| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 288,014 | G→A | 5.1% | Q32* (CAG→TAG) | tauA ← | taurine ABC transporter substrate‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 288,014 | 0 | G | A | 5.1% | 303.7 / 4.0 | 97 | Q32* (CAG→TAG) | tauA | taurine ABC transporter substrate‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (50/42); new base A (2/3); total (52/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.61e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.50e-01 | |||||||||||
CAAGTAGCCGATCTGCACGTCGCCGCTGGCCACGGCAGTGATCACGTCTGCGCCGTTATCAAATTTGCGCCAGTCGATGCTGGCCTTGCTGGCTTTTTCGTAGTCGCCATCGACCTGCGCCACTTTGGCCGGGTCGACAGTGGTCTGGTAGGCCACTGTCAGGTCGGCTGCCTGGGCCAACCAGCTGGTGCTGGCGAGGGTCAGGGCGGCGAACAGGCGCAGCGGAGCGTGCGGGATCATGGTTGAACCTCTCGTCAGGCAAGTCGTGTTGGATAACGAGAAGGCTAAAT > NC_002947/287868‑288157 | cAAGTAGCCGATCTGCACGTCGCCGCTGGCCACGGCAGTGATCACGTCTGCGCCGTTATCAAATTTGCGCCAGTCGATGCTGGCCTTGCTGGCTTTTTCGTAGTCGCCATCGACCTGCGCCACTTTGGCCGGGTCGACAGTGGTCTgg > 6:286954/1‑148 (MQ=255)cAAGTAGCCGATCTGCACGTCGCCGCTGGCCACGGCAGTGATCACGTCTGCGCCGTTATCAAATTTGCGCCAGTCGATGCTGGCCTTGCTGGCTTTTTCGTAGTCGCCATCGACCTGCGCCACTTTGGCCGGGTCGACAGTGGTCTGGt < 4:348840/149‑1 (MQ=255) tAGCCGATCTGCACGTCGCCGCTGGCCACGGCAGTGATCACGTCTGCGCCGTTATCAACTTTGCGCCAGTCGATGCTGGCCTTGCTGGCTTTTTCGTAGTCGCCATCGACCTGCGCCACTTTGGCCGGGTCGACAGTGGTCTGGTAGGc < 2:107345/149‑1 (MQ=255) gCCGATCTGCACGTCGCCGCTGGCCACGGCAGTGATCACGTCTGCGCCGTTATCAAATTTGCGCCAGTCGATGCTGGCCTTGCTGGCTTTTTCGTAGTCGCCATCGACCTGCGCCACTTTGGCCGGGTCGACAGTGGTCTGGTAGGCCa > 3:211051/1‑149 (MQ=255) gCCGATCTGCACGTCGCCGCTGGCCACGGCAGTGATCACGTCTGCGCCGTTATCAAATTTGCGCCAGTCGATGCTGGCCTTGCTGGCTTTTTCGTAGTCGCCATCGACCTGCGCCACTTTGGCCGGGTCGACAGTGGTCTGGTAGGCCa > 2:31804/1‑149 (MQ=255) aTCTGCACGTCGCCGCTGGCCACGGCAGTGATCACGTCTGCGCCGTTATCAAATTTGTGCCAGTCGATGCTGGCCTTGCTGGCTTTTTCGTAGTCGCCATCGACCTGCGCCACTTTGGCCGGGTCGACAGTGGTCTGGTAGGCCACTGt > 2:343710/1‑149 (MQ=255) aTCTGCACGTCGCCGCTGGCCACGGCAGTGATCACGTCTGCGCCGTTATCAAATTTGCGCCAGTCGATGCTGGCCTTGCTGGCTTTTTCGTAGTCGCCATCGACCTGCGCCACTTTGGCCGGGTCGACAGTGGTCTGGTAGGCCACTGt > 6:346375/1‑149 (MQ=255) cTGCACGTCGCCGCTGGCCACGGCAGTGAACACGTCTGCGCCGTTATCAAATTTGCGCCAGTCGATGCTGGCCTTGCTGGCTTTTTCGTAGTCGCCATCGACCTGCGCCACTTTGGCCGGGTCGACAGTGGCCTACCAGACCACTGTcg < 6:196459/149‑2 (MQ=255) gCACGTCGCCGCTGGCCACGGCAGTGATCACGTCTGCGCCGTTATCAAATTTGCGCCAGTCGATGCTGGCCTTGCTGGCTTTTTCGTAGTCGCCATCGCCCTGCGCCACTTTGGCCGGGTCGACAGTGGTCTGGTAGGCCACTGTCAgg > 8:30296/1‑149 (MQ=255) gCACGTCGCCGCTGGCCACGGCAGTGATCACGTCTGCGCCGTTATCAAATTTGCGCCAGTCGATGCTGGCCTTGCTGGCTTTTTCGTAGTCGCCATCGACCTGCGCCACTTTGGCCGGGTCGACAGTGGTCTGGTAGGCCACTGTCAgg > 5:187135/1‑149 (MQ=255) gCACGTCGCCGCTGGCCACGGCAGTGATCACGTCTGCGCCGTTATCAAATTTGCGCCAGTCGATGCTGGCCTTGCTGGCTTTTTCGTAGTCGCCATCGACCTGCGCCACTTTGGCCGGGTCGACAGTGGTCTGGTAGGCCACTGTCAgg > 8:217233/1‑149 (MQ=255) cACGTCTCCGCTGGCCACGGCAGTGATCACGTCTGCGCCGTTATCAAATTTGCGCCAGTCGATGCTGGCCTTGCTGGCTTTTTCGTAGTCGCCATCGACCTGCGCCACTTTGGCCGGGTCGACAGTGGCCTACCAGACCACTGTc < 3:354810/145‑1 (MQ=255) cACGTCGCCGCTGGCCACGGCAGTGATCACGTCTGCGCCGTTATCAAATTTGCGCCAGTCGATGCTGGCCTTGCTGGCTTTTTCGTAGTCGCCATCGACCTGCGCCACTTTGGCCGGGTCGACAGTGGTCTGGTAGGCCACt < 4:174540/142‑1 (MQ=255) cgcTGGCCACGGCAGTGATCACGTCTGCGCCGTTATCAAATTTGCGCCAGTCGATGCTGGCCTTGCTGGCTTTTTCGTAGTCGCCATCGACCTGCGCCACTTTGGCCGGGTCGACAGTGGTCTGGTAGGCCACTGTCAGGACGGCTTcc > 6:261844/1‑149 (MQ=255) gCCACGTCAGTGATCACGTCTGCGCCGTTATCAAATTTGCGCCAGTCGATGCTGGCCTTGCTGGCTTTTTCGTAGTCGCCATCGACCTGCGCCACTTTGGCCGGGTCGACAGTGGTCTGGTAGGCCACTGTCAGGTCGGCTGCCTGGGc > 6:128052/1‑149 (MQ=255) gCCACGGCAGTGATCACGTCTGCGCCGTTATCAAATTTGCGCCAGTCGATGCTGGCCTTGCTGGCTTTTTCGTAGTCGCCATCGACCTGCGCCACTTTGGCCGGGTCGACAGTGGTCTGGTAGGCCACTGTCAGGTCGGCTGCCTGGGc > 5:169925/1‑149 (MQ=255) ccACGGCAGTGATCACGTCTGCGCCGTTATCAAATTTGCGCCAGTCGATGCTGGCCTTGCTGGCTTTTTCGTAGTCGCCATCGACCTGCGCCACTTTGGCCGGGTCGACAGTGGTCTGGTAGGCCACTGTCAGGTCGGCTGCCTGGGc > 6:33747/1‑148 (MQ=255) cACGGCAGTGATCACGTCTGCGCCGTTATCAAATTTGCGCCAGTCGATGCTGGCCTTGCTGGCTTTTTCGTAGTCGCCATCGACCTGCGCCACTTTGGCCGGGTCGACAGTGGTCTGGTAGGCCACTGTCAGGTCGGCTGCCTGGGcc > 4:338025/1‑148 (MQ=255) tGATCACGTCTGCGCCGTTATCAAATTTGCGCCAGTCGATGCTGGCCTTGCTGGCTTTTTCGTAGTCGCCATCGACCTGCGCCACTTTGGCCGGGTCGACAGTGGTCTGGTAGGCCACTGTCAGGTCGGCTGCCTGGGCCAACCAGCTg < 1:154424/149‑1 (MQ=255) 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ccGTTATCAAATTTGCGCCAGTCGATGCTGGCCTTGCTGGCTTTTTCGTAGTCGCCATCGACCTGCGCCACTTTGGCCGGGTCGACAGTGGTCTGGTAGGCCACTGTCAGGTCGGCTGCCTGGGCCAACCAGCTGGTGCTGGCGAGGGt > 4:141147/1‑149 (MQ=255) gTTATCAAATTTGCGCCAGTCGATGCTGGCCTTGCTGGCTTTTTCGTAGTCGCCATCGACCTGCGCCACTTTGGCCGGGTCGACAGTGGTCTGGTAGGCCACTGTCAGGTCGGCTGCCTGGGCCAACCAGCTGGTGCTGGCGAGGGt > 1:214810/1‑147 (MQ=255) gTTATCAAATTTGCGCCAGTCGATGCTGGCCTTGCTGGCTTTTTCGTAGTCGCCATCGACCTGCGCCACTTTGGCCGGGTCGACAGTGGTCTGGTAGGCCACTGTCAGGTCGACTGCCTGGGCCAACCAGCTGGTGCTGGCGAGGGt > 5:64824/1‑147 (MQ=255) ttATCAAATTTGCGCCAGTCGATGCTGGCCTTGCTGGCTTTTTCGTAGTCGCCATCGACCTGCGCCACTTTGGCCGGGTCGACAGTGGTCTGGTAGGCCACTGTCAGGTCGGCTGCCTGGGCCAACCAGCTGGTGCTGGCGAGGGTCAg < 3:141147/149‑1 (MQ=255) ttATCAAATTTGCGCCAGTCGATGCTGGCCTTGCTGGCTTTTTCGTAGTCGCCATCGACCTGCGCCACTTTGGCCGGGTCGACAGTGGTCTGGTAGGCCACTGTCAGGTCGGCTGCCTGGGCCAACCAGCTGGTGCTGGCGAGGGTCAg > 3:242204/1‑149 (MQ=255) 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aaaTTTGCGCCAGTCGATGCTGGCCTTGCTGGCTTTTTCGTAGTCGCCATCGACCTGCGCCACTTTGGCCGGGTCGACAGTGGTCTGGTAGGCCACTGTCAGGTCGGCTGCCTGGGCCAACCAGCTGGTGCTGGCGAGGGTCAGggcgg > 2:152400/1‑149 (MQ=255) tttGCGCCAGTCGATGCTGGCCTTGCTGGCTTTTTCGTAGTCGCCATCGACCTGCGCCACTTTGGCCGGGTCGACAGTGGTCTGGTAGGCCACTGTCAGGTCGGCTGCCTGGGCCAACCAGCTGGTGCTGGCGAGGGTCAGGgcggcg > 7:226410/1‑148 (MQ=255) gcgcCAGTCGATGCTGGCCTTGCTGGCTTTTTCGTAGTCGCCATCGACCTGCGCCACTTTGGCCGGGTCGACAGTGGTCTGGTAGGCCACTGTCAGGTCGGCTGCCTGGGCCAACCAGCTGGTGCTGGCGAGGGTCAGGGCGGCGAAc < 5:286954/148‑1 (MQ=255) gcCAGTCGATGCTGGCCTTGCTGGCTTTTTCGTAGTCGCCATCGACCTGCGCCACTTTGGCCGGGTCGACAGTGGTCTGGTAGGCCACTGTCAGTTCGGCTGCCTGGGCCAACCAGCTGGTGCTGGCGAGGGTCAGGGCGGCGAACAgg > 3:27721/1‑149 (MQ=255) cGATGCTGGCCTTGCTGGCTTTTTCGTAGTCGCCATCGACCTGCGCCACTTTGGCCGGGTCGACAGTGGTCTGGTAGGCCACTGTCAGGTCGGCTGCCTGGGCCAACCAGCTGGTGCTGGCGAGGGTCAGGGCGGCGAACAGGCGCAGc > 5:48639/1‑149 (MQ=255) 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cACTTTGGCCGGGTCGACAGTGGTCTGGTAGGCCACTGTCAGGTCGGCTGCCTGGGCCAACCAGCTGGTGCTGGCGAGGGTCAGGGCGGCGAACAGGCGCAGCGGAGCGTGCGGGATCATg > 6:366626/1‑121 (MQ=255) cACTTTGGCCGGGTCGACAGTGGTCTGGTAGGCCACTGTCAGGTCGGCTGCCTGGGCCAACCAGCTGGTGCTGGCGAGGGTCAGGGCGGCGAACAGGCGCAGCGGAGCGTGCGGGATCATGGTTGAACCtctc < 6:96877/133‑1 (MQ=255) cACTTTGGCCGGGTCGACAGTGGTCTGGTAGGCCACTGTCAGGTCGGCTGCCTGGGCCAACCAGCTGGTGCTGGCGAGGGTCAGGGCGGCGAACAGGCGCAGCGGAGCGTGCGGGATCATGGTTGAACCtctc > 5:96877/1‑133 (MQ=255) cACTTTGGCCGGGTCGACAGTGGTCTGGTAGGCCACTGTCAGGTCGGCTGCCTGGGCCAACCAGCTGGTGCTGGCGAGGGTCAGGGCGGCGAACAGGCGCAGCGGAGCGTGCGGGATCATGGTTGAACCTCTCGTCAGGCAAGTCgtgt < 4:242204/149‑1 (MQ=255) cACTTTGGCCGGGCCGACAGTGGTCTGGTAGGCCACTGTCAGGTCGGCTGCCTGGGCCAACCAGCTGGTGCTGGCGAGGGTCAGGGCGGCGAACAGGCGCAGCGGAGCGTGCGGGATCATGGTTGAACCTCTCGTCAGGCAAGTCgtgt < 1:192145/149‑1 (MQ=255) aCTTTGGCCGGGTCGACAGTGGTCTGGTAGGCCACTGTCAGGTCGGCTGCCTGGGCCAACCAGCTGGTGCTGGCGAGGGTCAGGGCGGCGAACAGGCGCAGCGGAGCGTGCGGGATCATgg > 5:57529/1‑121 (MQ=255) aCTTTGGCCGGGTCGACAGTGGTCTGGTAGGCCACTGTCAGGTCGGCTGCCTGGGCCAACCAGCTGGTGCTGGCGAGGGTCAGGGCGGCGAACAGGCGCAGCGGAGCGTGCGGGATCATgg < 6:57529/121‑1 (MQ=255) aCTTTGGCCGGGTCGACAGTGGTCTGGTAGGCCACTGTCAGGTCGGCTGCCTGGGCCAACCAGCTGGTGCTGGCGAGGGTCAGGGCGGCGAACAGGCGCAGCGGAGCGTGCGGGATCATGGTTGAACCTCTCGTCAGGCAAGTCGTGtt < 5:346375/149‑1 (MQ=255) tttGGCCGGGTCGACAGTGGTCTGGTAGGCCACTGTCAGGTCGGCTGCCTGGGCCAACCAGCTGGTGCTGGCGAGGGTCAGGGCGGCGAACAGGCGCAGCGGAGCGTGCGGGATCATGGTTGAACCTCTCGTCAGGCAAGTCGTGTTg > 7:27164/1‑148 (MQ=255) ggCCGGGTCGACAGTGGTCTGGTAGGCCACTGTCAGGTCGACTGCCTGGGCCAACCAGCTGGTGCTGGCGAGGGTCAGGGCGGCGAACAGGCGCAGCGGAGCGTGCGGGATCATGGTTGAACCTCTCGTCAGGCAAGTCGTGTTGGAt < 6:64824/148‑1 (MQ=255) gCCGGGTCGACAGTGGTCTGGTAGGCCACTGTCAGGTCGGCTGCCTGGGCCAACCAGCTGGTGCTGGCGAGGGTCAGGGCGGCGAACAGGCGCAGCGGAGCGTGCGGGATCATGGTTGAACCTCTCGTCAGGCAAGTCGTGTTGGATaa > 6:100325/1‑149 (MQ=255) cGGGTCGACAGTGGTCTGGTAGGCCACTGTCAGGTCGGCTGCCGGGGCCAACCAGCTGGTGCTGGCGAGGGTCAGGGCGGCGAACAGGCGCAGCGGAGCGTGCGGGATCATGGTTGAACCTCTCGTCAGGCAAGTCGTGTTGGATAACg > 7:160857/1‑149 (MQ=255) ggggCGACAGTGGGCTGGGAGGCCACTGTCAGGTCGGCTGCCTGGGCCAACCAGCTGGTGCTGGCGAGGGTCAGGGCGGCGAACAGGCGCAGCGGAGCGTGCGGGATCATGGTTGAACCTCTCGTCAGGCAAGTCGTGTTGGATAACga < 8:160857/149‑1 (MQ=255) gTCGACAGTGGTCTGGTAGGCCACTGTCAGGTCGGCTGCCTGGGCCAACCAGCTGGTGCTGGCGAGGGTCAGGGCGGCGAACAGGCGCAGCGGAGCGTGCGGGATCATGGTTGAAc > 2:229049/1‑116 (MQ=255) gTCGACAGTGGTCTGGTAGGCCACTGTCAGGTCGGCTGCCTGGGCCAACCAGCTGGTGCTGGCGAGGGTCAGGGCGGCGAACAGGCGCAGCGGAGCGTGCGGGATCATGGTTGAAc < 1:229049/116‑1 (MQ=255) ctgACAGTGGCCTACCAGACCACTGTCAGGTCGGCTGCCTGGGCCAACCAGCTGGTGCTGGCGAGGGTCAGGGCGGCGAACAGGCGCAGCGGa < 4:337315/91‑1 (MQ=38) ctgACAGTGGCCTACCAGACCACTGTCAGGTCGGCTGCCTGGGCCAACCAGCTGGTGCTGGCGAGGGTCAGGGCGGCGAACAGGCGCAGCGGa > 3:337315/3‑93 (MQ=38) ctgACAGTGGCCTACCAGACCACTGTCAGGTCGGCTGCCTGGGCCAACCAGCTGGTGCTGGCGAGGGTCAGGGCGGCGAACAGGCGCAGCGGAGCGTGCGGGATCATGGTTGAACCTGTCGTCAGGCAAGTCGTGTTGGATAACgag > 3:78489/3‑147 (MQ=255) cGACAGTGGTCTGGTAGGCCACTGTCAGGTCGGCTGCCTGGGCCAACCAGCTGGTGCTGGCGAGGGTCAGGGCGGCGAACAGGCGCAGCGGAGCGTGCGGGATCATGGTTGAACCTCTCGTCAGGCAAGTCGTGTTGGATAACGAGAAg < 3:206559/149‑1 (MQ=255) aCAGTGGTCTGGTAGGCCACTGTCAGGTCGGCTGCCTGGGCCAACCAGCTGGTGCTGGCGAGGGTCa > 2:40661/1‑67 (MQ=255) gTGGTCTGGTAGGCCACTGTCAGGTCGGCTGCCTGGGCCAACCAGCTGGTGCTGGCGAGGGTCAGGGCGGCGAACAGGCGCAGCGGAGCGTGCGGGATCATGGTTGAACCTCTCGTCAGGCAAGTCGTGTTGGATAACGAGAAGGCTaa < 5:100325/149‑1 (MQ=255) ggTCTGGTAGGCCACTGTCAGGTCGGCTGCCTGGGCCAACCAGCTGGTGCTGGCGAGGGTCAGGGCGGCGAACAGGCGCAGCGGAGCGTGCGGGATCATGGTTGAACCTCTCGTCAGGCAAGTCGTGTTGGATAACGAGAAGGCTAAAt > 1:119244/1‑149 (MQ=255) gTCTGGTAGGCCACTGTCAGGTCGGCTGCCTGGGCCAACCAGCTGGTGCTGGCGAGGGTCAGGGCGGCGAACAGGCGCAGCGGAGCGTGCGGGATCATGGTTGAACCTCTCGTCAGGCAAGTCGTGTTGGATAACGAGAAGGCTAAAt > 3:346311/1‑148 (MQ=255) | CAAGTAGCCGATCTGCACGTCGCCGCTGGCCACGGCAGTGATCACGTCTGCGCCGTTATCAAATTTGCGCCAGTCGATGCTGGCCTTGCTGGCTTTTTCGTAGTCGCCATCGACCTGCGCCACTTTGGCCGGGTCGACAGTGGTCTGGTAGGCCACTGTCAGGTCGGCTGCCTGGGCCAACCAGCTGGTGCTGGCGAGGGTCAGGGCGGCGAACAGGCGCAGCGGAGCGTGCGGGATCATGGTTGAACCTCTCGTCAGGCAAGTCGTGTTGGATAACGAGAAGGCTAAAT > NC_002947/287868‑288157 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |