Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,407,379 | G→C | 9.4% | D42H (GAC→CAC) | PP_3020 → | serine/threonine protein phosphatase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,407,379 | 0 | G | C | 9.4% | 162.5 / 6.4 | 53 | D42H (GAC→CAC) | PP_3020 | serine/threonine protein phosphatase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/23); new base C (2/3); total (27/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.69e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.13e-01 |
CTACCAGCGGAGGAACACTGTAATGGCACGGTTTCGGCGGATGATCGCCAATATCCGGGGACGGGATCTGGCCGTAGGCGATATCCATGGCCACTTCCAGCGCCTGCAACAATGCCTGGATGCGGTAGGGTTCGATCCGGCGGTGGACCGCCTGTTCAGCGTGGGTGACCTGGTCGACCGTGGGCCGCACAGCGAGGCAGCGTTGGAATGGCTGGCCCAGCCTTGGTTCCATGCCGTCCAGGGCAATCATGAGGCCTTGGCAATCACCCGCGTGCGCGGTGGGCGGCTCGACC > NC_002947/3407234‑3407526 | cTACCAGCGGAGGAACACTGTAATGGCACGGTTTGGGCGGATGATCGCCAATATCCGGGGACGGGATCTGGCCGTAGGCGATATCCATGGCCACTTCCACCGCCTGCAACAATGCCTGGATGCGGTAGGGTTCGATCCGGCGGTGGAcc < 5:109165/149‑1 (MQ=255) aGCGGAGGAACACTGTAATGGCACGGTTTCGGCGGATGATCGCCAATATCCGGGGACGGGATCTGGCCGTAGGCGATATCCATGGCCACTTCCAGCGCCTGCAACAATGCCTGGATGCGGTAGGGTTCGATCCGGCGGTGGACCGCCTg > 5:65696/1‑149 (MQ=255) gCGGAGGAACACTGTAATGGCACGGTTTCGGCGGATGATCGCCAATATCCGGGGACGGGATCTGGCCGTAGGCGATATCCATGGCCACTTCCAGCGCCTGCAACAATGCCTGGATGCGGTAGGGTTCGATCCGGCGGTGGACCGCCTGt > 2:113354/1‑149 (MQ=255) cGGAGGAACACTGTAATGGCACGGTTTCGGCGGATGATCGCCAATATCCGGGGACGGGATCTGGCCGTAGGCGATATCCATGGCCACTTCCAGCGCCTGCAACAATGCCTGGATGCGGTAGGGTTCGATCCGGCGGTCCACCGccggat < 7:131297/149‑5 (MQ=255) cGGAGGAACACTGTAATGGCACGGTTTCGGCGGATGATCGCCAATATCCGGGGACGGGATCTGGCCGTAGGCGATATCCATGGCCACTTCCAGCGCCTGCAACAATGCCTGGATGCGGTAGGGTTCGATCCGGCGGTCCACCGccggat < 5:288546/149‑5 (MQ=255) gaggaACACTGTAATGGCACGGTTTCGGCGGATGATCGCCAATATCCGGGGACGGGATCTGGCCGTAGGCGATATCCATGGCCACTTCCAGCGCCTGCAACAATGCCTGGATGCGGTAGGGTTCGATCCGGCGGTGGACCGCCTGTTCa < 4:315587/149‑1 (MQ=255) gaggaACACTGTAATGGCACGGTTTCGGCGGATGATCGCCAATATCCAGGGACGGGATCTGGCCGTAGGCGATATCCATGGCCACTTCCAGCGCCTGCAACAATGCCTGGATGCGGTAGGGTTCGATCCGGCGGTGGACCGCCTGtt > 4:143176/1‑147 (MQ=255) aaCACTGTAATGGCACGGTTTCGGCGGATGATCGCCAATATCCGGGGACGGGATCTGGCCGTAGGCGATATCCATGGCCACTTCCAGCGCCTGCAACAATGCCTGGATGCGGTAGGGTTCGATCCGGCGGTGGACCGCCTGTTCAGCGt < 1:177509/149‑1 (MQ=255) aaCACTGTAATGGCACGGTTTCGGCGGATGATCGCCAATATCCGGGGACGGGATCTGGCCGTAGGCGATATCCATGGCCACTTCCAGCGCCTGCAACAATGCCTGGATGCGGTAGGGTTCGATCCGGCGGTGGACCGCCTGTTCAGCGt < 1:324283/149‑1 (MQ=255) acacTGTAATGGCACGGTTTCGGCGGATGATCGCCAATATCCGGGGACGGGATCTGGCCGTAGGCGATATCCATGGCCACTTCCAGCGCCTGCAACAATGCCTGGATGCGGTATGGTTCGATCCGGCGGTGGACCGCCTGTTCAGCGTg < 7:170486/149‑1 (MQ=255) tGTAATGGCACGGTTTCGGCGGATGATCGCCAATATCCGGGGACGGGATCTGGCCGTAGGCGATATCCATGGCCACTTCCAGCGCCTGCAACAATGCCTGGATGCGGTAGGGTTCGATCCGGCGGTGGACCGCCTGTTCAGCGTGGGt > 7:91485/1‑148 (MQ=255) tGTAATGGCACGGTTTCGGCGGATGATCGCCAATATCCGGGGACGGGATCTGGCCGTAGGCGATATCCATGGCCACTTCCAGCGCCTGCAACAATGCCTGGATGCGGTAGGGTTCGATCCGGCGGTGGACCGCCTGTTCAGCGTGGGt > 1:339587/1‑148 (MQ=255) tGTAATGGCACGGTTTCGGCGGATGATCGCCAATATCCGGGGACGGGATCTGGCCGTAGGCGATATCCATGGCCACTTCCAGCGCCTGCAACAATGCCTGGATGCGGTAGGGTTCGATCCGGCGGTGGACCGCCTGTTCAGCGTGGGTg > 3:319787/1‑149 (MQ=255) aTGGCACGGTTTCGGCGGATGATCGCCAATATCCGGGGACGGGATCTGGCCGTAGGCGATATCCATGGCCACTTCCAGCGCCTGCAACAATGCCTGGATGCGGTAGGGTTCGATCCGGCGGTGGACCGCCTGTTCAGCGTGGGTGAcc < 2:339587/148‑1 (MQ=255) aCGGTTTCGGCGGATGATCGCCAATATCCGGGGACGGGATCTGGCCGTAGGCGATATCCATGGCCACTTCCAGCGCGTGGAACAATGCCGGGCTGCGGTAGGGTTCGATCCGGCGGTGGACCGCCTGTACAGCGTCGGAGCCCTGGTc > 6:121280/1‑148 (MQ=255) cggcggATGATCGCCAATATCCGGGGACGGGATCTGGCCGTAGGCGATATCCATGGCCACTTCCAGCGCCTGCAACAATGCCTGGATGCGGTAGGGTTCGATCCGGCGGTGGACCGCCTGTTCAGCGTGGGTGACCTGGTCGACCGTg < 8:26578/148‑1 (MQ=255) tCGCCAATATCCGGGGACGGGATCTGGCCGTAGGCGATATCCATGGCCACTTCCAGCGCCTGCAACAATGCCTGGATGCGGTAGGGTTCGATCCGGCGGTGGACCGCCTGTTCAGCGTGGGTGACCTGGTCGACCGTGGGCCGCACAGc > 4:296897/1‑149 (MQ=255) cagatgatatCCGGGGACGGGATCTGGCCGTAGGCGATATCCATGGCCACTTCCAGCGCCTGCAACAATGCCTGGATGCGGTAGGGTTCGATCCGGCGGTGGACCGCCTGTTCAGCGTGGGTGACCTGGTCGACCGTGGGCCGCACAGc < 3:6142/143‑1 (MQ=255) gCCAATATCCGGGGACGGGATCTGGCCGTAGGCGATATCCATGGCCACTTCCAGCGCCTGCAACAATGCCTGGATGCGGTAGGGTTCGATCCGGCGGTGGACCGCCTGTTCAGCGTGGGTGACCTGGTCGACCGTGGGCCGCACAGCGa < 8:91485/149‑1 (MQ=255) gCCAATATCCGGGGACGGGATCTGGCCGTAGGCGATATCCATGGCCACTTCCAGCGCCTGCAACAATGCCTGGATGCGGTAGGGTTCGATCCGGCGGTGGACCGCCTGTTCAGCGTGGGTGACCTGGTCGACCGTGGGCCGCACAGCGa < 7:48574/149‑1 (MQ=255) gCCAATATCCGGGGACGGGATCTGGCCGTAGGCGATATCCATGGCCACTTCCAGCGCCGGCAACAATGCCTGGATGCGGTAGGGTTCGATCCGGCGGTGGACCGCCTGTTCAGCGTGGGTGACCTGGTCGACCGTGGGCCGCACAGCGa < 6:311582/149‑1 (MQ=255) ccAATATCCGGGGACGGGATCTGGCCGTAGGCGATATCCATGGCCACTTCCAGCGCCTGCAACAATGCCTGGATGCGGTAGGGTTCGATCCGGCGGTGGACCGCCTGTTCAGCGTGGGTGACCTGGTCGACCGTGGGCCGCACAGCGAg < 7:351587/149‑1 (MQ=255) ccAATATCCGGGGACGGGATCTGGCCGTAGGCGATATCCATGGCCACTTCCAGCGCCTGCAACAATGCCTGGATGCGGTAGGGTTCGATCCGGCGGTGGACCGCCTGTTCAGCGTGGGTGACCTGGTCGACCGTGGGCCGCACAGCGAg > 7:213994/1‑149 (MQ=255) ccAATATCCGGGGACGGGATCTGGCCGTAGGCGATATCCATGGCCACTTCCAGCGCCTGCAACAATGCCTGGATGCGGTAGGGTTCGATCCGGCGGTGGACCGCCTGTTCAGCGTGGGTGACCTGGTCGACCGTGGGCCGCACAGCGAg < 5:113194/149‑1 (MQ=255) gATCTGGCCGTAGGCGATATCCATGGCCACTTCCAGCGCCTGCAACAATGCCTGGATGCGGTAGGGTTCGATCCGGCGGTGGACCGCCTGTTCAGCGTGGGTGACCTGGTCGACCGTGGGCCGCACAGCGAGGCAGCGTTGGAAtggct > 4:27381/1‑149 (MQ=255) cTGGCCGTAGGCGATATCCATGGCCACTTCCAGCGCCTGCAACAATGCCTGGATGCGGTAGGGTTCGATCCGGCGGTGGACCGCCTGTTCAGCGTGGGTGACCTGGTCGACCGTGGGCCGCACAGCGAGGCAGCGTTGGAAtggctgg < 8:213994/148‑1 (MQ=255) tGGCCGTAGGCGATATCCATGGCCACTTCCAGCGCCTGCAACAATGCCTGGATGCGGTAGGGTTCGATCCGGCGGTGGACCGCCTGTTCAGCGTGGGTGACCTGGTCGACCGTGGGCCGCACAGCGAGGCAGCGTTGGAATGGCTGGcc > 1:203811/1‑149 (MQ=255) ggCCGTAGGCGATATCCATGGCCACTTCCAGCGCCTGCAACAATGCCTGGATGCGGTAGGGTTCGATCCGGCGGTGGACCGCCTGTTCAGCGTGGGTGACCTGGTCGACCGTGGGCCGCACAGCGAGGCAGCGTTGGAATGGCTGGcc > 1:322841/1‑148 (MQ=255) cGTAGGCGATATCCATGGCCACTTCCAGCGCCTGCAACAATGCCTGGATGCGGTAGGGTTCGGTCCGGCGGTGGACCGCCTGTTCAGCGTGGGTGACCTGGTCGACCGTGGGCCGCACAGCGAGGCAGCGTTGGAATGGCTGGCCCAGc < 6:219337/149‑1 (MQ=255) tCCATGGCCACTTCCAGCGCCTGCAACAATGCCTGGATGCGGTAGGGTTCGATCCGGCGGTGGACCGCCTGTTCAGCGTGGGTGACCTGGTCGACCGTGGGCCGCACAGCGAGGCAGCGTTGGAATGGCTGGCCCAGCCTTGGTTCCAt < 1:113354/149‑1 (MQ=255) ccATGGCCACTTCCAGCGCCTGCAACAATGCCTGGATGCGGTAGGGTTCGATCCGGCGGTGGACCGCCTGTTCAGCGTGGGTGACCTGGTCGACCGTGGGCCGCACAGCGAGGCAGCGTTGGAATGGCTGGCCCAGCCTTGGTTCCATg > 3:134934/1‑149 (MQ=255) ccATGGCCACTTCCAGCGCCTGCAACAATGCCTGGATGCGGTAGGGTTCGATCCGGCGGTGGACCGCCTGTTCAGCGTGGGTGACCTGGTCGACCGTGGGCCGCACAGCGAGGCAGCGTTGGAATGGCTGGCCCAGCCTTGGTTCCATg > 6:38745/1‑149 (MQ=255) gCCACTTCCAGCGCCTGCAACAATGCCTGGATGCGGTAGGGTTCGATCCGGCGGTGGACCGCCTGTTCAGCGTGGGTGACCTGGTCGACCGTGGGCCGCACAGCGAGGCAGCGTTGGAATGGCTGGCCCAGCCTTGGTTCCATGCCGTc > 7:134546/1‑149 (MQ=255) ccAGCGCCTGCAACAATGCCTGGATGCGGTAGGGTTCGATCCGGCGGTGGACCGCCTGTTCAGCGTGGGTGACCTGGTCGACCGTGGGCCGCACAGCGAGGCAGCGTTGGAATGGCTGGCCCAGCCTTGGTTCCATGCCGTCCAGGGc > 3:177242/1‑148 (MQ=255) gcgcCTGCAACAATGCCTGGATGCGGTAGGGTTCGATCCGGCGGTGGACCGCCTGTTCAGCGTGGGTGACCTGGTCGACCGTGGGCCGCACAGCGAGGCAGCGTTGGAATGGCTGGCCCAGCCTTGGTTCCATGCCGTCCAGGGCAAt > 1:109053/1‑148 (MQ=255) cTGCCACAATGCCTGGATGCGGTAGGGTTCGATCCGGCGGTGGACCGCCTGTTCAGCGTGTGTGACCTGGTCGACCGTGGGCCGCACAGCGAGGCATCGTTGGAATGGCTGGCCCAGCCTTGGTTCCATGCCGTCCAGGGCAATCATGa < 5:314360/149‑1 (MQ=255) tGCAACAATGCCTGGATGCGGTAGGGTTCGATCCGGCGGTGGACCGCCTGTTCAGCGTGGGTGACCTGGTCGACCGTGGGCCGCACAGCGAGGCAGCGTTGGAATGGCTGGCCCAGCCTTGGTTCCATGCCGTCCAGGGCAATCATGAg > 2:239472/1‑149 (MQ=255) gCAACAATGCCTGGATGCGGTAGGGTTCGATCCGGCGGTGGACCGCCTGTTCAGCGTGGGTGACCTGGTCGACCGTGGGCCGCACAGCGAGGCAGCGTTGGAATGGCTGGCCCAGCCTTCGTTCCATGCCGTCCAGGGCAATCATGAgg > 7:19629/1‑149 (MQ=255) caacaaTGCCTGGATGCGGTAGGGTTCGATCCGGCGGTGGACCGCCTGTTCAGCGTGGGTGACCTGGTCGACCGTGGGCCGCACAGCGAGGCAGCGTTGGAATGGCTGGCCCAGCCTTGGTTCCATGCCGTCCAGGGCAATCATGAGGc > 3:299107/1‑149 (MQ=255) caaTGCCTGGATGCGGTAGGGTTCGATCCGGCGGTGGACCGCCTGTTCAGCGTGGGTGACCTGGTCGACCGTGGGCCGCACAGCGAGGCAGCGTTGGAATGGCTGGCCCAGCCTTGGTTCCATGCCGTCCAGGGCAATCATGAGGCCtt > 7:6238/1‑149 (MQ=255) aaTGCCTGGATGCGGTAGGGTTCGATCCGGCGGTGGACCGCCTGTTCAGCGTGGGTGACCTGGTCGACCGTGGGCCGCACAGCGAGGCAGCTTTGGAATTGCGGGCCCAGCCTTGGTTCGATGCCGTCCAGGGCAATCATGAGGCCTTg < 6:93501/149‑1 (MQ=255) aTGCCTGGATGCGGTAGGGTTCGATCCGGCGGTGGACCGCCTGTTCAGCGTGGGTGACCTGGTCGACCGTGGGCCGCACAGCGAGGCAGCGTTGGAATGGCTGGCCCAGCCTTGGTTCCATGCCGTCCAGGGCAATCATGAGGCCTTgg < 4:319787/149‑1 (MQ=255) cTGGATGCGGTAGGGTTCGATCCGGCGGTGGACCGCCTGTTCAGCGTGGGTGACCTGGTCGACCGTGGGCCGCACAGCGAGGCAGCGTTGGAATGGCTGGCCCAGCCTTGGTTCCATGCCGTCCAGGGCAATCATGAGGCCTTGGCAAt > 2:57603/1‑149 (MQ=255) gTAGGGTTCGATCCGGCGGTGGACCGCCTGTTCAGCGTGGGTGACCTGGTCGACCGTGGGCCGCACAGCGAGGCAGCGTTGGAATGGCTGGCCCAGCCTTGGTTCCATGCCGTCCAGGGCAATCATGAGGCCTTGGCAATCACCCGCGt > 2:268778/1‑149 (MQ=255) gTTCGATCCGGCGGTGGACCGCCTGTTCAGCGTGGGTGACCTGGTCGACCGTGGGCCGCACAGCGAGGCAGCGTTGGAATGGCTGGCCCAGCCTTGGTTCCATGCCGTCCAGGGCAATCATGAGGCCTTGGCAATCACCCGCGTGcgcg > 8:306271/1‑149 (MQ=255) ttCGATCCGGCGGTGGACCGCCTGTTCAGCGTGGGTGACCTGGTCGACCGTGGGCCGCACAGCGAGGCAGCGTTGGAATGGCTGGCCCAGCCTTGGTTCCATGCCGTCCAGGGCAATCATg > 2:47366/1‑121 (MQ=255) ttCGATCCGGCGGTGGACCGCCTGTTCAGCGTGGGTGACCTGGTCGACCGTGGGCCGCACAGCGAGGCAGCGTTGGAATGGCTGGCCCAGCCTTGGTTCCATGCCGTCCAGGGCAATCATg < 1:47366/121‑1 (MQ=255) gATCCGGCGGTGGACCGCCTGTTCAGCGTGGGTGACCTGGTCGACCGTGGGCCGCACAGCGAGGCAGCGTTGGAATGGCTGGCCCAGCCTTGGTTCCATGCCGTCCAGGGCAATCATGAGGCCTTGGCAATCACCCGCGTGCGCGGTg < 6:65696/148‑1 (MQ=255) tCCGGCGGTGGACCGCCTGTTCAGCGTGGGTGACCTGGTCGACCGTGGGCCGCACAGCGAGGCAGCGTTGGAATGGCTGGCCCAGCCTTGGTTCCATGCCGTCCAGGGCAATCATGAGGCCTTGGCAATCACCCGCGTGCGCGGTGggc < 7:306271/149‑1 (MQ=255) caggcggTCCACCGCCTGTTCAGCGTGGGTGACCTGGTCGACCGTGGGCCGCACAGCGAGGCAGCGTTGGAATGGCTGGCCCAGCCTTGGTTCCATGCCGTCCAGGGCAATCATGAGGCCTTGGCAATCACCCGCGTGCGCGGTGggcg > 5:365110/3‑149 (MQ=255) gcggTCCACCGCCTGTTCAGCGTGGGTGACCTGGTCGACCGTGGGCCGCACAGCGAGGCAGCGTTGGAATGGCTGGCCCAGCCTTGGTTCCATGCCGTCCAGGGCAATCATGAGGCCTTg < 1:199489/120‑1 (MQ=255) gcggTCCACCGCCTGTTCAGCGTGGGTGACCTGGTCGACCGTGGGCCGCACAGCGAGGCAGCGTTGGAATGGCTGGCCCAGCCTTGGTTCCATGCCGTCCAGGGCAATCATGAGGCCTTg > 2:199489/1‑120 (MQ=255) cggTGGACCGCCTGTTCAGCGTGGGTGACCTGGTCGACCGTGGGCCGCACAGCGAGGCAGCGTTGGAATGGCTGGCCCAGCCTTGGTTCCATGCCGTCCAGGGCAATCATGAGGCCTTGGCAATCACCCGCGTGCGCGGTGGGCGGCTc < 3:27381/149‑1 (MQ=255) ggACCGCCTGTTCAGCGTGGGTGACCTGGTCGACCGTGGGCCGCACAGCGAGGCAGCGTTGGAATGGCTGGCCCAGCCTTGGTTCCATGCCGTCCAGGGCAATCATTAGGCCTTGGCAATCACCCGCGTGCGCGGTGGGCGGCTCGAcc > 7:156379/1‑149 (MQ=255) | CTACCAGCGGAGGAACACTGTAATGGCACGGTTTCGGCGGATGATCGCCAATATCCGGGGACGGGATCTGGCCGTAGGCGATATCCATGGCCACTTCCAGCGCCTGCAACAATGCCTGGATGCGGTAGGGTTCGATCCGGCGGTGGACCGCCTGTTCAGCGTGGGTGACCTGGTCGACCGTGGGCCGCACAGCGAGGCAGCGTTGGAATGGCTGGCCCAGCCTTGGTTCCATGCCGTCCAGGGCAATCATGAGGCCTTGGCAATCACCCGCGTGCGCGGTGGGCGGCTCGACC > NC_002947/3407234‑3407526 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |