACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTc > 4:25083/1‑148 (MQ=255) gTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTG‑GCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACA‑ACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGc > 5:375436/1‑148 (MQ=255) ccTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTG‑GCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACA‑ACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAAt < 1:315189/148‑1 (MQ=255) cTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTG‑GCCACGGCGCCGACATCGGCATCGACCCCAAGTCCAGCTGGAACA‑ACCCAGAGCCGGAAGTGGGGCTGGCCGTGTCGAGCAATgg < 6:93807/149‑1 (MQ=255) cTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTG‑GCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACA‑ACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATgg > 3:65822/1‑149 (MQ=255) gAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTG‑GCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACA‑ACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATGgcag > 8:76801/1‑149 (MQ=255) gTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTG‑GCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACA‑ACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATGgcagca < 6:248722/148‑1 (MQ=255) tCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACGGCTGTCCGCGGTTG‑GCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACA‑ACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATgg < 5:140674/136‑1 (MQ=255) tCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGATGTCCGCGGTTG‑GCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGACCAGCTGGCACA‑ACCCAGAGCCCGAAGTGGTGCTCGCCGTGTCGAGCAATgg > 6:140674/1‑136 (MQ=255) gCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTG‑GCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACA‑ACCCAGAGCCGGAAgtgg > 8:54300/1‑111 (MQ=255) gCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTG‑GCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACA‑ACCCAGAGCCGGAAgtgg < 7:54300/111‑1 (MQ=255) aTGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTG‑GCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACA‑ACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATGGCAGCATCAAGGGCGCCATGCTc < 7:221960/149‑1 (MQ=255) gCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTG‑GCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACA‑ACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATGGCAGCATCAAGGGCGCCATGCTCg < 4:80717/148‑1 (MQ=255) gAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTG‑GCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACA‑ACCCAGAGCCGGAAGTGGAGCTGGCCGTGTCGTGCAATGGGAGCATCAAGGGCGCCATGCTCGGGaa > 7:344013/1‑149 (MQ=255) ttCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTG‑GCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACA‑ACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATGGCAGCATCAAGGGCGCCATGCTCGGCAACGACGt > 2:56585/1‑149 (MQ=255) ttCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTG‑GCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACA‑ACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATGGCAGCATCAAGGGCGCCATGCTCGGCAACGACGt > 2:317066/1‑149 (MQ=255) cAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTG‑GCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACA‑ACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATGGCAGCATCAAGGGCGCCATGCTCGGCAACGACGTCAAcc > 8:229162/1‑149 (MQ=255) cAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTG‑GCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACA‑ACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATGGCAGCATCAAGGGCGCCATGCTCGGCAACGACGTCAAcc > 3:321675/1‑149 (MQ=255) cAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTG‑GCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACA‑ACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGCCCGTGACGAGCAATGGCAGCATCAAGGGCGCCATGCTCGGCAACGACGTCAAca > 3:45919/1‑148 (MQ=255) cAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTG‑GCCACGGCGCAGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGACCA‑ACCCAGAGCCGGAAGAGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATGGCAGCCTCAAGGGCGCCATGCACGGCAACGACGTCAAcc > 3:50723/1‑149 (MQ=255) tggccAACCGCGGACAGCGGTTG‑GGCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACA‑ACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATGGCAGCATCAAGGGCGCCATGCTCGGCAACGACGTCAACCTgc > 6:257282/4‑149 (MQ=255) ggCCCAACCGCTGTCCGCGGTTG‑GCCACGGCGCCGACATCGGCATCCCCCCCAAGTCCAGCTGGAACA‑ACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATGGCAGCATCAAGGGCGCCATGCTCGGCAACGACGTCAACCTgt > 8:128276/1‑148 (MQ=255) ggccAACCGCGGACAGCGGTTGTGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACA‑ACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATGGCAGCATCAAGGGCGCCATGCTCg < 5:286325/129‑1 (MQ=255) ggccAACCGCGGACAGCGGTTGCGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACA‑ACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATGGCAGCATCAAGGGCGCCATGCTCg > 6:286325/3‑131 (MQ=255) gccAACCGCGGACAGCGGTTG‑GCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACA‑ACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATGGCAGCATCAAGGGCGCCATGCTCGGCAACGACGTCAACCTgcgc > 1:327837/2‑149 (MQ=255) cccAACCGCTGTCCGCGGTTG‑GCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACA‑ACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATGGCAGCATCAAGGGCGCCATGCTCGGCAACGACGTCAACCTgcgc < 6:375436/149‑1 (MQ=255) ccAACCGCTGTCCGCGGTTG‑GCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACA‑ACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATGGCAGCATCAAGGGCGCCATGCTCGGCAACGACGTCAACCTgcgc > 4:136621/1‑148 (MQ=255) cAACCGCTGTCCGCGGTTG‑GCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACA‑ACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATGGCAGCATCAAGGGCGCCATGCTCGGCAACGACGTCAACCTGCGCGa > 8:72793/1‑149 (MQ=255) aaCCGCTGTCCGCGGTTG‑GCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACA‑ACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATGGCAGCATCAAGGGCGCCATGCTCGGCAACGACGTCAACCTGCGCGAc > 5:84767/1‑149 (MQ=255) tGTCCGCGGTTG‑GCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACA‑ACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATGGCAGCATCAAGGGCGCCATGCTCGGCAACGACGTCAACCTGCGCGACTTCg > 2:239714/1‑147 (MQ=255) tGTCCGCGGTTG‑GCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACA‑ACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATGGCAGCATCAAGGGCGCCATGCTCGGCAACGACGTCAACCTGCGCGACTTCg > 6:222964/1‑147 (MQ=255) | TCGGCGCCGACCTGTCGCAGATCGTGCCCGGCTCGGCTCAGGCCGAAGCGCTGCGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTG‑GCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACA‑ACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATGGCAGCATCAAGGGCGCCATGCTCGGCAACGACGTCAACCTGCGCGACTTCG > NC_002947/3238001‑3238291 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |