| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,126,647 | +C | intergenic (‑101/+48) | tdcG‑II ← / ← gcvP‑I | L‑serine dehydratase/glycine dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,126,645 | 1 | . | C | 84.9% | 159.9 / 22.2 | 53 | intergenic (‑99/+50) | tdcG‑II/gcvP‑I | L‑serine dehydratase/glycine dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (8/0); new base C (10/35); total (18/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.94e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGA‑CCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATA‑GCCACCATCGC‑ATTCG‑C‑GGG‑T‑AAA‑CCGCTCCTACACAGAG‑CCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCA > NC_002947/1126500‑1126784 | gAGGTGCCGTAGCCGATCTTGTACAGGTCGAAGAGGCGCCGTGTCATGCGGA‑CCTCCTGCCAGGTGGTTGGGTGGACATTGAGACCTGTACGCGC‑GGGGTTACCCGCTAATGCGGAGGTATA‑GCCACCATCGC‑TTTCG‑C‑GGG‑T‑AAA‑c < 4:239508/147‑1 (MQ=255) aGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGA‑CCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTTTACCGCCGATTCGGAGGTTTATGCCACCA‑CGC‑AATAG‑C‑GGG‑T‑aaaaa > 1:231201/1‑145 (MQ=255) aGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGA‑CCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTTACCCGCGAATGGGGCGGTTTT‑GCCACCATAGC‑ATTAG‑A‑GGG‑T‑TAA‑ca > 1:83283/1‑146 (MQ=255) 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ccaccaTCGC‑ATTCG‑C‑GGG‑T‑AAACCCGCTCCTACACAGAG‑CCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGAccc > 3:217438/1‑147 (MQ=255) ccaTCGC‑ATTCG‑C‑GGG‑T‑AAACCCGCTCCTACACAGAG‑CCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGc < 3:239768/147‑1 (MQ=255) caTCGC‑ATTCG‑C‑GGG‑T‑AAACCCGCTCCTACACAGAG‑CCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGtt > 2:75375/1‑135 (MQ=255) caTCGC‑ATTCG‑C‑GGG‑T‑AAACCCGCTCCTACACAGAG‑CCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCCGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGtt < 1:75375/135‑1 (MQ=255) cGC‑ATTCG‑C‑GGG‑T‑AAACCCGCTCCTACACAGAG‑CCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGAc > 3:80988/1‑147 (MQ=255) gC‑ATTCG‑C‑GGG‑T‑AAACCCGCTCCTACACAGAG‑CCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGAcc > 6:199515/1‑147 (MQ=255) aTTCG‑C‑GGG‑T‑AAACCCGCTCCTACACAGAG‑CCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACcgg > 8:8613/1‑147 (MQ=255) g‑c‑gGG‑T‑AAACCCGCTCCTACACAGAG‑CCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACcggcgg < 2:83283/146‑1 (MQ=255) g‑c‑gGG‑T‑AAACCCGCTCCTACACAGAG‑CCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACcggcgg < 8:62706/146‑1 (MQ=255) g‑c‑gGG‑T‑AAACCCGCTCCTACACAGAG‑CCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACcggcgg < 8:64573/146‑1 (MQ=255) ggg‑T‑AAACCCGCTCCTACACAGAG‑CCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCa < 3:240881/147‑1 (MQ=255) | GAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGA‑CCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATA‑GCCACCATCGC‑ATTCG‑C‑GGG‑T‑AAA‑CCGCTCCTACACAGAG‑CCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCA > NC_002947/1126500‑1126784 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |