New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 4724051 | 56 (0.930) | 3 (0.050) | 3/248 | NT | 5.5% | coding (65/483 nt) | yigI | hypothetical protein |
? | NC_002947 | = 4724089 | 50 (0.880) | coding (27/483 nt) | yigI | hypothetical protein |
GCAGTGGGTTGCCGATATTGTCCGGGCTGGCCGGCAGGCGGAACAACACGTCATCGCCCTGACGCTCGCATTCGATGCCGATCAGCCCGGCATAGGGAATCAGCGCCAGCAACGGTCGATAGTCGCCCACCGCATGGGCGGCGTTGAGCTGCTGGCGTACCGCGTGCGGAATCATGCCTTGCCCTCCTTCAGACTGTCGCCGAAACGGATGCCGCCCTTGATGTCCTGGCCCAGGCGCATGAACGTGCCCACCACCTGGCAGATGGGCTGGTCGGGGTCGTCCTGGTAGGCGGT > NC_002947/4723941‑4724234 | gCAGTGGGTTGCCGATATTGTCCGGGCTGGCCGGCAGGCGGAACAACACGTCATCGCCCTGACGCTCGCATTCGATGCCGATCAGCCCGGCATAGGGAATCAGCGCCAGCAACGGTCGATAGTCGCCCACCGCATGGGCGGCGTTGAgc > 3:41890/1‑149 (MQ=255) cAGTGGGTTGCCGATATTGTCCGGGCTGGCCGGCAGGCGGAACAACACGTCATCGCCCTGACGCTCGCATTCGATGCCGATCAGCCCGGCATAGGGAATCAGCGCCAGCAACGGTCGATAGTCGCCCACCGCATGGGCGGCGTTGAGCt < 4:118236‑M2/149‑2 (MQ=255) gTGGGTTGCCGATATTGTCCGGGCTGGCCGGCAGGCGGAACAAAACGTCATCGCCCTGACGCTCGCATTCGATGCCGATCAGCCCGGCATAGGGAATCAGCGCCAGCAACGGTCGATAGTCGCCCACCGCATGGGCGGCGTTGAGCtgc > 6:366849‑M2/1‑146 (MQ=255) gTTGCCGATATTGTCCGGGCTGGCCGGCAGGCGGAACAACACGTCATCGCCCTGACGCTCGCATTCGATGCCGATCAGCCCGGCATAGGGAATCAGCGCCAGCAACGGTCGATAGTCGCCCACCGCATGGGCGGCGTTGAGCtgctggc > 2:267286‑M2/1‑142 (MQ=255) gATATTGTCCGGGCTGGCCGGCAGGCGGAACAACACGTCATCGCCCTGACGCTCGCATTCGATGCCGATCAGCCCGGCATAGGGAATCAGCGCCAGCAACGGTCGATAGTCGCCCACCGCATGGGCGGCGTTGAGCTGCTGGCGTACcg > 7:262502/1‑149 (MQ=255) atatTGTCCGGGCTGGCCGGCAGGCGGAACAACACGTCATCGCCCTGACGCTCGCATTCGATGCCGATCAGCCCGGCATAGGGAATCAGCGCCAGCAACGGTCGATAGTCGCCCACCGCATGGGCGGCGTTGAGCTGCTGGCGTACcgc < 6:369292/149‑1 (MQ=255) gggCTGGCCGGCAGGCGGAACAACACGTCATCGCCCTGACGCTCGCATTCGATGCCGATCAGCCCGGCATAGGGAATCAGCGCCAGCAACGGTCGATAGTCGCCCACCGCATGGGCGGCGTTGAGCTGCTGGCGTACCGCGTGCGGAAt < 5:47877/149‑1 (MQ=255) cTGGCCGGCAGGCGGAACAACACGTCATCGCCCTGACGCTCGCATTCGATGCCGATCAGCCCGGCATAGGGAATCAGCGCCAGCAACGGTCGATAGTCGCCCACCGCATGGGCGGCGTTGAGCTGCTGGCGTACCGCGTGCGGAATCAt < 8:160059/149‑1 (MQ=255) tGGCCGGCAGCCGGCACAACACGTCATCGCCCTGACGCTCGCATTCGATGCCGATCACCACGGCATAGGGAATCAGCGCCAGCAACGGTCGATAGTCGCCAACAGCATGGGCGGCGTTGAGCTGCTGGCGTACCGCGTGCGGATTGATg > 4:278741/1‑149 (MQ=255) gCCGGCAGGCGGAACAACACGTCATCGCCCTGACGCTCGCATTCGATGCCGATCAGCCCGGCATAGGGAATCAGCGCCAGCAACGGTCGATAGTCGCCCACCGCATGGGCGGCGTTGAGCTGCTGGCGTACCGCGTGCGGAATCATGcc > 4:98972/1‑149 (MQ=255) gCCGGCAGGCGGAACAACACGTCATCGCCCTGACGCTCGCATTCGATGCCGATCAGCCCGGCATAGGGAATCAGCGCCAGCAACGGTCGATAGTCGCCCACCGCATGGGCGGCGTTGAGCTGCTGGCGTACCGCGTGCGGAATCATGcc > 7:179244/1‑149 (MQ=255) cGGCAGGCGGAACAACACGTCATCGCCCTGACGCTCGCATTCGATGCCGATCAGCCCGGCATAGGGAATCAGCGCCAGCAACGGTCGATAGTCGCCCACCGCATGGGCGGCGTTGAGCTGCTGGCGTACCGCGTGCGGAATCATGCCtt < 1:310655/149‑1 (MQ=255) cGGAAGGCTGAACAACACGTCATCGGCCTGAAGCTCGCTTTCGTTGCCGATCAGCCCGGCATAGGGAATCAGCGCCAGGAACGGTCGATAGTCGCCCACCGGATGGGCGGCGTTGAGCTGCTGGCGTACGGGGTGCGGAATCATGCCtt < 4:41890/149‑1 (MQ=255) aGGCGGTACAACACGTCATCGCCCTGACGCTCGCATTCGATGCCGATCAGCCCGGCATAGGGAATCAGCGCCAGCAACGGGCGATAGTCGCCCACCGCATGGGCGGCGTTGAGCTGCTGGCGTACCGCGTGCGGAATCATGCCTTGccc < 2:96268/149‑1 (MQ=255) gCGGAACAACACGTCATCGCCCTGACGCTCGCATTCGATGCCGATCAGCCCGGCATAGGGAATCAGCGCCAGCAACGGTCGATAGTCGCCCACCGCATGGGCGGCGTTGAGCTGCTGGCGTACCGCGTGCGGAATCATGCCTTGCcctc > 7:355126/1‑149 (MQ=255) gAACAACACGTCATCGCCCTGACGCTCGCATTCGATGCCGATCAGCCCGGCATAGGGAATCAGCGCCAGCAACGGTCGATAGTCGCCCACCGCATGGGCGGCGTTGAGCTGCTGGCGTACCGCGTGCGGAATCATGCCTTGCcctcct > 6:191101/1‑148 (MQ=255) aacaCGTCATCGCCCTGACGCTCGCATTCGATGCCGATCAGCCCGGCATAGGGAATCAGCGCCAGCAACGGTCGATAGTCGCCCACCGCATGGGCGGCGTTGAGCTGCTGGCGTACCGCGTGCGGAATCATGCCTTGCCCTCCTTCAGa > 1:77826/1‑149 (MQ=255) aTCGCCCTGACGCTCGCATTCGATGCCGATCAGCCCGGCATAGGGAATCAGCGCCAGCAACGGTCGATAGTCGCCCACCGCATGGGCGGCGTTGAGCTGCTGGCGTACCGCGTGCGGAATCATGCCTTGCCCTCCtt > 1:227108/1‑137 (MQ=255) aTCGCCCTGACGCTCGCATTCGATGCCGATCAGCCCGGCATAGGGAATCAGCGCCAGCAACGGTCGATAGTCGCCCACCGCATGGGCGGCGTTGAGCTGCTGGCGTACCGCGTGCGGAATCATGCCTTGCCCTCCtt < 2:227108/137‑1 (MQ=255) aTCGCCCTGACGCTCGCATTCGATGCCGATCAGCCCGGCATAGGGAATCAGCGCCAGCAACGGTCGATAGTCGCCCACCGCATGGGCGGCGTTGAGCTGCTGGCGTACCGCGTGCGGAATCATGCCTTGCCCTCCTTCAGACTGTCGcc > 5:71271/1‑149 (MQ=255) aTCGCCCTGACGCTCGCATTCGATGCCGATCAGCCCGGCATAGGGAATCAGCGCCAGCAACGGTCGATAGTCGCCCACCGCATGGGCGGCGTTGAGCTGCTGGCGTACCGCGTGCGGAATCATGCCTTGCCCTCCTTCAGACTGTCGc < 7:110970/148‑1 (MQ=255) aCGCTCGCATTCGATGCCGATCAGCCCGGCATAGGGAATCAGCGCCAGCAACGGTCGATAGTCGCCCACCGCATGGGCGGCGTTGAGCTGCTGGCGTACCGCGTGCGGAATCATGCCTTGCCCTCCTTCAGACTGTCGCCGAAACGGAt < 1:348700/149‑1 (MQ=255) gCTCGCATTCGATGCCGATCAGCCCGGCATAGGGAATCAGCGCCAGCAACGGTCGATAGTCGCCCACCGCATGGGCGGCGTTGAGCTGCTGGCGTACCGCGTGCGGAATCATGCCTTGCCCTCCTTCAGACTGTCGCCGAAACGGATgc < 6:71271/149‑1 (MQ=255) gCTCGCATTCGATGCCGATCAGCCCGGCATAGGGAATCAGCGCCAGCAACGGTCGATAGTCGCCCACCGCATGGGCGGCGTTGAGCTGCTGGCGTACCGCGTGCGGAATCATGCCTTGCCCTCCTTCAGACTGTCGCCGAAACGGATgc > 1:331199/1‑149 (MQ=255) gCTCGCATTCGATGCCGATCAGCCCGGCATAGGGAATCAGCGCCAGCAACGGTCGATAGTCGCCCACCGCATGGGCGGCGTTGAGCTGCTGGCGTACCGCGTGCGGAATCATGCCTTGCCCTCCTTCAGACTGTCGCCGAAACGGATgc > 2:373694/1‑149 (MQ=255) cTCGCATTCGATGCCGATCAGCCCGGCATAGGGAATCAGCGCCAGCAACGGTCGATAGTCGCCCACCGCATGGGCGGCGTTGAGCTGCTGGCGTACCGCGTGCGGAATCATGCCTTGCCCTCCTTCAGACTGTCGCCGAAACGGATgcc < 3:118236/149‑1 (MQ=255) gCATTCGATGCCGATCAGCCCGGCATAGGGAATCAGCGCCAGCAACGGTCGATAGTCGCCCACCGCATGGGCGGCGTTGAGCTGCTGGCGTACCGCGTGCGGAATCATGCCTTGCCCTCCTTCAGACTGTCGCCGAAACGGATgccg < 4:207881/147‑1 (MQ=255) aTTCGATGCCGATCAGCCCGGCATAGGGAATCAGCGCCAGCAACGGTCGATAGTCGCCCACCGCATGGGCGGCGTTGAGCTGCTGGCGTACCGCGTGCGGAATCATGCCTTGCCCTCCTTCAGACTGTCGCCGAAACGGATgcc < 5:317090/144‑1 (MQ=255) aTTCGATGCCGATCAGCCCGGCATAGGGAATCAGCGCCAGCAACGGTCGATAGTCGCCCACCGCATGGGCGGCGTTGAGCTGCTGGCGTACCGCGTGCGGAATCATGCCTTGCCCTCCTTCAGACTGTCGCCGAAACGGATgcc > 6:317090/1‑144 (MQ=255) ttCTATGCCGATCAGCCCGGCATAGGGAATCAGCGCCAGCAACGGTCGATAGTCGCCCACCGCATGGGCGGCGTTGAGCTGCTGGCGTACCGCGTGCGGAATCATGCCTTGCCCTCCTTCAGACTGTCGCCGAAACGGATGCCGCCCtt < 4:223166/149‑1 (MQ=255) cGATGCCGATCAGCCCGGCATAGGGAATCAGCGCCAGCAACGGTCGATAGTCGCCCACCGCATGGGCGGCGTTGAGCTGCTGGCGTACCGCGTGCGGAATCATGCCTTGCCCTCCTTCAGACTGTCGCCGAAACGGATGCCGCCCTTg < 2:77826/148‑1 (MQ=255) gATGCCGATCAGCCCGGCATAGGGAATCAGCGCCAGCAACGGTCGATAGTCGCCCACCGCATGGGCGGCGTTGAGCTGCTGGCGTACCGCGTGCGGAATCATGCCTTGCCCTCCTTCAGACTGTCGCCGAAACGGATGCCGCCCTTGAt < 8:355126/149‑1 (MQ=255) aTCAGCCCGGCATAGGGAATCAGCGCCAGCAACGGTCGATAGTCGCCCACCGCATGGGCGGCGTTGAGCTGCTGGCGTACCGCGTGCGGAATCATGCCTTGCCCTCCTTCAGACTGTCGCCGAAACGGATGCCGCCCTTGATGTCCTgg > 5:69189/1‑149 (MQ=255) aGCCCGGCATAGGGAATCAGCGCCAGCAACGGTCGATAGTCGCCCACCGCATGGGCGGCGTTGAGCTGCTGGCGTACCGCGTGCGGAATCATGCCTTGCCCTCCTTCAGACTGTCGCCGAAACGGATGCCGCCCTTGATGTCCTGGccc < 8:179244/149‑1 (MQ=255) cccGGCATAGGGAATCAGCGCCAGCAACGGTCGATAGTCGCCCACCGCATGGGCGGCGTTGAGCTGCTGGCGTACCGCGTGCGGAATCATGCCTTGCCCTCCTTCAGACTGTCGCCGAAACGGATGCCGCCCTTGATGTCCTGGCCCAg > 5:204769/1‑149 (MQ=255) cccGGCATAGGGAATCAGCGCCAGCAACGGTCGATAGTCGCCCACCGCATGGGCGGCGTTGAGCTGCTGGCGTACCGCGTGCGGAATCATGCCTTGCCCTCCTTCAGACTGTCGCCGAAACGGATGCCGCCCTTGATGTCCTGGCCCAg < 2:98625/149‑1 (MQ=255) cATAGGGAATCAGCGCCAGCAACGGTCGATAGTCGCCCACCGCATGGGCGGCGTTGAGCTGCTGGCGTACCGCGTGCGGAATCATGCCTTGCCCTCCTTCAGACTGTCGCCGAAACGGATGCCGCCCTTGATGTCCTGGCCCAGGCGCa > 3:347690/1‑149 (MQ=255) aTAGGGAATCAGCGCCAGCAACGGTCGATAGTCGCCCACCGCATGGGCGGCGTTGAGCTGCTGGCGTACCGCGTGCGGAATCATGCCTTGCCCTCCTTCAGACTGTCGCCGAAACGGATGCCGCCCTTGATGTCCTGGCCCAGgcgcct > 6:229259/1‑147 (MQ=255) aTAGGGAATCAGCGCCAGCAACGGTCGATACTCGCCCACCGCATGGGCGGCGTTGAGCTGCTGGCGTACCGCGTGCGGAATCATGCCTTGCCCTCCTTCAGACTGTCGCCGAAACGGATGCCGCCCTTGATGTCCTGGCCCAGGCGCAt > 1:34159/1‑149 (MQ=255) tAGGGAATCAGCGCCAGCAACGGTCGATAGTCGCCCACCGCATGGGCGGCGTTGAGCTGCTGGCGTACCGCGTGCGGAATCATGCCTTGCCCTCCTTCAGACTGTCGCCGAAACGGATGCCGCCCTTGATGTCCTGGCCCAGGCGCATg < 1:427/149‑1 (MQ=255) ggAATCAGCGCCAGCAACGGTCGATAGTCGCCCACCGCATGGGCGGCGTTGAGCTGCTGGCGTACCGCGTGCGGAATCATGCCTTGCCCTCCTTCAGACTGTCGCCGAAACGGATGCCGCCCTTg > 5:31687/1‑125 (MQ=255) ggAATCAGCGCCAGCAACGGTCGATAGTCGCCCACCGCATGGGCGGCGTTGAGCTGCTGGCGTACCGCGTGCGGAATCATGCCTTGCCCTCCTTCAGACTGTCGCCGAAACGGATGCCGCCCTTg < 6:31687/125‑1 (MQ=255) ggAATCAGCGCCAGCAACGGTCGATAGTCGCCCACCGCATGGGCGGCGTTGAGCTGCTGGCGTACCGCGTGCGGAATCATGCCTTGCCCTCCTTCAGACTGTCGCCGAAACGGATGCCGCCCTTGATGTCCTGGCCCAGGCGCATGAAc > 3:107233/1‑149 (MQ=255) gAATCAGCGCCAGCAACGGTCGATAGTCGCCCACCGCATGGGCGGCGTTGAGCtgctggcgctgattccctatgccgggctgatcggcatcgaatgcgagcgtcagggcgatgacgtgttgttccgcctgccggccagcccggacaat < 3:100985‑M2/148‑96 (MQ=255) aTCAGCGCCAGCAACGGTCGATAGTCGCCCACCGCATGGGCGGCGTTGAGCTGCTGGCGTACCGCGTGCGGAATCATGCCTTGCCCTCCTTCAGACTGTCGCCGAAACGGATGCCGCCCTTGATGTCCTGGCCCAGGCGCATGAACGTg < 4:347690/149‑1 (MQ=255) tCAGCGCCAGCAACGGTCGATAGTCGCCCACCGCATGGGCGGCGTTGAGCTGCTGGCGTACCGCGTGCGGAATCATGCCTTGCCCTCCTTCAGACTGTCGCCGAAACGGATGCCGCCCTTGATGTCCTGGCCCAGGCGCATGAACGTGc < 3:98972/149‑1 (MQ=255) aGCGCCAGCAACGGTCGATAGTCGCCCACCGCATGGGCGGCGTTGAGCTGCTGGCGTACCGCGTGCGGAATCATGCCTTGCCCTCCTTCAGACTGTCGCCGAAACGGATGCCGCCCTTGATGTCCTGGCCCAGGCGCATGAACGTGccc < 2:293953/149‑1 (MQ=255) gcgcCAGCAACGGTCGATAGTCGCCCACCGCATGGGCGGCGTTGAGCtgctggcgctgattccctatgccgggctgatcggcatcgaatgcgagcgtcagggcgatgacgtgttgttccgcctgccggccagcccggacaatatcggc < 5:254143‑M2/148‑102 (MQ=255) gcgcCAGCAACGGTCGATAGTCGCCCACCGCATGGGCGGCGTTGAGCTGCTGGCGTACCGCGTGCGGAATCATGCCTTGCCCTCCTTCAGACTGTCGCCGAAACGGATGCCGCCCTTGATGTCCTGGCCCAGGCGCa > 5:51680/1‑137 (MQ=255) gcgcCAGCAACGGTCGATAGTCGCCCACCGCATGGGCGGCGTTGAGCTGCTGGCGTACCGCGTGCGGAATCATGCCTTGCCCTCCTTCAGACTGTCGCCGAAACGGATGCCGCCCTTGATGTCCTGGCCCAGGCGCa < 6:51680/137‑1 (MQ=255) ggTCGATAGTCGCCCACCGCATGGGCGGCGTTGAGCTGCTGGCGTACCGCGTGCGGAATCATGCCTTGCCCTCCTTCAGACTGTCGCCGAAACGGATGCCGCCCTTGATGTCCTGGCCCAGGCGCATGAACGTGCCCACCACCTgg > 4:234272/1‑146 (MQ=255) tCGATAGTCGCCCACCGCATGGGCGGCGTTGAGCtgctggcgctgattccctatgccgggctgatcggcatcgaatgcgagcgtcagggcgatgacgtgttgttccgcctgccggccagcccggacaatatcggcaacccactgctacc > 6:254143‑M2/1‑34 (MQ=255) tCGCCCACCGCATGGGCGGCGTTGAGCTGCTGGCGTACCGCGTGCGGAATCATGCCTTGCCCTCCTTCAGACTGTCGCCGAAACGGATGCCGCCCTTGATGTCCTGGCCCAGGCGCATGAACGTGCCCACCACCTGGCAGATGGGCTgg > 4:311176/1‑149 (MQ=255) gCCCACCGCATGGGCGGCGTTGAGCTGCTGGCGTACCGCGTGCGGAATCATGCCTTGCCCTCCTTCAGACTGTCGCCGAAACGGATGCCGCCCTTGATGTCCTGGCCCAGGCGCATGAACGTGCCCACCACCTGGCAGATGGGCTGGTc > 2:56/1‑149 (MQ=255) aCCGCATGGGCGGCGTTGAGCTGCTGGCGTACCGCGTGCGGAATCATGCCTTGCCCTCCTTCAGACTGTCGCCGAAACGGATGCCGCCCTTGATGTCCTGGCCCAGGCGCATGAACGTGCCCACCACCTGGCAGATGGGCTGGTCgggg > 1:182421/1‑149 (MQ=255) tGGGCGGCGTTGAGCTGCTGGCGTACCGCGTGCGGAATCATGCCTTGCCCTCCTTCAGACTGTCGCCGAAACGGATGCCGCCCTTGATGTCCTGGCCCAGGCGCATGAACGTGCCCACCACCTGGCAGATGGGCTGGTCGGGGTCGTcc < 1:202167/149‑1 (MQ=255) gcggcgTTGAGCTGCTGGCGTACCGCGTGCGGAATCATGCCTTGCCCTCCTTCAGACTGTCGCTGAAACGGATGCCGCCCTTGATGTCCTGGCCCAGGCGCATGAACGTGCCCACCACCTGGCAGATGGGCTGGTCGGGGTCGTCCTgg > 8:226815/1‑149 (MQ=255) gcgTTGAGCTGCTGGCGTACCGCGTGCGGAATCATGCCTTGCCCTCCTTCAGACTGTCGCCGAAACGGATGCCGCCCTTGATGTCCTGGCCCAGGCGCATGAACGTGCCCACCACCTGGCAGATGGGCTGGTCGGGGTCGTCCTGGTAg < 6:69189/149‑1 (MQ=255) aGCTGCTGGCGTACCGCGTGCGGAATCATGCCTTGCCCTCCTTCAGACTGTCGCTGAAACGGATGCCGCCCTTGATGTCCTGGCCCAGGCGCATGAACGTGCCCACCACCTGGCAGATGGGCTGGTCGGGGTCGTCCTGGTAGGCGGt < 7:226815/148‑1 (MQ=255) | GCAGTGGGTTGCCGATATTGTCCGGGCTGGCCGGCAGGCGGAACAACACGTCATCGCCCTGACGCTCGCATTCGATGCCGATCAGCCCGGCATAGGGAATCAGCGCCAGCAACGGTCGATAGTCGCCCACCGCATGGGCGGCGTTGAGCTGCTGGCGTACCGCGTGCGGAATCATGCCTTGCCCTCCTTCAGACTGTCGCCGAAACGGATGCCGCCCTTGATGTCCTGGCCCAGGCGCATGAACGTGCCCACCACCTGGCAGATGGGCTGGTCGGGGTCGTCCTGGTAGGCGGT > NC_002947/4723941‑4724234 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |