Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,273,231 | A→T | 8.0% | Y216N (TAC→AAC) | glcC ← | transcriptional regulator GlcC |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,273,231 | 0 | A | T | 8.0% | 145.9 / 3.2 | 50 | Y216N (TAC→AAC) | glcC | transcriptional regulator GlcC |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (24/22); new base T (2/2); total (26/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.06e-01 |
CTTCACCCCCAGCCATCCATACGCATGGTCGCCCTGACCAGGCGCTGCTCTTCCTGCTCGATCTCCCGCAAACTGTCGCGTATGCCGTTGATATGCTCACGCGCCGCCCGCTGCGCCTGCTCGGGCAGTTGTTCCATGACTGCGCGGTACAACCGCGCATGCTGCCGATCAATCTGGCGTTTCTGCGCTGGCCGGCAGTACAAGTTGTTGACCGACGCAAACACCGTGCTCAACGTCAGGTCACTGAGCGATTGCAGGGTATGCACCAGCACTGGGTTATGCGACGCCT > NC_002947/4273083‑4273371 | cTTCACCCCCAGCCATCCATACGCATGGTCGCCCTGACCAGGCGCTGCTCTTCCTGCTCGATCTCCCGCAAACTGTCGCGTATGCCGTTGATATGCTCACGCGCCGCCCGCTGCGCCTGCTCGGGCAGTTGTTCCATGACTGCGCGGTa < 1:101435/149‑1 (MQ=255) cACCCCCAGCCATCCATACGCATGGTCGCCCTGACCAGGCGCTGCTCTTCCTGCTCGATCTCCCGCAAACTGTCGCGTATGCCGTTGATATGCTCACGCGCCGCCCGCTGCGCCTGCTCGGGCAGTTGTTCCATGACTGCGCGGTACa < 7:120561/148‑1 (MQ=255) cccccAGCCATCCATACGCATGGTCGCCCTGACCAGGCGCTGCTCTTCCTGCTCGATCTCCCGCAAACTGTCGCGTATGCCGTTGATATGCTCACGCGCCGCCCGCTGCGCCTGCTCGGGCAGTTGTTCCATGACTGCGCGGTACAAcc > 6:156904/1‑149 (MQ=255) cAGCCATCCATACGCATGGTCGCCCTGACCAGGCGCTGCTCTTCCTGCTCGATCTCCCGCAAACTGTCGCGTATGCCGTTGATATGCTCACGCGCCGCCCGCTGCGCCTGCTCGGGCAGTTGTTCCATGACTGCGCGGTTGTACCgcgc < 8:40354/149‑1 (MQ=255) aGCCATCCATACGCATGGTCGCCCTGACCAGGCGCTGCTCTTCCTGCTCGATCTCCCGCAAACTGTCGCGTATGCCGTTGATATGCTCACGCGCCGCCCGCTGCGCCTGCTCGGGCAGTTGTTCCATGACTGCGCGGTTGTACCGCGCa < 2:66059/149‑1 (MQ=255) gCCATCCATACGCATGGTCGCCCTGACCAGGCGCTGCTCTTCCTGCTCGATCTCCCGCAAACTGTCGCGTATGCCGTTGATATGCTCACGCGCCGCCCGCTGCGCCTGCTCGGGCAGTTGTTCCATGACTGCGCGGTACAACCGCGCAt > 8:262604/1‑149 (MQ=255) atccatACGCATGGTCGCCCTGACCAGGCGCTGCTCTTCCTGCTCGATCTCCCGCAAACTGTCGCGTATGCCGTTGATATGCTCACGCGCCGCCCGCTGCGCCTGCTCGGGCAGTTGTTCCATGACTGCGCGGTACAACCGCGCAtgct > 2:250485/1‑149 (MQ=255) catACGCATGGTCGCCCTGACCAGGCGCTGCTCTTCCTGCTCGATCTCCCGCAAACTGTCGCGTATGCCGTTGATATGCTCACGCGCCGCCCGCTGCGCCTGCTCGGGCAGTTGTTCCATGACTGCGCGGTACAACCGCGCAtgctgc < 3:53696/148‑1 (MQ=255) taggCATGGTCGCCCTGACCAGGCGCTGCTCTTCCTGCTCGATCTCCCGCAAACTGTCGCGTATGCCGTTGATATGCTCAGGCGCCGCCCGCTGCGCCTGCTCGGGCAGTTGTTCCATGACTGCGCGGTACAACCGCGCATGCTGCCGa < 2:306381/146‑1 (MQ=255) cGCATGGTCGCCCTGACCAGGCGCTGCTCTTCCTGCTCGATCTCCCGCAAACTGTCGCGTATGCCGTTGATATGCTCACGCGCCGCCCGCTGCGCCTGCTCGGGCAGTTGTTCCATGACTGCGCGGTACAACCGCGCATGCTGCCGATc < 7:48199/149‑1 (MQ=255) tGGTCGCCCTGACCAGGCGCTGCTCTTCCTGCTCGATCTCCCGCAAACTGTCGCGTATGCCGTTGATATGCTCACGCGCCGCCCGCTGCGCCTGCTCGGGCAGTTGTTCCATGACTGCGCGGTACAACCGCGCATGCTGCCGATCAATc > 3:253676/1‑149 (MQ=255) cTGACCAGGCGCTGCTCTTCCTGCTCGATCTCCCGCAAACTGTCGCGTATGCCGTTGATATGCTCACGCGCCGCCCGCTGCGCCTGCTCGGGCAGTTGTTCCATGACTGCGCGGTACAACCGCGCATGCTGCCGATCAATCTGGCGtt > 6:198877/1‑148 (MQ=255) ccAGGCGCTGCTCTTCCTGCTCGATCTCCCGCAAACTGTCGCGTATGCCGTTGATATGCTCACGCGCCGCCCGCTGCGCCTGCTCGGGCAGTTGTTCCATGACTGCGCGGTACAACCGCGCATGCTGCCGATCAATCTGGCGTTTCTgc > 4:145283/1‑149 (MQ=255) cAGGCGCTGCTCTTCCTGCTCGATCTCCCGCAAACTGTCGCGTATGCCGTTGATATGCTCACGCGCCGCCCGCTGCGCCTGCTCGGGCAGTTGTTCCATGACTGCGCGGTACAACCGCGCAtgct > 7:273239/1‑125 (MQ=255) cAGGCGCTGCTCTTCCTGCTCGATCTCCCGCAAACTGTCGCGTATGCCGTTGATATGCTCACGCGCCGCCCGCTGCGCCTGCTCGGGCAGTTGTTCCATGACTGCGCGGTACAACCGCGCAtgct < 8:273239/125‑1 (MQ=255) cAGGCGCTGCTCTTCCTGCTCGATCTCCCGCAAACTGTCGCGTATGCCGTTGATATGCTCACGCGCCGCCCGCTGCGCCTGCTCGGGCAGTTGTTCCATGACTGCGCGGTACAACCGCGCATGCTGCCGATCAATCTGGCGTTTCTgcg > 8:216593/1‑149 (MQ=255) tgctCTTCCTGCTCGATCTCCCGCAAACTGTCGCGTATGCCGTTGATATGCTCACGCGCCGCCCGCTGCGCCTGCTCGGGCAGTTGTTCCATGACTGCGCGGTa > 4:336329/1‑104 (MQ=255) tgctCTTCCTGCTCGATCTCCCGCAAACTGTCGCGTATGCCGTTGATATGCTCACGCGCCGCCCGCTGCGCCTGCTCGGGCAGTTGTTCCATGACTGCGCGGTa < 3:336329/104‑1 (MQ=255) ctctTCCTGCTCGATCTCCCGCAAACTGTCGCGTATGCCGTTGATATGCTCACGCGCCGCCCGCTGCGCCTGCTCGGGCAGTTGTTCCATGACTGCGCGGTACAACCGCGCATGCTGCCGATCAATCTGGCGTTTCTGCGCTGGCCgg < 2:342402/148‑1 (MQ=255) ctctTCCTGCTCGATCTCCCGCAAACTGTCGCGTATGCCGTTGATATGCTCACGCGCCGCCCGCTGCGCCTGCTCGGGCAGTTGTTCCATGACTGCGCGGTACAACCGCGCATGCTGCCGATCAATCTGGCGTTTCTGCGCTGGCCgg < 5:198877/148‑1 (MQ=255) tctTCCTGCTCGATCTCCCGCAAACTGTCGCGTATGCCGTTGATATGCTCACGCGCCGCCCGCTGCGCCTGCTCGGGCAGTTGTTCCATGACTGCGCGGTACAACCGCGCATGCTGCCGATCAATCTGGCGTTTCTGCGCTGGCCGGCa > 8:302025/1‑149 (MQ=255) ccTGCTCGATCTCCCGCAAACTGTCGCGTATGCCGTTGATATGCTCACGCGCCGCCCGCTGCGCCTGCTCGGGCAGTTGTTCCATGACTGCGCGGTACAACCGCGCATGCTGCCGATCAATCTGGCGTTTCTGCGCTGGCCGGCAGTa > 8:338313/1‑148 (MQ=255) cTCGATCTCCCGCAAACTGTCGCGTATGCCGTTGATATGCTCACGCGCCGCCCGCTGCGCCTGCTCGGGCAGTTGTTCCATGACTGCGCGGTACAACCGCGCATGCTGCCGATCAATCTGGCGTTTCTGCGCTGGCCGGCAGTACAAgt > 8:104010/1‑149 (MQ=255) gATCTCCCGCAAACTGTCGCGTATGCCGTTGATATGCTCACGCGCCGCCCGCTGCGCCTGCTCGGGCAGTTGTTCCATGACTGCGCGGTACAACCGCGCATGCTGCCGATCAATCTGGCGTTTCTGCGCTGGCCGGCAGTACAAgttg < 5:367783/148‑1 (MQ=255) gATCTCCCGCAAACTGTCGCGTATGCCGATGATATGCTCACGCGCCGCCCGCTGCGCCTGCTCGGGCAGTTGTTCCATGACTGCGCGGTACAACCACGCATGCTGCCGATCAATCTGGCGTTTCTGCGATGGCCGCCAGAACAAgttgt > 3:239733/1‑149 (MQ=255) ccGCAAACTGTCGCGTAGGCCGTTGATATGCTCACGCGCCGCCCGCTGCGCCTGCTCGGGCAGTTGTTCCATGACTGCGCGGTACAACCGCGCATGCTGCCGATCAATCTGGCGTTTCTGCGCTGGCCGGCAGTACAAgttg < 2:319934/142‑1 (MQ=255) cagCATACTGTCGGGGATGCCGTTGATATGCTCACGCGCCGAACGCTGCGCCTGCTCGGGCAGTTTTTCCATGACTTCTCGGTACAACCGCGCATGCTGCCGATCAATCTGTCGTTTCTGCGCTGGCCGGCAGTACAAgttgtt < 8:257387/142‑1 (MQ=255) cTGTCGCGTATGCCGTTGATATGCTCACGCGCCGCCCGCTGCGCCTGCTCGGGCAGTTGTTCCATGACTGCGCGGTACAACCGCGCATGCTGCCGATCAATCTGGCGTTTCTGCGCTGGCCGGCAGTACAAGTTGTTGACCGACGCaaa < 7:216593/149‑1 (MQ=255) tGTCGCGTATGCCGTTGATATGCTCACGCGCCGCCCGCTGCGCCTGCTCGGGCAGTTGTTCCATGACTGCGCGGTACAACCGCGCATGCTGCCGATCAATCTGGCGTTTCTGCGCTGGCCGGCAGTACAAGTTGTTGACCGACGCaaa > 4:352284/1‑148 (MQ=255) tGTCGCGTATGCCGTTGATATGCTCACGCGCCGCCCGCTGCGCCTGCTCGGGCAGTTGTTCCATGACTGCGCGGTACAACCGCGCATGCTGCCGATCAATCTGGCGTTTCTGCGCTGGCCGGCAGTACAAGTTGTTGACCGACGCaaa > 2:39924/1‑148 (MQ=255) gcgTATGCCGTTGATATGCTCACGCGCCGCCCGCTGCGCCTGCTCGGGCAGTTGTTCCATGACTGCGCGGTACAACCGCGCATGCTGCCGATCAATCTGGCGTTTCTGCGCTGGCCGGCAGTACAAGTTGTTGACCGACGCAAACAcc < 4:253676/148‑1 (MQ=255) cgTATGCCGTTGATATGCTCACGCGCCGCCCGCTGCGCCTGCTCGGGCAGTTGTTCCATGACTGCGCGGTACAACCGCGCATGCTGCCGATGAATCTGGCGTTTCTGCGCTGGCCGGCAGTACAAGTTGTTGAGCGACGCAAACACCGt < 6:370634/149‑1 (MQ=255) tATGCCGTTGATATGCTCACGCGCCGCCCGCTGCGCCTGCTCGGGCAGTTGTTCCATGACTGCGCGGTACAACCGCGCATGCTGCCGATCAATCTGGCGTTTCTGCGCTGGCCGGCAGTACAAGTTGTTGACCGACGCAAACACCGTGc < 7:302025/149‑1 (MQ=255) tGCCGTTGATATGCTCACGCGCCGCCCGCTGCGCCTGCTCGGGCAGTTGTTCCATGACTGCGCGGTACAACCGCGCATGCTGCCGATCAATCTGGCGTTTCTGCGCTGGCCGGCAGTACAAGTTGTTGACCGACGCAAACACCGTGCTc < 5:156904/149‑1 (MQ=255) ccGTTGATATGCTCACGCGCCGCCCGCTGCGCCTGCTCGGGCAGTTGTTCCATGACTGCGCGGTACAACCGCGCATGCTGCCGATCAATCTGGCGTTTCTGCGCTGGCCGGCAGTACAAgttg < 2:271222/123‑1 (MQ=255) ccGTTGATATGCTCACGCGCCGCCCGCTGCGCCTGCTCGGGCAGTTGTTCCATGACTGCGCGGTACAACCGCGCATGCTGCCGATCAATCTGGCGTTTCTGCGCTGGCCGGCAGTACAAgttg > 1:271222/1‑123 (MQ=255) gTTGATATGCTCACGCGCCGCCCGCTGCGCCTGCTCGGGCAGTTGTTCCATGACTGCGCGGTACAACCGCGCATGCTGCCGATCAATCTGGCGTTTCTGCGCTGGCCGGCAGTACAAGTTGTTGACCGACGCAAACACCGTGCTCAACg > 2:268403/1‑149 (MQ=255) tCACGCGCCGCCCGCTGCGCCTGCTCGGGCAGTTGTTCCATGACTGCGCGGTACAACCGCGCATGCTGCCGATCAATCTGGCGTTTCTGCGCTGGCCGGCAGTACAAGTTGTTGACCGACGCAAACACCGTGCTCAACGTCAGGTCACt > 4:102754/1‑149 (MQ=255) aCGCGCCGCCAGCTGCGCCTTCTCGTGCAGTTTTTCCATGACTTCTCGGTACAAACTCGCATTCTGCCGATCAATCTGGCGTTTCTGCTCTGGCCGGGAGTACAAGTTGTTTACCGACGCAAAGACCGTGCTCAACGTCAGGTCACt < 7:13573/147‑1 (MQ=255) gccgccCGCTGCGCCTGCTCGGGGAGTTGTTCCATGTCTGGGCGGTACAACCGCGCATGCTGCCGATCAATCTGGCGTTTCTGCGCTGGCCGGCAGTACAAGTTGTTGACCGACGCAAACACCGTGCTCATCGTCAGGTCACTGAGCGa < 4:239733/149‑1 (MQ=255) cgcTGCGCCTGCTCGGGCAGTTGTTCCATGACTGCGCGGTACAACCGCGCATGCTGCCGATCAATCTGGCGTTTCTGCGCTGGCCGGCa > 7:330624/1‑89 (MQ=255) cgcTGCGCCTGCTCGGGCAGTTGTTCCATGACTGCGCGGTACAACCGCGCATGCTGCCGATCAATCTGGCGTTTCTGCGCTGGCCGGCa < 8:330624/89‑1 (MQ=255) cgcCTGCTCGGGCAGTTGTTCCATGACTGCGCGGTACAACCGCGCATGCTGCCGATCAATCTGGCGTTTCTGCGCTGGCCGGCAGTACAAGTTGTTGACCGACGCAAACACCGTGCTCAACGTCAGGTCACTGAGCGATTGCAGGGt < 1:250485/147‑1 (MQ=255) cTCGGGCAGTTGTTCCATGACTGCGCGGTACAACCGCGCATGCTGCCGATCAATCTGGCGTTTCTGCGCTGGCCGGCAGTACAAGTTGTTGACCGACGCAACCACCGTGCTCAACGTCAGGTCACTGAGCGATTGCAGGGTATGCAc < 1:268403/147‑1 (MQ=255) cTCGGCCAGTTCTTCCATGACTGCGCGGTACAACCGCGCATGCTGCCGATCAATCTCGCGTTTCTGCGCTGCCCGGCAGTACAAGTTGTTGA‑CGACGCAAACACCGTGCTCAACCTCAGGTCACTGAGCGAATGCAGCGTATGCACCAg > 2:28524/1‑149 (MQ=255) ccATGACTGCGCGGTACAACCGCGCATGCTGCCGATCAATCTGGCGTTTCTGCGCTGGCCGGCAGTACAAGTTGTTGACCGACGCAAACACCGTGCTCAACGTCAGGTCACTGAGCGATTGCAGGGTATGCACCAGCACTGGGTTATGc > 8:312318/1‑149 (MQ=255) cATGACTGCGCGGTACAACCGCGCATGCTGCCGATCAATCTGGCGTTTCTGCGCTGGCCGGCAGTACAAGTTGTTGACCGACGCAAACACCGTGCTCAACGTCAGGTCACTGAGCGATTGCAGGGTATGCACCa < 5:175616/134‑1 (MQ=255) cATGACTGCGCGGTACAACCGCGCATGCTGCCGATCAATCTGGCGTTTCTGCGCTGGCCGGCAGTACAAGTTGTTGACCGACGCAAACACCGTGCTCAACGTCAGGTCACTGAGCGATTGCAGGGTATGCACCa > 6:175616/1‑134 (MQ=255) cATGACTGCGCGGTACAACCGCGCATGCTGCCGATCAATCTGGCGTTTCTGCGCTGGCCGGCAGTACAAGTTGTTGACCGACGCAAACACCGTGCTCAACGTCAGGTCACTGAGCGATTGCAGGGTATGCACCAGCACTGGGTTATGc > 1:204803/1‑148 (MQ=255) cagcatGCGCGGTTGTACCGCGCATGCTGCCGATCAATCTGGCGTTTCTGCGCTGGCCGGCAGTACAAGTTGTTGACCGACGCAAACACCGTGCTCAACGTCAGGTCACTGAGCGATTGCAGGGTATGCACCAGCACTGGGTTATGCGa > 8:341954/6‑149 (MQ=255) tGCGCGGTACAACCGCGCATGCTGCCGATCAATCTGGCGTTTCTGCGCTGGCCGGCAGTACAAGTTGTTGACCGACGCAAACACCGTGCTCAACGTCAGGTCACTGAGCGATTGCAGGGTATGCACCAGCACTGGGTTATGCGACGCCt > 2:53702/1‑149 (MQ=255) tGCGCGGTACAACCGCGCATGCTGCCGATCAATCTGGCGTTTCTGCGCTGGCCGGCAGTACAAGTTGTTGACCGACGCAAACACCGTGCTCAACGTCAGGTCACTGAGCGATTGCAGGGTATGCACCAGCACTGGGTTATGCGACGCCt > 3:12950/1‑149 (MQ=255) gcgcGGTTGTACCGCGCATGCTGCCGATCAATCTGGCGTTTCTGCGCTGGCCGGCAGTACAAGTTGTTGACCGACGCAAACACCGTGCTCAACGTCAGGTCACTGAGCGATTGCAGGGTATGCACCAGCACTGGGTTATGCGACGCCt > 4:167829/1‑148 (MQ=255) | CTTCACCCCCAGCCATCCATACGCATGGTCGCCCTGACCAGGCGCTGCTCTTCCTGCTCGATCTCCCGCAAACTGTCGCGTATGCCGTTGATATGCTCACGCGCCGCCCGCTGCGCCTGCTCGGGCAGTTGTTCCATGACTGCGCGGTACAACCGCGCATGCTGCCGATCAATCTGGCGTTTCTGCGCTGGCCGGCAGTACAAGTTGTTGACCGACGCAAACACCGTGCTCAACGTCAGGTCACTGAGCGATTGCAGGGTATGCACCAGCACTGGGTTATGCGACGCCT > NC_002947/4273083‑4273371 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |