| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,738,324 | C→T | G16S (GGC→AGC) | sdhA ← | succinate dehydrogenase flavoprotein subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,738,324 | 0 | C | T | 97.1% | 110.3 / ‑4.4 | 35 | G16S (GGC→AGC) | sdhA | succinate dehydrogenase flavoprotein subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (16/18); total (17/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.86e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
TTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGATGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCCACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATACCCCAGAGAATCTGCACACCCCAGACGAAGTAAGCGAACATCGCAACGCCGCATACCGCCTGGAACA > NC_002947/4738179‑4738446 | ttCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGATGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTCTTGTGCCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTAc > 7:27697/1‑148 (MQ=255)ttCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGATGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTCTTGTGACCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTAc > 7:24959/1‑148 (MQ=255) ccGAAGCGATGGCGCAGGTGATGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCgatgatgat > 3:47053/1‑148 (MQ=255) tGATGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGt < 6:176746/148‑1 (MQ=255) tGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTg < 3:103007/147‑1 (MQ=255) cgccCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAAt < 1:93330/148‑1 (MQ=255) cccTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGc < 8:133962/148‑1 (MQ=255) cTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTa > 6:64903/1‑148 (MQ=255) gggCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAg > 7:154442/1‑147 (MQ=255) cGGATACGGTGTGCGAACGGGGCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCAt < 8:155059/148‑1 (MQ=255) gATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATgg < 3:21873/148‑1 (MQ=255) aTACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTa > 1:58485/1‑140 (MQ=255) tACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAg < 2:58485/140‑1 (MQ=255) ggTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGa > 4:127994/1‑144 (MQ=255) tgCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGCTAc > 4:147439/1‑148 (MQ=255) gAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATAcccc < 4:867/148‑1 (MQ=255) gAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCCACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATAcc > 5:43645/1‑146 (MQ=255) aCGGGTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATAcccc > 6:15862/1‑146 (MQ=255) gTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGGGCATGCCGGCGCCGCCGCTAGCGATGATGATGGCGTCGAGGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATACCCCAGAGaa < 6:65087/148‑1 (MQ=255) tCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATACCCCAGAGAAt > 3:177614/1‑148 (MQ=255) gggAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATACCCCAGAGAATCt > 2:130816/1‑148 (MQ=255) aaGACCTTGGTGACTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATACCCCAGAGAATCTGca < 5:64903/148‑1 (MQ=255) cTTGGTGACTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATACCCCAGAGAATCTGCACAccc < 4:92283/148‑1 (MQ=255) gACTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATACCCCAGAGAATCTGCACACCCCAGAc > 2:18478/1‑147 (MQ=255) cTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATACCCCAGAGAATCTGCACACCCCAGACGaa < 4:127431/148‑1 (MQ=255) ggCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATACCCCAGAGACTCTGCCCACCCCAGACGAAGTaa > 7:42020/1‑148 (MQ=255) ttGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATACCCCAGAGAATCTGCACACCCCAGACGAAGTAAGCGAACa > 8:66687/1‑148 (MQ=255) ccTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATACCCCAGAGAATCTGCACACCCCAGACGAAGTAAGCGAACATCGCAAcgc > 2:122104/1‑148 (MQ=255) aGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCTCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGTTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATACCCCAGAGAATCTGCACACCCCAGACGAAGTAAGCGAACATCGCAACGCCGCa < 1:69243/147‑1 (MQ=255) gCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATACCCCAGAGAATCTGCACACCCCAGACGAAGTAAGCGAACATCGCAACGCCGCAt < 4:101639/147‑1 (MQ=255) gCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATACCCCAGAGAATCTGCACACCCCAGACGAAGTAAGCGAACATCGCAACGCCGCAt < 7:66687/147‑1 (MQ=255) cAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATACCCCAGAGAATCTGCACACCCCAGACGAAGTAAGCGAACATCGCAACGCCGCATAcc < 2:191422/148‑1 (MQ=255) gTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATACCCCAGAGAATCTGCACACCCCAGACGAAGTAAGCGAACATCGCAACGCCGCATACCGc < 1:175383/148‑1 (MQ=255) gCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATACCCCAGAGAATCTGCACACCCCAGACGAAGTAAGCGAACATCGCAACGCCGCATACCGCCt > 2:39413/1‑147 (MQ=255) gcTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCTACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATACCCCAGAGAATCTGCACACCCCAGACGAAGTAAGCGAACATCGCAACGCCGCATACCGCCTGGAACa < 1:95182/148‑1 (MQ=255) | TTCGGGTCGGCCGAAGCGATGGCGCAGGTGATGCCGCCCTGGGCGGATACGGTGTGCGAACGGGTCGGGAAGACCTTGGTGACTACGGCAGTCTTGTGGCCGCCTTGAGCCAGTTGCAGCGCTGCGCGCATGCCGGCGCCGCCGCCACCGATGATGATGGCGTCGAAGGAAATGGTTGGAATGCTAGCCATGGATCAGATACCCCAGAGAATCTGCACACCCCAGACGAAGTAAGCGAACATCGCAACGCCGCATACCGCCTGGAACA > NC_002947/4738179‑4738446 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |