| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,348,705 | A→G | 59.1% | intergenic (‑70/+404) | PP_3820 ← / ← galU | group II intron‑encoding maturase/UTP‑glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,348,705 | 0 | A | G | 59.1% | 15.5 / 88.1 | 84 | intergenic (‑70/+404) | PP_3820/galU | group II intron‑encoding maturase/UTP‑glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (17/17); new base G (25/24); total (42/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.45e-01 | |||||||||||
CTGCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCA‑TCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCACCT > NC_002947/4348591‑4348849 | cTGCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCG‑TCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTg < 1:285200/148‑1 (MQ=17)cTGCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCA‑TCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTg < 4:270400/148‑1 (MQ=32) cATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCG‑TCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCa < 7:220915/148‑1 (MQ=17) aCGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCG‑TCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCg > 7:327583/1‑148 (MQ=21) cGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCG‑TCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTa < 5:286485/149‑1 (MQ=21) cGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCG‑TCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTa > 8:292669/1‑149 (MQ=21) ggTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCG‑TCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTAc < 4:206007/149‑1 (MQ=21) gTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTGGGCTGACTTCTGCACGCTCA‑TCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACa < 2:256172/149‑1 (MQ=21) tACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCA‑TCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTa > 5:372082/1‑145 (MQ=34) ccAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCA‑TCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCaa > 2:380287/1‑138 (MQ=32) ccAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCA‑TCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCaa < 1:380287/138‑1 (MQ=32) aaCGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCG‑TCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGAtctc < 8:127428/149‑1 (MQ=21) aaCGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCA‑TCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGAtctc > 5:76670/1‑149 (MQ=34) gagaCGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCG‑TCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCa < 4:371082/149‑1 (MQ=21) aCGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCA‑TCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAggg > 7:330145/1‑149 (MQ=34) aCGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCA‑TCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAggg < 8:297331/149‑1 (MQ=34) gCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCG‑TCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTcgc > 4:270369/1‑149 (MQ=21) cggcATAACCTGTGCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCG‑TCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTc < 4:205288/149‑1 (MQ=21) aaCCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCG‑TCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGt > 5:228007/1‑102 (MQ=14) aaCCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCG‑TCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGt < 6:228007/102‑1 (MQ=14) aaCCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCG‑TCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAgg < 5:235174/125‑1 (MQ=25) aaCCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCG‑TCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAgg > 6:235174/1‑125 (MQ=25) aCCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCG‑TCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTa < 7:286890/149‑1 (MQ=21) ccTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCA‑TCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTAt < 1:295278/149‑1 (MQ=34) gTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCG‑TCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGc > 1:67769/1‑148 (MQ=21) gTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCG‑TCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGc < 2:67769/148‑1 (MQ=21) gTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTACGGCTGACTTCTGCACGCTCA‑TCCCGTCGCCTTTCGACGAGCGGTAGCACAGTGGAAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACATTACTGCTTAtcca > 6:202742/1‑146 (MQ=11) ggCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCA‑TCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTc > 5:71026/1‑149 (MQ=34) gCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCA‑TCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCg > 1:107804/1‑149 (MQ=34) gCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCA‑TCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCg > 2:188041/1‑149 (MQ=34) cccTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCA‑TCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCgg < 6:76670/149‑1 (MQ=34) cccTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCA‑TCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCg > 7:11365/1‑148 (MQ=34) ccTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCG‑TCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTAt < 2:290894/139‑1 (MQ=21) ccTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCG‑TCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTAt > 1:290894/1‑139 (MQ=21) ccTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCG‑TCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGa > 5:256118/1‑149 (MQ=21) ccTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCG‑TCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGa > 8:306980/1‑149 (MQ=21) cTTGGTGGCGCTGTTAACAGACACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTAG‑TACCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGAACAGTTGCAAGAGTACAGATCTCCCAGCGTAATTCGCGCGAACTTCCTGCTTATGCATGTCGGa > 8:269816/1‑148 (MQ=11) ggtggCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCG‑TCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATc < 6:121701/147‑1 (MQ=21) gtggCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCA‑TCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTAc < 5:137893/149‑1 (MQ=34) gtggCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCA‑TCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTAc > 1:240733/1‑149 (MQ=34) gcgcGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCG‑TCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGt > 3:302337/1‑148 (MQ=21) gcgcGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCA‑TCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGTCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGt < 7:220731/148‑1 (MQ=21) cgcgGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCG‑TCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTca > 4:66797/1‑149 (MQ=21) gcgGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCG‑TCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGAGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTca > 6:71376/1‑148 (MQ=21) gcgGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCAGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTca > 1:88720/1‑149 (MQ=21) cgGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCG‑TCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGTTCTACGTcaca < 8:318523/149‑1 (MQ=21) gTTAACCGCCACTTACTACGTCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCA‑TCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTTCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTAc < 6:353549/141‑1 (MQ=21) gTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCA‑TCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTTCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTAc > 5:353549/1‑141 (MQ=21) aCCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCG‑TCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTc < 4:302337/149‑1 (MQ=21) aCCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCG‑TCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTc < 3:66797/149‑1 (MQ=21) ccGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCA‑TCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTcc < 3:188141/149‑1 (MQ=34) gCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCA‑TCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGt < 4:132878/149‑1 (MQ=34) gCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCA‑TCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGt < 2:240733/149‑1 (MQ=34) cTTACTACGTCGTCGGCTGCCTTCTGCACGCTCT‑GCCCGGCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCaa < 8:342226/149‑1 (MQ=11) ttACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCG‑TCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAg > 8:210484/1‑149 (MQ=21) actacGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCG‑TCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTa > 5:353552/1‑149 (MQ=21) 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gCTCA‑TCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCAGCt > 2:99433/1‑149 (MQ=21) | CTGCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCA‑TCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCACCT > NC_002947/4348591‑4348849 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |