| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,126,647 | +C | intergenic (‑101/+48) | tdcG‑II ← / ← gcvP‑I | L‑serine dehydratase/glycine dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,126,645 | 1 | . | C | 81.8% | 59.7 / 8.4 | 22 | intergenic (‑99/+50) | tdcG‑II/gcvP‑I | L‑serine dehydratase/glycine dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (4/0); new base C (4/14); total (8/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.57e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCG‑CATTCGC‑GGG‑TA‑AA‑CCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCAGTA > NC_002947/1126505‑1126787 | gccgatgccgatCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCG‑CATTCGC‑GGT‑TA‑AA‑cccgctc < 8:68972/148‑6 (MQ=255)gccgatgccgatCTTGAACAGGGCGAAGACGCTCAGTGACATGGGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCGGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCG‑CATTCGC‑GGG‑TA‑AA‑cccgctc < 6:155782/148‑6 (MQ=255) ttGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTTACCCCCAAAGCGGAGGTATAGCCACCATCG‑CCATAGC‑GGGTTA‑AC‑CCCCGCCAACACAGAGccc > 6:68622/1‑148 (MQ=255) ttGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGGTTACACCCGAATGCGGCGGGATAGCCCCCATCG‑AATTAGC‑GGG‑GACAA‑CCCCGCCTACACAGAGccc > 1:64616/1‑148 (MQ=255) ccAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGGTGTTGGGTGGACATTGCGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCG‑CATTCGC‑GGG‑TA‑AACCCGCTCCTACACAGAGCCCGcc < 8:75134/146‑1 (MQ=255) aCAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTTACCCCGAATGCGGGGGGATAGCCCCCCTCGCCATAGCC‑GGT‑TA‑AC‑CCCCGCCTACACACACccccccc > 7:8258/1‑147 (MQ=255) tCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCG‑CATTCGC‑GGG‑TA‑AACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGc < 5:35210/148‑1 (MQ=255) cATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCG‑CATTCGC‑GGG‑TA‑AACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAg < 8:5507/147‑1 (MQ=255) cAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTTACCCCCCATGCGGCGGTATAGGCACCCACC‑CAATAGCGGGG‑GA‑AA‑CCCCGCCGACACAGAGCCCCCCCCCCCACCCACGGGGCGGGGGGGGCGATAAcgcgg > 4:138489/1‑143 (MQ=255) tgttgGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCG‑CATTCGC‑GGG‑TA‑AACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGc < 3:76825/148‑1 (MQ=255) ggttgGGGGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCG‑CATTCGC‑GGG‑TA‑AACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGc < 3:74133/147‑1 (MQ=255) ttgGGTGTACTTGCAGCCCTGTCTGCGCGGGGTTACCCTCGAATGCGGAGGTATAGCCACCAGCT‑CATTCGC‑GGT‑TA‑AACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGAGCTATCAGGACGCCTGATAGcc < 8:62829/147‑2 (MQ=255) tgGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCG‑CATTCGC‑GGG‑TA‑AACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGctct < 4:121409/148‑1 (MQ=255) ggACATTGAGCCCTGTCGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCG‑CATGCGC‑GGG‑TA‑AACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCtcgatc < 5:135599/148‑1 (MQ=255) gcggGGGTTTACCCGAGAATGCGGAGGTATAGCCACCATGG‑CTTTCGC‑GTG‑TA‑AACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCacac < 2:165095/147‑1 (MQ=255) gggttttCCCCGCTAATGCGGCGGTATACCCACCATCG‑CATGCGG‑GGT‑AA‑AACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAgg < 1:181089/144‑1 (MQ=255) ggTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCG‑CATTCGC‑GGG‑TA‑AACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCCCACCAGGtt > 1:135467/1‑148 (MQ=255) tttACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCTTCG‑CATTCGC‑GGG‑TA‑AACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGc < 6:25204/148‑1 (MQ=255) aaTGCGGAGGTATAGCCACCATCG‑CATTCGC‑GGG‑TA‑AACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGaa < 8:147528/148‑1 (MQ=255) ggAGGTATAGCCACCATCG‑CATTCGC‑GGG‑TA‑AACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGACCACGt > 4:96174/1‑148 (MQ=255) ggAGATATAGCCACCATCG‑CATTCGC‑GGG‑TA‑AACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACCCGt > 7:116417/1‑148 (MQ=255) accaTCG‑CATTCGC‑GGG‑TA‑AACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGc > 4:85828/1‑148 (MQ=255) g‑CATTCGC‑GGG‑TA‑AACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGAc < 1:164885/146‑1 (MQ=255) g‑TA‑AACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGGGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGTCAGTa < 5:68622/148‑1 (MQ=255) | GCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCG‑CATTCGC‑GGG‑TA‑AA‑CCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCAGTA > NC_002947/1126505‑1126787 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |