New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 4733550 = | 71 (1.180) | 6 (0.110) | 5/250 | NT | 8.0% | coding (2085/2832 nt) | sucA | 2‑oxoglutarate dehydrogenase subunit E1 |
? | NC_002947 | 4733587 = | 70 (1.230) | coding (2048/2832 nt) | sucA | 2‑oxoglutarate dehydrogenase subunit E1 |
ACGCTCCAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACT‑GGGCTTCCCAGATCACCAGCGCGTTCGGCATGGTGGTGGAGTAGCCGTATTCGAAGGCCAGTACCGCTTCCTCGGACAGGAACGAATCGTACAGATCGAAACGTGGCTGGCCTGGGAACAGGTTCTGCAACGGAATGTAGG > NC_002947/4733403‑4733698 | aCGCTCCAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGc < 5:148656/149‑1 (MQ=255) aCGCTCCAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGc < 3:153681/149‑1 (MQ=255) cgttgttgcacaaccagaaggacgccagcacctacattccgttgcagaacctgttcccaggccagccacgtttcgatctgtacgattcgttcctgtccgaggaagctgtactggccttcgaatacggctactccaccaccatGCCGAAc > 1:366180‑M1/143‑149 (MQ=255) cggtgttgcacaaccagaaggacgccagcacctacattccgttgcagaacctgttcccaggccagccacgtttcgatctgtacgattcgttcctgtccgaggaagcggtactggccttcgaatacggctactccaccaccatGCCGAAc > 5:340394‑M1/143‑149 (MQ=255) cggtgttgcacaaccagaaggacgccagcacctacattccgttgcagaacctgttcccaggccagccacgtttcgatctgtacgattcgttcctgtccgaggaagcggtactggccttcgaatacggctactccaccaccatGCCGAAc > 7:192612‑M1/143‑149 (MQ=255) cAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAAc < 3:362670/148‑1 (MQ=255) aGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACT‑g < 2:156897/149‑1 (MQ=255) aGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACT‑g < 4:199450/149‑1 (MQ=255) gACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACT‑gg < 5:177688/149‑1 (MQ=255) gcgcgGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACT‑GGGCt < 3:290464/149‑1 (MQ=255) gcacaaccagaaggacgccagcacctacattccgttgcagaacctgttcccaggccagccacgtttcgatctgtacgattcgttcctgtccgaggaagcggtactggccttcgaatacggctactccaccaccatGCCGAACT‑GGGCtt < 2:304319‑M1/14‑1 (MQ=255) gaggagTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACT‑GGGCTTCCCa < 2:199499/149‑1 (MQ=255) aggagTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACT‑GGGCTTcc > 3:368131/1‑146 (MQ=255) ccagaaggacgccagcacctacattccgttgcagaacctgttcccaggccagccacgtttcgatctgtacgattcgttcctgtccgaggaagcggtactggccttcgaatacggctactccaccaccatGCCGAACT‑GGGCTTcc < 4:165044‑M1/16‑1 (MQ=255) gagTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACT‑GGGCTTcc > 1:163403/1‑144 (MQ=255) cTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACT‑GGGCTTCCCAGATCAc > 7:111635/1‑147 (MQ=255) cGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACT‑GGGCTTCCCAGATCACCAgcg > 3:34198/1‑149 (MQ=255) cccTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACT‑GGGCTTCCCAGATCACCAGCGCGtt < 2:163403/149‑1 (MQ=255) ctacattccgttgcagaacctgttcccaggccagccacgtttcgatctgtacgattcgttcctgtccgaggaagcggtactggccttcgaatacggctactccaccaccatGCCGAACT‑GGGCTTCCCAGATCACCAGCGCGTTCGGCa > 1:304319‑M1/112‑149 (MQ=255) ctacattccgttgcagaacctgttcccaggccagccacgtttcgatctgtacgattcgttcctgtccgaggaagcggtactggccttcgaatacggctactccaccaccatGCCGAACT‑GGGCTTCCCAGATCACCAGCGCATTCGGCa > 3:165044‑M1/112‑149 (MQ=255) cATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACT‑GGGCTTCCCAGATCACCAGCGCGTTCGGCAtgg < 8:202006/147‑1 (MQ=255) aTAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACT‑GGGCTTCCCAGATCACCAGCGCGTTCGGCAtggtgg > 8:245003/1‑149 (MQ=255) aGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACT‑GGGCTTCCCAGATCACCAGCGCGTTCGGCAtggtggtg > 1:68766/1‑149 (MQ=255) 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gcagcagcaTGGTCAGACCGCACAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACT‑GGGCTTACCAGATCACCAGCGCGTTCGGCATGGTGGTGGAGTAGCCg > 3:293920/1‑149 (MQ=255) cctgttcccaggccagccacgtttcgatctgtacgattcgttcctgtccgaggaagcggtactggccttcgaatacggctactccaccaccatGCCGAACT‑GGGCTTCCCAGATCACCAGCGCGTTCGGCAtggt < 2:87006‑M1/42‑1 (MQ=255) cctgttcccaggccagccacgtttcgatctgtacgattcgttcctgtccgaggaagcggtactggccttcgaatacggctactccaccaccatGCCGAACT‑GGGCTTCCCAGATCACCAGCGCGTTCGGCAtggt > 1:87006‑M1/94‑135 (MQ=255) agcagcaTGGTCAGACCGCACAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACT‑GGGCTTCCCAGATCACCAGCGCGTTCGGCATGGTGGTGGa > 3:101839/1‑140 (MQ=255) agcagcaTGGTCAGACCGCACAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACT‑GGGCTTCCCAGATCACCAGCGCGTTCGGCATGGTGGTGGa < 4:101839/140‑1 (MQ=255) agcagcaTGGTCAGACCGCACAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACT‑GGGCTTCCCAGATCACCAGCGCGTTCGGCATGGTGGTGGAGTAGCCGTa < 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |