| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,035,606 | G→C | 6.4% | M219I (ATG→ATC) ‡ | PP_3557 → | methyl‑accepting chemotaxis transducer |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,035,606 | 0 | G | C | 6.4% | 202.0 / 3.8 | 62 | M219I (ATG→ATC) ‡ | PP_3557 | methyl‑accepting chemotaxis transducer |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (26/32); new base C (2/2); total (28/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.66e-01 | |||||||||||
GCCCTGCCCGAACATGACATGGCCAACACCGAGATCGGCCCCAGCGGCCAGCCGGCCAACACCTGGTGGGTATGCCCACGCACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTCAACGGCAAGATCATTGCCACCCTGTCCATCGACATCAACCTCAATAGCCTGCAGGCACTGAGCCAGGAGGCCAGCCGCAGCCTCTACGAAGGCCGCACCACGGTCGGCATTCTCACC > NC_002947/4035460‑4035750 | gCCCTGCCCGAACATGACATGGCCAACACCGAGATCGGCCCCAGCGGCCAGCCGGCCAACACCTGGTGGGTATGCCCACGCACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGAc > 8:167778/1‑149 (MQ=255)gCCCTGCCCGAAAATGACATGGCCAACACCGAGATCGGCCCCAGCGGCCAGCCGGCCAACACCTGGTGGGTATGCCCACGCACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCtgatga < 6:257655/148‑1 (MQ=255) gCCCGAACATGACATGGCCAACACCGAGATCGGCCCCAACGGCCAGCCGGCCAACAGCTGGTGGGTATGCCCACGCACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACGTCTACGCGATCGATGGCCAGCAGGTGCTGCTGAGCAgat > 8:196730/1‑147 (MQ=255) gCCCGAACATGACATGGCCAACACCGAGATCGGCCCCAACGGCCAGCCGGCCAACACCTGGTGGGTATGCCCACGCACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGAc < 7:196730/144‑1 (MQ=255) ccGAACATGACATGGCCAACACCGAGATCGGCCCCAGCGGCCAGCCGGCCAACACCTGGTGGGTATGCCCACGCACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCATc < 7:201896/149‑1 (MQ=255) gacatgGCCAACACCGAGATCGGCCCCAGCGGCCAGCCGGCCAACACCTGGTGGGTATGCCCACGCACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCATCGTGTTccc > 2:244129/1‑149 (MQ=255) catgGCCAACACCGAGATCGGCCCCAGCGGCCAGCCGGCCAACACCTGGGGGGTATGCCCACGCACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCATCGTGTTCCCGc < 2:293819/149‑1 (MQ=255) tgGCCAACACCGAGATCGGCCCCAGCGGCCAGCCGGCCAACACCTGGTGGGTATGCCCACGCACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCATCGTGTTCCCGCTg < 1:244129/149‑1 (MQ=255) agaTCGGCCCCAGCGGCCAGCCGGCCAACACCTGGTGGGTATGCCCACGCACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTCAACGGc < 6:377067/149‑1 (MQ=255) aTCGGCCCCAGCGGCCAGCCGGCCAACACCTGGTGGGTATGCCCACGCACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTCAACGGc > 7:139148/1‑147 (MQ=255) gCCCCAGCGGCCAGCCGGCCAACACCTGGTGGGTATGCCCACGCACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTCAACgg < 4:13564/142‑1 (MQ=255) gCCCCAGCGGCCAGCCGGCCAACACCTGGTGGGTATGCCCACGCACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTCAACgg > 3:13564/1‑142 (MQ=255) ccccAGCGGCCAGCCGGCCAACACCTGGTGGGTATGCCCACGCACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTCAACGGCAAGATCa > 2:261284/1‑149 (MQ=255) cccAGCGGCCAGCCGGCCAACACCTGGTGGGTATGCCCACGCACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTCAACGGCAAGATCAt > 7:154093/1‑149 (MQ=255) ccAGCGGCCAGCCGGCCAACACCTGGTGGGTATGCCCACGCACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTCAACGGCAAGATCAtt < 6:350295/149‑1 (MQ=255) ccAGCGGCCAGCCGGCCAACACCTGGTGGGTATGCCCACGCACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTCAACGGCAAGATCAtt > 5:350295/1‑149 (MQ=255) ccAGCGGCCAGCCGGCCAACACCTGGTGGGTATGCCCACGCACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTCAACGGCAAGATCAtt < 5:218017/149‑1 (MQ=255) ccAGCGGCCAGCCGGCCAACACCTGGTGGGTATGCCCACGCACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTCAACGGCAAGATCAtt < 8:138690/149‑1 (MQ=255) ccAGCGGCCAGCCGGCCAACACCTGGTGGGTATGCCCACGCACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTCAACGGCAAGATCAtt < 1:261284/149‑1 (MQ=255) cGGCCAGCCGGCCAACACCTGGTGGGTATGCCCACGCACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTCAACGGCAAGATCATTGCCa < 3:354645/149‑1 (MQ=255) gCCAGCCGGCCAACACCTGGTGGGTATGCCCACGCACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTCAACGGCAAGATCATTGCCAcc < 8:166194/149‑1 (MQ=255) gCCGGCCAACACCTGGTGGGTATGCCCACGCACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATTGATGGCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTCAACGGCAAGATCATTGCCACCCTGt < 7:315339/149‑1 (MQ=255) ccGGCCAACACCTGGTGGGTATGCCCACGCACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTCAACGGCAAGATCATTGCCACCCTGTc > 3:253939/1‑149 (MQ=255) gCCAACACCTGGTGGGTATGCCCACGCACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTCAACGGCAAGATCATTGCCACCCTGTCCAt > 3:82691/1‑149 (MQ=255) cAACACCTGGTGGGTATGCCCACGCACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTCAACGGCAAGATCATTGCCACCCTGTCCATc > 1:76862/1‑148 (MQ=255) cAACACCTGGTGGGTATGCCCACGCACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTCAACGGCAAGATAATTGCCACCAGGTCCATc > 8:232594/1‑148 (MQ=255) aaCACCTGGTGGGTATGCCCACGCACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTCAACGGCAAGATCATTGCCACCCTGTCCATCGa > 3:46756/1‑149 (MQ=255) acacCTGGTGGGTATGCCCACGCACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTCAACGGCAAGATCATTGCCACCCTGTCCATCGa > 3:3966/1‑148 (MQ=255) acCTGGTGGGTATGCCCACGCACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTCa > 5:216031/1‑115 (MQ=255) acCTGGTGGGTATGCCCACGCACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTCa < 6:216031/115‑1 (MQ=255) ccTGGTGGGTATGCCCACGCACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTCAACGGCAAGATCATTGCCACCCTGTCCATCGACATc < 3:331570/149‑1 (MQ=255) gtggGTATGCCCACGCACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTCAACGGCAAGATCATTGCCACCCTGTCCATCGACATCAAc < 2:76862/148‑1 (MQ=255) tggGTATGCCCACGCACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTCAACGGCAAGATCATTGCCACCCTGTCCATCGACATCAACCt < 8:154093/149‑1 (MQ=255) cccACGCACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTCAACGGCAAGTTCATTGCCACCCTGTCCATCGACATCAACCTCAATAGcc > 2:310021/1‑149 (MQ=255) ccACGCACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGAc < 1:309422/74‑1 (MQ=255) ccACGCACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGAc > 2:309422/1‑74 (MQ=255) 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gCACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTCAACGGCAAGATCATTGCCACCCTGTCCATCGACATCAACCTCAATAGCCTGCAg < 4:253939/149‑1 (MQ=255) aGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTCAACGGCAAGATCATTGCCACCCTGTCCATCGACATCAACCTCAATAGCCTGCAGGCACTGAGCCag < 4:46756/149‑1 (MQ=255) gtgtGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTCAACGGCAAGATCATTGCCACCCTGTCCATCGACATCAACCTCAATAGCCTGCAGGCACTGAGCCagga < 7:19673/149‑1 (MQ=255) tgtgCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTCAACGGCAAGATCATTGCCACCCTGTCCATCGACATCAACCTCAATAGCCTGCAGGCACTGAGCCaggag < 5:249959/149‑1 (MQ=255) gagCCGTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTCAACGGCAAGATCATTGCCACCCTGTCCATCGACATCAACCTCAATAGCCTGCAGGCACTGAGCCAGGAGGCCAGCCGCa < 7:232594/148‑1 (MQ=255) agCCGAACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTCAACGGCAAGATCATTGCCACCCTGTCCATCGACATCAACCTCAATAGCCTGCAGGCACTGAGCCAGGAGGCCAGCCGCAGc < 7:167778/149‑1 (MQ=255) ccGTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTCAACGGCAAGATCATTGCCACCCTGTCCATCGACATCAACCTCAATAGCCTGCAGGCACTGAGCCAGGAGGCCAGCCGCAGCct > 4:178214/1‑149 (MQ=255) gTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTCAACGGCAAGATCATTGCCACCCTGTCCATCGACATCAACCTCAATAGCCTGCAGGCACTGAGCCAGGAGGCCAGCCGCAGCctct < 4:82691/149‑1 (MQ=255) tACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTCAACGGCAAGATCATTGCCACCCTGTCCATCGACATCAACCTCAATAGCCTGCAGGCACTGAGCCAGGAGGCCAGCCGCAGCCTCTa < 4:66543/149‑1 (MQ=255) cTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTCAACGGCAAGATCATTGCCACCCTGTCCATCGACATCAACCTCAATAGCCTGCAGGCACTGAGCCAGGAGGCCAGCCGCAGCCTCTACg < 5:26266/149‑1 (MQ=255) ttCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTCAACGGCAAGATCATTGCCACCCTGTCCATCGACATCAACCTCAATAGCCTGCAGGCACTGAGCCAGGAGGCCAGCCGCAGCCTCTACg > 7:254410/1‑148 (MQ=255) tGGCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTCAACGGCAAGATCATTGCCACCCTGTCCATCGACATCAACCTCAATAGCCTGCAGGCACTGAGCCAGGAGGCCAGCCGCAGCCTCTACGAAg < 5:364656/137‑1 (MQ=255) tGGCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTCAACGGCAAGATCATTGCCACCCTGTCCATCGACATCAACCTCAATAGCCTGCAGGCACTGAGCCAGGAGGCCAGCCGCAGCCTCTACGAAg > 6:364656/1‑137 (MQ=255) gCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTCAACGGCAAGTTCATTGCCACCCTGTCCATCGACATCAACCTCAATAGCCTGCAGGCACTGAGCCAGGAGGCCAGCCGCAGCCTCTACGAAGGCCGCACCACGGTc < 1:310021/149‑1 (MQ=255) ccAGCAGGTGCTGATGACCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTCAACGGCAAGATCATTGCCACCCTGTCCATCGACATCAACCTCAATAGCCTGCAGGCACTGAGCCAGGAGGCCAGCCGCAGCCTCTACGAAGGCCGCACCACGGTCg < 6:273598/149‑1 (MQ=255) ccAGCAGGTGCTGATGACCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTCAACGGCAAGATCATTGCCACCCTGTCCATCGACATCAACCTCAATAGCCTGCAGGCACTGAGCCAGGAGGCCAGCCACAGCCTCTACGAAGGCCGCACCACGGTCg < 8:139148/149‑1 (MQ=255) agcagGTGCTGATGACCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTCAACGGCAAGATCATTGCCACCCTGTCCATCGACATCAACCTCAATAGCCTGCAGGCACTGAGCCAGGAGGCCAGCCGCAGCCTCTACGAAGGCCGCACCACGGTCGGc < 3:283010/149‑1 (MQ=255) gatGCTGGTCATCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTCAACGGCAAGATCATTGCCACCCTGTCCATCGACATCAACCTCaa < 3:158139/79‑1 (MQ=255) gatGCTGGTCATCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTCAACGGCAAGATCATTGCCACCCTGTCCATCGACATCAACCTCaa < 3:152450/79‑1 (MQ=255) gatGCTGGTCATCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTCAACGGCAAGATCATTGCCACCCTGTCCATCGACATCAACCTCaa > 4:158139/3‑81 (MQ=255) gatGCTGGTCATCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTCAACGGCAAGATCATTGCCACCCTGTCCATCGACATCAACCTCaa > 4:152450/3‑81 (MQ=255) gCTGATGACCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTCAACGGCAAGATCATTGCCACCCTGTCCATCGACATCAACCTCAATAGCCTGCAGGCACTGAGCCAGGAGGCCAGCCGCAGCCTCTACGAAGGCCGCACCACGGTCGGCATTCTCa > 6:243089/1‑149 (MQ=255) tgatgaCCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTCAACGGCAAGATCATTGCCACCCTGTCCATCGACATCAACCTCAATAGCCTGCAGGCACTGAGCCAGGAGGCCAGCCGCAGCCTCTACGAAGGCCGCACCACGGTCg > 4:90521/1‑138 (MQ=255) tgatgaCCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTCAACGGCAAGATCATTGCCACCCTGTCCATCGACATCAACCTCAATAGCCTGCAGGCACTGAGCCAGGAGGCCAGCCGCAGCCTCTACGAAGGCCGCACCACGGTCg < 3:90521/138‑1 (MQ=255) tgatgaCCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTCAACGGCAAGATCATTGCCACCCTGTCCATCGACATCAACCTCAATAGCCTGCAGGCACTGAGCCAGGAGGCCAGCCGCAGCCTCTACGAAGGCCGCACCACGGTCGGCATTCTCAcc > 5:187253/1‑149 (MQ=255) | GCCCTGCCCGAACATGACATGGCCAACACCGAGATCGGCCCCAGCGGCCAGCCGGCCAACACCTGGTGGGTATGCCCACGCACCTCCGGCAAGGTGTGCGTGGTAGAGCCGTACTTCTACGACATCGATGGCCAGCAGGTGCTGATGACCAGCATCGTGTTCCCGCTGGCGGTCAACGGCAAGATCATTGCCACCCTGTCCATCGACATCAACCTCAATAGCCTGCAGGCACTGAGCCAGGAGGCCAGCCGCAGCCTCTACGAAGGCCGCACCACGGTCGGCATTCTCACC > NC_002947/4035460‑4035750 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |