| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 1906707 | 33 (0.680) | 4 (0.100) | 4/232 | 1.4 | 13.8% | intergenic (+47/+81) | nirD/PP_1707 | nitrite reductase/D‑isomer specific 2‑hydroxyacid dehydrogenase family protein |
| ? | NC_002947 | = 1906749 | 23 (0.580) | intergenic (+89/+39) | nirD/PP_1707 | nitrite reductase/D‑isomer specific 2‑hydroxyacid dehydrogenase family protein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAAT‑CTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATAACCAACCCCTGCGGCGTGCGCCCGGCAAACACATCCACCAGGCTGGCCACCACCA > NC_002947/1906564‑1906849 | ccTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTAc < 7:191397/147‑1 (MQ=255) ttgctgAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTAc > 7:8092/2‑146 (MQ=255) tgAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGaa < 3:248547/146‑1 (MQ=255) ggggAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAAT‑CTGCa > 6:193362/1‑147 (MQ=255) tCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGTGTGTGGCCGGTGGTGTTGAAGGGGGAGGCGGGGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGACTCTTCGCTGGCAAGCCCGCTCCTACGGAAT‑CTGCACCGCCTTg < 8:236288/147‑1 (MQ=255) cTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGTAT‑CTGTACCGCCTTg > 5:94103/1‑146 (MQ=255) ggaggaTGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCGACGGAAT‑CTGCACAGCCATGTa > 5:198918/1‑146 (MQ=255) gaggaTGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCcacagggtcggcgccgtattacaag > 7:139931‑M1/1‑122 (MQ=255) aggaTGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAAT‑CTGCACCGCCTTGTAATa > 4:147143/1‑147 (MQ=255) tGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAAT‑CTGCACCGCCTTGTAATACGgc < 7:5071/147‑1 (MQ=255) cGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAAT‑CTGCACCGCCTTGTAATACGGCGcc < 3:147143/147‑1 (MQ=255) gggCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCATGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAAT‑CTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCg < 6:262583/147‑1 (MQ=255) cAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAAT‑CTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGAcc < 1:110983/147‑1 (MQ=255) cAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTAGCCGGCAAGCCCCCGCCcaccgggtcggcgccgtatttcaaggggggggagatt > 7:139288‑M1/1‑110 (MQ=255) agGGTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTAGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTCCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAAT‑CTGCACCGCGTTGTAATACGGCGCCGACCCtg < 4:24582/147‑1 (MQ=255) gTTGCGGGTGGGGCCGGTGCGGTGGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAAT‑CTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCtgtg < 1:156800/147‑1 (MQ=255) gTTGCGGGAGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGCGAGGCTGTGGAGCGGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTACTACGGAAT‑CTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCtgtg < 2:175177/147‑1 (MQ=255) cGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAAT‑CTGCACCGCCTTGTaa > 6:200302/1‑125 (MQ=255) gggTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAAT‑CTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGggagc > 5:193362‑M2/1‑142 (MQ=255) ggTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCcacagggtcggcgccgtattacaaggcggtgcagattccgtaggagcg < 5:2376‑M1/147‑49 (MQ=255) ggTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCCCTGCGACGGGCT‑GATGACCGGCGTGTAATTAGGCGCCGACCCCGTTGGcgcg > 8:97/1‑147 (MQ=255) gtgtGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCcacagggtcggcgccgtattacaaggcggtgcagattccgtaggagcgg < 8:139931‑M1/147‑50 (MQ=255) gtgtGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAAT‑CTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGggagcgg > 8:8092‑M2/1‑140 (MQ=255) tgtgGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGGCCGCCCCCGCCGACGGATT‑AAGCACCGCCCTGTTAAAAGGCGCCGCCCCAGTGGGGGCggg > 3:256842/1‑147 (MQ=255) ccGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCACCTACGGAAT‑CTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGggcgcgggcttgc < 7:141266‑M2/147‑14 (MQ=255) ccGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTAGCCGGCCAGCCCGCGCCAACGGAAA‑AAGCACCCCCATGTAAAAAGGAGGCGCCCCAGGGGGGGCGGGCGTGc > 4:109891/1‑147 (MQ=255) cGGTGGACGGGGGAGCCGGTGGAGCTGGCGGTCGCCTGATACCCCTTTGCGGCCTGGGCCGGCCTCTCCGCGGGCAACCCCGCTCCTACGCACT‑CTGCACCGCCTTGTAATACGGCCCCGCCCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGa < 8:14078/147‑1 (MQ=255) gTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAAT‑CTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGggagcgggcttgcccgcga < 1:83221‑M2/145‑20 (MQ=255) acgggggagGCGTTGGTGCTGGCGGTGGCCTGATCCCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGCCATGCCCGCTCCTACGTAAT‑CTCCACCGCCTTTAAATACGGCGCCGACCCTGTGggagcgggcttgcccgcgaagagg > 4:63593‑M2/3‑122 (MQ=255) aGGGGGAGCCGGTGCAGCTGGCGGTGGCATGATACCCCTTTGCTCCCTGTGCCGGCCTCATCCCAGGCAAGCCACCAACAACGGAAA‑CTGCACAGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGACGGACCCGGCATCCCCTCGAAGAGGca > 6:138345/1‑146 (MQ=255) gggAGGCGGGGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAAT‑CTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGc < 2:19430/147‑1 (MQ=255) gcggcggcGCAGCGGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCCGCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAAT‑CTGCCCCGCCTTCTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGcac < 7:249285/145‑1 (MQ=37) cggggggTGGCCTGATACCCCTTTGCTCCCTGGCCCGGCCTCTGCGCGGGCACGCCCGCTCCTACGTAAT‑CTCCACCGCTTTTTAATCCGGCGCCGACCGTGTGGGCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGa < 4:254389/142‑1 (MQ=37) tGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATAGAGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCGCACAAGCCGACTAGATAACCAAcccc > 1:79212/1‑147 (MQ=38) acccccTTTGCTGCGTGGGCCGCCCTCAGCGCGGCCAAGCCCGCTCCTCCGTACT‑CTGCCCCGCCTTGTAATCCGCCGCCGACCCTGTGGTAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATAACCAACCCCTg < 6:198918/143‑1 (MQ=25) ccccTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAAT‑CTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGgga > 5:223713‑M2/1‑87 (MQ=255) ccccTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAAT‑CTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGgga < 6:223713‑M2/90‑4 (MQ=255) ccTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAAT‑CTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCCCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATAACCAACCCCTGCGGCGt > 1:18571/1‑147 (MQ=255) tttGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTCCGGAAT‑CTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATaa < 3:47001/129‑1 (MQ=255) ctgcCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTACGAAGGAAT‑GTGCCCCCCCGTGTTATACGGCGCCGCCCCGGTGGGAGCGGGGTTGCCCGCGGAGAGGCCAGCGCAAGCCCCCTAGATAACCAAACCCAGCGGCGTGCGccc > 2:29205/1‑147 (MQ=255) tgcCTGTGCCGGCCTCTTCGGGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAAT‑CTGCACCGCCTTGTAATACGCCGCCGTCCCTGTGGGTGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATAACCAACCCCTGCGGCGGGCGCCCg < 5:138345/147‑1 (MQ=39) cTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCGGCGACGGAAT‑GTGCCCCGCCGTGTAATTCGGCGGCGACCCTGGGGGGGCGGGGTTGGCCGGGAAGGGGGCCGGCGAAGGCGGGTGGATGACCACCCCCGGGGGCGTGGGGCCggg > 8:250336/1‑145 (MQ=255) gCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAAT‑CTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATAACCAACCCCTGCGGCGTGCGCCCGGCAAaca < 2:79212/147‑1 (MQ=255) ccTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCcacagggtcggcgccgtatttaaaggcggtggagattacgtaggagcgggcatggccgcgaagaggccggcacaggcagcaaagggggatcaggccaccgccagcaccaacgcctcccccgt > 4:63593‑M1/1‑24 (MQ=255) tCGCGGGCAAGCCCGCTCCcacagggtcggcgccgtattacaaggcggtgcagattccgtaggagcgggcttgcccgcgaataggccggcacaggcagcaaaggggtatcaggccaccgccagctccaccgcctcccccttcaac < 1:83221‑M1/145‑127 (MQ=255) gCAAGCCCGCGCCcacagggtcggcgccgtattacaaggcggtgcagattccgtaggtgcgggcttgcccgcgaagaggccggcacaggcagcaaaggggtatcaggccaccgccagctccaccgcctcccccttcaaccgcaccgg < 7:141266‑M1/147‑135 (MQ=255) ccGCTCCcacagggtcggcgccgtattacaaggcggtgcagattccgtaggagcgggcttgcccgcgaagaggccggcacaggcagcaaaggggtatcaggccaccgccagctccaccgcctcccccttcaaccgcaccggccacac > 8:8092‑M1/1‑7 (MQ=255) ccGCTCCTACGGAAT‑CTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGggagcgggcttgcccgcgaagaggccggcacaggcagcaaaggggtatcaggccaccgccagctccaccgcctcccccttcaaccgcaccggccacac < 8:139931‑M2/147‑99 (MQ=255) cGCTCCTACGGAAT‑CTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGggagcgggcttgcccgcgaagaggccggcacaggcagcaaaggggtatcaggccaccgccagctccaccgcctcccccttcaaccgcaccggccacacc < 5:2376‑M2/147‑100 (MQ=255) gCTCCcacagggtcggcgccgtattacaaggcggtgcagattccgtaggagcgggcttgcccgcgaagaggccggcacaggcagcaaaggggtatcaggccaccgccagctccaccgcctcccccttcaaccgcaccggccacaccc > 5:193362‑M1/1‑5 (MQ=255) gCTCCTACGGAAT‑CTGCACAGCCTTGTAATACGCCGCCGACCCTCTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATAACCAAACCCTGCGGCGTCCGCCCGGCAAACACATCCACCCGGATGGccaccacca > 8:181220/1‑147 (MQ=38) tCCcacagggtcggcgccgtattacaaggcggtgcagattccgtaggagcgggcttgcccgcgaagaggccggcacaggcagcaaagggg < 6:223713‑M1/90‑88 (MQ=255) tCCcacagggtcggcgccgtattacaaggcggtgcagattccgtaggagcgggcttgcccgcgaagaggccggcacaggcagcaaagggg > 5:223713‑M1/1‑3 (MQ=255) | CCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAAT‑CTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATAACCAACCCCTGCGGCGTGCGCCCGGCAAACACATCCACCAGGCTGGCCACCACCA > NC_002947/1906564‑1906849 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |