Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,586,057 | +C | intergenic (+140/+75) | PP_4061 → / ← PP_4063 | hypothetical protein/long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,586,056 | 1 | . | C | 93.1% | 91.3 / 0.4 | 29 | intergenic (+139/+76) | PP_4061/PP_4063 | hypothetical protein/long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/0); new base C (8/19); total (10/19) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.11e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GGCTTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TCTGC‑‑GGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑A‑CGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCT > NC_002947/4585911‑4586196 | ggCTTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCG‑GGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑a < 8:81127/147‑1 (MQ=255) gCTTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCG‑GGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑A‑c < 3:106969/147‑1 (MQ=255) cTTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCG‑GGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑A‑cc > 7:197078/1‑146 (MQ=255) tAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCG‑GGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑A‑ccgt > 6:190067/1‑144 (MQ=39) tAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCG‑GGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑A‑ccgt > 6:258996/1‑144 (MQ=39) ggggAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCGGATCAGCCCTCCTCCCATGAACGCGAGAGCCTGACCGCGTGCTTCGCCAGGTGAACATCTAGCATTGATCGGGCCGCCCTCGTCGCG‑‑GGGAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGcc < 2:188759/147‑1 (MQ=255) aCCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCG‑GGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCt < 8:227991/146‑1 (MQ=39) cGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCG‑GGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAAt < 5:64702/147‑1 (MQ=39) gCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCG‑GGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATgc < 3:164743/147‑1 (MQ=39) cACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCG‑GGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATgcg < 3:217838/147‑1 (MQ=39) cGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATCGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCG‑GGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTg < 6:183685/147‑1 (MQ=38) gAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCG‑GGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTAccc < 5:190067/147‑1 (MQ=38) aaCAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCGC‑TTCGCGGGGTAAAACCCCGCCAACAAGGGCC‑CGTGCGGGCCGTGAATGCGG‑GCGGcccc > 7:230706/1‑147 (MQ=255) aGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCG‑GGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTgg < 3:245997/147‑1 (MQ=39) gCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCG‑GGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGt < 8:26341/147‑1 (MQ=39) cTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCG‑GGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTa < 6:135485/147‑1 (MQ=39) tCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCG‑GGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGa < 2:218659/146‑1 (MQ=39) tGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCG‑GGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCg < 3:225346/147‑1 (MQ=39) gctgctCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCG‑GGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCg < 3:79447/144‑1 (MQ=38) gctgctCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCG‑GGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCg < 8:197078/144‑1 (MQ=38) gctgctCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGAACTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCG‑GGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCgg < 5:229250/145‑1 (MQ=38) ctgctCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCG‑GGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGtt < 5:258996/147‑1 (MQ=38) tCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTAGCG‑GGTAAAACCCCAACTAACACGG‑ACCCTGCCCGCCATGAATTAGGCGCAGGCCCGGGTAGGGGCGGGGTTAcc > 6:115114/1‑147 (MQ=255) tGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTA‑TTAGCG‑GGTAAACCCGCTCCTAACAGGGCC‑CGTGCCGGCCGTGCATTCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGGTTACCcgc > 5:66164/1‑145 (MQ=255) aaGGGTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGAGCGGGCCGGCCTC‑TTCGCG‑GGTAAACCCGCTCCTACCCGGG‑ACCGGGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCGGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAag < 5:231456/146‑1 (MQ=37) cgggTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTgg > 7:214160/3‑58 (MQ=37) cgggTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTgg < 8:214160/56‑1 (MQ=37) gggTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCACCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCa > 3:97926/2‑147 (MQ=255) ggTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGACCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCCCACTGATCTCACGCAt > 8:240427/1‑147 (MQ=255) cGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCACTCTCCGCCACCCTGGTCTCACGCATGCGGCACt > 8:47135/1‑147 (MQ=39) ccAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCcgc > 1:146529/1‑59 (MQ=37) ccAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCcgc < 2:146529/59‑1 (MQ=37) ccAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCAcc > 5:213278/1‑147 (MQ=255) cAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCt > 7:154734/1‑147 (MQ=255) | GGCTTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TCTGC‑‑GGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑A‑CGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCT > NC_002947/4585911‑4586196 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |