| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,419,549 | +C | intergenic (‑38/+98) | PP_1242 ← / ← PP_1244 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,419,548 | 1 | . | C | 95.8% | 156.4 / 0.1 | 48 | intergenic (‑37/+99) | PP_1242/PP_1244 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/1); new base C (23/23); total (24/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.56e-01 | |||||||||||
CTGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑G‑C‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCC‑CGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAA > NC_002947/1419401‑1419676 | cTGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGggctg‑g‑c < 7:161734/149‑1 (MQ=255) ggCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGggctg‑g‑cct > 1:200422/1‑147 (MQ=255) gggATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTcg > 7:114203/1‑149 (MQ=255) aTGCCTGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCgg < 4:119615/149‑1 (MQ=255) aTGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCgg < 2:288009/149‑1 (MQ=255) gggTTCGAAGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCggg > 1:331189/1‑145 (MQ=255) gggTTCGAAGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCggg < 2:331189/145‑1 (MQ=255) cGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTccc > 7:182225/1‑148 (MQ=255) gAACAGCGGGTGTGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGAGTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGTGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCcaca < 5:23637/149‑1 (MQ=255) gAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCcaca < 8:182225/149‑1 (MQ=255) gAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCca > 8:48209/1‑147 (MQ=255) cAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGt < 7:48209/149‑1 (MQ=255) gggTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGTAGCAGGTCTTGCGGACTGTGGTGGGGTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGggctg‑g‑c < 3:192784/115‑1 (MQ=255) gTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACtgtg < 2:200422/149‑1 (MQ=255) gAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACtgtg > 6:291416/1‑147 (MQ=255) gAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCa < 5:414446/149‑1 (MQ=255) gAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGAGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCa > 3:286804/1‑149 (MQ=255) aGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTACCACAGGTACTGTGCAg > 3:178430/1‑149 (MQ=255) tgttgtTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCCGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTg > 6:288926/1‑149 (MQ=255) gttTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCAGTGCGt > 8:285315/1‑148 (MQ=255) cTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCtgt > 8:342334/1‑149 (MQ=255) tAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCAc < 5:190650/105‑1 (MQ=255) tAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCAc > 6:190650/1‑105 (MQ=255) gatgCAGGTCTTGCGGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGGATTGTTTTGTTTCCC‑TGGTTTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTGGCTGGCACGCGCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTTGTGAc < 4:286804/145‑1 (MQ=255) gAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGAcc > 1:91362/1‑149 (MQ=255) gCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCtg > 8:100526/1‑149 (MQ=255) cGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTgg > 4:273887/1‑141 (MQ=255) cGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTgg < 3:273887/141‑1 (MQ=255) gACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCg < 7:342334/149‑1 (MQ=255) aCTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGATCGGGCGt < 5:288926/149‑1 (MQ=255) tgtgGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAgg < 7:136355/100‑1 (MQ=255) tgtgGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAgg > 8:136355/1‑100 (MQ=255) gtggGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACtgtg > 2:273907/1‑103 (MQ=255) ttCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCtgt > 5:36054/1‑126 (MQ=255) ttCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCtgt < 6:36054/126‑1 (MQ=255) 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aTTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGa < 1:169261/98‑1 (MQ=255) aTTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGa > 2:169261/1‑98 (MQ=255) aTTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCC‑CGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAgg > 5:207783/1‑149 (MQ=255) tttgtttCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCCCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCC‑CGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGgtgt > 2:295898/1‑147 (MQ=255) ttgtttCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCC‑CGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGa < 7:285315/148‑1 (MQ=255) tgtttCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCC‑CGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAg < 7:100526/148‑1 (MQ=255) c‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑G‑CATCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCCCAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCAGTGGGAGCGGGCGTGCC‑CGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGGGAGGCTCtgtg > 5:72159/1‑149 (MQ=37) gATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCC‑CGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTgg < 5:291416/147‑1 (MQ=255) tCTGGGTTGCCTGGGGTG‑GCC‑TGTTCGCGGTCACGCCCGCTCCCACTGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCGTGTGGTTGGGGGCGTGCC‑CGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTaa < 8:114203/148‑1 (MQ=255) cTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCTCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTaa < 1:295898/148‑1 (MQ=255) | CTGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCC‑TGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑G‑C‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCC‑CGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAA > NC_002947/1419401‑1419676 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |