Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,451,044 | C→T | 8.1% | V801V (GTG→GTA) | PP_3069 ← | outer membrane autotransporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,451,044 | 0 | C | T | 8.1% | 141.1 / 2.4 | 49 | V801V (GTG→GTA) | PP_3069 | outer membrane autotransporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (24/21); new base T (2/2); total (26/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.91e-01 |
ACGCCGAATGTTCAACCGGGTCAGCGCGTCCTTGCTGGGCTGCGCAGGTCTCGGTCTGCTGGCTGCGCGCCGCTAGAACTGCCAGCGCACGCCCAGGTTCACGCCGCTGGCTTCCTGCTGGCGGCTGTCCAGGTTGGCGGTGTACTGCACGCCGCCATGCAGGCTCAGCGCTTCGTTGACCTGCGCTACCACACCGCTTTCCAGTTGCACTGAGGTATAGCGGTAATCGGTCTTGATCTTGTCAGCGTCATCGAAGGTCAAGGTGTCGCGCCCACCGTCGCCGTGCCACAGGTT > NC_002947/3450897‑3451190 | aCGCCGAATGTTCAACCGGGTCAGCGCGTCCTTGCTGGGCTGCGCAGGTCTCGGTCTGCTGGCTGCGCGCCGCTAGAACTGCCAGCGCACGCCCAGGTTCACGCCGCTGGCTTCCTGCTGGCGGCTGTCCAGGTTGGCGGTGTACTGCa > 1:127315/1‑149 (MQ=255) ttCAACCGGGTCAGCGCGTCCTTGCTGGGCTGCGCAGGTCTCGGTCTGCTGGCTGCGCGCCGCTAGAACTGCCAGCGCACGCCCAGGTTCACGCCGCTGGCTTCCTGCTGGCGGCTGTCCAGGTTGGCGGTGTACTGCACGCCGCCATg < 6:270904/149‑1 (MQ=255) cAACCGGGTCAGCGCGTCCTTGCTGGGCTGCGCAGGTCTCGGTCTGCTGGCTGCGCGCCGCTAGAACTGCCAGCGCACGCCCAGGTTCACGCCGCTGGCTTCCTGCTGGCGGCTGTCCAGGTTGGCGGCGTGCAGTACACCGCCaacc < 1:191562/148‑4 (MQ=255) aCCGGGTCAGCGCGTCCTTGCTGGGCTGCGCAGGTCTCGGTCTGCTGGCTGCGCGCCGCTAGAACTGCCAGCGCACGCCCAGGTTCACGCCGCTGGCTTCCTGCTGGCGGCTGTCCAGGTTGGCGGTGTACTGCACGCCGCCATGCAgg < 8:342986/149‑1 (MQ=255) aCCGGGTCAGCGCGTCCTTGCTGGGCTGCGCAGGTCTCGGTCTGCTGGCTGCGCGCCGCTAGAACTGCCAGCGCACGCCCAGGTTCACGCCGCTGGCTTCCTGCTGGCGGCTGTCCAGGTTGGCGGTGTACTGCACGCCGCCATGCAgg < 8:153661/149‑1 (MQ=255) tCAGCGCGTCCTTGCTGGGCTGCGCAGGTCTCGGTCTGCTGGCTGCGCGCCGCTAGAACTGCCAGCGCACGCCCAGGTTCACGCCGCTGGCTTCCTGCTGGCGGCTGTCCAGGTTGGCGGTGTACTGCACGCCGCCATGCAGGCTCAgc < 7:231593/149‑1 (MQ=255) gcgTCCGTGCTGGGCTGCGCAGGTCTCGGTCTGCTGGCTGCGCGCCGCTAGAACTGCCAGCGCACGCCCAGGTTCACGCCGCTGGCTGCCTGCGGGCGGCTGGCCAGGGTGGCGGTGTACTGCACGCCGCCATGCAGGCTCAGCGCTTc < 6:53801/149‑1 (MQ=255) tCCTTGCTGGGCTGCGCAGGTCTCGGTCTGCTGGCTGCGCGCCGCTAGAACTGCCAGCGCACGCCCAGGTTCACGCCGCTGGCTTCCTGCTGGCGGCTGTCCAGGTTGGCGGTGTACTGCACGCCGCCATGCAGGCTCAGCGCTTCGtt < 5:195406/149‑1 (MQ=255) cTTGCTGGGCTGCGCAGGTCTCGGTCTGCTGGCTGCGCGCCGCTAGAACTGCCAGCGCACGCCCAGGTTCACGCCGCTGGCTTCCTGCTGGCGGCTGTCCAGGTTGGCGGTGTACTGCACGCCGCCATGCAGGCTCAGCGCTTCGTTGa > 7:341566/1‑149 (MQ=255) ttGCTGGGCTGCGCAGGTCTCGGTCTGCTGGCTGCGCGCCGCTAGAACTGCCAGCGCACGCCCAGGTTCACGCCGCTGGCTTCCTGCTGGCGGCTGTCCAGGTTGGCGGTGTACTGCACGCCGCCATGCAGGCTCAGCGCTTCGTTGAc > 2:307466/1‑149 (MQ=255) ttGCTGGGCTGCGCAGGTCTCGGTCTGCTGGCTGCGCGCCGCTAGAACTGCCAGCGCACGCCCAGGTTCACGCCGCTGGCTTCCTGCTGGCGGCTGTCCAGGTTGGCGGTGTACTGCACGCCGCCATGCAGGCTCAGCGCTTCGTTGAc > 6:193033/1‑149 (MQ=255) tGGGCTGCGCAGGTCTCGGTCTGCTGGCTGCGCGCCGCTAGAACTGCCAGCGCACGCCCAGGTTCACGCCGCTGGCTTCCTGCTGGCGGCTGTCCAGGTTGGCGGTGTACTGCACGCCGCCATGCAGGCTCAGCGCTTCGTTGACCTgc > 2:152070/1‑149 (MQ=255) tGGGCTGCGCAGGTCTCGGTCTGCTGGCTGCGCGCCGCTAGAACTGCCAGCGCACGCCCAGGTTCACGCCGCTGGCTTCCTGCTGGCGGCTGTCCAGGTTGGCGGTGTACTGCACGCCGCCATGCAGGCTCAGCGCTTCGTTGACCTgc > 5:138594/1‑149 (MQ=255) gcAGGTCTCGGTCTGCTGGCTGCGCGCCGCTAGAACTGCCAGCGCACGCCCAGGTTCACGCCGCTGGCTTCCTGCTGGCGGCTGTCCAGGTTGGCGGTGTACTGCACGCCGCCATGCAGGCTCAGCGCTTCGTTGACCTGCGCTACca > 6:252137/1‑148 (MQ=255) ggTCTCGGTCTGCTGGCTGCGCGCCGCTAGAACTGCCAGCGCACGCCCAGGTTCACGCCGCTGGCTTCCTGCTGGCGGCTGTCCAGGTTGGCGGTGTACTGCACGCCGCCATGCAGGCTCAGCGCTTCGTTGACCTGCGCTACCACAcc < 6:139889/149‑1 (MQ=255) ggTCTGCTGGCTGCGCGCCGCTAGAACTGCCAGCGCACGCCCAGGTTCACGCCGCTGGCTTCCTGCTGGCGGCTGTCCAGGTTGGCGGTGTACTGCACGCCGCCTTGCAGGCTCAGCGCTTCGTTGACCTgcgc < 8:83460/134‑1 (MQ=255) ggTCTGCTGGCTGCGCGCCGCTAGAACTGCCAGCGCACGCCCAGGTTCACGCCGCTGGCTTCCTGCTGGCGGCTGTCCAGGTTGGCGGTGTACTGCACGCCGCCTTGCAGGCTCAGCGCTTCGTTGACCTgcgc > 7:83460/1‑134 (MQ=255) ggTCTGCTGGCTGCGCGCCGCTAGAACTGCCAGCGCACGCCCAGGTTCACGCCGCTGGCTTCCTGCTGGCGGCTGTCCAGGTTGGCGGTGTACTGCACGCCGCCATGCAGGCTCAGCGCTTCGTTGACCTGCGCTACCACACCGCTTTc < 5:80088/149‑1 (MQ=255) ggTCTGCTGGCTGCGCGCCGCTAGAACTGCCAGCGCACGCCCAGGTTCACGCCGCTGGCTTCCTGCTGGCGGCTGTCCAGGTTGGCGGTGTACTGCACGCCGCCATGCAGGCTCAGCGCTTCGTTGACCTGCGCTACCACACCGCTTTc < 6:242746/149‑1 (MQ=255) gctggctgCGCGCCGCTAGAACTGCCAGCGCACGCCCAGGTTCACGCCGCTGGCTTCCTGCTGGCGGCTGTCCAGGTTGGCGGTGTACTGCACGCCGCCATGCAGGCTCAGCGCTTCGTTGACCTGCGCTACCACACCGCTTTCCAGtt > 5:59249/1‑149 (MQ=255) ttggctgCGCGCCGCTAGAACTGCCAGCGCACGCCCAGGTTCACGCCGCTGGCTTCCTGCTGGCGGCTGTCCAGGTTGGCGGTGTACTGCACGCCGCCATGCAGGCTCAGCGCTTCGTTGACCTGCGCTACCACACCGCTTTCCAg < 4:354930/145‑1 (MQ=255) ctggctgCGCGCCGCTAGAACTGCCAGCGCACGCCCAGGTTCACGCCGCTGGCTTCCTGCTGGCGGCTGTCCAGGTTGGCGGTGTACTGCACGCCGCCATGCAGGCTCAGCGCTTCGTTGACCTGCGCTACCACACCGCTTTCCAGtt < 7:338011/148‑1 (MQ=255) ctggctgCGCGCCGCTAGAACTGCCAGCGCACGCCCAGGTTCACGCCGCTGGCTTCCTGCTGGCGGCTGTCCAGGTTGGCGGTGTACTGCACGCCGCCATGCAGGCTCAGCGCTTCGTTGACCTGCGCTACCACACCGCTTTCCAGtt < 8:220016/148‑1 (MQ=255) ctggctgCGCGCCGCTAGAACTGCCAGCGCACGCCCAGGTTCACGCCGCTGGCTTCCTGCTAGCGGCTGTCCAGGTTGGCGGTGTACTGCACGCCGCCATGCAGGCTCAGCGCTTCGTTGACCTGCGCTACCACACCGCTTTCCAGTTg > 8:325848/1‑149 (MQ=255) ggctgCGCGCCGCTAGAACTGCCAGCGCACGCCCAGGTTCACGCCGCTGGCTTCCTGCTGGCGGCTGTCCAGGTTGGCGGTGTACTGCACGCCGCCATGCAGGCTCAGCGCTTCGTTGACCTGCGCTACCACACCGCTTTCCAGTTg > 3:219842/1‑147 (MQ=255) gctgCGCGCCGCTAGAACTGCCAGCGCACGCCCAGGTTCACGCCGCTGGCTTCCTGCTTGCGGCTGTCCAGGTTGGCGGTGTACTGCACGCCGCCATGCAGGCTCAGCGCTTCGTTGACCTGCGCTACCACACCGCTTTCCAGTTGc < 7:325848/147‑1 (MQ=255) gctgCGCGCCGCTAGAACTGCCAGCGCACGCCCAGGTTCACGCCGCTGGCTTCCTGCTGGCGGCTGTCCAGGTTGGCGGTGTACTGCACGCCGCCATGCAGGCTCAGCGCTTCGTTGACCTGCGCTACCACACCGCTTTCCAGTTGCAc < 5:193033/149‑1 (MQ=255) cgcgcCGCTAGAACTGCCAGCGCACGCCCAGGTTCACGCCGCTGGCTTCCTGCTGGCGGCTGTCCAGGTTGGCGGTGTACTGCACGCCGCCATGCAGGCTCAGCGCTTCGTTGACCTGCGCTACCACACCGCTTTCCAGTTGCACTGa < 5:252137/148‑1 (MQ=255) gcgcCGCTAGAACTGCCAGCGCACGCCCAGGTTCACGCCGCTGGCTTCCTGCTGGCGGCTGTCCAGGTTGGCGGTGTACTGCACGCCGCCATGCAGGCTCAGCGCTTCGTTGACCTGCGCTACCACACCGCTTTCCAGTTGCACTGAgg > 2:264220/1‑149 (MQ=255) cgcTAGATCTGCCAGCGCACTCCCAGGTTCACGCCGCTGGGTTCCTGCTGGTGGCTGTCCAGGTTGGCGGTGTACTGCACGCCGCCATGCAGGCTCAGCGCTTCGTTTACCTGCGCTACCACACCGCTTTCCAGTTGCACTGAGGtata < 4:241724/149‑1 (MQ=255) cTAGAACTGCCAGCGCACGCCCAGGTTCACGCCGCTGGCTTCCTGCTGGCGGCTGTCCAGGTTGGCGGTGTACTGCACGCCGCCATGCAGGCTCAGCGCTTCGTTGACCTGCGCTACCACACCGCGTTCCAGTTGCACTGAGGTATAGc > 5:91305/1‑149 (MQ=255) aaCTGCCAGCGCACGCCCAGGTTCACGCCGCTGGCTTCCTGCTGGCGGCTGTCCAGGTTGGCGGTGTACTGCACGCCGCCATGCAGGCTCAGCGCTTCGTTGACCTGCGCTACCACACCGCTTTCCAGTTGCACTGAGGTATAGCGGt > 6:313438/1‑148 (MQ=255) aCGCCCAGGTTCACGCCGCTGGCTTCCTGCTGGCGGCTGTCCAGGTTGGCGGTGTACTGCACGCCGCCATGCAGGCTCAGCGCTTCGTTGACCTGCGCTACCACACCGCTTTCCAGTTGCACTGAGGTATAGCGGTAATCGGTCTTGAt < 8:341566/149‑1 (MQ=255) aCGCCCAGGTTCACGCCGCTGGCTTCCTGCTGGCGGCTGTCCAGGTTGGCGGTGTACTGCACGCCGCCATGCAGGCTCAGCGCTTCGTTGACCTGCGCTACCACACCGCTTTCCAGTTGCACTGAGGTATAGCGGTAATCGGTCTTGAt > 2:285232/1‑149 (MQ=255) gCCCAGGTTCACGCCGCTGGCTTCCTGCTGGCCGCAGTCCAGGTTGGCGCTGTACTCCACGCCGCCATGCAGGCTCAGCGCTTCGTTGACCTGCGCTACCACACCGCTTTCCAGTAGCACAGAGGTATACCGGTAATCGGTCTTGAtat > 2:272693/1‑147 (MQ=255) ccAGGTTCACGCCGCTGGCTTCCTGCTGGCGGCTGTCGAGGTTGGCGGTGTACTGCCCGCCGCCATGCAGGCTCCGCGCTTCGTTGAGCTGCGCTACCACACAGCTTTCCAGTTGCGCTGAGGTATAGCGGTATTCGGTCTTGATCTTg > 8:99950/1‑149 (MQ=255) ccAGGTTCACGCCGCTGGCTTCCTGCTGGCGGCTGTCCAGGTTGGCGGTGTACTGCACGCCGCCATGCAGGCTCAGCGCTTCGTTGACCTGCGCTACCACACCGCTTTCCAGTTGCACTGAGGTATAGCGGTAATCGGTCTTGATCTTg > 8:104810/1‑149 (MQ=255) tCACGCCGCTGGCTTCCTGCTGGCGGCTGTCCAGGTTGGCGGTGTACTGCACGCCGCCATGCAGGCTCAGCGCTTCGTTGACCTGCGCTACCACACCGCTTTCCAGTTGCACTGAGGTATAGCGGTAATCGGTCTTGATCTTGTCAGCg > 8:68500/1‑149 (MQ=255) ctgctgGCGGCTGTCCAGGTTGGCGGTGTACTGCACGCCGCCATGCAGGCTCAGCGCTTCGTTGACCTGCGCTACCACACCGCTTTCCAGTTGCACTGAGGTATAGCGGTAATCGGTCTTGATCTTGTCAGCGTCATCGAAGGTCAAgg > 6:263335/1‑149 (MQ=255) ctgctgGCGGCTGTCCAGGTTGGCGGTGTACTGCACGCCGCCATGCAGGCTCAGCGCTTCGTTGACCTGCGCTACCACACCGCTTTCCAGTTGCACTGAGGTATAGCGGTAATCGGTCTTGATCTTGTCAGCGTCATCGAAGGTCAAg < 5:64236/148‑1 (MQ=255) ggcTGTCCAGGTTGGCGGTGTACTGCACGCCGCCATGCAGGCTCAGCGCTTCGTTGACCTGCGCTACCACACCGCTTTCCAGTTGCACTGAGGTATAGCGGTAATCGGTCTTGATCTTGTCAGCGTCATCGAAGGTCAAGGTGTCgcgc > 3:195587/1‑149 (MQ=255) cAGGTTGGCGGTGTACTGCACGCCGCCATGCAGGCTCAGCGCTTCGTTGACCTGCGCTACCACACCGCTTTCCAGTTGCACTGAGGTATAGCGGTAATCGGTCTTGATCTTGTCAGCGTCATCGAAGGTCAAGGTGTCGCGCCCACCGt > 7:281460/1‑149 (MQ=255) tgcatGGCGGCGTGCAGTACACCGCCATGCAGGCTCAGCGCTTCGTTGACCTGCGCTACCACACCGCTTTCCAGTTGCACTGAGGTATAGCGGTAATCGGTCTTGATCTTGTCAGCGTCATCGAAGGTCAAGGTGTCGCGCCCACCGTc > 3:347141/5‑149 (MQ=255) atGGCGGCGTGCAGTACACCGCCATGCAGGCTCAGCGCTTCGTTGACCTGCGCTACCACACCGCTTTCCAGTTGCACTGAGGTATAGc > 6:369543/2‑88 (MQ=38) atGGCGGCGTGCAGTACACCGCCATGCAGGCTCAGCGCTTCGTTGACCTGCGCTACCACACCGCTTTCCAGTTGCACTGAGGTATAGc < 5:369543/87‑1 (MQ=38) gCGGTGTACTGCACGCCGCCATGCAGGCTCAGCGCTTCGTTGACCTGCGCTACCACACCGCTTTCCAGTTGCACTGAGGTATAGCGGTAATCGGTCTTGATCTTGTCAGCGTCATCGAAGGTCAAGGTGTCGCGCCCACCGTCGCCGt < 6:59249/148‑1 (MQ=255) cTGCACGCCGCCATGCTGGCGGAGCGCTTCGTTGACCTGCGCTACCACTCCGCTTTCCAGTTGCACTGAGGTATAGCGGTAATCTGTCTTGATCTTGTCAGCGTCATCGAAGGTCAAGGTGTCGCGCCCACCGTCGCCGTg < 6:100130/141‑1 (MQ=255) cTGCACGCCGCCATGCAGGCTCAGCGCTTCGTTGACCTGCGCTACCACAACGCATTCCAGTTGCACTGAGGAATAGCGGTAAACGGTCTTGATCTTGTCAGCGTCATCGAAGCTCAAGGAGTCGCGCCCACCCTAGCCGTGcatatcg > 5:100130/1‑142 (MQ=255) tGCACGCCGCCATGCAGGCTCAGCGCTTCGTTGACCTGCGCTACCACACCGCTTTCCAGTTGCACTGAGGTATAGCGGTAATCGGTCTTGATCTTGTCAGCGTCATCGAAGGTCAAGGTGTCGCGCCCACCGTCGCCGTGCCACAGGtt > 3:224999/1‑149 (MQ=255) | ACGCCGAATGTTCAACCGGGTCAGCGCGTCCTTGCTGGGCTGCGCAGGTCTCGGTCTGCTGGCTGCGCGCCGCTAGAACTGCCAGCGCACGCCCAGGTTCACGCCGCTGGCTTCCTGCTGGCGGCTGTCCAGGTTGGCGGTGTACTGCACGCCGCCATGCAGGCTCAGCGCTTCGTTGACCTGCGCTACCACACCGCTTTCCAGTTGCACTGAGGTATAGCGGTAATCGGTCTTGATCTTGTCAGCGTCATCGAAGGTCAAGGTGTCGCGCCCACCGTCGCCGTGCCACAGGTT > NC_002947/3450897‑3451190 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |